Changeset 8023


Ignore:
Timestamp:
2017-05-12T10:21:30+02:00 (3 years ago)
Author:
marc
Message:

Tidying up of headers for several files

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA
Files:
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/air_sea.F90

    r7986 r8023  
    3232      !!  - river inputs 
    3333      !!---------------------------------------------------------------------- 
    34       USE bio_medusa_mod,    ONLY: dms_andr, dms_andr2d, dms_aran,        & 
     34      USE bio_medusa_mod,    ONLY: f_riv_alk, f_riv_c, f_riv_n,           & 
     35                                   f_riv_si, f_runoff,                    &  
     36                                   fgco2,                                 & 
     37# if defined key_roam 
     38                                   dms_andr, dms_andr2d, dms_aran,        & 
    3539                                   dms_aran2d, dms_hall, dms_hall2d,      & 
    3640                                   dms_simo, dms_simo2d, dms_surf,        & 
    37                                    dms_surf2d, iters, f_BetaD,            & 
     41                                   dms_surf2d, f_BetaD,                   & 
    3842                                   f_co2flux, f_co2flux2d, f_co2starair,  & 
    3943                                   f_co2starair_2d, f_co3,                & 
     
    5054                                   f_pco2w, f_pco2w2d, f_ph, f_pp0,       & 
    5155                                   f_pp02d, f_rhosw,                      & 
    52                                    f_riv_alk, f_riv_c, f_riv_n,           & 
    53                                    f_riv_si, f_runoff,                    &  
    5456                                   f_schmidtco2, f_TALK, f_TALK2d,        & 
    5557                                   f_TDIC, f_TDIC2d, f_xco2a, f_xco2a_2d, & 
    56                                    fgco2,                                 & 
    57                                    zalk, zchd, zchn, zdic, zdin, zoxy,    & 
    58                                    zpho, zsal, zsil, ztmp 
     58                                   iters,                                 & 
     59                                   zalk, zdic, zoxy, zsal, ztmp,          & 
     60# endif 
     61# if defined key_mocsy 
     62                                   zpho,                                  & 
     63# endif 
     64                                   zchd, zchn, zdin, zsil 
    5965      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gphit, tmask 
    60       USE gastransfer,       ONLY: gas_transfer 
     66# if defined key_iomput 
    6167      USE iom,               ONLY: lk_iomput 
     68# endif 
    6269      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    63       USE mocsy_wrapper,     ONLY: mocsy_interface 
    6470      USE oce,               ONLY: PCO2a_in_cpl 
    6571      USE par_oce,           ONLY: jpim1, jpjm1 
     
    7278                                   zn_dms_mld, zn_dms_qsr  
    7379      USE trc,               ONLY: med_diag 
     80      USE zdfmxl,            ONLY: hmld 
     81 
     82# if defined key_roam 
     83      USE gastransfer,       ONLY: gas_transfer 
     84#  if defined key_mocsy 
     85      USE mocsy_wrapper,     ONLY: mocsy_interface 
     86#  else 
    7487      USE trcco2_medusa,     ONLY: trc_co2_medusa 
     88#  endif 
    7589      USE trcdms_medusa,     ONLY: trc_dms_medusa 
    7690      USE trcoxy_medusa,     ONLY: trc_oxy_medusa 
    77       USE zdfmxl,            ONLY: hmld 
     91# endif 
    7892 
    7993   !!* Substitution 
     
    8397      INTEGER, INTENT( in ) :: kt 
    8498 
     99# if defined key_roam 
    85100      !! jpalm 14-07-2016: convert CO2flux diag from mmol/m2/d to kg/m2/s 
    86101      REAL, PARAMETER :: weight_CO2_mol = 44.0095  !! g / mol 
    87102      REAL, PARAMETER :: secs_in_day    = 86400.0  !! s / d 
    88103      REAL, PARAMETER :: CO2flux_conv   = (1.e-6 * weight_CO2_mol) / secs_in_day 
     104# endif 
    89105 
    90106      INTEGER :: ji, jj 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag.F90

