New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/CONFIG – NEMO

Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/CONFIG


Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

Location:
trunk/NEMOGCM/CONFIG
Files:
23 deleted
36 edited
45 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r6140 r7646  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27 <!--old      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> old --> <!-- 1h files -->  
    28    <!-- TMB files --> 
    29       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."  >                       
    30  
    31    <file id="file9" name_suffix="_shelftmb_grid_T" description="ocean T grid variables" enabled=".TRUE." > 
    32      <field field_ref="top_temp"           name="votemper_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    33      <field field_ref="mid_temp"           name="votemper_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    34      <field field_ref="bot_temp"           name="votemper_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    35      <field field_ref="sshnmasked"         name="sossheig"       operation="instant" enabled=".TRUE." />  
    36      <field field_ref="top_sal"            name="vosaline_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    37      <field field_ref="mid_sal"            name="vosaline_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    38      <field field_ref="bot_sal"            name="vosaline_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    39    </file> 
    40  
    41    <file id="file10" name_suffix="_shelftmb_grid_U" description="TMB ocean U grid variables" enabled=".TRUE." > 
    42      <field field_ref="top_u"         name="vozocrtx_top"   operation="instant" /> 
    43      <field field_ref="mid_u"         name="vozocrtx_mid"   operation="instant" /> 
    44      <field field_ref="bot_u"         name="vozocrtx_bot"   operation="instant" /> 
    45      <field field_ref="baro_u"        name="vobtcrtx"       operation="instant" /> 
    46    </file> 
    47  
    48    <file id="file11" name_suffix="_shelftmb_grid_V" description="TMB ocean V grid variables" enabled=".TRUE." > 
    49      <field field_ref="top_v"         name="vomecrty_top"   operation="instant" /> 
    50      <field field_ref="mid_v"         name="vomecrty_mid"   operation="instant" /> 
    51      <field field_ref="bot_v"         name="vomecrty_bot"   operation="instant" /> 
    52      <field field_ref="baro_v"        name="vobtcrty"       operation="instant" /> 
    53    </file> 
    54  
    55       </file_group> 
    56  
    57       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    58       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    59       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    60       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    61  
    62       <file_group id="25h_mean" output_freq="1d" output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    63  
    64  
    65      <file id="file12" name_suffix="_25hourm_grid_T" description="ocean T grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    66      <field field_ref="temper25h"   name="votemper"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    67      <field field_ref="tempis25h"   name="votempis"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    68      <field field_ref="salin25h"    name="vosaline"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    69      <field field_ref="ssh25h"      name="sossheig"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    70     </file> 
    71  
    72      <file id="file13" name_suffix="_25hourm_grid_U" description="ocean U grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    73      <field field_ref="vozocrtx25h" name="vozocrtx"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    74     </file> 
    75  
    76      <file id="file14" name_suffix="_25hourm_grid_V" description="ocean V grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    77      <field field_ref="vomecrty25h" name="vomecrty"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    78     </file> 
    79  
    80      <file id="file15" name_suffix="_25hourm_grid_W" description="ocean W grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    81      <field field_ref="vomecrtz25h"          name="vomerctz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    82      <field field_ref="woce"                 name="vovecrtz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    83      <field field_ref="avt25h"               name="votkeavt"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    84      <field field_ref="avm25h"               name="votkeavm"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    85      <field field_ref="tke25h"               name="votke"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    86      <field field_ref="mxln25h"              name="mxln"   operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    87     </file> 
    88       </file_group> 
    89       
    90       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    91  
    92    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    93      <field field_ref="sst"          name="tos" /> 
    94      <field field_ref="sss"          name="sos" /> 
    95      <field field_ref="ssh"          name="zos" /> 
    96    </file> 
    97  
    98    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    99      <field field_ref="ssu"          name="uos" /> 
    100    </file> 
    101     
    102    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    103      <field field_ref="ssv"          name="vos" /> 
    104    </file> 
    105     
    106       </file_group> 
    107  
    108       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    109  
    110       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    111  
    112    <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    113      <field field_ref="toce"         name="thetao" /> 
    114      <field field_ref="soce"         name="so"     /> 
    115      <field field_ref="sst"          name="tos"    /> 
    116      <field field_ref="sst2"         name="tossq"  /> 
    117      <field field_ref="sss"          name="sos"    /> 
    118      <field field_ref="ssh"          name="zos"    /> 
    119      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"  /> 
    120      <field field_ref="empmr"        name="wfo"    /> 
    121      <field field_ref="qsr"          name="rsntds" /> 
    122      <field field_ref="qt"           name="tohfls" /> 
    123      <field field_ref="taum"     /> 
    124      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    125      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    126    </file> 
    127     
    128    <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    129      <field field_ref="uoce"         name="uo"    /> 
    130      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    131      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    132    </file> 
    133     
    134    <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    135      <field field_ref="voce"         name="vo"    /> 
    136      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    137      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    138    </file> 
    139     
    140    <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    141      <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
    142      <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    143    </file> 
    144     
    145       </file_group> 
    146  
    147       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    148       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    149       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    150       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    151       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    152  
    153       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    154       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    155       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    156       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    157  
    158  
    159    </file_definition> 
    160      
    161     <!--  
    162 ============================================================================================================ 
    163 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    164 ============================================================================================================ 
    165     --> 
    166      
    167    <axis_definition>   
    168       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    169       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    170       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    171       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    172       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    173       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    174       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    175       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    176       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    177    </axis_definition>  
    178      
    179    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    180     
    181    <grid_definition>     
    182      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    183      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    184      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    185      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    186      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    187      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    188      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    189      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    190      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    191      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    192      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    193     </grid_definition>    
    194   </context> 
    195    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1967 
    1978  <context id="xios"> 
    … …  
    19910      <variable_definition> 
    20011    
    201      <!--  
    202         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    203 --> 
    204      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    205      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    206      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    207      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    208      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    20915     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    21016    
    … …  
    21218                
    21319  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    21426   
    21527</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    2020&namcfg        !   parameters of the configuration 
    2121!----------------------------------------------------------------------- 
    22    cp_cfg      =  "amm"                !  name of the configuration 
    23    jp_cfg      =     011               !  resolution of the configuration 
    24    jpidta      =     198               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    25    jpjdta      =     224               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    26    jpkdta      =      51               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    27    jpiglo      =     198               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    28    jpjglo      =     224               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    29    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    30    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    31    jperio      =       0               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    32 / 
    33 !----------------------------------------------------------------------- 
    34 &namzgr        !   vertical coordinate 
    35 !----------------------------------------------------------------------- 
    36    ln_sco      = .true.    !  s- or hybrid z-s-coordinate 
    37 / 
    38 !----------------------------------------------------------------------- 
    39 &namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    40 !----------------------------------------------------------------------- 
    41    ln_s_sh94   = .false.   !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
    42    ln_s_sf12   = .true.    !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
    43    ln_sigcrit  = .true.    !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
    44                            !  stretching coefficients for all functions 
    45    rn_hc       =   50.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
    46 / 
     22   ln_read_cfg = .true.   !  (=T) read the domain configuration file 
     23      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     24      cn_domcfg = "AMM_R12_sco_domcfg"     ! domain configuration filename 
     25/ 
     26 
    4727!----------------------------------------------------------------------- 
    4828&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    4929!----------------------------------------------------------------------- 
    5030   rn_rdt      =   600.    !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    51    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    52    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    53    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    54    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    55    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    56    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    57    ppsur       =  999999.0             !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    58    ppa0        =  999999.0             ! (default coefficients) 
    59    ppa1        =  999999.0             ! 
    60    ppkth       =      23.563           ! 
    61    ppacr       =       9.0             ! 
    62    ppdzmin     =       6.0             !  Minimum vertical spacing 
    63    pphmax      =    5720.              !  Maximum depth 
    64    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    65    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    66    ppkth2      =  999999.              ! 
    67    ppacr2      =  999999. 
    6831/ 
    6932!----------------------------------------------------------------------- 
    7033&namcrs        !   Grid coarsening for dynamics output and/or 
    71                !   passive tracer coarsened online simulations 
     34!              !   passive tracer coarsened online simulations 
    7235!----------------------------------------------------------------------- 
    7336/ 
    … …  
    8346   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation 
    8447                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    85    ln_flx      = .true.    !  flux formulation       (T => fill namsbc_flx ) 
    86    ln_blk_core = .false.   !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    87    nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
     48   ln_flx      = .true.    !  flux formulation                          (T => fill namsbc_flx ) 
     49   ln_blk      = .false.   !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
     50   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition 
    8851   ln_ssr      = .false.   !  Sea Surface Restoring on T and/or S       (T => fill namsbc_ssr) 
    8952   nn_fwb      = 0         !  FreshWater Budget: =0 unchecked 
    90    ln_apr_dyn  = .false.    !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
     53   ln_apr_dyn  = .false.   !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
    9154   ln_traqsr   = .false.   !  Light penetration (T) or not (F) 
    92  
    93 / 
    94 !----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namsbc_ana    !   analytical surface boundary condition 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    9755/ 
    9856!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    10159!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    10260!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    103    sn_utau     = 'amm12_utau'     ,          1        ,  'utau'      , .false.      , .false. , 'daily'   ,  ''      ,  ''  , '' 
    104    sn_vtau     = 'amm12_vtau'     ,          1        ,  'vtau'      , .false.      , .false. , 'daily'   ,  ''      ,  ''  , '' 
    105    sn_qtot     = 'amm12_flx'      ,          3        ,  'sonsfldo'  ,  .true.      , .false. , 'daily'   ,  ''      ,  ''  , '' 
    106    sn_qsr      = 'amm12_flx'      ,          3        ,  'soshfldo'  ,  .true.      , .false. , 'daily'   ,  ''      ,  ''  , '' 
    107    sn_emp      = 'amm12_flx'      ,          3        ,  'sowafldo'  ,  .true.      , .false. , 'daily'   ,  ''      ,  ''  , '' 
    108    cn_dir      = './fluxes/'        !  root directory for the location of the flux files 
    109 / 
    110 !----------------------------------------------------------------------- 
    111 &namsbc_clio   !   namsbc_clio  CLIO bulk formulae 
    112 !----------------------------------------------------------------------- 
    113 / 
    114 !----------------------------------------------------------------------- 
    115 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    116 !----------------------------------------------------------------------- 
    117 / 
    118 !----------------------------------------------------------------------- 
    119 &namsbc_mfs   !   namsbc_mfs  MFS bulk formulae 
    120 !----------------------------------------------------------------------- 
    121 / 
    122 !----------------------------------------------------------------------- 
    123 &namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_oasis3") 
    124 !----------------------------------------------------------------------- 
     61   sn_utau = 'amm12_utau',          1        , 'utau'    ,  .false.     , .false., 'daily'   ,  ''      ,  ''      , '' 
     62   sn_vtau = 'amm12_vtau',          1        , 'vtau'    ,  .false.     , .false., 'daily'   ,  ''      ,  ''      , '' 
     63   sn_qtot = 'amm12_flx' ,          3        , 'sonsfldo',  .true.      , .false., 'daily'   ,  ''      ,  ''      , '' 
     64   sn_qsr  = 'amm12_flx' ,          3        , 'soshfldo',  .true.      , .false., 'daily'   ,  ''      ,  ''      , '' 
     65   sn_emp  = 'amm12_flx' ,          3        , 'sowafldo',  .true.      , .false., 'daily'   ,  ''      ,  ''      , '' 
     66   cn_dir  = './fluxes/'        !  root directory for the location of the flux files 
    12567/ 
    12668!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    189131/ 
    190132!----------------------------------------------------------------------- 
    191 &nam_tide      !   tide parameters (#ifdef key_tide) 
    192 !----------------------------------------------------------------------- 
     133&nam_tide      !   tide parameters 
     134!----------------------------------------------------------------------- 
     135   ln_tide     = .true. 
    193136   clname(1)     =   'Q1'   !  name of constituent 
    194137   clname(2)     =   'O1' 
    … …  
    208151/ 
    209152!----------------------------------------------------------------------- 
    210 &nambdy        !  unstructured open boundaries                          ("key_bdy") 
     153&nambdy        !  unstructured open boundaries 
     154    ln_bdy         = .true. 
    211155    nb_bdy         =  1 
    212156    cn_dyn2d       = 'flather' 
    … …  
    216160/ 
    217161!----------------------------------------------------------------------- 
    218 &nambdy_dta      !  open boundaries - external data           ("key_bdy") 
     162&nambdy_dta      !  open boundaries - external data 
    219163!----------------------------------------------------------------------- 
    220164!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/cpp_AMM12.fcm

