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    136136   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    137137   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    138    <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     138   <field id="uocetr_eff"     description="Effective ocean transport along i-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    139139   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    140140   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     
    154154   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
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    156    <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     156   <field id="vocetr_eff"     description="Effective ocean tra,sport along j-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    157157   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    158158   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     
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    172172   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
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     173   <field id="wocetr_eff"     description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    174174   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    175175   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
     
    219219      <!-- ptrc on T grid --> 
    220220 
    221      <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    222        <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="molC/L" /> 
    223        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"    /> 
    224        <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="molO2/L" /> 
    225        <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="molC/L" /> 
    226        <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="molC/L" /> 
    227        <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="molC/L" /> 
    228        <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="molSi/L" /> 
    229        <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="molC/L" /> 
    230        <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="molC/L" /> 
    231        <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="molC/L" /> 
    232        <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="molC/L" /> 
    233        <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="molC/L" /> 
    234        <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L" /> 
    235        <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="molFe/L" /> 
    236        <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="molFe/L" /> 
    237        <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="molC/L" /> 
    238        <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L" /> 
    239        <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L" /> 
    240        <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L" /> 
    241        <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L" /> 
    242        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L" /> 
    243        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/L" /> 
    244        <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="molC/L" /> 
    245        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="molC/L" /> 
     221     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
     222       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     223       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     224       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     225       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     226       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     227       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     228       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     229       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     230       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     231       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     232       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     233       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     234       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     235       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     236       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     237       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     238       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     239       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     240       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     241       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     242       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     243       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     244       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     245       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    246246     </group> 
    247247 
     
    249249 
    250250     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    251        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"      /> 
    266        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"      /> 
    267        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"     /> 
    268        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"     /> 
    269        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"      /> 
    270        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"      /> 
    271        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"      /> 
    272        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm" /> 
    273        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
    274        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
    275        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
    276        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"     /> 
     251       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     252       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     253       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     254       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     277       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     278       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     279       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     280       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     281       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     282       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     283       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     284       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     285       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     286       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     287       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
    277288     </group> 
    278289        
     
    478489          <field ref="PHY2"     /> 
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     524          <field ref="MuDlight" /> 
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  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3177 r3295  
    222222!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    223223   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value 
    224    nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation  
     224   nn_pisdmp    =  210240     !  Frequency of Relaxation  
    225225/ 
    226226!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12_PISCES/EXP00/namelist_top

    r3116 r3295  
    1313!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    1414   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers       
    15    nn_writetrc   =  10     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     15   nn_writetrc   =  576     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    1616   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1717   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
     
    2020   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
    2121   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    22    ln_trcdta     =   .false. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22   ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    2323! 
    24 !              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
    25 !              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
    26 !              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
     24!                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
     25!                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
     26!                !           !                                           !              ! or not       !        ! 
    2727   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    2828   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
     
    3737   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3838   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    39    sn_tracer(13)  = 'BSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     39   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4040   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    4141   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     
    4343   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4444   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    45    sn_tracer(19)  = 'DSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     45   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4646   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4747   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     
    130130!                          or mixed-layer trends          ('key_trdmld_trc') 
    131131!---------------------------------------------------------------------- 
    132    nn_trd_trc  =  5475      !  time step frequency and tracers trends 
     132   nn_trd_trc  =  576      !  time step frequency and tracers trends 
    133133   nn_ctls_trc =   0        !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    134134   rn_ucf_trc  =   1        !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
     
