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2012-11-22T15:21:22+01:00 (8 years ago)
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acc
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Branch dev_NOC_2012_r3555. #1006. Step 8. Minor code changes and updated iodef.xml files to enable successful SETTE testing

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branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM
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    r3610 r3631  
    1717 
    1818 
    19 %NCDF_HOME           /noc/users/jeff/packages/netcdf4/netcdf-4.1.1/x86_64/intel10.1 
    20 %HDF5_HOME           /noc/users/jeff/packages/hdf5/hdf5-1.8.4-patch1/x86_64/intel10.1 
     19%NCDF_HOME           /noc/users/jeff/packages/netcdf4/netcdf-4.1.3/xSSE2/intel11.1 
     20%HDF5_HOME           /noc/users/jeff/packages/hdf5/hdf5-1.8.7/xSSE2/intel11.1 
    2121%NCDF_INC            -I%NCDF_HOME/include -I%HDF5_HOME/include 
    2222# Note use of -Bstatic because the library root directories are not accessible to the back-end compute nodes 
    23 %NCDF_LIB            -L%HDF5_HOME/lib -L%NCDF_HOME/lib -Bstatic -lnetcdf -lhdf5_fortran -lhdf5_hl -lhdf5 -Bdynamic -lz 
     23%NCDF_LIB            -L%HDF5_HOME/lib -L%NCDF_HOME/lib -Bstatic -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_fortran -lhdf5_hl -lhdf5 -Bdynamic -lz 
    2424%FC                  ifort 
    25 %FCFLAGS             -r8 -O3 -xT -ip -vec-report0 
    26 %FFLAGS              -r8 -O3 -xT -ip -vec-report0 
     25%FCFLAGS             -r8 -O3 -fp-model precise -xT -ip -vec-report0 
     26%FFLAGS              -r8 -O3 -fp-model precise -xT -ip -vec-report0 
    2727%LD                  ifort 
    2828%FPPFLAGS            -P -C -traditional 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r3126 r3631  
    5555 
    5656   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     57        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    5858   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5959   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
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    7980 
     
    104105   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105106 
     107        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
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    107111   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
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     718        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
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     768        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     769        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     770        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
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    939947     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
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  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/AMM12_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3295 r3631  
    5555 
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     57        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
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    7676   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    7777   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     78        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
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    7980 
     
    104105   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105106 
     107        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    106110   <!-- available key_coupled --> 
    107111   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
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  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r3294 r3631  
    5555 
    5656   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
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     57        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    5858   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
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    105106 
    106    <!-- available key_coupled --> 
     107        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    107110   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
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  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/iodef.xml

    r3294 r3631  
    5555 
    5656   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     57   <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
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    5959   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    7676   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    7777   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     78        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    7879   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    7980 
     
    104105   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105106 
     107        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    106110   <!-- available key_coupled --> 
    107111   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
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  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r3625 r3631  
    377377     <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    378378     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    379      <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
     379          <field ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    380380     <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
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    784784 
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    786    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     786       <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    787787   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    788788   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
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    833834   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    834835 
     836        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     837        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     838        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    835839   <!-- available key_coupled --> 
    836840   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3295 r3631  
    5555 
    5656   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     57        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    5858   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5959   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    7676   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    7777   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     78        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    7879   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    7980 
     
    104105   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105106 
     107        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    106110   <!-- available key_coupled --> 
    107111   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
    361365     <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    362366     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    363      <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
     367          <field ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    364368     <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    365369     <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/iodef.xml

    r3331 r3631  
    124124 
    125125   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    126    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     126        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    127127   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    128128   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    145145   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    146146   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     147        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    147148   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    148149 
     
    173174   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    174175 
     176        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     177        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     178        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    175179   <!-- available key_coupled --> 
    176180   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
    373377     <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    374378     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    375      <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
     379          <field ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    376380     <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    377381     <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
     
    780784 
    781785   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    782    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     786        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    783787   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    784788   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    801805   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    802806   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     807        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    803808   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    804809 
     
    829834   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    830835 
     836        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     837        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     838        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    831839   <!-- available key_coupled --> 
    832840   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
    10161024     <field ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    10171025     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    1018      <field ref="empsmr"       name="sowaflcd"  /> 
     1026          <field ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    10191027     <field ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    10201028     <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icbthm.F90

    r3614 r3631  
    207207      IF(.NOT. ln_passive_mode ) THEN 
    208208         emp (:,:) = emp (:,:) - berg_grid%floating_melt(:,:) 
    209          emps(:,:) = emps(:,:) - berg_grid%floating_melt(:,:) 
    210209!!       qns (:,:) = qns (:,:) + berg_grid%calving_hflx (:,:)  !!gm heat flux not yet properly coded ==>> need it, SOLVE that! 
    211210      ENDIF 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-ALTIX_NAUTILUS_MPT

    r3294 r3631  
    2828  module load mpt/2.03 
    2929  export MPT_HOME=/opt/sgi/mpt/mpt-2.03 
    30   export NC4_HOME=/sata/working/jeff/packages/netcdf4/netcdf-4.1.1/altix/intel10.1 
    31   export HD5_HOME=/sata/working/jeff/packages/hdf5/hdf5-1.8.4-patch1/altix/intel10.1 
    32   export IFT_HOME=/sw/Intel/fce/10.1.021 
    33   export SVN_HOME=/fibre/acc/UTILS/svn/v1.5/svn 
     30  export NC4_HOME=/noc/users/jeff/packages/netcdf4/netcdf-4.1.3/xSSE2/intel11.1 
     31  export HD5_HOME=/noc/users/jeff/packages/hdf5/hdf5-1.8.7/xSSE2/intel11.1 
     32  export IFT_HOME=/sw/Intel/fce/11.1.072 
     33  export SVN_HOME=/nerc/packages/subversion/v1.7.2 
    3434# 
    3535  echo Running on host `hostname` 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3294 r3631  
    5555 
    5656   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57    <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     57   <field id="saltflx"      description="Downward water flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
    5858   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5959   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    7676   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
    7777   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     78        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
    7879   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
    7980 
     
    104105   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
    105106 
     107   <!-- available if not defined key_vvl --> 
     108        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     109        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
    106110   <!-- available key_coupled --> 
    107111   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     
    227231       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L"    /> 
    228232       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L"    /> 
    229        <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L"     /> 
     233       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L"     /> 
     234       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L"     /> 
    230235       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    231236       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L"     /> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.