    r8012 r8023  
    3030      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and calculates diagnostics 
    3131      !!------------------------------------------------------------------- 
    32       USE bio_medusa_mod,    ONLY: dcalc3, dms_andr, dms_aran,           & 
    33                                    dms_hall, dms_simo, dms_surf,         & 
    34                                    f_benout_c, f_benout_ca, f_benout_fe, & 
    35                                    f_benout_lyso_ca, f_benout_n,         & 
    36                                    f_benout_si,                          & 
    37                                    f_co2flux, f_co3,                     & 
    38                                    f_fbenin_c, f_fbenin_ca, f_fbenin_fe, & 
    39                                    f_fbenin_n, f_fbenin_si,              & 
    40                                    f_h2co3, f_hco3,                      & 
    41                                    f_kw660,                              & 
    42                                    f_o2flux, f_o2sat, f_omarg, f_omcal,  & 
    43                                    f_pco2atm, f_pco2w, f_ph, f_pp0,      & 
    44                                    f_riv_loc_alk, f_riv_loc_c,           & 
    45                                    f_riv_loc_n, f_riv_loc_si,            & 
    46                                    f_runoff,                             & 
    47                                    f_sbenin_c, f_sbenin_fe,              & 
    48                                    f_sbenin_n,                           & 
    49                                    f_TALK, f_TDIC,                       & 
    50                                    fccd, fcomm_resp,                     & 
    51                                    fd_cal3, fd_car3, fd_nit3, fd_sil3,   & 
    52                                    fdep1,                                & 
    53                                    fdd, fdd2d, fddc,                     & 
    54                                    fdpd, fdpd2, fdpd22d, fdpd2d,         & 
    55                                    fdpn, fdpn2, fdpn22d, fdpn2d,         & 
    56                                    fdzme, fdzme2, fdzme22d, fdzme2d,     & 
    57                                    fdzmi, fdzmi2, fdzmi22d, fdzmi2d,     & 
    58                                    fediss3, fescav3,                     & 
    59                                    ffastc, ffastca, ffastca2d,           & 
    60                                    ffastn, ffastsi,                      & 
    61                                    ffebot, ffebot2d, ffescav, ffescav2d, & 
    62                                    ffetop, ffetop2d,                     & 
    63                                    ffld, ffld2d, ffln2, ffln2d,          & 
    64                                    fgmed, fgmed2d, fgmedc,               & 
    65                                    fgmepd, fgmepd2d, fgmepn, fgmepn2d,   & 
    66                                    fgmezmi, fgmezmi2d,                   & 
    67                                    fgmid, fgmid2d, fgmidc,               & 
    68                                    fgmipn, fgmipn2d,                     & 
    69                                    ficme, ficmi, finme, finmi,           & 
    70                                    fjlim_pd, fjlim_pn, fjld2d, fjln2d,   & 
    71                                    fmeexcr, fmegrow, fmeresp,            & 
    72                                    fmiexcr, fmigrow, fmiresp,            & 
    73                                    fnld, fnld2d, fnln, fnln2d,           & 
    74                                    fprd, fprd_ml, fprd2d,                & 
    75                                    fprds, fprds2d,                       &  
    76                                    fprn, fprn_ml, fprn2d,                & 
    77                                    fregen, fregen2d,                     & 
    78                                    fregenfast, fregenfastsi,             & 
    79                                    fregensi, fregensi2d,                 & 
    80                                    freminc, freminc2d,                   & 
    81                                    freminca, freminca2d,                 &  
    82                                    freminfe, freminfe2d,                 & 
    83                                    freminn, freminn2d,                   & 
    84                                    freminsi, freminsi2d,                 & 
    85                                    fsdiss, fsdiss2d,                     & 
    86                                    fsedc, fsedca, fsedfe, fsedn, fsedsi, & 
    87                                    fsld, fsld2, fsld2d, fsld2d2,         & 
    88                                    fslown, fslowc, fslown2d,             & 
    89                                    fslowc2d, fslowcflux, fslownflux,     & 
    90                                    ftempc, ftempc2d, ftempca, ftempca2d, & 
    91                                    ftempfe, ftempfe2d,                   & 
    92                                    ftempn, ftempn2d, ftempsi, ftempsi2d, & 
    93                                    ftot_a, ftot_c, ftot_fe, ftot_n,      & 
    94                                    ftot_o2, ftot_si,                     & 
    95                                    gmedc2d, gmidc2d,                     & 
    96                                    iben_c2d, iben_ca2d, iben_fe2d,       & 
    97                                    iben_n2d, iben_si2d,                  & 
    98                                    intdissic, intdissin,                 & 
    99                                    intdissisi, inttalk,                  & 
    100                                    iters, lyso_ca2d,                     & 
    101                                    mdetc2d, megrazd3, megrazp3,          & 
    102                                    megrazz3,                             &  
    103                                    migrazd3, migrazp3,                   & 
    104                                    o2min, o2sat3,                        & 
    105                                    oben_c2d, oben_ca2d, oben_fe2d,       & 
    106                                    oben_n2d, oben_si2d,                  & 
    107                                    pbsi3, pcal3,                         & 
    108                                    pdlimfe3, pdlimj3, pdlimn3,           & 
    109                                    pnlimfe3, pnlimj3, pnlimn3, pdlimsi3, & 
    110                                    remin3dn, remoc3,                     & 
    111                                    rivalk2d, rivc2d, rivn2d, rivsi2d,    & 
    112                                    sfr_oarg2d, sfr_ocal2d,               & 
    113                                    tpp3d, tppd3, xFree,                  & 
    114                                    zeexcr2d, zegrow2d, zemesc2d,         & 
    115                                    zemesd2d, zemesdc2d, zemesn2d,        & 
    116                                    zeresp2d,                             & 
    117                                    ziexcr2d, zigrow2d, zimesc2d,         & 
    118                                    zimesd2d, zimesdc2d, zimesn2d,        & 
    119                                    ziresp2d,                             & 
    120                                    zo2min,                               & 
    121                                    zalk, zdet, zdic, zdin, zdtc,         & 
    122                                    zfer, zoxy, zpds, zphd, zphn,         & 
    123                                    zsal, zsil, ztmp, zzme, zzmi 
     32      USE bio_medusa_mod 
    12433      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gdepw_0, gdepw_n,       & 
    12534                                   mbathy, tmask 
    12635      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
     36# if defined key_iomput 
    12737      USE iom,               ONLY: lk_iomput 
     38# endif 
    12839      USE par_kind,          ONLY: wp 
    12940      USE par_oce,           ONLY: jpim1, jpjm1 
     
