New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 3680 for branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2012-11-27T15:42:24+01:00 (12 years ago)
Author:
rblod
Message:

First commit of the final branch for 2012 (future nemo_3_5), see ticket #1028

Location:
branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG
Files:
1 deleted
18 edited
7 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/namelist

    r3651 r3680  
    2727   cn_exp      =  "AMM12"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    29    nn_itend    =     576   !  last  time step (std 1 day = 576) 
     29   nn_itend    =    2880   !  last  time step (std 1 day = 288) 
    3030   nn_date0    =  20070101 !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
    3131   nn_leapy    =       1   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    32    ln_rstart   =  .false.  !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
     32   ln_rstart   =  .true.  !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    3333   nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
    3434                           !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
    … …  
    3737   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3838   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    39    nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
    40    nn_stock    =     576   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    41    nn_write    =      12   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nit000) 
     39   nn_istate   =       1   !  output the initial state (1) or not (0) 
     40   nn_stock    =     2880  !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
     41   nn_write    =     144   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nit000)  
    4242   ln_dimgnnn  = .false.   !  DIMG file format: 1 file for all processors (F) or by processor (T) 
    4343   ln_mskland  = .false.   !  mask land points in NetCDF outputs (costly: + ~15%) 
    … …  
    6565&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6666!----------------------------------------------------------------------- 
    67    rn_sbot_min =   10.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    68    rn_sbot_max = 7000.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     67   ln_s_sh94   = .false.   !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     68   ln_s_sf12   = .true.    !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     69   ln_sigcrit  = .true.    !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     70                           !  stretching coefficients for all functions 
     71   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     72   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     73   rn_hc       =   50.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     74                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     75   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     76                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
    6977   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
    70    rn_thetb    =    1.00   !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1) 
    71    rn_rmax     =    0.30   !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
    72    ln_s_sigma  = .true.    !  hybrid s-sigma coordinates 
    73    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    74    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     78   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     79                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     80   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     81   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     82   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     83                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     84   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     85   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     86                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     87   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7588/ 
    7689!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    7992   nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    8093   nn_closea    =   0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    81    nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
     94   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    8295   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
    8396   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    8497   rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    8598                           ! 
    86    rn_rdt      =  150.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     99   rn_rdt      =  300.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    87100   nn_baro     =   30      !  number of barotropic time step            ("key_dynspg_ts") 
    88101   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    … …  
    147160                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    148161                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
     162   ln_wave = .false.       !  Activate coupling with wave (either Stokes Drift or Drag coefficient, or both)  (T => fill namsbc_wave) 
    149163   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     164   ln_sdw  = .false.       !  Computation of 3D stokes drift                (T => fill namsbc_wave) 
    150165/ 
    151166!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    430445    cn_mask_file = ''                     !  name of mask file (if ln_mask_file=.TRUE.) 
    431446    nn_dyn2d      =  2                    !  boundary conditions for barotropic fields 
    432     nn_dyn2d_dta  =  2                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
     447    nn_dyn2d_dta  =  3                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
    433448                                          !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
    434449                                          !  = 2, use tidal harmonic forcing data from files 
    … …  
    438453                           !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
    439454    nn_tra        =  1                    !  boundary conditions for T and S 
    440     nn_tra_dta    =  0                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
     455    nn_tra_dta    =  1                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
    441456                           !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
    442457    nn_rimwidth  = 10                      !  width of the relaxation zone 
    … …  
    532547   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    533548   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme                  
     549   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
    534550/ 
    535551!---------------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    603619   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps                    
    604620   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    605    ln_hpg_sco  = .true.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     621   ln_hpg_sco  = .false.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    606622   ln_hpg_djc  = .false.   !  s-coordinate (Density Jacobian with Cubic polynomial) 
    607    ln_hpg_prj  = .false.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
     623   ln_hpg_prj  = .true.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
    608624   ln_dynhpg_imp = .false. !  time stepping: semi-implicit time scheme  (T) 
    609625                                 !           centered      time scheme  (F) 
    … …  
    792808   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    793809                           !     (no physical validity of the results) 
    794    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     810   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    795811/ 
    796812 
    … …  
    978994!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    979995   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     996   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     997   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     998   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
    980999! 
    9811000   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/AMM12_PISCES/EXP00/namelist