    r6140 r7646  
    1  bld::tool::fppkeys  key_bdy key_tide key_zdfgls key_diainstant key_mpp_mpi key_iomput 
     1 bld::tool::fppkeys key_zdfgls key_diainstant key_mpp_mpi key_iomput 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/C1D_PAPA/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    1818   cp_cfg      =  "papa"                 !  name of the configuration 
    1919   jp_cfg      =       1                 !  resolution of the configuration 
    20    jpidta      =       3                 !  1st lateral dimension ( >= jpi ) = 30*jp_cfg+2 
    21    jpjdta      =       3                 !  2nd    "         "    ( >= jpj ) = 20*jp_cfg+2  
    22    jpkdta      =      75                 !  number of levels      ( >= jpk ) 
    23    jpiglo      =       3                 !  1st dimension of global domain --> i  = jpidta 
    24    jpjglo      =       3                 !  2nd    -                  -    --> j  = jpjdta 
    25    jpizoom     =       1                 !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    26    jpjzoom     =       1                 !  in data domain indices 
     20!   jpidta      =       3                 !  1st lateral dimension ( >= jpi ) = 30*jp_cfg+2 
     21!   jpjdta      =       3                 !  2nd    "         "    ( >= jpj ) = 20*jp_cfg+2  
     22!   jpkdta      =      75                 !  number of levels      ( >= jpk ) 
     23!   jpiglo      =       3                 !  1st dimension of global domain --> i  = jpidta 
     24!   jpjglo      =       3                 !  2nd    -                  -    --> j  = jpjdta 
    2725   jperio      =       0                 !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    2826/ 
    … …  
    4341   nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    4442   rn_rdt      =  360.     !  time step for the dynamics  
    45    jphgr_msh   =       1                 !  type of horizontal mesh 
    4643   ppglam0     =    -150.0               !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    4744   ppgphi0     =      50.0               ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    … …  
    9592/ 
    9693!----------------------------------------------------------------------- 
    97 &namsbc_ana    !   analytical surface boundary condition 
    98 !----------------------------------------------------------------------- 
    99 / 
    100 !----------------------------------------------------------------------- 
    10194&namsbc_flx    !   surface boundary condition : flux formulation 
    10295!----------------------------------------------------------------------- 
    10396/ 
    10497!----------------------------------------------------------------------- 
    105 &namsbc_clio   !   namsbc_clio  CLIO bulk formulae 
    106 !----------------------------------------------------------------------- 
    107 / 
    108 !----------------------------------------------------------------------- 
    109 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
     98&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
    11099!----------------------------------------------------------------------- 
    111100!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    … …  
    119108   sn_prec     = 'forcing_PAPASTATION_1h' ,         1         , 'prec'    ,   .false.    , .false. , 'yearly' , '' , '', '' 
    120109   sn_snow     = 'forcing_PAPASTATION_1h' ,         1         , 'snow'    ,   .false.    , .false. , 'yearly' , '' , '', '' 
    121    rn_zqt      =  2.    !  air temperature and humidity referenced at 2m (T) instead 10m (F) 
    122 / 
    123 !----------------------------------------------------------------------- 
    124 &namsbc_mfs   !   namsbc_mfs  MFS bulk formulae 
    125 !----------------------------------------------------------------------- 
     110   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'SLP',        .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     111 
     112   nn_bulk_algo = 1        !  Bulk algorithm to use to compute bulk transfer coefficients Cd, Ce and Ch 
     113                           !  1 => "NCAR" algorithm        (Large and Yeager, 2008) 
     114                           !  2 => "COARE 3.0" algorithm   (Fairall et al 2003) 
     115                           !  3 => "ECMWF" algorithm       (IFS cycle 31) 
     116                           !  4 => "COARE 3.5" algorithm   (Edson et al 2013) 
     117 
     118   rn_zqt      =  2.       !  Air temperature and humidity reference height (m) 
    126119/ 
    127120!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    174167/ 
    175168!----------------------------------------------------------------------- 
    176 &nam_tide      !    tide parameters (#ifdef key_tide) 
    177 !----------------------------------------------------------------------- 
    178 / 
    179 !----------------------------------------------------------------------- 
    180 &nambdy        !  unstructured open boundaries                          ("key_bdy") 
    181 !----------------------------------------------------------------------- 
    182 / 
    183 !----------------------------------------------------------------------- 
    184 &nambdy_dta      !  open boundaries - external data           ("key_bdy") 
     169&nam_tide      !    tide parameters 
     170!----------------------------------------------------------------------- 
     171/ 
     172!----------------------------------------------------------------------- 
     173&nambdy        !  unstructured open boundaries                           
     174!----------------------------------------------------------------------- 
     175/ 
     176!----------------------------------------------------------------------- 
     177&nambdy_dta      !  open boundaries - external data            
    185178!----------------------------------------------------------------------- 
    186179/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7646  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/>  <!-- 5d files -->    
    36  
    37       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    38       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    39       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    40       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    41       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    42  
    43       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    44       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    45       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    46       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    47  
    48    </file_definition> 
    49      
    50     <!--  
    51 ============================================================================================================ 
    52 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    53 ============================================================================================================ 
    54     --> 
    55      
    56    <axis_definition>   
    57       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    58       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    59       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    60       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    61       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    62       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    63       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    64       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    65       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    66    </axis_definition>  
    67      
    68    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    69     
    70    <grid_definition>     
    71      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    72      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    73      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    74      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    75      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    76      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    77      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    78      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    79     </grid_definition>     
    80    
    81   </context> 
    82    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    837 
    848  <context id="xios"> 
    … …  
    8610      <variable_definition> 
    8711    
    88      <!--  
    89         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    90 --> 
    91      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    92      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    93      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    94      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    95      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    9615     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    9716    
    … …  
    9918                
    10019  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    10126   
    10227</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    2222&namcfg     !   parameters of the configuration    
    2323!----------------------------------------------------------------------- 
    24    cp_cfg      =  "gyre"                 !  name of the configuration 
    25    jp_cfg      =       1                 !  resolution of the configuration 
    26    jpidta      =      32                 !  1st lateral dimension ( >= jpi ) = 30*jp_cfg+2 
    27    jpjdta      =      22                 !  2nd    "         "    ( >= jpj ) = 20*jp_cfg+2  
    28    jpkdta      =      31                 !  number of levels      ( >= jpk ) 
    29    jpiglo      =      32                 !  1st dimension of global domain --> i  = jpidta 
    30    jpjglo      =      22                 !  2nd    -                  -    --> j  = jpjdta 
    31    jpizoom     =       1                 !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    32    jpjzoom     =       1                 !  in data domain indices 
    33    jperio      =       0                 !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    34 / 
    35 &namzgr        !   vertical coordinate 
    36 !----------------------------------------------------------------------- 
    37    ln_zco      = .true.    !  z-coordinate - full    steps 
    38    ln_linssh   = .true.   !  linear free surface 
    39 / 
    40 !----------------------------------------------------------------------- 
    41 &namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    42 !----------------------------------------------------------------------- 
     24   ln_read_cfg = .false.   !  (=T) read the domain configuration file 
     25      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     26   ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
    4327/ 
    4428!----------------------------------------------------------------------- 
    4529&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    4630!----------------------------------------------------------------------- 
    47    nn_bathy    =    0      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    48    rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics  
    49    jphgr_msh   =       5                 !  type of horizontal mesh 
    50    ppglam0     =       0.0               !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    51    ppgphi0     =      29.0               ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    52    ppe1_deg    =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    53    ppe2_deg    =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    54    ppe1_m      =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    55    ppe2_m      =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    56    ppsur       =   -2033.194295283385    !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    57    ppa0        =     155.8325369664153   ! (default coefficients) 
    58    ppa1        =     146.3615918601890   ! 
    59    ppkth       =      17.28520372419791  ! 
    60    ppacr       =       5.0               ! 
    61    ppdzmin     =  999999.0               !  Minimum vertical spacing 
    62    pphmax      =  999999.0               !  Maximum depth 
    63    ldbletanh   =  .FALSE.                !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    64    ppa2        =  999999.0               !  Double tanh function parameters 
    65    ppkth2      =  999999.0               ! 
    66    ppacr2      =  999999.0               ! 
     31   ln_linssh   = .true.    !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     32   ! 
     33   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     34   ! 
     35   rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    6736/ 
    6837!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    8554   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation 
    8655                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    87    ln_ana      = .true.    !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana ) 
    88    ln_blk_core = .false.   !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
     56   ln_usr      = .true.    !  user defined formulation                  (T => check usrdef_sbc) 
     57   ln_blk      = .false.   !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    8958   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
    9059   ln_rnf      = .false.   !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    … …  
    9362/ 
    9463!----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namsbc_ana    !   analytical surface boundary condition 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    97    nn_tau000   =   100     !  gently increase the stress over the first ntau_rst time-steps 
    98    rn_utau0    =   0.1e0   !  uniform value for the i-stress 
    99 / 
    100 !----------------------------------------------------------------------- 
    101 &namsbc_flx    !   surface boundary condition : flux formulation 
    102 !----------------------------------------------------------------------- 
    103 / 
    104 !----------------------------------------------------------------------- 
    105 &namsbc_clio   !   namsbc_clio  CLIO bulk formulae 
    106 !----------------------------------------------------------------------- 
    107 / 
    108 !----------------------------------------------------------------------- 
    109 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    110 !----------------------------------------------------------------------- 
    111 / 
    112 !----------------------------------------------------------------------- 
    113 &namsbc_mfs   !   namsbc_mfs  MFS bulk formulae 
    114 !----------------------------------------------------------------------- 
    115 / 
    116 !----------------------------------------------------------------------- 
    117 &namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_oasis3") 
    118 !----------------------------------------------------------------------- 
    119 / 
    120 !----------------------------------------------------------------------- 
    12164&namtra_qsr    !   penetrative solar radiation 
    12265!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    159102/ 
    160103!----------------------------------------------------------------------- 
    161 &nam_tide      !    tide parameters (#ifdef key_tide) 
    162 !----------------------------------------------------------------------- 
    163 / 
    164 !----------------------------------------------------------------------- 
    165 &nambdy        !  unstructured open boundaries                          ("key_bdy") 
    166 !----------------------------------------------------------------------- 
    167 / 
    168 !----------------------------------------------------------------------- 
    169 &nambdy_dta      !  open boundaries - external data           ("key_bdy") 
     104&nam_tide      !    tide parameters 
     105!----------------------------------------------------------------------- 
     106/ 
     107!----------------------------------------------------------------------- 
     108&nambdy        !  unstructured open boundaries                           
     109!----------------------------------------------------------------------- 
     110/ 
     111!----------------------------------------------------------------------- 
     112&nambdy_dta      !  open boundaries - external data            
    170113!----------------------------------------------------------------------- 
    171114/ 
    … …  
    191134!----------------------------------------------------------------------- 
    192135   ln_eos80    = .true.         !  = Use EOS80 equation of state 
    193    !                             ! 
    194    !                      ! S-EOS coefficients : 
    195    !                             !  rd(T,S,Z)*rau0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
    196    rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1) 
    197    rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient (nn_eos= 1) 
    198    rn_lambda1  =  5.9520e-2      !  cabbeling coeff in T^2  (=0 for linear eos) 
    199    rn_lambda2  =  7.4914e-4      !  cabbeling coeff in S^2  (=0 for linear eos) 
    200    rn_mu1      =  1.4970e-4      !  thermobaric coeff. in T (=0 for linear eos) 
    201    rn_mu2      =  1.1090e-5      !  thermobaric coeff. in S (=0 for linear eos) 
    202    rn_nu       =  2.4341e-3      !  cabbeling coeff in T*S  (=0 for linear eos) 
    203 !!org GYRE   rn_alpha    =   2.0e-4  !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1 or 2) 
    204 !!org GYRE   rn_beta     =   7.7e-4  !  saline  expension coefficient (nn_eos= 2) 
    205 !!org  caution  now a0 = alpha / rau0   with rau0 = 1026 
    206136/ 
    207137!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7646  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    36   
    37         <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    38      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    39      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    40      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    43      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    44      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    45       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    46      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    48      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    49         </file> 
    50     
    51         <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    52           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    53           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    54         </file> 
    55     
    56         <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    57           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    58           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    59         </file> 
    60     
    61         <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    62           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    63           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    64           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    65         </file> 
    66  