    13748                                   xthetapd, xthetapn, xthetazme, xthetazmi, xze 
    13849      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, trc2d, trc3d  
     50# if defined key_roam 
    13951      USE trcoxy_medusa,     ONLY: oxy_sato 
     52# endif 
    14053 
    14154   !!* Substitution 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90

    r7927 r8023  
    3434      USE dom_oce,           ONLY: tmask 
    3535      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
     36# if defined key_iomput 
    3637      USE iom,               ONLY: iom_put 
     38# endif 
    3739      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
    3840      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90

    r7920 r8023  
    3434      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt 
    3535      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
     36# if defined key_iomput 
    3637      USE iom,               ONLY: iom_put, lk_iomput 
     38# endif 
    3739      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
    3840      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          & 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90

    r7912 r8023  
    3333      !!----------------------------------------------------------------------  
    3434      USE bio_medusa_mod 
    35       USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout 
    3635      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk 
    3736      USE sms_medusa,        ONLY: jdms 
    38       USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
     37      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000,     & 
     38                                   trc2d, trc3d 
     39      USE wrk_nemo,          ONLY: wrk_alloc 
     40 
     41# if defined key_iomput 
     42      USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout 
    3943      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa 
    40       USE wrk_nemo,          ONLY: wrk_alloc 
     44# endif 
    4145 
    4246      !! time (integer timestep) 
     
    4751      flush(numout) 
    4852! 
     53 
     54      IF( ln_diatrc ) THEN 
     55         !! blank 2D diagnostic array 
     56         trc2d(:,:,:) = 0.e0 
     57         !! 
     58         !! blank 3D diagnostic array 
     59         trc3d(:,:,:,:) = 0.e0 
     60      ENDIF 
     61 
    4962      !!---------------------------------------------------------------------- 
    5063      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields 
     
    92105      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory 
    93106      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production 
    94       fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production 
    95       fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production 
     107! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17 
     108!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production 
     109!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production 
    96110      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation 
    97       fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation 
    98       fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation 
     111! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17 
     112!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation 
     113!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation 
    99114      !! 
    100115      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_mod.F90

    r8012 r8023  
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1212   !!   'key_medusa'                                           MEDUSA 
     13   !!---------------------------------------------------------------------- 
     14   !! Variable conventions 
     15   !!---------------------------------------------------------------------- 
     16   !! 
     17   !! names: z*** - state variable  
     18   !!        f*** - function (or temporary variable used in part of a function) 
     19   !!        b*** - right-hand part (sources and sinks) 
     20   !!        i*** - integer variable (usually used in yes/no flags) 
    1321   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1422   USE par_kind,          ONLY: wp 
     
    115123   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_c,ftot_a,ftot_o2 
    116124   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fflx_c,fflx_a,fflx_o2 
    117    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fifd_c,fifd_a,fifd_o2 
    118    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fofd_c,fofd_a,fofd_o2 
     125! I don't think fifd_a, fifd_o2, fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17 
     126!   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fifd_c,fifd_a,fifd_o2 
     127!   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fofd_c,fofd_a,fofd_o2 
     128   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fifd_c 
     129   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fofd_c 
    119130# endif 
    120131 
     
    136147   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fsil_prod,fsil_cons 
    137148 
     149# if defined key_roam 
    138150   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_xco2a 
    139151   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_ph,f_pco2w,f_h2co3 
     
    163175   !! AXY (13/03/15): add in other DMS calculations 
    164176   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: dms_andr,dms_simo,dms_aran,dms_hall 
     177# endif 
    165178 
    166179   !! Benthic fluxes 
     
    266279      USE lib_mpp,           ONLY: ctl_warn 
    267280      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj 
    268 !    USE par_trc 
    269281      !!------------------------------------------------------------------- 
    270282      ! 
     
    273285               zzme(jpi,jpj),zdet(jpi,jpj),zdtc(jpi,jpj),             & 
    274286               zdin(jpi,jpj),zsil(jpi,jpj),zfer(jpi,jpj),             & 
     287# if defined key_roam 
    275288               zdic(jpi,jpj),zalk(jpi,jpj),zoxy(jpi,jpj),             & 
    276289               ztmp(jpi,jpj),zsal(jpi,jpj),                           & 
     290# endif 
     291# if defined key_mocsy 
    277292               zpho(jpi,jpj),                                         & 
     293# endif 
    278294               fthetan(jpi,jpj),faln(jpi,jpj),fchn1(jpi,jpj),         & 
    279295               fchn(jpi,jpj),fjln(jpi,jpj),fprn(jpi,jpj),             & 
     
    307323               fdpn(jpi,jpj),fdpd(jpi,jpj),fdpds(jpi,jpj),            & 
    308324               fdzmi(jpi,jpj),fdzme(jpi,jpj),fdd(jpi,jpj),            & 
     325# if defined key_roam 
    309326               fddc(jpi,jpj),                                         & 
     327# endif 
    310328               fdpn2(jpi,jpj),fdpd2(jpi,jpj),fdpds2(jpi,jpj),         & 
    311329               fdzmi2(jpi,jpj),fdzme2(jpi,jpj),                       & 
     