    r3651 r3680  
    2727   cn_exp      =  "AMM12"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    29    nn_itend    =     576   !  last  time step (std 1 day = 576) 
     29   nn_itend    =    2880   !  last  time step (std 1 day = 288) 
    3030   nn_date0    =  20070101 !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
    3131   nn_leapy    =       1   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    32    ln_rstart   =  .false.  !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
     32   ln_rstart   =  .true.  !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    3333   nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
    3434                           !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
    … …  
    3737   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3838   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    39    nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
    40    nn_stock    =     576   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    41    nn_write    =      12   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nit000) 
     39   nn_istate   =       1   !  output the initial state (1) or not (0) 
     40   nn_stock    =     2880  !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
     41   nn_write    =     144   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nit000)  
    4242   ln_dimgnnn  = .false.   !  DIMG file format: 1 file for all processors (F) or by processor (T) 
    4343   ln_mskland  = .false.   !  mask land points in NetCDF outputs (costly: + ~15%) 
    … …  
    6565&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6666!----------------------------------------------------------------------- 
    67    rn_sbot_min =   10.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    68    rn_sbot_max = 7000.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     67   ln_s_sh94   = .false.   !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     68   ln_s_sf12   = .true.    !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     69   ln_sigcrit  = .true.    !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     70                           !  stretching coefficients for all functions 
     71   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     72   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     73   rn_hc       =   50.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     74                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     75   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     76                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
    6977   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
    70    rn_thetb    =    1.00   !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1) 
    71    rn_rmax     =    0.30   !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
    72    ln_s_sigma  = .true.    !  hybrid s-sigma coordinates 
    73    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    74    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     78   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     79                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     80   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     81   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     82   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     83                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     84   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     85   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     86                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     87   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7588/ 
    7689!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    7992   nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    8093   nn_closea    =   0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    81    nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
     94   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    8295   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
    8396   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    8497   rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    8598                           ! 
    86    rn_rdt      =  150.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     99   rn_rdt      =  300.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    87100   nn_baro     =   30      !  number of barotropic time step            ("key_dynspg_ts") 
    88101   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    … …  
    102115   ! 
    103116   cn_dir        = './'     !  root directory for the location of the runoff files 
    104    ln_tsd_init   = .false.  !  Initialisation of ocean T & S with T &S input data (T) or not (F) 
    105    ln_tsd_tradmp = .false.  !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
     117   ln_tsd_init   = .false.   !  Initialisation of ocean T & S with T &S input data (T) or not (F) 
     118   ln_tsd_tradmp = .false.   !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
    106119/ 
    107120!!====================================================================== 
    … …  
    147160                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    148161                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
     162   ln_wave = .false.       !  Activate coupling with wave (either Stokes Drift or Drag coefficient, or both)  (T => fill namsbc_wave) 
    149163   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     164   ln_sdw  = .false.       !  Computation of 3D stokes drift                (T => fill namsbc_wave) 
    150165/ 
    151166!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    305320                           !  or to SSS only (=1) or no damping term (=0) 
    306321   rn_dqdt     =   -40.    !  magnitude of the retroaction on temperature   [W/m2/K] 
    307    rn_deds     =  -166.67  !  magnitude of the damping on salinity   [mm/day] 
     322   rn_deds     =  -27.7    !  magnitude of the damping on salinity   [mm/day] 
    308323   ln_sssr_bnd =   .true.  !  flag to bound erp term (associated with nn_sssr=2) 
    309324   rn_sssr_bnd =   4.e0    !  ABS(Max/Min) value of the damping erp term [mm/day] 
    … …  
    629644   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps                    
    630645   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    631    ln_hpg_sco  = .true.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     646   ln_hpg_sco  = .false.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    632647   ln_hpg_djc  = .false.   !  s-coordinate (Density Jacobian with Cubic polynomial) 
    633    ln_hpg_prj  = .false.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
     648   ln_hpg_prj  = .true.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
    634649   ln_dynhpg_imp = .false. !  time stepping: semi-implicit time scheme  (T) 
    635650                                 !           centered      time scheme  (F) 
    … …  
    818833   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    819834                           !     (no physical validity of the results) 
    820    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     835   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    821836/ 
    822837 
    … …  
    908923                           !  0 < n : debug section number n 
    909924/ 
    910  
    911925!!====================================================================== 
    912926!!            ***  Observation & Assimilation namelists *** 
    … …  
    10051019!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    10061020   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1021   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1022   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1023   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
    10071024! 
    10081025   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/namelist