    67    <file id="file5" name_suffix="_ptrc_T" description="lobster sms variables" > 
    68           <field field_ref="DET"      /> 
    69           <field field_ref="ZOO"      /> 
    70           <field field_ref="PHY"      /> 
    71           <field field_ref="NO3"      /> 
    72           <field field_ref="NH4"      /> 
    73           <field field_ref="DOM"      /> 
    74    </file> 
    75     
    76       </file_group> 
    77  
    78       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    79       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    80       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    81       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    82       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    83  
    84       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    85  
    86    <file id="file6" name_suffix="_diad_T" description="additional lobster diagnostics" >   
    87           <field field_ref="FNO3PHY"   />  
    88           <field field_ref="FNH4PHY"   />  
    89           <field field_ref="FNH4NO3"   />  
    90           <field field_ref="TNO3PHY"   />  
    91           <field field_ref="TNH4PHY"   />  
    92           <field field_ref="TPHYDOM"   />  
    93           <field field_ref="TPHYNH4"   />  
    94           <field field_ref="TPHYZOO"   />  
    95           <field field_ref="TPHYDET"   />  
    96           <field field_ref="TDETZOO"   />  
    97           <field field_ref="TDETSED"   />  
    98           <field field_ref="TZOODET"   />  
    99           <field field_ref="TZOOBOD"   />  
    100           <field field_ref="TZOONH4"   />  
    101           <field field_ref="TZOODOM"   />  
    102           <field field_ref="TNH4NO3"   />  
    103           <field field_ref="TDOMNH4"   />  
    104           <field field_ref="TDETNH4"   />  
    105           <field field_ref="TPHYTOT"   />  
    106           <field field_ref="TZOOTOT"   />  
    107           <field field_ref="SEDPOC"    />  
    108    </file> 
    109  
    110       </file_group> 
    111  
    112       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    113       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    114       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    115  
    116    </file_definition> 
    117      
    118     <!--  
    119 ============================================================================================================ 
    120 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    121 ============================================================================================================ 
    122     --> 
    123      
    124    <axis_definition>   
    125       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    126       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    127       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    130       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    131       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    133       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    134    </axis_definition>  
    135      
    136    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    137     
    138    <grid_definition>     
    139      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    140      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    141      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    142      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    143      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    144      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    145      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    146      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    147     </grid_definition>     
    148    
    149   </context> 
    150    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1517 
    1528  <context id="xios"> 
    … …  
    15410      <variable_definition> 
    15511    
    156      <!--  
    157         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    158 --> 
    159      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    160      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    161      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    162      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    163      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    16415     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    16516    
    … …  
    16718                
    16819  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    16926   
    17027</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    1515&namcfg     !   parameters of the configuration    
    1616!----------------------------------------------------------------------- 
    17    cp_cfg      =  "gyre"                 !  name of the configuration 
    18    jp_cfg      =       1                 !  resolution of the configuration 
    19    jpidta      =      32                 !  1st lateral dimension ( >= jpi ) = 30*jp_cfg+2 
    20    jpjdta      =      22                 !  2nd    "         "    ( >= jpj ) = 20*jp_cfg+2  
    21    jpkdta      =      31                 !  number of levels      ( >= jpk ) 
    22    jpiglo      =      32                 !  1st dimension of global domain --> i  = jpidta 
    23    jpjglo      =      22                 !  2nd    -                  -    --> j  = jpjdta 
    24    jpizoom     =       1                 !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    25    jpjzoom     =       1                 !  in data domain indices 
    26    jperio      =       0                 !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    27 / 
    28 !----------------------------------------------------------------------- 
    29 &namzgr        !   vertical coordinate 
    30 !----------------------------------------------------------------------- 
    31    ln_zco      = .true.    !  z-coordinate - full    steps 
    32    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
     17   ln_read_cfg = .false.   !  (=T) read the domain configuration file 
     18      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     19   ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
    3320/ 
    3421!----------------------------------------------------------------------- 
    3522&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3623!----------------------------------------------------------------------- 
    37    nn_bathy    =    0      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    38    rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics  
    39    jphgr_msh   =       5                 !  type of horizontal mesh 
    40    ppglam0     =       0.0               !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    41    ppgphi0     =      29.0               ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    42    ppe1_deg    =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    43    ppe2_deg    =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    44    ppe1_m      =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    45    ppe2_m      =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    46    ppsur       =   -2033.194295283385    !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    47    ppa0        =     155.8325369664153   ! (default coefficients) 
    48    ppa1        =     146.3615918601890   ! 
    49    ppkth       =      17.28520372419791  ! 
    50    ppacr       =       5.0               ! 
    51    ppdzmin     =  999999.0               !  Minimum vertical spacing 
    52    pphmax      =  999999.0               !  Maximum depth 
    53    ldbletanh   =  .FALSE.                !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    54    ppa2        =  999999.0               !  Double tanh function parameters 
    55    ppkth2      =  999999.0               ! 
    56    ppacr2      =  999999.0               ! 
     24   ln_linssh   = .true.    !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     25   ! 
     26   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     27   ! 
     28   rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    5729/ 
    5830!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    7345   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation 
    7446                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    75    ln_ana      = .true.    !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana ) 
    76    ln_blk_core = .false.   !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
     47   ln_usr      = .true.    !  user defined formulation                  (T => check usrdef_sbc) 
     48   ln_blk      = .false.   !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    7749   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
    7850   ln_rnf      = .false.   !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    … …  
    8658   ln_qsr_2bd  = .true.    !  2 bands              light penetration 
    8759   nn_chldta   =      0    !  RGB : Chl data (=1) or cst value (=0) 
    88 / 
    89  
    90 !----------------------------------------------------------------------- 
    91 &namberg       !   iceberg parameters 
    92 !----------------------------------------------------------------------- 
    9360/ 
    9461!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! GYRE_PISCES: Configuration namelist used to overwrite SHARED/namelist_pisces_ref 
     2!! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     13!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     14&nampismod     !  Model used  
     15!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     16    ln_p4z = .false. 
     17    ln_p2z = .true. 
     18/ 
     19!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     20&nampisext     !   air-sea exchange 
     21!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22/ 
     23!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     24&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     25!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     26/ 
     27!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     28&nampisbio     !   biological parameters 
     29!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     30/ 
     31!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     32&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
     33!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     34/ 
     35!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     36&nampisopt     !   parameters for optics 
     37!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     38/  
     39!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     40&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     41!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     42/ 
     43!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     44&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
     45!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     46/ 
     47!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     48&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
     49!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     50/ 
     51!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     52&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
     53!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     54/ 
     55!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     56&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     57!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     58/   
     59!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     60&nampisrem     !   parameters for remineralization 
     61!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     62/ 
     63!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     64&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
     65!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     66/ 
     67!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     68&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
     69!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     70/ 
     71!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     72&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     73!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     74/ 
     75!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     76&nampisdmp     !  Damping  
     77!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     78/ 
     79!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     80&nampismass     !  Mass conservation 
     81!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     82/ 
     83!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     84!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     85!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     86!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     87!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     88!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     89!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     90!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     91!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     92!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     93!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    394!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    495&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    … …  
    15106!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    16107&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,        
     108!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    18109/ 
    19110!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r5836 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO-TOP Configuration namelist for GYRE_PISCES configuration used to overwrite SHARED/namelist_top_ref 
     2!! NEMO/TOP1 :  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_top_ref 
     3!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    34!----------------------------------------------------------------------- 
    45&namtrc_run     !   run information 
    56!----------------------------------------------------------------------- 
    6    nn_writetrc   =  60     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    77/ 
    88!----------------------------------------------------------------------- 
    99&namtrc     !   tracers definition 
    1010!----------------------------------------------------------------------- 
    11    ln_trcdta     =   .false.    !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     11   jp_bgc        =  6 
    1212! 
    13 !                ! name  !     title of the field          !   units       ! initial data ! save   ! 
    14 !                !       !                                 !               ! from file    ! or not ! 
    15 !                !       !                                 !               ! or not       !        ! 
    16    sn_tracer(1)   = 'DET'   , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    17    sn_tracer(2)   = 'ZOO'   , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    18    sn_tracer(3)   = 'PHY'   , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    19    sn_tracer(4)   = 'NO3'   , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    20    sn_tracer(5)   = 'NH4'   , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    21    sn_tracer(6)   = 'DOM'   , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
     13   ln_pisces     =  .true. 
     14   ln_age        =  .false. 
     15   ln_cfc11      =  .false. 
     16   ln_cfc12      =  .false. 
     17   ln_c14        =  .false. 
     18   ln_my_trc     =  .false. 
     19! 
     20!                 !           !                             !               ! 
     21!                 !    name   !   title of the field        !   units       ! initial data from file or not ! 
     22!                 !           !                                             !                               ! 
     23   sn_tracer(1)   = 'DET'     , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     
     24   sn_tracer(2)   = 'ZOO'     , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     25   sn_tracer(3)   = 'PHY'     , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
     26   sn_tracer(4)   = 'NO3'     , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.  
     27   sn_tracer(5)   = 'NH4'     , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     28   sn_tracer(6)   = 'DOM'     , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
    2229/ 
    2330!----------------------------------------------------------------------- 
    24 &namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    25 !-----------------------------------------------------------------------    
     31&namtrc_dta      !    Initialisation from data input file 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
     33/ 
    2634   ln_trcadv_fct =  .true.   !  FCT scheme 
    27       nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
    28       nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     35      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order 
     36      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order 
    2937      nn_fct_zts =  0               !  >=1,  2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
    3038      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
    3139/ 
    3240!----------------------------------------------------------------------- 
    33 &namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     41&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer 
    3442!----------------------------------------------------------------------- 
    3543   rn_ahtrc_0       =  1000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    … …  
    4048/ 
    4149!----------------------------------------------------------------------- 
    42 &namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations  
     50&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations 
    4351!----------------------------------------------------------------------- 
    4452   ln_trcrad   =  .false.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    4553/ 
    4654!----------------------------------------------------------------------- 
    47 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     55&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57/ 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
     59&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61/ 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
     63&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     64!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    4865!---------------------------------------------------------------------- 
    49    nn_writedia   =  60     !  time step frequency for diagnostics 
    5066/ 
    5167!---------------------------------------------------------------------- 
    52 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     68&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    5369!----------------------------------------------------------------------- 
    5470/ 
     71!---------------------------------------------------------------------- 
     72&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/cpp_GYRE_PISCES.fcm