    337355               ftot_c(jpi,jpj),ftot_a(jpi,jpj),ftot_o2(jpi,jpj),      & 
    338356               fflx_c(jpi,jpj),fflx_a(jpi,jpj),fflx_o2(jpi,jpj),      & 
    339                fifd_c(jpi,jpj),fifd_a(jpi,jpj),fifd_o2(jpi,jpj),      & 
    340                fofd_c(jpi,jpj),fofd_a(jpi,jpj),fofd_o2(jpi,jpj),      & 
     357! I don't think fifd_a, fifd_o2, fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17 
     358!               fifd_c(jpi,jpj),fifd_a(jpi,jpj),fifd_o2(jpi,jpj),      & 
     359!               fofd_c(jpi,jpj),fofd_a(jpi,jpj),fofd_o2(jpi,jpj),      & 
     360               fifd_c(jpi,jpj),                                       & 
     361               fofd_c(jpi,jpj),                                       & 
    341362# endif 
    342363               fzmi_i(jpi,jpj),fzmi_o(jpi,jpj),fzme_i(jpi,jpj),       & 
     
    347368               fnit_prod(jpi,jpj),fnit_cons(jpi,jpj),                 & 
    348369               fsil_prod(jpi,jpj),fsil_cons(jpi,jpj),                 & 
     370# if defined key_roam 
    349371               f_xco2a(jpi,jpj),                                      & 
    350372               f_ph(jpi,jpj),f_pco2w(jpi,jpj),f_h2co3(jpi,jpj),       & 
     
    369391               dms_andr(jpi,jpj),dms_simo(jpi,jpj),                   & 
    370392               dms_aran(jpi,jpj),dms_hall(jpi,jpj),                   & 
     393# endif 
    371394               f_sbenin_n(jpi,jpj),f_sbenin_fe(jpi,jpj),              & 
    372395               f_sbenin_c(jpi,jpj),                                   & 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_update.F90

    r7996 r8023  
    4141                                   fbddtalk, fbddtdic, fbddtdife,            & 
    4242                                   fbddtdin, fbddtdisi,                      &  
    43                                    fcar_cons, fcar_prod, fcomm_resp,         & 
    44                                    fdd, fddc, fdpd, fdpd2, fdpds, fdpds2,    & 
     43                                   fdd, fdpd, fdpd2, fdpds, fdpds2,          & 
    4544                                   fdpn, fdpn2,                              & 
    4645                                   fdzme, fdzme2, fdzmi, fdzmi2,             & 
    4746                                   ffast2slowc, ffast2slown,                 & 
    4847                                   ffebot, ffetop, ffescav,                  & 
    49                                    fflx_a, fflx_c, fflx_fe, fflx_n,          & 
    50                                    fflx_o2, fflx_si,                         & 
     48                                   fflx_fe, fflx_n, fflx_si,                 & 
    5149                                   fgmed, fgmepd, fgmedc, fgmepd, fgmepds,   & 
    5250                                   fgmepn, fgmezmi,                          & 
     
    5654                                   fmiexcr, fmigrow, fmiresp,                & 
    5755                                   fnit_cons, fnit_prod,                     & 
    58                                    foxy_anox, foxy_cons, foxy_prod,          & 
    5956                                   fprd, fprds, fprn,                        & 
    6057                                   frd,                                      & 
     
    6360                                   fsil_cons, fsil_prod, fsdiss,             & 
    6461                                   ftempca, fthetad, fthetan,                & 
    65                                    zoxy, zpds, zphd, zphn 
     62# if defined key_roam 
     63                                   fcar_cons, fcar_prod, fcomm_resp,         & 
     64                                   fddc, fflx_a, fflx_c, fflx_o2, zoxy,      & 
     65                                   foxy_anox, foxy_cons, foxy_prod,          & 
     66# endif 
     67                                   zpds, zphd, zphn 
    6668      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gphit, mbathy, tmask 
    6769      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/carb_chem.F90

    r7975 r8023  
    3939                                   f_pco2w, f_ph, f_pp0, f_rhosw,         & 
    4040                                   f_schmidtco2, f_TALK, f_TDIC, f_xco2a, & 
    41                                    zalk, zdic, zpho, zsal, zsil, ztmp  
     41# if defined key_mocsy 
     42                                   zpho,                                  & 
     43# endif 
     44                                   zalk, zdic, zsal, zsil, ztmp  
    4245      USE dom_oce,           ONLY: gdept_0, gdept_n, gdepw_0, gdepw_n,    & 
    4346                                   gphit, mbathy, tmask 
    4447      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    45       USE mocsy_wrapper,     ONLY: mocsy_interface 
    4648      USE oce,               ONLY: PCO2a_in_cpl, tsb, tsn 
    4749      USE par_kind,          ONLY: wp 
     
    5456                                   f3_omcal, f3_pH 
    5557      USE trc,               ONLY: trn 
     58 
     59# if defined key_mocsy 
     60      USE mocsy_wrapper,     ONLY: mocsy_interface 
     61# else 
    5662      USE trcco2_medusa,     ONLY: trc_co2_medusa 
     63# endif 
    5764 
    5865   !!* Substitution 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/detritus.F90

    r7986 r8023  
    3232      !!  - Fast-sinking detritus  
    3333      !!------------------------------------------------------------------- 
    34       USE bio_medusa_mod,         ONLY: fdd, fddc,                         & 
    35                                         f_sbenin_c, f_sbenin_fe,           & 
    36                                         f_sbenin_n,                        & 
     34      USE bio_medusa_mod,         ONLY: f_sbenin_c, f_sbenin_fe,           & 
     35                                        f_sbenin_n, fdd,                   & 
     36# if defined key_roam 
     37                                        fddc,                              & 
     38# endif 
    3739                                        fun_T, fun_Q10, zdet, zdtc 
    3840      USE detritus_fast_sink_mod, ONLY: detritus_fast_sink 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/detritus_fast_sink.F90

    r8012 r8023  
    4848                                   fgmid, fgmipn,                          & 
    4949                                   ficme, ficmi,                           & 
    50                                    fifd_c, fifd_fe, fifd_n, fifd_si,       & 
     50                                   fifd_fe, fifd_n, fifd_si,               & 
    5151                                   finme, finmi,                           & 
    5252                                   fmeexcr, fmiexcr,                       & 
     