    r3651 r3680  
    6565&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6666!----------------------------------------------------------------------- 
    67    rn_sbot_min =  300.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    68    rn_sbot_max = 5250.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    69    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=rn_theta<=20) 
    70    rn_thetb    =    0.75   !  bottom control parameter  (0<=rn_thetb<= 1) 
    71    rn_rmax     =    0.15   !  maximum cut-off r-value allowed (0<rn_max<1) 
    72    ln_s_sigma  = .false.   !  hybrid s-sigma coordinates 
    73    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    74    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     67   ln_s_sh94   = .true.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     68   ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     69   ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     70                           !  stretching coefficients for all functions 
     71   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     72   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     73   rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     74                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     75   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     76                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
     77   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
     78   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     79                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     80   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     81   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     82   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     83                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     84   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     85   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     86                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     87   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7588/ 
    7689!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    147160                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    148161                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
     162   ln_wave = .false.       !  Activate coupling with wave (either Stokes Drift or Drag coefficient, or both)  (T => fill namsbc_wave) 
    149163   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     164   ln_sdw  = .false.       !  Computation of 3D stokes drift                (T => fill namsbc_wave) 
    150165/ 
    151166!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    568583   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    569584   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme                  
     585   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl  
    570586/ 
    571587!---------------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    828844   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    829845                           !     (no physical validity of the results) 
    830    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     846   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    831847/ 
    832848 
    … …  
    10001016!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    10011017   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1018   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1019   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1020   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
    10021021! 
    10031022   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/cpp_GYRE.fcm

    r3294 r3680  
    1  bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput 
     1 bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput  

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/1_namelist

    r3675 r3680  
    6666&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6767!----------------------------------------------------------------------- 
    68    rn_sbot_min =  300.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    69    rn_sbot_max = 5250.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    70    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=rn_theta<=20) 
    71    rn_thetb    =    0.75   !  bottom control parameter  (0<=rn_thetb<= 1) 
    72    rn_rmax     =    0.15   !  maximum cut-off r-value allowed (0<rn_max<1) 
    73    ln_s_sigma  = .false.   !  hybrid s-sigma coordinates 
    74    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    75    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     68   ln_s_sh94   = .true.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     69   ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     70   ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     71                           !  stretching coefficients for all functions 
     72   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     73   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     74   rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     75                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     76   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     77                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
     78   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
     79   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     80                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     81   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     82   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     83   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     84                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     85   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     86   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     87                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     88   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7689/ 
    7790!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    525538   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    526539   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUCIKEST scheme                  
     540   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
    527541/ 
    528542!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/namelist