    r5930 r7646  
    1 bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_pisces_reduced key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/1_namelist_cfg

    r6489 r7646  
    44!----------------------------------------------------------------------- 
    55&namrun        !   parameters of the run 
    6  nn_it000=1 
    76!----------------------------------------------------------------------- 
    87   cn_exp      = "Agulhas" !  experience name  
    9    nn_itend    =   10950 
     8   nn_it000    =       1   !  first time step 
     9   nn_itend    =   10950   !  last  time step 
    1010   nn_stock    =   10950   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    1111   nn_write    =   10950   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
    12    ln_clobber  =  .true. 
     12   ln_clobber  = .true.    !  clobber (overwrite) an existing file 
    1313/ 
    1414!----------------------------------------------------------------------- 
    1515&namcfg        !   parameters of the configuration 
    1616!----------------------------------------------------------------------- 
    17    cp_cfg      =  "default"             !  name of the configuration 
    18    jp_cfg      =      -1               !  resolution of the configuration 
    19    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    20    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    21    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    22    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    23    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    24    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    25    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    26    jperio      =       0               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     17   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     18      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     19      cn_domcfg = "AGRIF_AGULHAS_domain_cfg"    ! domain configuration filename 
    2720/ 
    2821!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    3023!----------------------------------------------------------------------- 
    3124   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps 
    32    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
    3325/ 
    3426!----------------------------------------------------------------------- 
    3527&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3628!-----------------------------------------------------------------------   
    37    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    38    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    39    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    40    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    41    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    42    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    43    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    44    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    45    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    46    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    47    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    48    ppacr       =       3.0             ! 
    49    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    50    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    51    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    52    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    53    ppkth2      =  999999.              ! 
    54    ppacr2      =  999999.              ! 
     29   ln_linssh   = .true.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     30   nn_closea   =    0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
     31   ! 
    5532   rn_rdt      = 2880.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    5633/ 
    … …  
    6744&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    6845!----------------------------------------------------------------------- 
     46   ln_blk      = .true.    !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    6947   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
    7048                           !  =1 use observed ice-cover      , 
    … …  
    7856/ 
    7957!----------------------------------------------------------------------- 
    80 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    81 !----------------------------------------------------------------------- 
    82 !              !  file name                    ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                               ! rotation ! land/sea mask ! 
    83 !              !                               !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                              ! pairing  ! filename      ! 
    84    sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'      , 'Uwnd'   , '' 
    85    sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'      , 'Vwnd'   , '' 
    86    sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    87    sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    88    sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    89    sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    90    sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    91    sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    92    sn_tdif     = 'taudif_core'                 ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    93  
    94    cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files 
    95    ln_taudif   = .false.   !  HF tau contribution: use "mean of stress module - module of the mean stress" data 
    96    rn_zqt      = 10.        !  Air temperature and humidity reference height (m) 
    97    rn_zu       = 10.        !  Wind vector reference height (m) 
    98    rn_pfac     = 1.        !  multiplicative factor for precipitation (total & snow) 
    99    rn_efac     = 1.        !  multiplicative factor for evaporation (0. or 1.) 
    100    rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity 
    101                            !  in the calculation of the wind stress (0.=absolute winds or 1.=relative winds) 
     58&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
     59!----------------------------------------------------------------------- 
     60!              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                              ! rotation ! land/sea mask ! 
     61!              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                             ! pairing  ! filename      ! 
     62   sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'     , 'Uwnd'   , '' 
     63   sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'     , 'Vwnd'   , '' 
     64   sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'   ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     65   sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'   ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     66   sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     67   sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     68   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     69   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     70   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'SLP'     ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     71   sn_tdif     = 'taudif_core'                ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     72   ! 
     73   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     74   ! 
    10275/ 
    10376!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    195168   ln_dynvor_mix = .false. !  mixed scheme 
    196169   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
    197       nn_een_e3f = 1             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
     170      nn_een_e3f = 0             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
    198171/ 
    199172!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r5656 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    31       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    32       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    337 
    34       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    35   
    36    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    37      <field field_ref="e3t"                          /> 
    38      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    39      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    40      <field field_ref="sst"          name="tos"      /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sos"      /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="zos"      /> 
    43      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    44      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    45      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    46      <field field_ref="mldkz5"                       /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"                     /> 
    48      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    49      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    50      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    51      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    52      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo" /> 
    53      <field field_ref="taum"                         /> 
    54      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp" /> 
    55       <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    56      <field field_ref="sbt"                          /> 
    57    </file> 
     8  <context id="xios" > 
    589 
    59    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    60      <field field_ref="e3u"                       /> 
    61      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    62      <field field_ref="uoce"         name="uo"      operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    63      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    64    </file> 
    65     
    66    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    67      <field field_ref="e3v"                       /> 
    68      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    69      <field field_ref="voce"         name="vo"      operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    70      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    71    </file> 
    72     
    73    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    74      <field field_ref="e3w"                        /> 
    75      <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
    76      <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    77    </file> 
     10      <variable_definition> 
    7811 
    79    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    80      <field field_ref="ice_pres"   /> 
    81      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd" /> 
    82      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit" /> 
    83      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip" /> 
    84      <field field_ref="ist_ipa"    /> 
    85      <field field_ref="uice_ipa"   /> 
    86      <field field_ref="vice_ipa"   /> 
    87      <field field_ref="utau_ice"   /> 
    88      <field field_ref="vtau_ice"   /> 
    89      <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
    90      <field field_ref="qns_io_cea" /> 
    91      <field field_ref="snowpre"    /> 
    92    </file> 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    9316 
    94    <!-- 
    95    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    96      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    97      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    98      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    99      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    100      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    101      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    102    </file> 
    103    --> 
    104  
    105       </file_group> 
    106  
    107       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    108       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    109       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    110       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    111       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    112  
    113       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    114       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    115       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    116       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    117  
    118    </file_definition> 
    119      
    120     <!--  
    121 ============================================================================================================ 
    122 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    123 ============================================================================================================ 
    124     --> 
    125      
    126    <axis_definition>   
    127       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    130       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    131       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    133       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    134       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    135       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    136    </axis_definition>  
    137     
    138    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    139     
    140    <grid_definition>     
    141      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    142      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    143      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    144      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    145      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    146      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    147      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    148      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    149      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    150      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    151      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    152     </grid_definition>    
    153   </context> 
    154    
    155  <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    156      
    157     <!-- $id$ --> 
    158      
    159     <!--  
    160 ============================================================================================================ 
    161 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    162 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    163 ============================================================================================================ 
    164     --> 
    165     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    166     <!--  
    167 ============================================================================================================ 
    168 =                                           output files definition                                        = 
    169 =                                            Define your own files                                         = 
    170 =                                         put the variables you want...                                    = 
    171 ============================================================================================================ 
    172     --> 
    173      
    174     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    175      
    176       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    177       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    178       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    179       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    180       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    181       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    182       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    183       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    184  
    185       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    186   
    187    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    188      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    189      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    190      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    191      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    192      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    193      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    194      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    195      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    196      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    197      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    198      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    199      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    200      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo"  /> 
    201      <field field_ref="taum"         name="taum" /> 
    202      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    203           <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    204    </file> 
    205  
    206    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    207      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    208      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    209      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    210           <!-- variables available with MLE 
    211           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    212      --> 
    213    </file> 
    214     
    215    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    216      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    217      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    218      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    219           <!-- variables available with MLE 
    220           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    221      --> 
    222    </file> 
    223     
    224    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    225      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    226      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    227    </file> 
    228 <!-- 
    229    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    230      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    231      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    232      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    233      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    234      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    235      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    236      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    237      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    238      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    239      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    240      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    241      <field field_ref="snowpre"      /> 
    242    </file> 
    243  
    244    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    245      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    246      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    247      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    248      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    249      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    250      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    251    </file> 
    252    --> 
    253       </file_group> 
    254  
    255  
    256       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    257  
    258  
    259       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    260       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    261       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    262       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    263  
    264       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    265       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    266       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    267       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    268  
    269    </file_definition> 
    270      
    271     <!--  
    272 ============================================================================================================ 
    273 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    274 ============================================================================================================ 
    275     --> 
    276      
    277    <axis_definition>   
    278       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    279       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    280       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    281       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    282       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    283       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    284    </axis_definition>  
    285      
    286    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    287     
    288    <grid_definition>     
    289      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    290      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    291      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    292      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    293      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    294      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    295      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    296      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    297     </grid_definition>    
     17      </variable_definition> 
    29818  </context> 
    29919 
    300   <context id="xios"> 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
    30123 
    302       <variable_definition> 
    303     
    304      <!--  
    305         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    306 --> 
    307      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    308      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    309      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    310      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    311      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    312      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    313     
    314       </variable_definition> 
    315                 
    316   </context> 
    317    
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    31826</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r5385 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35   

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_crs.xml

    r5385 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_demo.xml

    r5468 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_oldstyle.xml

    r5385 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    99   cn_exp      =  "ORCA2"  !  experience name 
    1010   nn_it000    =       1   !  first time step 
    11    nn_itend    =     300   !  last  time step (std 5475) 
    12 / 
    13 !----------------------------------------------------------------------- 
    14 &namcfg        !   parameters of the configuration 
    15 !----------------------------------------------------------------------- 
    16    cp_cfg      =  "orca"               !  name of the configuration 
    17    jp_cfg      =       2               !  resolution of the configuration 
    18    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    19    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    20    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    21    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    22    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    23    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    24    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    25    jperio      =       4               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     11   nn_itend    =    5475   !  last  time step (std 5475) 
     12/ 
     13!----------------------------------------------------------------------- 
     14&namcfg     !   parameters of the configuration 
     15!----------------------------------------------------------------------- 
     16   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     17      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     18      cn_domcfg = "ORCA_R2_zps_domcfg"    ! domain configuration filename 
    2619/ 
    2720!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    2922!----------------------------------------------------------------------- 
    3023   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps 
    31    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
    3224/ 
    3325!----------------------------------------------------------------------- 
    3426&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3527!----------------------------------------------------------------------- 
    36    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    37    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    38    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    39    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    40    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    41    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    42    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    43    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    44    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    45    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    46    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    47    ppacr       =       3.0             ! 
    48    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    49    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    50    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    51    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    52    ppkth2      =  999999.              ! 
    53    ppacr2      =  999999.              ! 
     28   ln_linssh   = .false.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     29   ! 
     30   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     31   ! 
    5432/ 
    5533!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6543&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    6644!----------------------------------------------------------------------- 
    67 / 
    68 !----------------------------------------------------------------------- 
    69 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    70 !----------------------------------------------------------------------- 
     45   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
     46/ 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
     49!----------------------------------------------------------------------- 
     50   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
    7151/ 
    7252!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    134114   ln_traldf_lev   =  .false.  !  iso-level 
    135115   ln_traldf_hor   =  .false.  !  horizontal (geopotential) 
    136    ln_traldf_iso   =  .true.   !  iso-neutral (standard operator) 
    137    ln_traldf_triad =  .false.  !  iso-neutral (triad    operator) 
     116   ln_traldf_iso   =  .true.   !  iso-neutral (Standard operator) 
     117   ln_traldf_triad =  .false.  !  iso-neutral (Triads   operator) 
    138118   ! 
    139119   !                       !  iso-neutral options:         
    … …  
    147127   nn_aht_ijk_t    = 20        !  space/time variation of eddy coef 
    148128   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_diffusivity_2D.nc (..._3D.nc) file 
    149    !                                !   =  0           constant 
    150    !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
    151    !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     129   !                                !   =  0           constant  
     130   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d  
     131   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d  
    152132   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
    153133   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
    … …  
    164144   nn_aei_ijk_t  = 21      ! space/time variation of the eiv coeficient 
    165145   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_induced_velocity_2D.nc (..._3D.nc) file 
    166    !                                !   =  0           constant 
    167    !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
    168    !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     146   !                                !   =  0           constant  
     147   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d  
     148   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d  
    169149   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
    170150   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
    171151/ 
    172152!----------------------------------------------------------------------- 
    173 &namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping 
     153&namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping                      (default: NO) 
    174154!----------------------------------------------------------------------- 
    175155/ 
    … …  
    190170&namdyn_hpg    !   Hydrostatic pressure gradient option 
    191171!----------------------------------------------------------------------- 
    192 / 
    193 !----------------------------------------------------------------------- 
    194 &namdyn_spg    !   Surface pressure gradient 
    195 !----------------------------------------------------------------------- 
    196    ln_dynspg_ts = .true.   !  Split-explicit free surface 
     172   ln_hpg_sco  = .true.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     173/ 
     174!----------------------------------------------------------------------- 
     175&namdyn_spg    !   surface pressure gradient 
     176!----------------------------------------------------------------------- 
     177   ln_dynspg_ts  = .true.  !  split-explicit free surface 
    197178/ 
    198179!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    219200   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
    220201   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
     202   ! 
     203   ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
    221204/ 
    222205!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    249232/ 
    250233!----------------------------------------------------------------------- 
    251 &namhsb       !  Heat and salt budgets 
    252 !----------------------------------------------------------------------- 
    253 / 
    254 !----------------------------------------------------------------------- 
    255 &namobs       !  observation usage 
     234&namhsb       !  Heat and salt budgets                                  (default F) 
     235!----------------------------------------------------------------------- 
     236/ 
     237!----------------------------------------------------------------------- 
     238&namobs       !  observation usage                                      ('key_diaobs') 
    256239!----------------------------------------------------------------------- 
    257240/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/1_namelist_cfg

    r6140 r7646  
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    77   cn_exp      = "Agulhas" !  experience name  
    8    nn_itend    =     480   !  last  time step 
     8   nn_it000    =       1   !  first time step 
     9   nn_itend    =   10950   !  last  time step 
    910   nn_stock    =   10950   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    1011   nn_write    =   10950   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
    … …  
    1415&namcfg        !   parameters of the configuration 
    1516!----------------------------------------------------------------------- 
    16    cp_cfg      =  "default"             !  name of the configuration 
    17    jp_cfg      =      -1               !  resolution of the configuration 
    18    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    19    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    20    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    21    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    22    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    23    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    24    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    25    jperio      =       0               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     17   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     18      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     19      cn_domcfg = "AGRIF_AGULHAS_domain_cfg"    ! domain configuration filename 
    2620/ 
    2721!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    3327&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3428!-----------------------------------------------------------------------   
    35    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    36    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    37    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    38    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    39    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    40    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    41    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    42    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    43    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    44    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    45    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    46    ppacr       =       3.0             ! 
    47    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    48    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    49    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    50    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    51    ppkth2      =  999999.              ! 
    52    ppacr2      =  999999.              ! 
     29   ln_linssh   = .true.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     30   nn_closea   =    0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
     31   ! 
    5332   rn_rdt      = 2880.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     33   ! 
    5434/ 
    5535!----------------------------------------------------------------------- 
    5636&namcrs        !   Grid coarsening for dynamics output and/or 
    57                !   passive tracer coarsened online simulations 
     37!              !   passive tracer coarsened online simulations 
    5838!----------------------------------------------------------------------- 
    5939/ 
    … …  
    6545&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    6646!----------------------------------------------------------------------- 
     47   ln_blk      = .true.    !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    6748   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
    6849                           !  =1 use observed ice-cover      , 
    … …  
    7657/ 
    7758!----------------------------------------------------------------------- 
    78 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    79 !----------------------------------------------------------------------- 
    80 !              !  file name                    ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                               ! rotation ! land/sea mask ! 
    81 !              !                               !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                              ! pairing  ! filename      ! 
    82    sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'      , 'Uwnd'   , '' 
    83    sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'      , 'Vwnd'   , '' 
    84    sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    85    sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    86    sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    87    sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    88    sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    89    sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    90    sn_tdif     = 'taudif_core'                 ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    91  
    92    cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files 
    93    ln_taudif   = .false.   !  HF tau contribution: use "mean of stress module - module of the mean stress" data 
    94    rn_zqt      = 10.        !  Air temperature and humidity reference height (m) 
    95    rn_zu       = 10.        !  Wind vector reference height (m) 
    96    rn_pfac     = 1.        !  multiplicative factor for precipitation (total & snow) 
    97    rn_efac     = 1.        !  multiplicative factor for evaporation (0. or 1.) 
    98    rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity 
    99                            !  in the calculation of the wind stress (0.=absolute winds or 1.=relative winds) 
     59&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61!              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                              ! rotation ! land/sea mask ! 
     62!              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                             ! pairing  ! filename      ! 
     63   sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'     , 'Uwnd'   , '' 
     64   sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'     , 'Vwnd'   , '' 
     65   sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'   ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     66   sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'   ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     67   sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     68   sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     69   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     70   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     71   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'SLP'     ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     72   sn_tdif     = 'taudif_core'                ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'    , ''       , '' 
     73   ! 
     74   !                    !  bulk algorithm : 
     75   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     76   ! 
    10077/ 
    10178!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    193170   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
    194171      nn_een_e3f = 0             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
    195    ln_dynvor_msk = .false. !  vorticity multiplied by fmask (=T) or not (=F) (all vorticity schemes) 
    196172/ 
    197173!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    216192   ln_dynldf_iso =  .false.    !  iso-neutral 
    217193   !                       !  Coefficient 
    218    nn_ahm_ijk_t  = 20          !  space/time variation of eddy coef 
     194   nn_ahm_ijk_t  =  0          !  space/time variation of eddy coef 
    219195   !                                !  =-30  read in eddy_viscosity_3D.nc file 
    220196   !                                !  =-20  read in eddy_viscosity_2D.nc file 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/1_namelist_ice_cfg

