New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7174 – NEMO

Changeset 7174


Ignore:
Timestamp:
2016-11-03T16:02:51+01:00 (7 years ago)
Author:
cetlod
Message:

new top interface : minor improvments of PISCES

Location:
branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r7162 r7174  
    9595/ 
    9696!----------------------------------------------------------------------- 
     97&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99/ 
     100!----------------------------------------------------------------------- 
    97101&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    98102!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r7162 r7174  
    9696/ 
    9797!----------------------------------------------------------------------- 
     98&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     99!----------------------------------------------------------------------- 
     100/ 
     101!----------------------------------------------------------------------- 
    98102&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    99103!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r7068 r7174  
    1313! 
    1414   ln_pisces     =  .true. 
     15   ln_my_trc     =  .false. 
    1516   ln_age        =  .false. 
    1617   ln_cfc11      =  .false. 
    1718   ln_cfc12      =  .false. 
    1819   ln_c14        =  .false. 
    19    ln_my_trc     =  .false. 
    2020! 
    2121   ln_trcdta     =  .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r7162 r7174  
    867867       <field id="PCHL"         long_name="Picophytoplankton Chl biomass"            unit="mg/m3" /> 
    868868       <field id="PCHL_e3t"     long_name="PCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PCHL * e3t </field > 
     869 
     870      <!-- PISCES with ligand parametisation : variables available namelist paramter ln_ligand --> 
     871       <field id="LGW"         long_name="Weak ligands concentration"                unit="mmol/m3" /> 
     872       <field id="LGW_e3t"     long_name="LGW * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > LGW * e3t </field > 
     873       <field id="LFe"         long_name="Lithogenic iron concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     874       <field id="LFe_e3t"     long_name="LFe * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > LFe * e3t </field > 
    869875 
    870876       <!-- PISCES light : variables available with ln_p2z  --> 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref

    r7162 r7174  
    5151   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    5252   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    53    niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
     53   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC 
    5454!                         !  ln_ligand enabled 
    55    wfep       =  0.       ! FeP sinking speed  
    56    ldocp      =  0.       ! Phyto ligand production per unit doc  
    57    ldocz      =  0.       ! Zoo ligand production per unit doc  
    58    lthet      =  0.       ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
     55   wfep       =  0.2      ! FeP sinking speed  
     56   ldocp      =  1.E-5    ! Phyto ligand production per unit doc  
     57   ldocz      =  1.E-5    ! Zoo ligand production per unit doc  
     58   lthet      =  0.5      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
    5959!                         !  ln_p5z enabled 
    6060   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton 
    … …  
    165165   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    166166/ 
    167 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     167!----------------------------------------------------------------------- 
    168168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    169 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     169!----------------------------------------------------------------------- 
    170170   pislopen   =  3.       ! P-I slope 
    171171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton 
    … …  
    382382   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    383383!                          ! ln_ligand 
    384    fep_rats    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
    385    fep_rath    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     384   fep_rats    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
     385   fep_rath    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     386   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources  
     387/ 
     388!----------------------------------------------------------------------- 
     389&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     390!----------------------------------------------------------------------- 
     391   rfep        =  0.001    ! Dissolution rate of FeP 
     392   rlgw        =  1.       ! Lifetime (years) of weak ligands 
     393   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C 
     394   prlgw       =  1.E-4    ! Photolysis of weak ligand 
     395   rlgs        =  1000.    ! Lifetime (years) of strong ligands 
    386396/ 
    387397!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r7162 r7174  
    1111GYRE OPA_SRC 
    1212ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     13ORCA2_LIM3_TRC OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC TOP_SRC 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zche.F90