    142142&namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
    143143!---------------------------------------------------------------------- 
    144    ln_diatrc     =  .false.  !  save additional diag. (T) or not (F) 
    145    nn_writedia   =  5475     !  time step frequency for diagnostics 
     144   ln_diatrc     =  .true.   !  save additional diag. (T) or not (F) 
     145   nn_writedia   =  576     !  time step frequency for diagnostics 
    146146/ 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3294 r3295  
    219219      <!-- ptrc on T grid --> 
    220220 
    221      <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    222        <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="molC/L" /> 
    223        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"    /> 
    224        <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="molO2/L" /> 
    225        <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="molC/L" /> 
    226        <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="molC/L" /> 
    227        <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="molC/L" /> 
    228        <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="molSi/L" /> 
    229        <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="molC/L" /> 
    230        <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="molC/L" /> 
    231        <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="molC/L" /> 
    232        <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="molC/L" /> 
    233        <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="molC/L" /> 
    234        <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L" /> 
    235        <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="molFe/L" /> 
    236        <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="molFe/L" /> 
    237        <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="molC/L" /> 
    238        <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L" /> 
    239        <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L" /> 
    240        <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L" /> 
    241        <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L" /> 
    242        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L" /> 
    243        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/L" /> 
    244        <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="molC/L" /> 
    245        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="molC/L" /> 
     221     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
     222       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     223       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     224       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     225       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     226       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     227       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     228       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     229       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     230       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     231       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     232       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     233       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     234       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     235       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     236       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     237       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     238       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     239       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     240       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     241       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     242       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     243       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     244       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     245       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    246246     </group> 
    247247 
     
    249249 
    250250     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    251        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"      /> 
    266        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"      /> 
    267        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"     /> 
    268        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"     /> 
    269        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"      /> 
    270        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"      /> 
    271        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"      /> 
    272        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm" /> 
    273        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
    274        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
    275        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
    276        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"     /> 
     251       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     252       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     253       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     254       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     277       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     278       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     279       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     280       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     281       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
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     76       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     77       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     78       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     79       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     80       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     81       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     82       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     83       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     84       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     85       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     86     </group> 
    7687 
    7788      <!-- scalar --> 
     
    148159          <field ref="PHY2"     /> 
    149160          <field ref="ZOO2"     /> 
    150           <field ref="BSi"      /> 
     161          <field ref="DSi"      /> 
    151162          <field ref="Fer"      /> 
    152163          <field ref="BFe"      /> 
     
    154165          <field ref="SFe"      /> 
    155166          <field ref="DFe"      /> 
    156           <field ref="DSi"      /> 
     167          <field ref="GSi"      /> 
    157168          <field ref="NFe"      /> 
    158169          <field ref="NCHL"     /> 
     
    177188          <field ref="DCAL"     /> 
    178189          <field ref="GRAZ"     /> 
     190          <field ref="Mumax"    /> 
     191          <field ref="MuN"      /> 
     192          <field ref="MuD"      /> 
     193          <field ref="MuNlight" /> 
     194          <field ref="MuDlight" /> 
     195          <field ref="LNnut"    /> 
     196          <field ref="LDnut"    /> 
     197          <field ref="LNFe"     /> 
     198          <field ref="LDFe"     /> 
     199          <field ref="LNlight"  /> 
     200          <field ref="LDlight"  /> 
    179201          <field ref="EPC100"   /> 
    180202          <field ref="EPFE100"  /> 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top

    r3294 r3295  
    2222   ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    2323! 
    24 !              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
    25 !              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
    26 !              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
     24!                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
     25!                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
     26!                !           !                                           !              ! or not       !        ! 
    2727   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    2828   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
     
    3737   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3838   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    39    sn_tracer(13)  = 'BSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     39   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4040   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    4141   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     
    4343   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4444   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    45    sn_tracer(19)  = 'DSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     45   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4646   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4747   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3294 r3295  
    44AMM12 OPA_SRC 
    55ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    6 ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    76AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    87ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
     8ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zlys.F90

    r3294 r3295  
    150150         IF( lk_iomput ) THEN 
    151151            zrfact2 = 1.e3 * rfact2r 
    152             CALL iom_put( "PH"    , hi      (:,:,:)           * tmask(:,:,:) ) 
    153             CALL iom_put( "CO3"   , zco3    (:,:,:)           * tmask(:,:,:) ) 
    154             CALL iom_put( "CO3sat", aksp    (:,:,:) / calcon  * tmask(:,:,:) ) 
     152            CALL iom_put( "PH"    , hi      (:,:,:)                  * tmask(:,:,:) ) 
     153            CALL iom_put( "CO3"   , zco3    (:,:,:) * 1e+3           * tmask(:,:,:) ) 
     154            CALL iom_put( "CO3sat", aksp    (:,:,:) * 1e+3 / calcon  * tmask(:,:,:) ) 
    155155            CALL iom_put( "DCAL"  , zcaldiss(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) ) 
    156156         ELSE 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zmeso.F90