    r3651 r3680  
    6565&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6666!----------------------------------------------------------------------- 
    67    rn_sbot_min =  300.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    68    rn_sbot_max = 5250.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    69    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=rn_theta<=20) 
    70    rn_thetb    =    0.75   !  bottom control parameter  (0<=rn_thetb<= 1) 
    71    rn_rmax     =    0.15   !  maximum cut-off r-value allowed (0<rn_max<1) 
    72    ln_s_sigma  = .false.   !  hybrid s-sigma coordinates 
    73    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    74    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     67   ln_s_sh94   = .true.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     68   ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     69   ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     70                           !  stretching coefficients for all functions 
     71   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     72   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     73   rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     74                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     75   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     76                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
     77   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
     78   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     79                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     80   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     81   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     82   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     83                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     84   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     85   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     86                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     87   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7588/ 
    7689!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    147160                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    148161                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
     162   ln_wave = .false.       !  Activate coupling with wave (either Stokes Drift or Drag coefficient, or both)  (T => fill namsbc_wave) 
    149163   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     164   ln_sdw  = .false.       !  Computation of 3D stokes drift                (T => fill namsbc_wave) 
    150165/ 
    151166!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    563578   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    564579   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme                  
     580   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
    565581/ 
    566582!---------------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    823839   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    824840                           !     (no physical validity of the results) 
    825    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     841   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    826842/ 
    827843 
    … …  
    10041020!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    10051021   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1022   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1023   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1024   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
    10061025! 
    10071026   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3631 r3680  
    225225     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    226226       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    227        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     227       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    228228       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    229229       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
    … …  
    244244       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    245245       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    246        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    247        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     246       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     247       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    248248       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    249249       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    … …  
    253253 
    254254     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    255        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    266        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    267        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    268        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    269        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    270        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    271        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    272        <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    273        <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    274        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    275        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    276        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    277        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    278        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    279        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    280        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    281        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    282        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    283        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    284        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    285        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    286        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    287        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    288        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    289        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    290        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    291        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     255       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     280       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     281       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     282       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     283       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     284       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     285       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     286       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     287       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     288       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     289       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     290       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          /> 
     291       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     292       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     293       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     294       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     295       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
     296       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     /> 
     297       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     /> 
     298       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     299       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     300       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     /> 
     301       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     /> 
     302       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     303       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         /> 
     304       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         /> 
     305       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     306       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     307       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    292308     </group> 
    293309        
    … …  
    511527          <field ref="CO3"      /> 
    512528          <field ref="CO3sat"   /> 
    513           <field ref="PAR"      /> 
     529          <field ref="PAR"   /> 
    514530          <field ref="PPPHY"    /> 
    515531          <field ref="PPPHY2"   /> 
    … …  
    519535          <field ref="PFeN"     /> 
    520536          <field ref="PFeD"     /> 
     537          <field ref="xfracal"  /> 
    521538          <field ref="PCAL"     /> 
    522539          <field ref="DCAL"     /> 
    523           <field ref="GRAZ"     /> 
    524           <field ref="Mumax"    /> 
    525           <field ref="MuN"      /> 
    526           <field ref="MuD"      /> 
    527           <field ref="MuNlight" /> 
    528           <field ref="MuDlight" /> 
    529           <field ref="LNnut"    /> 
    530           <field ref="LDnut"    /> 
    531           <field ref="LNFe"     /> 
    532           <field ref="LDFe"     /> 
    533           <field ref="LNlight"  /> 
    534           <field ref="LDlight"  /> 
     540          <field ref="GRAZ1"     /> 
     541          <field ref="GRAZ2"     /> 
    535542          <field ref="EPC100"   /> 
    536543          <field ref="EPFE100"  /> 
    … …  
    544551          <field ref="Heup"     /> 
    545552          <field ref="Irondep"  /> 
     553          <field ref="Ironsed"  /> 
     554          <field ref="Ironice"  /> 
    546555          <field ref="Nfix"     /> 
     556          <field ref="MuN"      /> 
     557          <field ref="MuD"      /> 
     558          <field ref="LNnut"      /> 
     559          <field ref="LDnut"      /> 
     560          <field ref="LNFe"      /> 
     561          <field ref="LDFe"      /> 
     562          <field ref="LNlight"      /> 
     563          <field ref="LDlight"      /> 
     564          <field ref="pdust"      /> 
     565          <field ref="Fe2"      /> 
     566          <field ref="Fe3"      /> 
     567          <field ref="FeL1"      /> 
     568          <field ref="FeL2"      /> 
     569          <field ref="FeP"      /> 
     570          <field ref="TL1"      /> 
     571          <field ref="TL2"      /> 
     572          <field ref="Sdenit"      /> 
     573          <field ref="Totlig" /> 
    547574       </file> 
    548575 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3632 r3680  
    3535&nampisbio     !   biological parameters 
    3636!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    37    nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     37   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    3838   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    3939   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4040   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    4141   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
     43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    4244/ 
    4345!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    4446&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    4547!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    46    conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation 
    47    conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
    48    conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto 
    49    conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto 
    50    conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms 
    51    conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms 
     48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     49   concdno3   =  3.E-6   ! Phosphate half saturation for diatoms 
     50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     51   concdnh4   =  3.E-7   ! NH4 half saturation for diatoms 
     52   concnfer   =  1.E-9     ! Iron half saturation for phyto 
     53   concdfer   =  3.E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto 
     56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms 
    5257   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
    5358   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
    54    concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
    55    concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms 
     59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms 
    5661   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
    57    xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     62   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
    5863   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
    59    concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
    6064   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto 
    6165   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    62    caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio 
    63 / 
     66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
     67/ 
     68!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     69&nampisopt     !   parameters for optics 
     70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable 
     76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
     77/  
    6478!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    6579&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    … …  
    6983   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    7084   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    71    ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)  
     85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    7286   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate 
    7387   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton 
    7488   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms 
    75    chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
     89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
    7690   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton 
    7791   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms 
    78    grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio 
     92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    7993/ 
    8094!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    8195&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    8296!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton 
    84    wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    85100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    86101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    87    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    88102/ 
    89103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    90104&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    91105!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    92    part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    93    grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate 
     106   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     107   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    94108   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
    95109   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate 
    … …  
    102116   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton  
    103117   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton  
    104    xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing 
     118   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
    105119   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
    106120   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth 
    … …  
    115129   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    116130   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    117    mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate 
     131   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate 
    118132   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
    119133   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
    … …  
    122136   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton  
    123137   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton  
    124    xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding 
     138   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
    125139   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
    126140   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth 
    … …  
    129143/ 
    130144!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     145&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     146!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     147   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
     148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
     149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
     151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
     152/   
     153!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    131154&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    132155!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    133    xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     156   xremik    =  0.35      ! remineralization rate of DOC 
    134157   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    135158   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    136159   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    137    xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si 
    138    xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica 
    139    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     160   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
     161   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    140162   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    141    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration 
    142163/ 
    143164!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    148169/ 
    149170!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    150 &nampissed     !   parameters for inputs deposition 
     171&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    151172!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    152173!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    153174!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    154175   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    155    sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    156    sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     176   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     177   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     178   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     179   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     180   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     181   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     182   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     183   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    157184   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    158185   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     186   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    159187! 
    160188   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    161189   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
    162    ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients 
     190   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron 
     191   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients 
    163192   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N 
    164193   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     194   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     195   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents 
    165196   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron 
    166197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    167    wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed 
     198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    168200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    169201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
    170202   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
     203   hratio      =  9.E-5    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    171204/ 
    172205!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    175208   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    176209   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
     210   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    177211   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    178212   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top