    6464                                   ftempsi,                                & 
    6565# if defined key_roam 
    66                                    fofd_c, fregenfastc,                    & 
     66                                   fifd_c, fofd_c, fregenfastc,            & 
    6767# endif 
    6868                                   idf, idfval,                            & 
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/trcbio_medusa.F90

    r8012 r8023  
    66   !! History : 
    77   !!  -   !  1999-07  (M. Levy)              original code 
    8    !!  -   !  2000-12  (E. Kestenare)         assign parameters to name individual tracers 
     8   !!  -   !  2000-12  (E. Kestenare)         assign parameters to name  
     9   !!                                         individual tracers 
    910   !!  -   !  2001-03  (M. Levy)              LNO3 + dia2d  
    1011   !! 2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90 
     
    1819   !!  -   !  2015-06  (A. Yool)              Update to include MOCSY 
    1920   !!  -   !  2015-07  (A. Yool)              Update for rolling averages 
    20    !!  -   !  2015-10  (J. Palm)              Update for diag outputs through iom_use   
     21   !!  -   !  2015-10  (J. Palm)              Update for diag outputs through  
     22   !!                                         iom_use   
    2123   !!  -   !  2016-11  (A. Yool)              Updated diags for CMIP6 
    2224   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    5961   !!   trc_bio_medusa        :   
    6062   !!---------------------------------------------------------------------- 
    61       USE oce_trc 
    62       USE trc 
    63       USE sms_medusa 
    64       USE lbclnk 
    65       USE prtctl_trc      ! Print control for debugging 
    66       USE trcsed_medusa 
    67       USE sbc_oce         ! surface forcing 
    68       USE sbcrnf          ! surface boundary condition: runoff variables 
    69       USE in_out_manager  ! I/O manager 
    70 # if defined key_iomput 
    71       USE iom 
    72       USE trcnam_medusa         ! JPALM 13-11-2015 -- if iom_use for diag 
    73       !!USE trc_nam_iom_medusa  ! JPALM 13-11-2015 -- if iom_use for diag 
    74 # endif 
    75 # if defined key_roam 
    76       USE gastransfer 
    77 #  if defined key_mocsy 
    78       USE mocsy_wrapper 
    79 #  else 
    80       USE trcco2_medusa 
    81 #  endif 
    82       USE trcoxy_medusa 
    83       !! Jpalm (08/08/2014) 
    84       USE trcdms_medusa 
    85 # endif 
    86       !! AXY (18/01/12): brought in for benthic timestepping 
    87       USE trcnam_trp      ! AXY (24/05/2013) 
    88       USE trdmxl_trc 
    89       USE trdtrc_oce  ! AXY (24/05/2013) 
    90  
    9163      !! AXY (30/01/14): necessary to find NaNs on HECTOR 
    9264      USE, INTRINSIC :: ieee_arithmetic  
    9365 
     66      USE bio_medusa_mod,             ONLY: b0, fdep1,                      &  
     67                                            ibenthic, idf, idfval,          & 
     68# if defined key_roam 
     69                                            f_xco2a,                        & 
     70                                            zalk, zdic, zoxy, zsal, ztmp,   & 
     71# endif 
     72# if defined key_mocsy 
     73                                            zpho,                           & 
     74# endif 
     75                                            zchd, zchn, zdet, zdin, zdtc,   & 
     76                                            zfer, zpds, zphd, zphn, zsil,   & 
     77                                            zzme, zzmi 
     78      USE dom_oce,                    ONLY: e3t_0, e3t_n,                   & 
     79                                            gdept_0, gdept_n,               & 
     80                                            gdepw_0, gdepw_n,               & 
     81                                            nday_year, nsec_day, nyear,     & 
     82                                            rdt, tmask 
     83      USE in_out_manager,             ONLY: lwp, numout 
     84# if defined key_iomput 
     85      USE iom,                        ONLY: lk_iomput 
     86# endif 
     87      USE lbclnk,                     ONLY: lbc_lnk 
     88      USE lib_mpp,                    ONLY: ctl_stop 
     89      USE oce,                        ONLY: tsb, tsn 
     90      USE par_kind,                   ONLY: wp 
     91      USE par_medusa,                 ONLY: jpalk, jpchd, jpchn, jpdet,     & 
     92                                            jpdic, jpdin, jpdtc, jpfer,     & 
     93                                            jpoxy, jppds, jpphd, jpphn,     & 
     94                                            jpsil, jpzme, jpzmi 
     95      USE par_oce,                    ONLY: jp_sal, jp_tem, jpi, jpim1,     & 
     96                                            jpj, jpjm1, jpk 
    9497      !! JPALM (27-06-2016): add lk_oasis for CO2 and DMS coupling with atm 
    9598      USE sbc_oce,                    ONLY: lk_oasis 
    96       USE oce,                        ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl,   & 
    97                                             PCO2a_in_cpl 
    98       USE bio_medusa_mod 
     99      USE sms_medusa,                 ONLY: hist_pco2 
     100      USE trc,                        ONLY: ln_diatrc, ln_rsttr,            & 
     101                                            nittrc000, trn 
     102  
    99103      USE bio_medusa_init_mod,        ONLY: bio_medusa_init 
    100104      USE carb_chem_mod,              ONLY: carb_chem 
     