    r3294 r3295  
    183183               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazn * trn(ji,jj,jk,jpnch) / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
    184184               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdch) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    185                tra(ji,jj,jk,jpbsi) = tra(ji,jj,jk,jpbsi) - zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpbsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    186                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) + zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpbsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     185               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     186               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    187187               tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgraznf 
    188188               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazf 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zmicro.F90

    r3294 r3295  
    163163               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazp  * trn(ji,jj,jk,jpnch)/(trn(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
    164164               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdch)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    165                tra(ji,jj,jk,jpbsi) = tra(ji,jj,jk,jpbsi) - zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpbsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    166                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) + zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpbsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
     165               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
     166               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    167167               tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgrazpf 
    168168               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazsf 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zmort.F90

    r3294 r3295  
    191191               zfactch = trn(ji,jj,jk,jpdch) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    192192               zfactfe = trn(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    193                zfactsi = trn(ji,jj,jk,jpbsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     193               zfactsi = trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    194194 
    195195               tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zmortp2  
    196196               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zmortp2 * zfactch 
    197197               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zmortp2 * zfactfe 
    198                tra(ji,jj,jk,jpbsi) = tra(ji,jj,jk,jpbsi) - zmortp2 * zfactsi 
    199                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) + zmortp2 * zfactsi 
     198               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zmortp2 * zfactsi 
     199               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zmortp2 * zfactsi 
    200200#if defined key_kriest 
    201201               tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zmortp2   
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zprod.F90

    r3294 r3295  
    388388              tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) + zprochld(ji,jj,jk) * texcret2 
    389389              tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) + zprofed(ji,jj,jk) * texcret2 
    390               tra(ji,jj,jk,jpbsi) = tra(ji,jj,jk,jpbsi) + zprorcad(ji,jj,jk) * zysopt(ji,jj,jk) * texcret2 
     390              tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) + zprorcad(ji,jj,jk) * zysopt(ji,jj,jk) * texcret2 
    391391              tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + excret2 * zprorcad(ji,jj,jk) + excret * zprorca(ji,jj,jk) 
    392392              tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) + o2ut * ( zproreg + zproreg2) & 
     
    412412     IF( ln_diatrc ) THEN 
    413413         ! 
    414          zrfact2 = 1.e3 * rfact2r 
     414         zrfact2 = 1.e3 * rfact2r  ! conversion from mol/L/timestep into mol/m3/s 
    415415         IF( lk_iomput ) THEN 
    416416           IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
    417               CALL iom_put( "PPPHY" , zprorca (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by nanophyto 
    418               CALL iom_put( "PPPHY2", zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by diatom 
    419               CALL iom_put( "PPNEWN", zpronew (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by nanophyto 
    420               CALL iom_put( "PPNEWD", zpronewd(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by diatom 
    421               CALL iom_put( "PBSi"  , zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) * zysopt(:,:,:) ) ! biogenic silica production 
    422               CALL iom_put( "PFeD"  , zprofed (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by diatom 
    423               CALL iom_put( "PFeN"  , zprofen (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by nanophyto 
     417              CALL iom_put( "PPPHY"   , zprorca (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by nanophyto 
     418              CALL iom_put( "PPPHY2"  , zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by diatom 
     419              CALL iom_put( "PPNEWN"  , zpronew (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by nanophyto 
     420              CALL iom_put( "PPNEWD"  , zpronewd(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by diatom 
     421              CALL iom_put( "PBSi"    , zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) * zysopt(:,:,:) ) ! biogenic silica production 
     422              CALL iom_put( "PFeD"    , zprofed (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by diatom 
     423              CALL iom_put( "PFeN"    , zprofen (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by nanophyto 
     424              CALL iom_put( "Mumax"   , prmax   (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Maximum growth rate 
     425              CALL iom_put( "MuN"     , zprbio  (:,:,:) * xlimphy(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Realized growth rate for nanophyto 
     426              CALL iom_put( "MuD"     , zprdia  (:,:,:) * xlimdia(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Realized growth rate for diatoms 
     427              CALL iom_put( "MuNlight", zprbio  (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Light limited growth rate phytoplankton 
     428              CALL iom_put( "MuDlight", zprdia  (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Light limited growth rate diatoms 
     429              CALL iom_put( "LNnut"   , xlimphy (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term 
     430              CALL iom_put( "LDnut"   , xlimdia (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term 
     431              CALL iom_put( "LNFe"    , xlimnfe (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Iron limitation term 
     432              CALL iom_put( "LDFe"    , xlimdfe (:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Iron limitation term 
     433              CALL iom_put( "LNlight" , zprbio  (:,:,:) / (prmax(:,:,:) + rtrn) * tmask(:,:,:) )  ! light limitation term 
     434              CALL iom_put( "LDlight" , zprdia  (:,:,:) / (prmax(:,:,:) + rtrn) * tmask(:,:,:) )  ! light limitation term 
    424435           ENDIF 
    425436         ELSE 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zrem.F90