    r3319 r3680  
    8585   ln_trcadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
    8686   ln_trcadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
     87   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
    8788/ 
    8889!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r3294 r3680  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_iomput  

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3295 r3680  
    1919     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    2020       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    21        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    2222       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    2323       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
    … …  
    3838       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    3939       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    40        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    41        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    4242       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    4343       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    … …  
    4747 
    4848     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    49        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    50        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    51        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    52        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    53        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    54        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    55        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    56        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    57        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    58        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    59        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    60        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    61        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    62        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    63        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    64        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    65        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    66        <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    67        <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    68        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    69        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    70        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    71        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    72        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    73        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    74        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    75        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    76        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    77        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    78        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    79        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    80        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    81        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    82        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    83        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    84        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    85        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
    86      </group> 
     49       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     60       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     61       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     62       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     63       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     64       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     65       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     66       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     67       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     68       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     69       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     70       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     71       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     72       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     73       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     74       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     75       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     76       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     77       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     78       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     79       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     80       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     81       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     82       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     83       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     84       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          /> 
     85       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     86       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     87       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     88       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     89       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
     90       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     /> 
     91       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     /> 
     92       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     93       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     94       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     /> 
     95       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     /> 
     96       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     97       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         /> 
     98       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         /> 
     99       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     100       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     101       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     102     </group>          
    87103 
    88104      <!-- scalar --> 
    … …  
    107123 
    108124      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
    109  
    110         <file id="5d_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
    111           <field ref="Cflx"     /> 
    112           <field ref="Oflx"     /> 
    113           <field ref="Dpco2"    /> 
    114           <field ref="Dpo2"     /> 
    115           <field ref="Heup"     /> 
    116         </file> 
    117        
    118125      </group> 
    119126  
    120127      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
    121128 
    122         <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
    123           <field ref="DIC"      /> 
    124           <field ref="Alkalini" /> 
    125           <field ref="O2"       /> 
    126           <field ref="NCHL"     /> 
    127           <field ref="DCHL"     /> 
    128           <field ref="Fer"      /> 
    129           <field ref="NO3"      /> 
    130        </file> 
    131  
    132       </group> 
    133  
    134       <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
    135       </group> 
    136  
    137       <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
    138       </group> 
    139  
    140       <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
    141       </group> 
    142  
    143       <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
    144       </group> 
    145  
    146       <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    147          
    148         <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     129       <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
    149130          <field ref="DIC"      /> 
    150131          <field ref="Alkalini" /> 
    … …  
    173154       </file> 
    174155 
    175        <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     156       <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
    176157          <field ref="PH"       /> 
    177158          <field ref="CO3"      /> 
    178159          <field ref="CO3sat"   /> 
    179           <field ref="PAR"      /> 
     160          <field ref="PAR"   /> 
    180161          <field ref="PPPHY"    /> 
    181162          <field ref="PPPHY2"   /> 
    … …  
    185166          <field ref="PFeN"     /> 
    186167          <field ref="PFeD"     /> 
     168          <field ref="xfracal"  /> 
    187169          <field ref="PCAL"     /> 
    188170          <field ref="DCAL"     /> 
    189           <field ref="GRAZ"     /> 
    190           <field ref="Mumax"    /> 
    191           <field ref="MuN"      /> 
    192           <field ref="MuD"      /> 
    193           <field ref="MuNlight" /> 
    194           <field ref="MuDlight" /> 
    195           <field ref="LNnut"    /> 
    196           <field ref="LDnut"    /> 
    197           <field ref="LNFe"     /> 
    198           <field ref="LDFe"     /> 
    199           <field ref="LNlight"  /> 
    200           <field ref="LDlight"  /> 
     171          <field ref="GRAZ1"     /> 
     172          <field ref="GRAZ2"     /> 
    201173          <field ref="EPC100"   /> 
    202174          <field ref="EPFE100"  /> 
    … …  
    210182          <field ref="Heup"     /> 
    211183          <field ref="Irondep"  /> 
     184          <field ref="Ironsed"  /> 
     185          <field ref="Ironice"  /> 
    212186          <field ref="Nfix"     /> 
     187          <field ref="MuN"      /> 
     188          <field ref="MuD"      /> 
     189          <field ref="LNnut"      /> 
     190          <field ref="LDnut"      /> 
     191          <field ref="LNFe"      /> 
     192          <field ref="LDFe"      /> 
     193          <field ref="LNlight"      /> 
     194          <field ref="LDlight"      /> 
     195          <field ref="pdust"      /> 
     196          <field ref="Fe2"      /> 
     197          <field ref="Fe3"      /> 
     198          <field ref="FeL1"      /> 
     199          <field ref="FeL2"      /> 
     200          <field ref="FeP"      /> 
     201          <field ref="TL1"      /> 
     202          <field ref="TL2"      /> 
     203          <field ref="Sdenit"      /> 
     204          <field ref="Totlig" /> 
    213205       </file> 
    214  
     206      </group> 
     207 
     208      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
     209      </group> 
     210 
     211      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
     212      </group> 
     213 
     214      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
     215      </group> 
     216 
     217      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
     218      </group> 
     219 
     220      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    215221      </group> 
    216222 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist

    r3651 r3680  
    2424&namrun        !   parameters of the run 
    2525!----------------------------------------------------------------------- 
    26    nn_no       =       0   !  job number (no more used...) 
     26   nn_no       =       0   !  job number 
    2727   cn_exp      =  "PISCES"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    2929   nn_itend    =    1460   !  last  time step (std 5475) 
    30    nn_date0    =  010101   !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
     30   nn_date0    =  010101   !  initial calendar date yymmdd (used if nn_rstctl=1) 
    3131   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3232   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    33    nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
    34                            !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
    35                            !    = 1 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    36                            !    = 2 nn_date0 read in restart  ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
     33   nn_rstctl   =       0       !  restart control = 0 nn_it000 is not compared to the restart file value 
     34                               !                  = 1 use nn_date0 in namelist (not the value in the restart file) 
     35                               !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    3736   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3837   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    … …  
    6564&namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6665!----------------------------------------------------------------------- 
    67    rn_sbot_min =  300.     !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    68    rn_sbot_max = 5250.     !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    69    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=rn_theta<=20) 
    70    rn_thetb    =    0.75   !  bottom control parameter  (0<=rn_thetb<= 1) 
    71    rn_rmax     =    0.15   !  maximum cut-off r-value allowed (0<rn_max<1) 
    72    ln_s_sigma  = .false.   !  hybrid s-sigma coordinates 
    73    rn_bb       =    0.8    !  stretching with s-sigma 
    74    rn_hc       =  150.0    !  critical depth with s-sigma  
     66   ln_s_sh94   = .true.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
     67   ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
     68   ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
     69                           !  stretching coefficients for all functions 
     70   rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
     71   rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
     72   rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
     73                        !!!!!!!  Envelop bathymetry 
     74   rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
     75                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
     76   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
     77   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     78                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
     79   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     80   rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
     81   rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
     82                           !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
     83   rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
     84   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
     85                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
     86   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
    7587/ 
    7688!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    147159                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    148160                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
    149    ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave ) 
     161   ln_wave = .false.       !  Activate coupling with wave (either Stokes Drift or Drag coefficient, or both)  (T => fill namsbc_wave) 
     162   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     163   ln_sdw  = .false.       !  Computation of 3D stokes drift                (T => fill namsbc_wave) 
    150164/ 
    151165!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    545559   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    546560   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    547 / 
    548 !---------------------------------------------------------------------------------- 
    549 &namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
    550 !---------------------------------------------------------------------------------- 
    551    !                       !  Operator type: 
    552    ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator 
    553    ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator 
    554    !                       !  Direction of action: 
    555    ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level 
    556    ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)   (needs "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
    557    ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                 (needs "key_ldfslp") 
    558    !                 !  Griffies parameters              (all need "key_ldfslp") 
    559    ln_traldf_grif   =  .false.  !  use griffies triads 
    560    ln_traldf_gdia   =  .false.  !  output griffies eddy velocities 
    561    ln_triad_iso     =  .false.  !  pure lateral mixing in ML 
    562    ln_botmix_grif   =  .false.  !  lateral mixing on bottom 
    563    !                       !  Coefficients 
    564    ! Eddy-induced (GM) advection always used with Griffies; otherwise needs "key_traldf_eiv" 
    565    ! Value rn_aeiv_0 is ignored unless = 0 with Held-Larichev spatially varying aeiv 
    566    !                                  (key_traldf_c2d & key_traldf_eiv & key_orca_r2, _r1 or _r05) 
    567    rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s] 
     561   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
     562/ 
     563!----------------------------------------------------------------------- 
     564&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracer  
     565!----------------------------------------------------------------------- 
     566   !                       !  Type of the operator :  
     567   ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator        
     568   ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator      
     569   !                       !  Direction of action  : 
     570   ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level                 
     571   ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)            (require "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
     572   ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                          (require "key_ldfslp") 
     573   ln_traldf_grif   =  .false.  !  griffies skew flux formulation       (require "key_ldfslp") 
     574   ln_traldf_gdia   =  .false.  !  griffies operator strfn diagnostics  (require "key_ldfslp") 
     575   ln_triad_iso     =  .true.  !  griffies operator calculates triads twice => pure lateral mixing in ML (require "key_ldfslp") 
     576   ln_botmix_grif   =  .false.  !  griffies operator with lateral mixing on bottom (require "key_ldfslp") 
     577                         !  Coefficient 
    568578   rn_aht_0         =  2000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    569579   rn_ahtb_0        =     0.    !  background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    570    !                                           (normally=0; not used with Griffies) 
     580   rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_traldf_eiv") 
    571581/ 
    572582!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    652662   sn_sal  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    653663   sn_mld  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'somixhgt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    654    sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     664   sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     665   sn_emps = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    655666!  sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' ! v3.5+ 
    656667!  sn_sfx  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sosfldow' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' ! v3.5+ 
    … …  
    831842   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    832843                           !     (no physical validity of the results) 
    833    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     844   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    834845/ 
    835846 
    … …  
    10031014!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    10041015   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1016   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1017   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
     1018   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   , .true.   , .false. , 'daily'  ,''         , '' 
    10051019! 
    10061020   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3632 r3680  
    4040   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    4141   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
     43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    4244/ 
    4345!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    4446&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    4547!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    46    conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation 
    47    conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
    48    conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto 
    49    conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto 
    50    conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms 
    51    conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms 
     48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     49   concdno3   =  3.E-6   ! Phosphate half saturation for diatoms 
     50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     51   concdnh4   =  3.E-7   ! NH4 half saturation for diatoms 
     52   concnfer   =  1.E-9     ! Iron half saturation for phyto 
     53   concdfer   =  3.E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto 
     56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms 
    5257   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
    5358   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
    54    concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
    55    concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms 
     59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms 
    5661   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
    57    xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     62   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
    5863   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
    59    concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
    6064   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto 
    6165   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    62    caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio 
    63 / 
     66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
     67/ 
     68!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     69&nampisopt     !   parameters for optics 
     70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable 
     76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
     77/  
    6478!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    6579&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    … …  
    6983   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    7084   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    71    ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)  
     85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    7286   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate 
    7387   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton 
    7488   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms 
    75    chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
     89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
    7690   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton 
    7791   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms 
    78    grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio 
     92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    7993/ 
    8094!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    8195&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    8296!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton 
    84    wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    85100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    86101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    87    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    88102/ 
    89103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    90104&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    91105!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    92    part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    93    grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate 
     106   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     107   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    94108   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
    95109   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate 
    … …  
    102116   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton  
    103117   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton  
    104    xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing 
     118   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
    105119   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
    106120   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth 
    … …  
    115129   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    116130   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    117    mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate 
     131   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate 
    118132   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
    119133   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
    … …  
    122136   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton  
    123137   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton  
    124    xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding 
     138   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
    125139   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
    126140   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth 
    … …  
    129143/ 
    130144!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     145&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     146!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     147   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
     148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
     149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
     151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
     152/   
     153!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    131154&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    132155!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    133    xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     156   xremik    =  0.35      ! remineralization rate of DOC 
    134157   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    135158   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    136159   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    137    xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si 
    138    xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica 
    139    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     160   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
     161   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    140162   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    141    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration 
    142163/ 
    143164!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    148169/ 
    149170!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    150 &nampissed     !   parameters for inputs deposition 
     171&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    151172!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    152173!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    153174!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    154175   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    155    sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    156    sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     176   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     177   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     178   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     179   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     180   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     181   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     182   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     183   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    157184   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    158185   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     186   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    159187! 
    160188   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    161189   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
    162    ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients 
     190   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron 
     191   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients 
    163192   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N 
    164193   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     194   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     195   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents 
    165196   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron 
    166197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    167    wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed 
     198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    168200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    169201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
    170202   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
     203   hratio      =  9.E-5    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    171204/ 
    172205!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    175208   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    176209   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
     210   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    177211   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    178212   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top