    124128 
    125129   SUBROUTINE trc_bio_medusa( kt ) 
    126       !!--------------------------------------------------------------------- 
     130      !!------------------------------------------------------------------ 
    127131      !!                     ***  ROUTINE trc_bio  *** 
    128132      !! 
    129       !! ** Purpose :   compute the now trend due to biogeochemical processes 
    130       !!              and add it to the general trend of passive tracers equations 
    131       !! 
    132       !! ** Method  :   each now biological flux is calculated in function of now 
    133       !!              concentrations of tracers. 
    134       !!              depending on the tracer, these fluxes are sources or sinks. 
    135       !!              the total of the sources and sinks for each tracer 
     133      !! ** Purpose : compute the now trend due to biogeochemical processes 
     134      !!              and add it to the general trend of passive tracers  
     135      !!              equations 
     136      !! 
     137      !! ** Method  : each now biological flux is calculated in function of 
     138      !!              now concentrations of tracers. 
     139      !!              depending on the tracer, these fluxes are sources or  
     140      !!              sinks. 
     141      !!              The total of the sources and sinks for each tracer 
    136142      !!              is added to the general trend. 
    137143      !!         
     
    143149      !!              IF 'key_trc_diabio' defined , the biogeochemical trends 
    144150      !!              for passive tracers are saved for futher diagnostics. 
    145       !!--------------------------------------------------------------------- 
    146       !! 
    147       !! 
    148       !!----------------------------------------------------------------------             
     151      !!------------------------------------------------------------------ 
     152      !! 
     153      !! 
     154      !!------------------------------------------------------------------ 
    149155      !! Variable conventions 
    150       !!---------------------------------------------------------------------- 
     156      !!------------------------------------------------------------------ 
    151157      !! 
    152158      !! names: z*** - state variable  
    153       !!        f*** - function (or temporary variable used in part of a function) 
     159      !!        f*** - function (or temporary variable used in part of  
     160      !!               a function) 
    154161      !!        x*** - parameter 
    155162      !!        b*** - right-hand part (sources and sinks) 
     