    r4161 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/LIM2 : Configuration namelist used to overwrite 1_namelist_ice_ref 
     2!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     3!! NEMO/LIM3 configuration namelist: Overwrites 1_namelist_ice_ref 
     4!!              1 - Generic parameters                 (namicerun) 
     5!!              2 - Diagnostics                        (namicediag) 
     6!!              3 - Ice initialization                 (namiceini) 
     7!!              4 - Ice discretization                 (namiceitd) 
     8!!              5 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
     9!!              6 - Ice diffusion                      (namicehdf) 
     10!!              7 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
     11!!              8 - Ice salinity                       (namicesal) 
     12!!              9 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
    313!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    4 ! 
    5 !----------------------------------------------------------------------- 
    6 &namicerun     !   Share parameters for dynamics/advection/thermo 
    7 !----------------------------------------------------------------------- 
     14!------------------------------------------------------------------------------ 
     15&namicerun     !   Generic parameters 
     16!------------------------------------------------------------------------------ 
    817/ 
    9 !----------------------------------------------------------------------- 
    10 &namiceini     !   ice initialisation 
    11 !----------------------------------------------------------------------- 
     18!------------------------------------------------------------------------------ 
     19&namicediag    !   Diagnostics 
     20!------------------------------------------------------------------------------ 
    1221/ 
    13 !----------------------------------------------------------------------- 
    14 &namicedyn     !   ice dynamic 
    15 !----------------------------------------------------------------------- 
    16    creepl      =   2.0e-08 !  creep limit 
    17    nevp        =   360     !  number of EVP subcycling iterations 
    18    telast      =   3600    !  timescale for EVP elastic waves 
     22!------------------------------------------------------------------------------ 
     23&namiceini     !   Ice initialization 
     24!------------------------------------------------------------------------------ 
    1925/ 
    20 !----------------------------------------------------------------------- 
    21 &namicetrp     !   ice transport 
    22 !----------------------------------------------------------------------- 
     26!------------------------------------------------------------------------------ 
     27&namiceitd     !   Ice discretization 
     28!------------------------------------------------------------------------------ 
    2329/ 
    24 !----------------------------------------------------------------------- 
    25 &namicethd     !   ice thermodynamic 
    26 !----------------------------------------------------------------------- 
     30!------------------------------------------------------------------------------ 
     31&namicedyn     !   Ice dynamics and transport 
     32!------------------------------------------------------------------------------ 
    2733/ 
    28 !----------------------------------------------------------------------- 
    29 &namicedia     !   ice diagnostics 
    30 !----------------------------------------------------------------------- 
     34!------------------------------------------------------------------------------ 
     35&namicehdf     !   Ice horizontal diffusion 
     36!------------------------------------------------------------------------------ 
    3137/ 
    32 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    33 &namiceout     !   parameters for outputs 
    34 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    35 /       
     38!------------------------------------------------------------------------------ 
     39&namicethd     !   Ice thermodynamics 
     40!------------------------------------------------------------------------------ 
     41/ 
     42!------------------------------------------------------------------------------ 
     43&namicesal     !   Ice salinity 
     44!------------------------------------------------------------------------------ 
     45/ 
     46!------------------------------------------------------------------------------ 
     47&namiceitdme   !   Ice mechanical redistribution (ridging and rafting) 
     48!------------------------------------------------------------------------------ 
     49/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/iodef.xml

    r5517 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    267 
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28  
    29       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    30  
    31       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    32  
    33       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    34  
    35       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    36  
    37       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    38        
    39       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files --> 
    40        
    41       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    42     
    43    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    44      <field field_ref="e3t"      /> 
    45      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    46      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    47      <field field_ref="sst"          name="tos"   /> 
    48      <field field_ref="sss"          name="sos"   /> 
    49      <field field_ref="ssh"          name="zos"   /> 
    50      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    51      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    52      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    53      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    54      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    55      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    56      <field field_ref="sbt"      /> 
    57      <field field_ref="heatc"        name="heatc" /> 
    58      <field field_ref="saltc"        name="saltc" /> 
    59    </file> 
    60  
    61    <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63      <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  /> 
    64      <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  /> 
    65      <field field_ref="qt_oce"       name="qt_oce"   /> 
    66      <field field_ref="qsr_ice"      name="qsr_ice"  /> 
    67      <field field_ref="qns_ice"      name="qns_ice"  /> 
    68      <field field_ref="qtr_ice"      name="qtr_ice"  /> 
    69      <field field_ref="qt_ice"       name="qt_ice"   /> 
    70      <field field_ref="saltflx"      name="sfx"      /> 
    71      <field field_ref="taum"         name="taum"     /> 
    72      <field field_ref="wspd"         name="windsp"   /> 
    73      <field field_ref="precip"       name="precip"   /> 
    74      <!-- ice and snow --> 
    75      <field field_ref="snowpre" /> 
    76      <field field_ref="utau_ice"     name="utau_ice" /> 
    77      <field field_ref="vtau_ice"     name="vtau_ice" /> 
    78    </file> 
    79  
    80    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    81      <field field_ref="e3u" /> 
    82      <field field_ref="ssu"          name="uos"      /> 
    83      <field field_ref="uoce"         name="uo"       operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    84      <field field_ref="utau"         name="tauuo"    /> 
    85           <!-- available with key_diaar5 --> 
    86      <field field_ref="u_masstr"     name="vozomatr" /> 
    87      <field field_ref="u_heattr"     name="sozohetr" /> 
    88       <field field_ref="u_salttr"     name="sozosatr" /> 
    89    </file> 
    90     
    91    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    92      <field field_ref="e3v" /> 
    93      <field field_ref="ssv"          name="vos"      /> 
    94      <field field_ref="voce"         name="vo"       operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    95      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    /> 
    96           <!-- available with key_diaar5 --> 
    97      <field field_ref="v_masstr"     name="vomematr" /> 
    98      <field field_ref="v_heattr"     name="somehetr" /> 
    99       <field field_ref="v_salttr"     name="somesatr" /> 
    100    </file> 
    101     
    102    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    103      <field field_ref="e3w" /> 
    104      <field field_ref="woce"         name="wo"       /> 
    105      <field field_ref="avt"          name="difvho"   /> 
    106      <field field_ref="w_masstr"     name="vovematr" /> 
    107    </file> 
    108  
    109    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" enabled=".true." > 
    110           <field field_ref="snowthic_cea"    name="snthic" /> 
    111           <field field_ref="icethic_cea"     name="sithic" /> 
    112           <field field_ref="icevolu"         name="sivolu" /> 
    113           <field field_ref="snowvol"         name="snvolu" /> 
    114           <field field_ref="iceconc"         name="siconc" /> 
    115  
    116           <field field_ref="vfxbog"          name="vfxbog" /> 
    117           <field field_ref="vfxdyn"          name="vfxdyn" /> 
    118           <field field_ref="vfxopw"          name="vfxopw" /> 
    119           <field field_ref="vfxsni"          name="vfxsni" /> 
    120           <field field_ref="vfxsum"          name="vfxsum" /> 
    121           <field field_ref="vfxbom"          name="vfxbom" /> 
    122           <field field_ref="vfxres"          name="vfxres" /> 
    123           <field field_ref="vfxice"          name="vfxice" /> 
    124           <field field_ref="vfxsnw"          name="vfxsnw" /> 
    125           <field field_ref="vfxsub"          name="vfxsub" /> 
    126           <field field_ref="vfxspr"          name="vfxspr" /> 
    127  
    128           <field field_ref="icetrp"          name="sivtrp" /> 
    129           <field field_ref="snwtrp"          name="snvtrp" /> 
    130           <field field_ref="saltrp"          name="saltrp" /> 
    131           <field field_ref="deitrp"          name="deitrp" /> 
    132           <field field_ref="destrp"          name="destrp" /> 
    133  
    134           <field field_ref="sfxbri"          name="sfxbri" /> 
    135           <field field_ref="sfxdyn"          name="sfxdyn" /> 
    136           <field field_ref="sfxres"          name="sfxres" /> 
    137           <field field_ref="sfxbog"          name="sfxbog" /> 
    138           <field field_ref="sfxbom"          name="sfxbom" /> 
    139           <field field_ref="sfxsum"          name="sfxsum" /> 
    140           <field field_ref="sfxsni"          name="sfxsni" /> 
    141           <field field_ref="sfxopw"          name="sfxopw" /> 
    142           <field field_ref="sfx"             name="sfx"    /> 
    143  
    144           <field field_ref="hfxsum"          name="hfxsum"     /> 
    145           <field field_ref="hfxbom"          name="hfxbom"     /> 
    146           <field field_ref="hfxbog"          name="hfxbog"     /> 
    147           <field field_ref="hfxdif"          name="hfxdif"     /> 
    148           <field field_ref="hfxopw"          name="hfxopw"     /> 
    149           <field field_ref="hfxout"          name="hfxout"     /> 
    150           <field field_ref="hfxin"           name="hfxin"      /> 
    151           <field field_ref="hfxsnw"          name="hfxsnw"     /> 
    152           <field field_ref="hfxerr"          name="hfxerr"     /> 
    153           <field field_ref="hfxerr_rem"      name="hfxerr_rem" /> 
    154  
    155      <!-- ice-ocean heat flux from mass exchange --> 
    156           <field field_ref="hfxdyn"          name="hfxdyn" /> 
    157           <field field_ref="hfxres"          name="hfxres" /> 
    158           <field field_ref="hfxthd"          name="hfxthd" /> 
    159      <!-- ice-atm. heat flux from mass exchange --> 
    160           <field field_ref="hfxsub"          name="hfxsub" /> 
    161           <field field_ref="hfxspr"          name="hfxspr" /> 
    162  
    163      <!-- diags --> 
    164           <field field_ref="hfxdhc"          name="hfxdhc" /> 
    165           <field field_ref="hfxtur"          name="hfxtur" /> 
    166  
    167           <field field_ref="isst"            name="sst"    /> 
    168           <field field_ref="isss"            name="sss"    /> 
    169           <field field_ref="micesalt"        name="sisali" /> 
    170           <field field_ref="micet"           name="sitemp" /> 
    171           <field field_ref="icest"           name="sistem" /> 
    172           <field field_ref="icehc"           name="siheco" /> 
    173           <field field_ref="isnowhc"         name="snheco" /> 
    174           <field field_ref="miceage"         name="siages" /> 
    175  
    176           <field field_ref="uice_ipa"        name="sivelu" /> 
    177           <field field_ref="vice_ipa"        name="sivelv" /> 
    178           <field field_ref="icevel"          name="sivelo" /> 
    179           <field field_ref="idive"           name="sidive" /> 
    180           <field field_ref="ishear"          name="sishea" /> 
    181           <field field_ref="icestr"          name="sistre" /> 
    182  
    183           <field field_ref="ibrinv"          name="sibrin" /> 
    184           <field field_ref="icecolf"         name="sicolf" /> 
    185  
    186           <field field_ref="iceage_cat"      name="siagecat" /> 
    187           <field field_ref="iceconc_cat"     name="siconcat" /> 
    188           <field field_ref="icethic_cat"     name="sithicat" /> 
    189           <field field_ref="snowthic_cat"    name="snthicat" /> 
    190           <field field_ref="salinity_cat"    name="salincat" /> 
    191           <field field_ref="brinevol_cat"    name="sibricat" /> 
    192      <field field_ref="icetemp_cat"     name="sitemcat" /> 
    193      <field field_ref="snwtemp_cat"     name="sntemcat" /> 
    194  
    195    </file> 
    196  
    197         <file id="file7" name_suffix="_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    198           <field field_ref="voltot"       name="scvoltot"   /> 
    199           <field field_ref="sshtot"       name="scsshtot"   /> 
    200           <field field_ref="sshsteric"    name="scsshste"   /> 
    201           <field field_ref="sshthster"    name="scsshtst"   /> 
    202           <field field_ref="masstot"      name="scmastot"   /> 
    203           <field field_ref="temptot"      name="sctemtot"   /> 
    204           <field field_ref="saltot"       name="scsaltot"   /> 
    205  
    206           <field field_ref="bgtemper"     name="bgtemper"   /> 
    207           <field field_ref="bgsaline"     name="bgsaline"   /> 
    208           <field field_ref="bgheatco"     name="bgheatco"   /> 
    209           <field field_ref="bgsaltco"     name="bgsaltco"   /> 
    210           <field field_ref="bgvolssh"     name="bgvolssh"   />  
    211           <field field_ref="bgvole3t"     name="bgvole3t"   /> 
    212           <field field_ref="bgfrcvol"     name="bgfrcvol"   /> 
    213           <field field_ref="bgfrctem"     name="bgfrctem"   /> 
    214           <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"   /> 
    215  
    216           <field field_ref="ibgvoltot"    name="ibgvoltot"  /> 
    217           <field field_ref="sbgvoltot"    name="sbgvoltot"  /> 
    218           <field field_ref="ibgarea"      name="ibgarea"    /> 
    219           <field field_ref="ibgsaline"    name="ibgsaline"  /> 
    220           <field field_ref="ibgtemper"    name="ibgtemper"  /> 
    221           <field field_ref="ibgheatco"    name="ibgheatco"  /> 
    222           <field field_ref="sbgheatco"    name="sbgheatco"  /> 
    223           <field field_ref="ibgsaltco"    name="ibgsaltco"  /> 
    224  
    225           <field field_ref="ibgvfx"       name="ibgvfx"     /> 
    226           <field field_ref="ibgvfxbog"    name="ibgvfxbog"  /> 
    227           <field field_ref="ibgvfxopw"    name="ibgvfxopw"  /> 
    228           <field field_ref="ibgvfxsni"    name="ibgvfxsni"  /> 
    229           <field field_ref="ibgvfxdyn"    name="ibgvfxdyn"  /> 
    230           <field field_ref="ibgvfxbom"    name="ibgvfxbom"  /> 
    231           <field field_ref="ibgvfxsum"    name="ibgvfxsum"  /> 
    232           <field field_ref="ibgvfxres"    name="ibgvfxres"  /> 
    233           <field field_ref="ibgvfxspr"    name="ibgvfxspr"  /> 
    234           <field field_ref="ibgvfxsnw"    name="ibgvfxsnw"  /> 
    235           <field field_ref="ibgvfxsub"    name="ibgvfxsub"  /> 
    236  
    237           <field field_ref="ibgsfx"       name="ibgsfx"     /> 
    238           <field field_ref="ibgsfxbri"    name="ibgsfxbri"  /> 
    239           <field field_ref="ibgsfxdyn"    name="ibgsfxdyn"  /> 
    240           <field field_ref="ibgsfxres"    name="ibgsfxres"  /> 
    241           <field field_ref="ibgsfxbog"    name="ibgsfxbog"  /> 
    242           <field field_ref="ibgsfxopw"    name="ibgsfxopw"  /> 
    243           <field field_ref="ibgsfxsni"    name="ibgsfxsni"  /> 
    244           <field field_ref="ibgsfxbom"    name="ibgsfxbom"  /> 
    245           <field field_ref="ibgsfxsum"    name="ibgsfxsum"  /> 
    246  
    247           <field field_ref="ibghfxdhc"    name="ibghfxdhc"  /> 
    248           <field field_ref="ibghfxspr"    name="ibghfxspr"  /> 
    249  
    250           <field field_ref="ibghfxres"    name="ibghfxres"  /> 
    251           <field field_ref="ibghfxsub"    name="ibghfxsub"  /> 
    252           <field field_ref="ibghfxdyn"    name="ibghfxdyn"  /> 
    253           <field field_ref="ibghfxthd"    name="ibghfxthd"  /> 
    254           <field field_ref="ibghfxsum"    name="ibghfxsum"  /> 
    255           <field field_ref="ibghfxbom"    name="ibghfxbom"  /> 
    256           <field field_ref="ibghfxbog"    name="ibghfxbog"  /> 
    257           <field field_ref="ibghfxdif"    name="ibghfxdif"  /> 
    258           <field field_ref="ibghfxopw"    name="ibghfxopw"  /> 
    259           <field field_ref="ibghfxout"    name="ibghfxout"  /> 
    260           <field field_ref="ibghfxin"     name="ibghfxin"   /> 
    261           <field field_ref="ibghfxsnw"    name="ibghfxsnw"  /> 
    262  
    263           <field field_ref="ibgfrcvol"    name="ibgfrcvol"  /> 
    264           <field field_ref="ibgfrcsfx"    name="ibgfrcsfx"  /> 
    265           <field field_ref="ibgvolgrm"    name="ibgvolgrm"  /> 
    266  
    267         </file> 
    268  
    269    <!-- 
    270    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    271      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    272      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    273      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    274      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    275      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    276      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    277    </file> 
    278    --> 
    279  
    280       </file_group> 
    281  
    282       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    283       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    284       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    285       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    286       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    287  
    288       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    289       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    290       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    291       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    292  
    293    </file_definition> 
    294      
    295     <!--  
    296 ============================================================================================================ 
    297 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    298 ============================================================================================================ 
    299     --> 
    300      
    301    <axis_definition>   
    302       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    303       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    304       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    305       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    306       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    307       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    308       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    309       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    310       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    311    </axis_definition>  
    312      
    313    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    314     
    315    <grid_definition>     
    316      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    317      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    318      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    319      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    320      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    321      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    322      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    323      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    324      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    325      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    326      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    327     </grid_definition>    
    328   </context> 
    329    
    330  
    331   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    3329 
    33310      <variable_definition> 
    334     
    335      <!--  
    336         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    337 --> 
    338      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    339      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    340      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    341      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    342      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    343      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    344     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    34517      </variable_definition> 
    346                 
    34718  </context> 
    348    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    34926</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/namelist_cfg