    r3294 r3295  
    281281               zfactdep = xsilab * EXP(-( xsiremlab - xsirem ) * zdep / wsbio2 ) 
    282282               zsiremin = ( xsiremlab * zfactdep + xsirem * ( 1. - zfactdep ) ) * zstep * znusil 
    283                zosil    = zsiremin * trn(ji,jj,jk,jpdsi) 
     283               zosil    = zsiremin * trn(ji,jj,jk,jpgsi) 
    284284               ! 
    285                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zosil 
     285               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) - zosil 
    286286               tra(ji,jj,jk,jpsil) = tra(ji,jj,jk,jpsil) + zosil 
    287287               ! 
     
    312312#if  defined key_kriest 
    313313               zdenom1 = trn(ji,jj,jk,jppoc) / & 
    314            &           ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpdsi) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + rtrn ) 
    315 #else 
    316                zdenom = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpgoc) + trn(ji,jj,jk,jpdsi) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + rtrn ) 
     314           &           ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpgsi) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + rtrn ) 
     315#else 
     316               zdenom = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpgoc) + trn(ji,jj,jk,jpgsi) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + rtrn ) 
    317317               zdenom1 = trn(ji,jj,jk,jppoc) * zdenom 
    318318               zdenom2 = trn(ji,jj,jk,jpgoc) * zdenom 
     
    328328#if defined key_kriest 
    329329               zlam1b = 3.e-5 + xlam1 * (  trn(ji,jj,jk,jppoc)                   & 
    330                   &                      + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpdsi)  ) * 1.e6 
     330                  &                      + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpgsi)  ) * 1.e6 
    331331#else 
    332332               zlam1b = 3.e-5 + xlam1 * (  trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpgoc)   & 
    333                   &                      + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpdsi)  ) * 1.e6 
     333                  &                      + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpgsi)  ) * 1.e6 
    334334#endif 
    335335               zscave = zfeequi * zlam1b * zstep 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zsed.F90

    r3294 r3295  
    160160            ikt = mbkt(ji,jj)  
    161161# if defined key_kriest 
    162             zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpdsi) * wscal (ji,jj,ikt) 
     162            zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * wscal (ji,jj,ikt) 
    163163            zwork2(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jppoc) * wsbio3(ji,jj,ikt) 
    164164# else 
    165             zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpdsi) * wsbio4(ji,jj,ikt) 
     165            zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * wsbio4(ji,jj,ikt) 
    166166            zwork2(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * wsbio4(ji,jj,ikt) + trn(ji,jj,ikt,jppoc) * wsbio3(ji,jj,ikt)  
    167167# endif 
     
    194194            zwscal  = wscal (ji,jj,ikt) * zdep 
    195195# if defined key_kriest 
    196             zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpdsi) * zwsbio4 
     196            zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwsbio4 
    197197# else 
    198             zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpdsi) * zwscal 
     198            zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwscal 
    199199# endif 
    200200            zcaloss = trn(ji,jj,ikt,jpcal) * zwscal 
    201201            ! 
    202             trn(ji,jj,ikt,jpdsi) = trn(ji,jj,ikt,jpdsi) - zsiloss 
     202            trn(ji,jj,ikt,jpgsi) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) - zsiloss 
    203203            trn(ji,jj,ikt,jpcal) = trn(ji,jj,ikt,jpcal) - zcaloss 
    204204#if ! defined key_sed 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zsink.F90

    r3294 r3295  
    156156      CALL p4z_sink2( wsbio4, sinking2, jpnum ) 
    157157      CALL p4z_sink2( wsbio3, sinkfer , jpsfe ) 
    158       CALL p4z_sink2( wscal , sinksil , jpdsi ) 
     158      CALL p4z_sink2( wscal , sinksil , jpgsi ) 
    159159      CALL p4z_sink2( wscal , sinkcal , jpcal ) 
    160160 
     