    162169      INTEGER  ::    ji,jj,jk,jn 
    163170      !! 
    164       !! AXY (27/07/10): add in indices for depth horizons (for sinking flux 
    165       !!                 and seafloor iron inputs) 
    166       !! INTEGER  ::    i0100, i0200, i0500, i1000, i1100 
    167       !! 
    168       !! model state variables 
    169 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    zchn,zchd,zphn,zphd,zpds,zzmi 
    170 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    zzme,zdet,zdtc,zdin,zsil,zfer 
    171 ! zage doesn't seem to be used - marc 19/4/17 
    172 !      REAL(wp) ::    zage 
    173 !# if defined key_roam 
    174 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    zdic, zalk, zoxy 
    175 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ztmp, zsal 
    176 !# endif 
    177 !# if defined key_mocsy 
    178 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    zpho 
    179 !# endif 
    180       !! 
    181       !! integrated source and sink terms 
    182 !      REAL(wp) ::    b0 
    183       !! AXY (23/08/13): changed from individual variables for each flux to 
    184       !!                 an array that holds all fluxes 
    185       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jp_medusa) ::    btra 
    186       !! 
    187       !! primary production and chl related quantities       
    188 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fthetan,faln,fchn1,fchn,fjln,fprn,frn 
    189 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fthetad,fald,fchd1,fchd,fjld,fprd,frd 
    190       !! AXY (23/11/16): add in light-only limitation term (normalised 0-1 range) 
    191 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fjlim_pn, fjlim_pd 
    192       !! AXY (03/02/11): add in Liebig terms 
    193 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fpnlim, fpdlim 
    194       !! AXY (16/07/09): add in Eppley curve functionality 
    195 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fun_T,xvpnT,xvpdT 
    196       INTEGER  ::    ieppley 
    197       !! AXY (16/05/11): per Katya's prompting, add in new T-dependence 
    198       !!                 for phytoplankton growth only (i.e. no change 
    199       !!                 for remineralisation) 
    200 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fun_Q10 
    201       !! AXY (01/03/10): add in mixed layer PP diagnostics 
    202 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fprn_ml,fprd_ml 
    203       !! 
    204       !! nutrient limiting factors 
    205 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fnln,ffln2            !! N and Fe 
    206 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fnld,ffld,fsld,fsld2 !! N, Fe and Si 
    207       !! 
    208       !! silicon cycle 
    209 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fsin,fnsi,fprds,fsdiss 
    210       REAL(wp)                     ::    fsin1,fnsi1,fnsi2 
    211       !! 
    212       !! iron cycle; includes parameters for Parekh et al. (2005) iron scheme 
    213 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ffetop,ffebot,ffescav 
    214       REAL(wp) ::    xLgF, xFeT, xFeF, xFeL         !! state variables for iron-ligand system 
    215 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::  xFree        !! state variables for iron-ligand system 
    216       REAL(wp) ::    xb_coef_tmp, xb2M4ac           !! iron-ligand parameters 
    217       REAL(wp) ::    xmaxFeF,fdeltaFe               !! max Fe' parameters 
    218       !! 
    219       !! local parameters for Moore et al. (2004) alternative scavenging scheme 
    220       REAL(wp) ::    fbase_scav,fscal_sink,fscal_part,fscal_scav 
    221       !! 
    222       !! local parameters for Moore et al. (2008) alternative scavenging scheme 
    223       REAL(wp) ::    fscal_csink,fscal_sisink,fscal_casink 
    224       !! 
    225       !! local parameters for Galbraith et al. (2010) alternative scavenging scheme 
    226       REAL(wp) ::    xCscav1, xCscav2, xk_org, xORGscav  !! organic portion of scavenging 
    227       REAL(wp) ::    xk_inorg, xINORGscav                !! inorganic portion of scavenging 
    228       !! 
    229       !! microzooplankton grazing 
    230 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fmi1,fmi,fgmipn,fgmid,fgmidc 
    231 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    finmi,ficmi,fstarmi,fmith,fmigrow,fmiexcr,fmiresp 
    232       !! 
    233       !! mesozooplankton grazing 
    234 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fme1,fme,fgmepn,fgmepd,fgmepds,fgmezmi,fgmed,fgmedc 
    235 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    finme,ficme,fstarme,fmeth,fmegrow,fmeexcr,fmeresp 
    236       !! 
    237       !! mortality/Remineralisation (defunct parameter "fz" removed) 
    238 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fdpn,fdpd,fdpds,fdzmi,fdzme,fdd 
     171      INTEGER  ::    iball 
    239172# if defined key_roam 
    240 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fddc 
    241 # endif 
    242 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fdpn2,fdpd2,fdpds2,fdzmi2,fdzme2 
    243 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fslown, fslowc 
    244 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fslownflux, fslowcflux 
    245 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fregen,fregensi 
    246 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fregenfast,fregenfastsi 
    247 # if defined key_roam 
    248 !! Doesn't look like this is used - marc 10/4/17 
    249 !!      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fregenc 
    250 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fregenfastc 
    251 # endif 
    252       !! 
    253       !! particle flux 
    254 !      REAL(WP), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fdep1,fcaco3 
    255 !      REAL(WP), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ftempn,ftempsi,ftempfe,ftempc,ftempca 
    256 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    freminn,freminsi,freminfe,freminc,freminca 
    257 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ffastn,ffastsi,ffastfe,ffastc,ffastca 
    258 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fprotf 
    259 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fsedn,fsedsi,fsedfe,fsedc,fsedca 
    260 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fccd 
    261 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fccd_dep 
    262       !! 
    263       !! AXY (06/07/11): alternative fast detritus schemes 
    264       REAL(wp) ::    fb_val, fl_sst 
    265       !! 
    266       !! AXY (08/07/11): fate of fast detritus reaching the seafloor 
    267 ! I don't think ffast2slowfe is used - marc 10/4/17 
    268 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ffast2slown,ffast2slowfe,ffast2slowc 
    269 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ffast2slown,ffast2slowc 
    270       !! 
    271       !! conservation law 
    272       REAL(wp) ::    fnit0,fsil0,ffer0  
    273 # if defined key_roam 
    274       REAL(wp) ::    fcar0,falk0,foxy0  
    275 # endif       
     173      !! 
     174      INTEGER  ::    iyr1, iyr2 
     175      !! 
     176# endif 
    276177      !!  
    277178      !! temporary variables 
    278       REAL(wp) ::    fq0,fq1,fq2,fq3,fq4,fq5,fq6,fq7,fq8,fq9 
    279       !! 
    280       !! water column nutrient and flux integrals 
    281 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ftot_n,ftot_si,ftot_fe 
    282 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fflx_n,fflx_si,fflx_fe 
    283 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fifd_n,fifd_si,fifd_fe 
    284 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fofd_n,fofd_si,fofd_fe 
    285 # if defined key_roam 
    286 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ftot_c,ftot_a,ftot_o2 
    287 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fflx_c,fflx_a,fflx_o2 
    288 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fifd_c,fifd_a,fifd_o2 
    289 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fofd_c,fofd_a,fofd_o2 
    290 # endif 
    291       !! 
    292       !! zooplankton grazing integrals 
    293 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fzmi_i,fzmi_o,fzme_i,fzme_o 
    294       !! 
    295       !! limitation term temporary variables 
    296 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ftot_pn,ftot_pd 
    297 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    ftot_zmi,ftot_zme,ftot_det,ftot_dtc 
    298       !! use ballast scheme (1) or simple exponential scheme (0; a conservation test) 
    299       INTEGER  ::    iball 
    300       !! use biological fluxes (1) or not (0) 
    301 !      INTEGER  ::    ibio_switch 
    302       !! 
    303       !! diagnose fluxes (should only be used in 1D runs) 
    304 !      INTEGER  ::    idf, idfval 
    305       !! 
    306       !! nitrogen and silicon production and consumption 
    307       REAL(wp) ::    fn_prod, fn_cons, fs_prod, fs_cons 
    308 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fnit_prod, fnit_cons, fsil_prod, fsil_cons 
    309 # if defined key_roam 
    310       !! 
    311       !! flags to help with calculating the position of the CCD 
    312 ! Moved into carb_chem.F90 - marc 20/4/17 
    313 !      INTEGER, DIMENSION(jpi,jpj) ::     i2_omcal,i2_omarg 
    314       !! 
    315       !! AXY (24/11/16): add xCO2 variable for atmosphere (what we actually have) 
    316 !      REAL(wp)                     ::    f_xco2a 
    317 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_ph, f_pco2w, f_h2co3, f_hco3, f_co3, f_co2flux 
    318 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_TDIC, f_TALK, f_dcf, f_henry 
    319 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_pp0 
    320 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_kw660, f_o2flux, f_o2sat 
    321       REAL(wp)                     ::    f_o2sat3 
    322 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_omcal, f_omarg 
    323       !! 
    324       !! AXY (23/06/15): additional diagnostics for MOCSY and oxygen 
    325 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_fco2w, f_BetaD, f_rhosw, f_opres, f_insitut, f_pco2atm, f_fco2atm 
    326 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    f_schmidtco2, f_kwco2, f_K0, f_co2starair, f_dpco2, f_kwo2 
    327       !! jpalm 14-07-2016: convert CO2flux diag from mmol/m2/d to kg/m2/s 
    328       REAL, PARAMETER :: weight_CO2_mol = 44.0095  !! g / mol 
    329       REAL, PARAMETER :: secs_in_day    = 86400.0  !! s / d 
    330       REAL, PARAMETER :: CO2flux_conv   = (1.e-6 * weight_CO2_mol) / secs_in_day 
    331  
    332       !! 
    333 !      INTEGER, DIMENSION(jpi,jpj)  ::    iters 
    334       REAL(wp) ::    f_year 
    335       INTEGER  ::    i_year 
    336       INTEGER  ::    iyr1, iyr2 
    337       !! 
    338       !! carbon, alkalinity production and consumption 
    339       REAL(wp) ::    fc_prod, fc_cons, fa_prod, fa_cons 
    340 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fcomm_resp 
    341 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fcar_prod, fcar_cons 
    342       !! 
    343       !! oxygen production and consumption (and non-consumption) 
    344       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    fo2_prod, fo2_cons, fo2_ncons, fo2_ccons 
    345 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    foxy_prod, foxy_cons, foxy_anox 
    346       !! Jpalm (11-08-2014) 
    347       !! add DMS in MEDUSA for UKESM1 model 
    348 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    dms_surf 
    349       !! AXY (13/03/15): add in other DMS calculations 
    350 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) ::    dms_andr, dms_simo, dms_aran, dms_hall 
    351  
    352 # endif 
    353       !!  
    354       !! benthic fluxes 
    355 !      INTEGER  ::    ibenthic 
    356 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_sbenin_n, f_sbenin_fe,              f_sbenin_c 
    357 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_fbenin_n, f_fbenin_fe, f_fbenin_si, f_fbenin_c, f_fbenin_ca 
    358 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_benout_n, f_benout_fe, f_benout_si, f_benout_c, f_benout_ca 
    359       REAL(wp) ::    zfact 
    360       !!  
    361       !! benthic fluxes of CaCO3 that shouldn't happen because of lysocline 
    362 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_benout_lyso_ca 
    363       !! 
    364       !! riverine fluxes 
    365 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_runoff, f_riv_n, f_riv_si, f_riv_c, f_riv_alk 
    366       !! AXY (19/07/12): variables for local riverine fluxes to handle inputs below surface 
    367 !      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: f_riv_loc_n, f_riv_loc_si, f_riv_loc_c, f_riv_loc_alk 
    368       !!--------------------------------------------------------------------- 
     179      REAL(wp) ::    fq0,fq1,fq2,fq3,fq4 
     180      !! 
     181      !!------------------------------------------------------------------ 
    369182 
    370183# if defined key_debug_medusa 
     