    r7212 r7646  
    99   cn_exp      =  "ORCA2"  !  experience name 
    1010   nn_it000    =       1   !  first time step 
    11    nn_itend    =     300   !  last  time step (std 5475) 
    12 / 
    13 !----------------------------------------------------------------------- 
    14 &namcfg        !   parameters of the configuration 
    15 !----------------------------------------------------------------------- 
    16    cp_cfg      =  "orca"               !  name of the configuration 
    17    jp_cfg      =       2               !  resolution of the configuration 
    18    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    19    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    20    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    21    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    22    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    23    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    24    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    25    jperio      =       4               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     11   nn_itend    =    5475   !  last  time step (std 5475) 
     12/ 
     13!----------------------------------------------------------------------- 
     14&namcfg     !   parameters of the configuration 
     15!----------------------------------------------------------------------- 
     16   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     17      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     18      cn_domcfg = "ORCA_R2_zps_domcfg"    ! domain configuration filename 
    2619/ 
    2720!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    3326&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3427!----------------------------------------------------------------------- 
    35    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    36    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    37    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    38    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    39    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    40    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    41    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    42    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    43    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    44    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    45    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    46    ppacr       =       3.0             ! 
    47    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    48    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    49    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    50    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    51    ppkth2      =  999999.              ! 
    52    ppacr2      =  999999.              ! 
     28   ln_linssh   = .false.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     29   ! 
     30   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     31   ! 
    5332/ 
    5433!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6443&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    6544!----------------------------------------------------------------------- 
    66 / 
    67 !----------------------------------------------------------------------- 
    68 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    69 !----------------------------------------------------------------------- 
     45   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
     46/ 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48&namsbc_blk   !   namsbc_blk  Bulk formulae 
     49!----------------------------------------------------------------------- 
     50   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
    7051/ 
    7152!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    200181/ 
    201182!----------------------------------------------------------------------- 
    202 &namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping 
     183&namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping                      (default: NO) 
    203184!----------------------------------------------------------------------- 
    204185/ 
    … …  
    219200&namdyn_hpg    !   Hydrostatic pressure gradient option 
    220201!----------------------------------------------------------------------- 
    221    ln_hpg_sco  = .true.    !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    222    ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
     202   ln_hpg_sco  = .true.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    223203/ 
    224204!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/namelist_ice_cfg