    r3319 r3680  
    1616   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1717   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    18                              !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    19                              !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     18                           !                  = 1 do not use the value in the restart file 
     19                           !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    2020   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
    2121   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    22    ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22   ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    2323   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    2424! 
    25 !                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    26 !                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
    27 !                !           !                                           !              ! or not       !        ! 
     25!              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
     26!              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
     27!              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
    2828   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    2929   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
    … …  
    3535   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3636   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    37    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     37   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3838   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3939   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    … …  
    5959   sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6060   sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    61    sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'         ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    62    sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'        ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    63    sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'         ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    64    sn_trcdta(10) = 'data_DOC_nomask'        ,        -12        ,  'DOC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     61   sn_trcdta(3)  = 'data_1m_O2_nomask'      ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     62   sn_trcdta(5)  = 'data_1m_PO4_nomask'     ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     63   sn_trcdta(7)  = 'data_1m_Si_nomask'      ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6564   sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    66    sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'        ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     65   sn_trcdta(23) = 'data_1m_NO3_nomask'     ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6766! 
    6867   cn_dir        =  './'      !  root directory for the location of the data files 
    … …  
    7271   rn_trfac(5)   = 122.0e-06  !  -      -      -     - 
    7372   rn_trfac(7)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
    74    rn_trfac(10)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    7573   rn_trfac(14)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    7674   rn_trfac(23)  =   7.6e-06  !  -      -      -     - 
    … …  
    8583   ln_trcadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
    8684   ln_trcadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
     85   ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
    8786/ 
    8887!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/xmlio_server.def