    512512      CALL p4z_sink2( wsbio4, sinking2, jpgoc ) 
    513513      CALL p4z_sink2( wsbio4, sinkfer2, jpbfe ) 
    514       CALL p4z_sink2( wsbio4, sinksil , jpdsi ) 
     514      CALL p4z_sink2( wsbio4, sinksil , jpgsi ) 
    515515      CALL p4z_sink2( wscal , sinkcal , jpcal ) 
    516516 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/par_pisces.F90

    r3294 r3295  
    4848   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = jp_lp + 11    !: Diatoms Concentration 
    4949   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = jp_lp + 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    50    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
     50   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
    5151   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = jp_lp + 14    !: Iron Concentration 
    5252   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnum = jp_lp + 15    !: Big iron particles Concentration 
    5353   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = jp_lp + 16    !: number of particulate organic phosphate concentration 
    5454   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = jp_lp + 17    !: Diatoms iron Concentration 
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 18    !: Diatoms Silicate Concentration 
     55   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = jp_lp + 18    !: Diatoms Silicate Concentration 
    5656   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = jp_lp + 19    !: Nano iron Concentration 
    5757   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = jp_lp + 20    !: Nano Chlorophyll Concentration 
     
    8686   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = jp_lp + 11    !: Diatoms Concentration 
    8787   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = jp_lp + 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    88    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
     88   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
    8989   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = jp_lp + 14    !: Iron Concentration 
    9090   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbfe = jp_lp + 15    !: Big iron particles Concentration 
     
    9292   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = jp_lp + 17    !: Small iron particles Concentration 
    9393   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = jp_lp + 18    !: Diatoms iron Concentration 
    94    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 19    !: Diatoms Silicate Concentration 
     94   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = jp_lp + 19    !: Diatoms Silicate Concentration 
    9595   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = jp_lp + 20    !: Nano iron Concentration 
    9696   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = jp_lp + 21    !: Nano Chlorophyll Concentration 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r3294 r3295  
    112112#  endif 
    113113         trn(:,:,:,jpsil) = silic1 
    114          trn(:,:,:,jpbsi) = bioma0 * 0.15 
    115          trn(:,:,:,jpdsi) = bioma0 * 5.e-6 
     114         trn(:,:,:,jpdsi) = bioma0 * 0.15 
     115         trn(:,:,:,jpgsi) = bioma0 * 5.e-6 
    116116         trn(:,:,:,jpphy) = bioma0 
    117117         trn(:,:,:,jpdia) = bioma0 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcsms_pisces.F90

    r3294 r3295  
    207207            &                     + trn(:,:,:,jpdoc)                     ) * cvol(:,:,:)  )  
    208208         !  
    209          zsilbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpsil) + trn(:,:,:,jpdsi)  & 
    210             &                     + trn(:,:,:,jpbsi)                     ) * cvol(:,:,:)  ) 
     209         zsilbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpsil) + trn(:,:,:,jpgsi)  & 
     210            &                     + trn(:,:,:,jpdsi)                     ) * cvol(:,:,:)  ) 
    211211         !  
    212212         zalkbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpno3) * rno3              & 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcwri.F90

    r3294 r3295  
    1717   USE iom         ! I/O manager 
    1818   USE dianam      ! Output file name 
     19   USE trcwri_pisces 
    1920 
    2021   IMPLICIT NONE 
     
    6869      ! write the tracer concentrations in the file 
    6970      ! --------------------------------------- 
    70       DO jn = 1, jptra 
    71          cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )                  ! short title for tracer 
    72          CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
    73       END DO 
     71      IF( lk_pisces )  THEN 
     72         CALL trc_wri_pisces 
     73      ELSE 
     74         DO jn = 1, jptra 
     75            cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )                  ! short title for tracer 
     76            CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
     77         END DO 
     78      ENDIF 
    7479      ! 
    7580   END SUBROUTINE trc_wri_trc 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.