    r4690 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/LIM-2 : Ice configuration namelist. Overwrites SHARED/namelist_ice_lim2_ref 
     2!! LIM3 configuration namelist: Overwrites SHARED/namelist_ice_lim3_ref 
     3!!              1 - Generic parameters                 (namicerun) 
     4!!              2 - Diagnostics                        (namicediag) 
     5!!              3 - Ice initialization                 (namiceini) 
     6!!              4 - Ice discretization                 (namiceitd) 
     7!!              5 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
     8!!              6 - Ice diffusion                      (namicehdf) 
     9!!              7 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
     10!!              8 - Ice salinity                       (namicesal) 
     11!!              9 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
    312!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    4  
    5 !----------------------------------------------------------------------- 
    6 &namicerun     !   Share parameters for dynamics/advection/thermo 
    7 !----------------------------------------------------------------------- 
     13!------------------------------------------------------------------------------ 
     14&namicerun     !   Generic parameters 
     15!------------------------------------------------------------------------------ 
    816/ 
    9 !----------------------------------------------------------------------- 
    10 &namiceini     !   ice initialisation 
    11 !----------------------------------------------------------------------- 
     17!------------------------------------------------------------------------------ 
     18&namicediag    !   Diagnostics 
     19!------------------------------------------------------------------------------ 
    1220/ 
    13 !----------------------------------------------------------------------- 
    14 &namicedyn     !   ice dynamic 
    15 !----------------------------------------------------------------------- 
     21!------------------------------------------------------------------------------ 
     22&namiceini     !   Ice initialization 
     23!------------------------------------------------------------------------------ 
    1624/ 
    17 !----------------------------------------------------------------------- 
    18 &namicethd     !   ice thermodynamic 
    19 !----------------------------------------------------------------------- 
     25!------------------------------------------------------------------------------ 
     26&namiceitd     !   Ice discretization 
     27!------------------------------------------------------------------------------ 
    2028/ 
    21 !----------------------------------------------------------------------- 
    22 &namicesal     !   ice salinity 
    23 !----------------------------------------------------------------------- 
     29!------------------------------------------------------------------------------ 
     30&namicedyn     !   Ice dynamics and transport 
     31!------------------------------------------------------------------------------ 
    2432/ 
    25 !----------------------------------------------------------------------- 
    26 &namiceitdme   !   parameters for mechanical redistribution of ice  
    27 !----------------------------------------------------------------------- 
     33!------------------------------------------------------------------------------ 
     34&namicehdf     !   Ice horizontal diffusion 
     35!------------------------------------------------------------------------------ 
    2836/ 
    29 !----------------------------------------------------------------------- 
    30 &namicedia     !   ice diagnostics 
    31 !----------------------------------------------------------------------- 
     37!------------------------------------------------------------------------------ 
     38&namicethd     !   Ice thermodynamics 
     39!------------------------------------------------------------------------------ 
    3240/ 
     41!------------------------------------------------------------------------------ 
     42&namicesal     !   Ice salinity 
     43!------------------------------------------------------------------------------ 
     44/ 
     45!------------------------------------------------------------------------------ 
     46&namiceitdme   !   Ice mechanical redistribution (ridging and rafting) 
     47!------------------------------------------------------------------------------ 
     48/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5385 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    227 
    23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    31       
    32       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    33         <file id="file1" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" > 
    34            <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    35            <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    36            <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    37            <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
    38            <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    39            <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    40            <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
    41            <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    42            <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    43            <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
    44            <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
    45         </file> 
    46       </file_group> 
    47  
    48       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    49       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/>  <!-- 5d files -->    
    50  
    51       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    52  
    53    <file id="file2" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    54           <field field_ref="DIC"      /> 
    55           <field field_ref="Alkalini" /> 
    56           <field field_ref="O2"       /> 
    57           <field field_ref="PO4"      /> 
    58           <field field_ref="Si"       /> 
    59           <field field_ref="Fer"      /> 
    60           <field field_ref="NCHL"     /> 
    61           <field field_ref="DCHL"     /> 
    62           <field field_ref="NO3"      /> 
    63    </file> 
    64     
    65    <file id="file3" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    66           <field field_ref="Cflx"     /> 
    67           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    68    </file> 
    69  
    70       </file_group> 
    71       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    72       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    73       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    74       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    75  
    76       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    77  
    78    <file id="file4" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    79           <field field_ref="DIC"      /> 
    80           <field field_ref="Alkalini" /> 
    81           <field field_ref="O2"       /> 
    82           <field field_ref="CaCO3"    /> 
    83           <field field_ref="PO4"      /> 
    84           <field field_ref="POC"      /> 
    85           <field field_ref="Si"       /> 
    86           <field field_ref="PHY"      /> 
    87           <field field_ref="ZOO"      /> 
    88           <field field_ref="DOC"      /> 
    89           <field field_ref="PHY2"     /> 
    90           <field field_ref="ZOO2"     /> 
    91           <field field_ref="DSi"      /> 
    92           <field field_ref="Fer"      /> 
    93           <field field_ref="BFe"      /> 
    94           <field field_ref="GOC"      /> 
    95           <field field_ref="SFe"      /> 
    96           <field field_ref="DFe"      /> 
    97           <field field_ref="GSi"      /> 
    98           <field field_ref="NFe"      /> 
    99           <field field_ref="NCHL"     /> 
    100           <field field_ref="DCHL"     /> 
    101           <field field_ref="NO3"      /> 
    102           <field field_ref="NH4"      /> 
    103    </file> 
    104  
    105    <file id="file5" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    106           <field field_ref="PH"       /> 
    107           <field field_ref="CO3"      /> 
    108           <field field_ref="CO3sat"   /> 
    109           <field field_ref="PAR"      /> 
    110           <field field_ref="PPPHY"    /> 
    111           <field field_ref="PPPHY2"   /> 
    112           <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    113           <field field_ref="PPNEWD"   /> 
    114           <field field_ref="PBSi"     /> 
    115           <field field_ref="PFeN"     /> 
    116           <field field_ref="PFeD"     /> 
    117           <field field_ref="xfracal"  /> 
    118           <field field_ref="PCAL"     /> 
    119           <field field_ref="DCAL"     /> 
    120           <field field_ref="GRAZ1"    /> 
    121           <field field_ref="GRAZ2"    /> 
    122           <field field_ref="EPC100"   /> 
    123           <field field_ref="EPFE100"  /> 
    124           <field field_ref="EPSI100"  /> 
    125           <field field_ref="EPCAL100" /> 
    126           <field field_ref="Cflx"     /> 
    127           <field field_ref="Oflx"     /> 
    128           <field field_ref="Kg"       /> 
    129           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    130           <field field_ref="Dpo2"     /> 
    131           <field field_ref="Heup"     /> 
    132           <field field_ref="Irondep"  /> 
    133           <field field_ref="Ironsed"  /> 
    134           <field field_ref="Ironice"  /> 
    135           <field field_ref="Nfix"     /> 
    136           <field field_ref="MuN"      /> 
    137           <field field_ref="MuD"      /> 
    138           <field field_ref="LNnut"    /> 
    139           <field field_ref="LDnut"    /> 
    140           <field field_ref="LNFe"     /> 
    141           <field field_ref="LDFe"     /> 
    142           <field field_ref="LNlight"  /> 
    143           <field field_ref="LDlight"  /> 
    144           <field field_ref="pdust"    /> 
    145           <field field_ref="Fe2"      /> 
    146           <field field_ref="Fe3"      /> 
    147           <field field_ref="FeL1"     /> 
    148           <field field_ref="FeL2"     /> 
    149           <field field_ref="FeP"      /> 
    150           <field field_ref="TL1"      /> 
    151           <field field_ref="TL2"      /> 
    152           <field field_ref="Sdenit"   /> 
    153           <field field_ref="Totlig"   /> 
    154    </file> 
    155  
    156       </file_group> 
    157       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    158       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    159       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    160  
    161    </file_definition> 
    162      
    163     <!--  
    164 ============================================================================================================ 
    165 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    166 ============================================================================================================ 
    167     --> 
    168      
    169    <axis_definition>   
    170       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    171       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    172       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    173       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    174       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    175       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    176       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    177       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    178       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    179    </axis_definition>  
    180      
    181    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    182     
    183    <grid_definition>     
    184      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    185      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    186      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    187      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    188      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    189      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    190      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    191      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    192     </grid_definition>     
    193    
    194   </context> 
    195    
    196  
    197   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    1989 
    19910      <variable_definition> 
    200     
    201      <!--  
    202         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    203 --> 
    204      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    205      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    206      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    207      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    208      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    209      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    210     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    21117      </variable_definition> 
    212                 
    21318  </context> 
    214    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    21526</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    1313&namcfg        !   parameters of the configuration 
    1414!----------------------------------------------------------------------- 
    15    cp_cfg      =  "orca"               !  name of the configuration 
    16    jp_cfg      =       2               !  resolution of the configuration 
    17    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    18    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    19    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    20    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    21    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    22    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    23    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    24    jperio      =       4               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     15   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     16      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     17      cn_domcfg = "ORCA_R2_zps_domcfg"    ! domain configuration filename 
    2518/ 
    2619!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    2821!----------------------------------------------------------------------- 
    2922   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps 
    30    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
    3123/ 
    3224!----------------------------------------------------------------------- 
    3325&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3426!----------------------------------------------------------------------- 
    35    nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    36    rn_rdt      = 21600.    !  time step for the dynamics  
    37    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    38    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    39    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    40    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    41    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    42    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    43    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    44    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    45    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    46    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    47    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    48    ppacr       =       3.0             ! 
    49    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    50    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    51    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    52    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    53    ppkth2      =  999999.              ! 
    54    ppacr2      =  999999.              ! 
     27   ln_linssh   = .true.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     28   ! 
     29   rn_rdt      = 21600.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     30/ 
     31!----------------------------------------------------------------------- 
     32&namlbc        !   lateral momentum boundary condition 
     33!----------------------------------------------------------------------- 
     34   !                       !  free slip  !   partial slip  !   no slip   ! strong slip 
     35   rn_shlat    =    2.     !  shlat = 0  !  0 < shlat < 2  !  shlat = 2  !  2 < shlat 
     36   ln_vorlat   = .false.   !  consistency of vorticity boundary condition with analytical Eqs. 
    5537/ 
    5638!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6648&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    6749!----------------------------------------------------------------------- 
     50   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    6851   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation  
    6952   ln_rnf      = .false.   !  runoffs 
    7053   ln_traqsr   = .false.   !  Light penetration (T) or not (F) 
    71 /   
     54/ 
     55!----------------------------------------------------------------------- 
     56&namsbc_blk   !   namsbc_blk  Bulk formulae 
     57!----------------------------------------------------------------------- 
     58   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     59/ 
    7260!----------------------------------------------------------------------- 
    7361&namtra_qsr    !   penetrative solar radiation 
    … …  
    137125!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    138126!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     127!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     128!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    139129   sn_tem  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'votemper' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    140130   sn_sal  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    … …  
    145135   sn_qsr  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    146136   sn_wnd  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowindsp' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    147    sn_uwd  = 'dyna_grid_U' ,    120            , 'vozocrtx' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    148    sn_vwd  = 'dyna_grid_V' ,    120            , 'vomecrty' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    149    sn_wwd  = 'dyna_grid_W' ,    120            , 'vovecrtz' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     137   sn_uwd  = 'dyna_grid_U' ,    120            , 'uocetr_eff' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     138   sn_vwd  = 'dyna_grid_V' ,    120            , 'vocetr_eff' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     139   sn_wwd  = 'dyna_grid_W' ,    120            , 'wocetr_eff' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    150140   sn_avt  = 'dyna_grid_W' ,    120            , 'voddmavs' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    151141   sn_ubl  = 'dyna_grid_U' ,    120            , 'sobblcox' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    152142   sn_vbl  = 'dyna_grid_V' ,    120            , 'sobblcoy' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''    , '' 
    153143! 
    154    cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    155    ln_dynwzv   =  .true.   !  computation of vertical velocity instead of using the one read in file 
    156    ln_dynbbl   =  .true.   !  bbl coef are in files, so read them - requires ("key_trabbl") 
     144   cn_dir          = './'       !  root directory for the location of the dynamical files 
     145   ln_dynrnf       =  .false.   !  runoffs option enabled (T) or not (F) 
     146   ln_dynrnf_depth =  .false.   ! runoffs is spread in vertical (T) or not (F) 
     147!   fwbcorr      = 3.786e-06    ! annual global mean of empmr for ssh correction 
    157148/ 
    158149!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  :   ORCA2_OFF_PISCES configuration namelsit used to overwrite SHARED/namelist_pisces_ref 
    3 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     2!! PISCES reference namelist  
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15/ 
     16!----------------------------------------------------------------------- 
     17&nampisext     !   air-sea exchange 
     18!----------------------------------------------------------------------- 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
     21&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     22!----------------------------------------------------------------------- 
     23/ 
     24!----------------------------------------------------------------------- 
     25&nampisbio     !   biological parameters 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27   nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     28/ 
     29!----------------------------------------------------------------------- 
     30&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     31!----------------------------------------------------------------------- 
     32/ 
     33!----------------------------------------------------------------------- 
     34&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     35!----------------------------------------------------------------------- 
     36/ 
     37!----------------------------------------------------------------------- 
     38&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     39!----------------------------------------------------------------------- 
     40/ 
     41!----------------------------------------------------------------------- 
     42&nampisopt     !   parameters for optics 
     43!----------------------------------------------------------------------- 
     44/  
     45!----------------------------------------------------------------------- 
     46&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48/ 
    449!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    5 &nampisext     !   air-sea exchange 
     50&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    651!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    752/ 
    8 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    9 &nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    10 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53!----------------------------------------------------------------------- 
     54&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     55!----------------------------------------------------------------------- 
    1156/ 
    12 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    13 &nampisbio     !   biological parameters 
    14 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    15    nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     57!----------------------------------------------------------------------- 
     58&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     59!----------------------------------------------------------------------- 
    1660/ 
    17 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    18 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    19 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     61!----------------------------------------------------------------------- 
     62&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
    2064/ 
    21 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    22 &nampisopt     !   parameters for optics 
    23 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    24 /  
    25 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    26 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    27 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
     66&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     67!----------------------------------------------------------------------- 
    2868/ 
    29 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    30 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    31 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     69!----------------------------------------------------------------------- 
     70&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     71!----------------------------------------------------------------------- 
    3272/ 
    33 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    34 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    35 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     75!----------------------------------------------------------------------- 
    3676/ 
    37 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    38 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    39 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     77!----------------------------------------------------------------------- 
     78&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     79!----------------------------------------------------------------------- 
    4080/ 
    41 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    42 &nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    43 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    44 /   
    45 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     81!-----------------------------------------------------------------------   
    4682&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    47 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     83!----------------------------------------------------------------------- 
    4884/ 
    49 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85!----------------------------------------------------------------------- 
     86&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88/ 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
    5090&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    51 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     91!----------------------------------------------------------------------- 
    5292/ 
    53 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     93!----------------------------------------------------------------------- 
    5494&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    55 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     95!----------------------------------------------------------------------- 
    5696/ 
    57 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     97!----------------------------------------------------------------------- 
     98&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     99!----------------------------------------------------------------------- 
     100/ 
     101!----------------------------------------------------------------------- 
     102&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     103!----------------------------------------------------------------------- 
     104/ 
     105!----------------------------------------------------------------------- 
    58106&nampisdmp     !  Damping  
    59 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    60    nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation  
     107!----------------------------------------------------------------------- 
     108   nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation 
    61109/ 
    62 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     110!----------------------------------------------------------------------- 
    63111&nampismass     !  Mass conservation 
    64 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     112!----------------------------------------------------------------------- 
    65113/ 
     114!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     115!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     116!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     117!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     118!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     119!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     120!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     121!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     122!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     123!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     124!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     125!----------------------------------------------------------------------- 
     126&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
     127!----------------------------------------------------------------------- 
     128/ 
     129!----------------------------------------------------------------------- 
     130&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
     131!----------------------------------------------------------------------- 
     132/ 
     133!----------------------------------------------------------------------- 
     134&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
     135!----------------------------------------------------------------------- 
     136/ 
     137!----------------------------------------------------------------------- 
     138&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
     140/ 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
     142&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
     143!----------------------------------------------------------------------- 
     144/ 
     145!----------------------------------------------------------------------- 
     146&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
     147!----------------------------------------------------------------------- 
     148/ 
     149!----------------------------------------------------------------------- 
     150&namlobrat     !   general coefficients 
     151!----------------------------------------------------------------------- 
     152/ 
     153!----------------------------------------------------------------------- 
     154&namlobopt     !   optical parameters 
     155!----------------------------------------------------------------------- 
     156/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r6140 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/TOP1 : ORCA2_OFF_PISCES configuration namelist used to overwrite SHARED/namelist_top 
     2!! NEMO/TOP1 :  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_top_ref 
    33!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!----------------------------------------------------------------------- 
    55&namtrc_run     !   run information 
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    7    nn_writetrc   =  1460     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     7   ln_top_euler  = .true. 
    88/ 
    99!----------------------------------------------------------------------- 
    1010&namtrc     !   tracers definition 
    1111!----------------------------------------------------------------------- 
     12   jp_bgc        =  24 
    1213! 
    13 !              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
    14 !              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
    15 !              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
    16    sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    17    sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
    18    sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    19    sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    20    sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    21    sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    22    sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    23    sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    24    sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    25    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    26    sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    27    sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    28    sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    29    sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    30    sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    31    sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    32    sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    33    sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    34    sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    35    sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    37    sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    38    sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    39    sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     14   ln_pisces     =  .true. 
     15   ln_my_trc     =  .false. 
     16   ln_age        =  .false. 
     17   ln_cfc11      =  .false. 
     18   ln_cfc12      =  .false. 
     19   ln_c14        =  .false. 
     20! 
     21   ln_trcdta     =  .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22!                 !           !                                          !             ! 
     23!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not ! 
     24!                 !           !                                          !             ! 
     25   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     26   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true. 
     27   sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     28   sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     29   sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     30   sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     31   sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     32   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     33   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     34   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     35   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     36   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     37   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     38   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     39   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     40   sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     41   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     42   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     43   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false. 
     44   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     45   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     46   sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     47   sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     48   sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false. 
    4049/ 
    4150!----------------------------------------------------------------------- 
    4251&namtrc_dta      !    Initialisation from data input file 
    4352!----------------------------------------------------------------------- 
    44 ! 
    4553!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    4654!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    47    sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    48    sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    49    sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'      ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    50    sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'     ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    51    sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'      ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    52    sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    53    sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'     ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    54 ! 
    55    cn_dir        =  './'      !  root directory for the location of the data files 
     55   sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     56   sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     57   sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'         ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     58   sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'        ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     59   sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'         ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     60   sn_trcdta(10) = 'data_DOC_nomask'        ,        -12        ,  'DOC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     61   sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     62   sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'        ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
    5663   rn_trfac(1)   =   1.0e-06  !  multiplicative factor 
    5764   rn_trfac(2)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
    … …  
    5966   rn_trfac(5)   = 122.0e-06  !  -      -      -     - 
    6067   rn_trfac(7)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
     68   rn_trfac(10)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    6169   rn_trfac(14)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    6270   rn_trfac(23)  =   7.6e-06  !  -      -      -     - 
    … …  
    8189/ 
    8290!----------------------------------------------------------------------- 
    83 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     91&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     92!----------------------------------------------------------------------- 
     93/ 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
     95&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
     97/ 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     100!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    84101!---------------------------------------------------------------------- 
    85    nn_writedia   =  1460     !  time step frequency for diagnostics 
    86102/ 
    87103!---------------------------------------------------------------------- 
    88 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     104&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    89105!----------------------------------------------------------------------- 
    90106/ 
     107!---------------------------------------------------------------------- 
     108&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     109!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/cpp_ORCA2_OFF_PISCES.fcm