    384197      !! AXY (13/01/12): is benthic model properly interactive? 0 = no, 1 = yes 
    385198      ibenthic = 1 
    386  
    387       !! not sure what this is for; it's not used anywhere; commenting out 
    388       !! fbodn(:,:) = 0.e0    
    389  
    390       !! 
    391       IF( ln_diatrc ) THEN 
    392          !! blank 2D diagnostic array 
    393          trc2d(:,:,:) = 0.e0 
    394          !! 
    395          !! blank 3D diagnostic array 
    396          trc3d(:,:,:,:) = 0.e0 
    397       ENDIF 
    398199 
    399200      !!------------------------------------------------------------------ 
     
    587388               !! OPEN wet point IF..THEN loop 
    588389               if (tmask(ji,jj,jk) == 1) then                
    589                   !!========================================================= 
     390                  !!====================================================== 
    590391                  !! SETUP LOCAL GRID CELL 
    591                   !!========================================================= 
     392                  !!====================================================== 
    592393                  !! 
    593                   !!--------------------------------------------------------- 
     394                  !!------------------------------------------------------ 
    594395                  !! Some notes on grid vertical structure 
    595396                  !! - fsdepw(ji,jj,jk) is the depth of the upper surface of  
     
    598399                  !!   level jk 
    599400                  !! - fse3t(ji,jj,jk)  is the thickness of level jk 
    600                   !!--------------------------------------------------------- 
     401                  !!------------------------------------------------------ 
    601402                  !! 
    602403                  !! AXY (01/03/10): set up level depth (bottom of level) 
     
    864665 
    865666#else 
    866    !!====================================================================== 
     667   !!===================================================================== 
    867668   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model 
    868    !!====================================================================== 
     669   !!===================================================================== 
    869670CONTAINS 
    870671   SUBROUTINE trc_bio_medusa( kt )                   ! Empty routine 
     
    874675#endif  
    875676 
    876    !!====================================================================== 
     677   !!===================================================================== 
    877678END MODULE  trcbio_medusa 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.