    r2528 r3680  
    3030                              !  setting nn_nchunks_k = jpk will give a chunk size of 1 in the vertical which 
    3131                              !  is optimal for postprocessing which works exclusively with horizontal slabs 
    32    ln_nc4zip      =   .TRUE.  !  (T) use netcdf4 chunking and compression 
     32   ln_nc4zip      =   .false.  !  (T) use netcdf4 chunking and compression 
    3333                              !  (F) ignore chunking information and produce netcdf3-compatible files   
    3434/ 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/cpp_ORCA2_OFF_PISCES.fcm

    r3294 r3680  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3651 r3680  
    1 GYRE OPA_SRC 
    2 GYRE_LOBSTER OPA_SRC TOP_SRC 
    31ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 
    42AMM12 OPA_SRC 
     3GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     4GYRE OPA_SRC 
     5ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    56ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    6 AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    7 ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    8 ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    97ORCA2_SAS_LIM OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    108ORCA2_SAS_LIM3 OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
     9ORCA2_LIM_CFC_C14b OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     10GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
     11PELAGOS_OFF OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
     12PELAGOS OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     13ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 

  • branches/2012/dev_MERGE_2012/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r3294 r3680  
    302302#if AGRIF we do a first preprocessing 
    303303    if [ ${#x_c} -eq 0 ]; then 
    304         [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && fcm build --ignore-lock -s 2 ${COMPIL_DIR}/$USEBLD 
    305         [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && rm -rf  ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/* 
     304       if [ "$AGRIFUSE" == 1 ]; then  
     305          fcm build --ignore-lock  -j 1 ${COMPIL_DIR}/bld_preproagr.cfg ||{ cd - ; exit ;} 
     306          echo "" 
     307          echo "---------------------------------" 
     308          echo "CONV preprocessing successfull !!" 
     309          echo "---------------------------------" 
     310          echo "" 
     311       fi 
    306312    fi 
    307313    fcm build ${x_c} --ignore-lock -v ${x_v} -j ${NBR_PRC} ${COMPIL_DIR}/$USEBLD || cd - 
    … …  
    311317#add remove for clean option 
    312318    if  [ ${#x_c} -ne 0 ]; then 
     319        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/OPAFILES 
    313320        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/WORK 
    314321        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.