    r7162 r7174  
    439439               ! Liu and Millero (1999) only valid 5 - 50 degC 
    440440               ztkel1 = MAX( 5. , tempis(ji,jj,jk) ) + 273.16 
    441                fesol(ji,jj,jk,1) = 10**((-13.486) - (0.1856* (zis**0.5)) + (0.3073*zis) + (5254.0/ztkel1)) 
    442                fesol(ji,jj,jk,2) = 10**(2.517 - (0.885*(zis**0.5)) + (0.2139 * zis) - (1320.0/ztkel1) ) 
    443                fesol(ji,jj,jk,3) = 10**(0.4511 - (0.3305*(zis**0.5)) - (1996.0/ztkel1) ) 
    444                fesol(ji,jj,jk,4) = 10**(-0.2965 - (0.7881*(zis**0.5)) - (4086.0/ztkel1) ) 
    445                fesol(ji,jj,jk,5) = 10**(4.4466 - (0.8505*(zis**0.5)) - (7980.0/ztkel1) ) 
     441               fesol(ji,jj,jk,1) = 10**(-13.486 - 0.1856* zis**0.5 + 0.3073*zis + 5254.0/ztkel1) 
     442               fesol(ji,jj,jk,2) = 10**(2.517 - 0.8885*zis**0.5 + 0.2139 * zis - 1320.0/ztkel1 ) 
     443               fesol(ji,jj,jk,3) = 10**(0.4511 - 0.3305*zis**0.5 - 1996.0/ztkel1 ) 
     444               fesol(ji,jj,jk,4) = 10**(-0.2965 - 0.7881*zis**0.5 - 4086.0/ztkel1 ) 
     445               fesol(ji,jj,jk,5) = 10**(4.4466 - 0.8505*zis**0.5 - 7980.0/ztkel1 ) 
    446446            END DO 
    447447         END DO 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r7162 r7174  
    250250                  zfecoll = ( 0.3 * zFeL1(ji,jj,jk) + 0.5 * zFeL2(ji,jj,jk) ) * 1E-9 
    251251               ELSE 
     252                  zfeequi = zFe3(ji,jj,jk) * 1E-9 
    252253                  IF (ln_fecolloid) THEN 
    253                      zfeequi = zFe3(ji,jj,jk) * 1E-9 
    254254                     zhplus   = max( rtrn, hi(ji,jj,jk) ) 
    255                      fe3sol  = fesol(ji,jj,jk,1) * ( fesol(ji,jj,jk,2) * zhplus**2  & 
     255                     fe3sol  = fesol(ji,jj,jk,1) * ( zhplus**3 + fesol(ji,jj,jk,2) * zhplus**2  & 
    256256                     &         + fesol(ji,jj,jk,3) * zhplus + fesol(ji,jj,jk,4)     & 
    257257                     &         + fesol(ji,jj,jk,5) / zhplus ) 
    258258                     zfecoll = max( ( 0.1 * zFeL1(ji,jj,jk) * 1E-9 ), ( zFeL1(ji,jj,jk) * 1E-9 -fe3sol ) ) 
    259259                  ELSE 
    260                      zfeequi = zFe3(ji,jj,jk) * 1E-9  
    261260                     zfecoll = 0.5 * zFeL1(ji,jj,jk) * 1E-9 
    262261                     fe3sol  = 0. 
    263                      kfep    = 0. 
    264262                  ENDIF 
    265263               ENDIF 
     264               ! 
    266265               ztrc   = ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + trb(ji,jj,jk,jpgoc) + trb(ji,jj,jk,jpcal) + trb(ji,jj,jk,jpgsi) ) * 1.e6  
    267266               IF( ln_dust )  zdust  = dust(ji,jj) / ( wdust / rday ) * tmask(ji,jj,jk) ! dust in kg/m2/s 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zligand.F90

    r7162 r7174  
    6666               zlgwr = 1. / zlgwr * tgfunc(ji,jj,jk) * ( xstep / nyear_len(1) ) * trn(ji,jj,jk,jplgw) 
    6767               ! photochem loss of weak ligand 
    68                zlablgw = MAX( 0., trn(ji,jj,jk, jpfer) * plig(ji,jj,jk) ) 
    6968               zlgwpr = prlgw * xstep * etot(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jplgw) * (1. - fr_i(ji,jj)) 
    7069               tra(ji,jj,jk,jplgw) = tra(ji,jj,jk,jplgw) + zlgwp - zlgwr - zlgwpr 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsbc.F90

    r7162 r7174  
    229229        &                ln_dust, ln_solub, ln_river, ln_ndepo, ln_ironsed, ln_ironice, ln_hydrofe,    & 
    230230        &                sedfeinput, dustsolub, icefeinput, wdust, mfrac, nitrfix, diazolight, concfediaz, & 
    231         &                hratio, fep_rats, fep_rath 
     231        &                hratio, fep_rats, fep_rath, lgw_rath 
    232232      !!---------------------------------------------------------------------- 
    233233      ! 
    … …  
    274274         WRITE(numout,*) '    Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply hratio  = ', hratio 
    275275         IF( ln_ligand ) THEN 
    276             WRITE(numout,*) '    Fep/Fer ratio from sed sources                       = ', fep_rats 
    277             WRITE(numout,*) '    Fep/Fer ratio from sed hydro sources                 = ', fep_rath 
     276            WRITE(numout,*) '    Fep/Fer ratio from sed sources            fep_rats   = ', fep_rats 
     277            WRITE(numout,*) '    Fep/Fer ratio from sed hydro sources      fep_rath   = ', fep_rath 
     278            WRITE(numout,*) '    Weak ligand ratio from sed hydro sources  lgw_rath   = ', lgw_rath 
    278279         ENDIF 
    279280      END IF 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r7173 r7174  
    209209         IF( ln_ligand ) THEN 
    210210            tra(:,:,:,jpfep) = tra(:,:,:,jpfep) + ( hydrofe(:,:,:) * fep_rath ) * rfact2 
    211             tra(:,:,:,jplgw) = tra(:,:,:,jplgw) + ( hydrofe(:,:,:) * 0.5 ) * rfact2 
     211            tra(:,:,:,jplgw) = tra(:,:,:,jplgw) + ( hydrofe(:,:,:) * lgw_rath ) * rfact2 
    212212         ENDIF 
    213213         ! 

  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r7162 r7174  
    168168        IF( cltra == 'PICP'     )   jpppi = jn      !: Picophytoplankton P biomass 
    169169        IF( cltra == 'PFe'      )   jppfe = jn      !: Picophytoplankton Fe biomass 
    170         IF( cltra == 'LFe'      )   jplgw = jn      !: Weak ligands 
    171         IF( cltra == 'FFe'      )   jpfep = jn      !: Fe nanoparticle 
     170        IF( cltra == 'LGW'      )   jplgw = jn      !: Weak ligands 
     171        IF( cltra == 'LFe'      )   jpfep = jn      !: Fe nanoparticle 
    172172      ENDDO 
    173173 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.