    r5836 r7646  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_top key_offline key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_top key_iomput key_mpp_mpi 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7646  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    26       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    27       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    28       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    29       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    30       
    31       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    327 
    33    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    34      <field field_ref="sst"          name="sosstsst" /> 
    35      <field field_ref="sss"          name="sosaline" /> 
    36      <field field_ref="ssh"          name="sossheig" /> 
    37      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    38      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    39      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    40      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    41    </file> 
    42  
    43    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    44      <field field_ref="ssu"          name="suoce" /> 
    45    </file> 
    46     
    47    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    48      <field field_ref="ssv"          name="svoce" /> 
    49    </file> 
    50  
    51       </file_group> 
    52  
    53       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    54       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files --> 
    55  
    56    <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    57      <field field_ref="sst"          name="sosstsst" /> 
    58      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    /> 
    59      <field field_ref="sss"          name="sosaline" /> 
    60      <field field_ref="ssh"          name="sossheig" /> 
    61      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    /> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    64      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    65      <field field_ref="taum"     /> 
    66      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    67      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    68    </file> 
    69     
    70    <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    71      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    72      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    73    </file> 
    74     
    75    <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    76      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    77      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    78    </file> 
    79     
    80    <file id="file7" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    81      <field field_ref="ice_pres"   /> 
    82      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd" /> 
    83      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit" /> 
    84      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip" /> 
    85      <field field_ref="ist_ipa"    /> 
    86      <field field_ref="uice_ipa"   /> 
    87      <field field_ref="vice_ipa"   /> 
    88      <field field_ref="utau_ice"   /> 
    89      <field field_ref="vtau_ice"   /> 
    90      <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
    91      <field field_ref="qns_io_cea" /> 
    92      <field field_ref="snowpre"    /> 
    93    </file> 
    94     
    95       </file_group> 
    96  
    97       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    98       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    99       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    100       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    101       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    102  
    103       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    104       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    105       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    106       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    107  
    108    </file_definition> 
    109      
    110     <!--  
    111 ============================================================================================================ 
    112 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    113 ============================================================================================================ 
    114     --> 
    115      
    116    <axis_definition>   
    117       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    118       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    119       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    120       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    121       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    122       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    123       <axis id="ncatice" long_name="Ice category class" unit="1"                 /> 
    124       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    125       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    126    </axis_definition> 
    127      
    128    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    129     
    130    <grid_definition>     
    131      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    132      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    133      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    134      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    135      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    136      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    137      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    138      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    139     </grid_definition>     
    140    
    141   </context> 
    142    
    143  
    144   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    1459 
    14610      <variable_definition> 
    147     
    148      <!--  
    149         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    150 --> 
    151      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    152      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    153      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    154      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    155      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    156      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    157     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    15817      </variable_definition> 
    159                 
    16018  </context> 
    161    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    16226</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  :  Configuration namelist used to overwrite namelist_ref 
     2!! NEMO/OPA  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     4! 
    45!----------------------------------------------------------------------- 
    56&namrun        !   parameters of the run 
    67!----------------------------------------------------------------------- 
    7    cn_exp      =  "ORCA2_SAS"  !  experience name  
    8    nn_it000    =       1       !  first time step 
    9    nn_itend    =     100       !  last  time step (std 5475) 
    10 / 
    11 !----------------------------------------------------------------------- 
    12 &namcfg        !   parameters of the configuration 
    13 !----------------------------------------------------------------------- 
    14    cp_cfg      =  "orca"               !  name of the configuration 
    15    jp_cfg      =       2               !  resolution of the configuration 
    16    jpidta      =     182               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    17    jpjdta      =     149               !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    18    jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    19    jpiglo      =     182               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    20    jpjglo      =     149               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
    21    jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    22    jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    23    jperio      =       4               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
     8   nn_no       =       0   !  job number (no more used...) 
     9   cn_exp      =  "ORCA2_SAS"  !  experience name 
     10   nn_it000    =       1   !  first time step 
     11   nn_itend    =     100   !  last  time step (std 5475) 
     12/ 
     13!----------------------------------------------------------------------- 
     14&namcfg     !   parameters of the configuration 
     15!----------------------------------------------------------------------- 
     16   ln_read_cfg = .true.    !  (=T) read the domain configuration file 
     17      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     18      cn_domcfg = "ORCA_R2_zps_domcfg"    ! domain configuration filename 
    2419/ 
    2520!----------------------------------------------------------------------- 
    2621&namzgr        !   vertical coordinate 
    2722!----------------------------------------------------------------------- 
    28    ln_zco      = .true.    !  z-coordinate - full    steps 
    29    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
     23   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps 
    3024/ 
    3125!----------------------------------------------------------------------- 
    3226&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3327!----------------------------------------------------------------------- 
    34    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    35    ppglam0     =  999999.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    36    ppgphi0     =  999999.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    37    ppe1_deg    =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    38    ppe2_deg    =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    39    ppe1_m      =  999999.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    40    ppe2_m      =  999999.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    41    ppsur       =   -4762.96143546300   !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    42    ppa0        =     255.58049070440   ! (default coefficients) 
    43    ppa1        =     245.58132232490   ! 
    44    ppkth       =      21.43336197938   ! 
    45    ppacr       =       3.0             ! 
    46    ppdzmin     =  999999.              !  Minimum vertical spacing 
    47    pphmax      =  999999.              !  Maximum depth 
    48    ldbletanh   =  .FALSE.              !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    49    ppa2        =  999999.              !  Double tanh function parameters 
    50    ppkth2      =  999999.              ! 
    51    ppacr2      =  999999.              ! 
     28   ln_linssh   = .true.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     29   ! 
     30   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     31   ! 
    5232/ 
    5333!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    5737/ 
    5838!----------------------------------------------------------------------- 
     39&namtsd    !   data : Temperature  & Salinity 
     40!----------------------------------------------------------------------- 
     41/ 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
     43&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
     44!----------------------------------------------------------------------- 
     45   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
     46/ 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48&namsbc_blk   !   namsbc_blk  Bulk formulae 
     49!----------------------------------------------------------------------- 
     50   ln_NCAR     = .true.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     51/ 
     52!----------------------------------------------------------------------- 
     53&namsbc_sas    !   Stand-Alone Surface module 
     54!----------------------------------------------------------------------- 
     55/       
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57&namsbc_rnf    !   runoffs namelist surface boundary condition 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
     59/ 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61&namsbc_ssr    !   surface boundary condition : sea surface restoring 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
     63/ 
     64!----------------------------------------------------------------------- 
     65&namsbc_alb    !   albedo parameters 
     66!----------------------------------------------------------------------- 
     67/ 
     68!----------------------------------------------------------------------- 
     69&namberg       !   iceberg parameters 
     70!----------------------------------------------------------------------- 
     71/ 
     72!----------------------------------------------------------------------- 
     73&namlbc        !   lateral momentum boundary condition 
     74!----------------------------------------------------------------------- 
     75/ 
     76!----------------------------------------------------------------------- 
     77&nambfr        !   bottom friction 
     78!----------------------------------------------------------------------- 
     79/ 
     80!----------------------------------------------------------------------- 
     81&nambbc        !   bottom temperature boundary condition                (default: NO) 
     82!----------------------------------------------------------------------- 
     83   ln_trabbc   = .true.    !  Apply a geothermal heating at the ocean bottom 
     84/ 
     85!----------------------------------------------------------------------- 
     86&nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88/ 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90&nameos        !   ocean physical parameters 
     91!----------------------------------------------------------------------- 
     92   ln_teos10    = .true.         !  = Use TEOS-10 equation of state 
     93/ 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
     95&namtra_adv    !   advection scheme for tracer 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
     97   ln_traadv_fct =  .true.    !  FCT scheme 
     98      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
     99      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     100      nn_fct_zts =  0               !  > 1 , 2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
     101      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
     102/ 
     103!----------------------------------------------------------------------- 
     104&namtra_adv_mle !  mixed layer eddy parametrisation (Fox-Kemper param) 
     105!----------------------------------------------------------------------- 
     106/ 
     107!---------------------------------------------------------------------------------- 
     108&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
     109!---------------------------------------------------------------------------------- 
     110   !                       !  Operator type: 
     111   ln_traldf_lap   =  .true.   !    laplacian operator 
     112   ln_traldf_blp   =  .false.  !  bilaplacian operator 
     113   !                       !  Direction of action: 
     114   ln_traldf_lev   =  .false.  !  iso-level 
     115   ln_traldf_hor   =  .false.  !  horizontal (geopotential) 
     116   ln_traldf_iso   =  .true.   !  iso-neutral (Standard operator) 
     117   ln_traldf_triad =  .false.  !  iso-neutral (Triads   operator) 
     118   ! 
     119   !                       !  iso-neutral options:         
     120   ln_traldf_msc   =  .true.   !  Method of Stabilizing Correction (both operators) 
     121   rn_slpmax       =   0.01    !  slope limit                      (both operators) 
     122   ln_triad_iso    =  .false.  !  pure horizontal mixing in ML              (triad only) 
     123   rn_sw_triad     =  1        !  =1 switching triad ; =0 all 4 triads used (triad only) 
     124   ln_botmix_triad =  .false.  !  lateral mixing on bottom                  (triad only) 
     125   ! 
     126   !                       !  Coefficients: 
     127   nn_aht_ijk_t    = 20        !  space/time variation of eddy coef 
     128   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_diffusivity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     129   !                                !   =  0           constant  
     130   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d  
     131   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d  
     132   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     133   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
     134   !                                !   = 31 F(i,j,k,t)=F(local velocity) 
     135   rn_aht_0        = 2000.     !  lateral eddy diffusivity   (lap. operator) [m2/s] 
     136   rn_bht_0        = 1.e+12    !  lateral eddy diffusivity (bilap. operator) [m4/s] 
     137/ 
     138!---------------------------------------------------------------------------------- 
     139&namtra_ldfeiv !   eddy induced velocity param. 
     140!---------------------------------------------------------------------------------- 
     141   ln_ldfeiv     =.true.   ! use eddy induced velocity parameterization 
     142   ln_ldfeiv_dia =.true.   ! diagnose eiv stream function and velocities 
     143   rn_aeiv_0     = 2000.   ! eddy induced velocity coefficient   [m2/s] 
     144   nn_aei_ijk_t  = 21      ! space/time variation of the eiv coeficient 
     145   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_induced_velocity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     146   !                                !   =  0           constant  
     147   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d  
     148   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d  
     149   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     150   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
     151/ 
     152!----------------------------------------------------------------------- 
     153&namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping                      (default: NO) 
     154!----------------------------------------------------------------------- 
     155!----------------------------------------------------------------------- 
     156&namdyn_adv    !   formulation of the momentum advection 
     157!----------------------------------------------------------------------- 
     158/ 
     159!----------------------------------------------------------------------- 
     160&namdyn_vor    !   option of physics/algorithm (not control by CPP keys) 
     161!----------------------------------------------------------------------- 
     162   ln_dynvor_ene = .false. !  enstrophy conserving scheme 
     163   ln_dynvor_ens = .false. !  energy conserving scheme 
     164   ln_dynvor_mix = .false. !  mixed scheme 
     165   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
     166      nn_een_e3f = 0             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
     167/ 
     168!----------------------------------------------------------------------- 
     169&namdyn_hpg    !   Hydrostatic pressure gradient option 
     170!----------------------------------------------------------------------- 
     171/ 
     172!----------------------------------------------------------------------- 
     173&namdyn_spg    !   surface pressure gradient 
     174!----------------------------------------------------------------------- 
     175   ln_dynspg_ts  = .true.  !  split-explicit free surface 
     176/ 
     177!----------------------------------------------------------------------- 
     178&namdyn_ldf    !   lateral diffusion on momentum 
     179!----------------------------------------------------------------------- 
     180   !                       !  Type of the operator : 
     181   !                           !  no diffusion: set ln_dynldf_lap=..._blp=F  
     182   ln_dynldf_lap =  .true.     !    laplacian operator 
     183   ln_dynldf_blp =  .false.    !  bilaplacian operator 
     184   !                       !  Direction of action  : 
     185   ln_dynldf_lev =  .true.     !  iso-level 
     186   ln_dynldf_hor =  .false.    !  horizontal (geopotential) 
     187   ln_dynldf_iso =  .false.    !  iso-neutral 
     188   !                       !  Coefficient 
     189   nn_ahm_ijk_t  = -30         !  space/time variation of eddy coef 
     190   !                                !  =-30  read in eddy_viscosity_3D.nc file 
     191   !                                !  =-20  read in eddy_viscosity_2D.nc file 
     192   !                                !  =  0  constant  
     193   !                                !  = 10  F(k)=c1d 
     194   !                                !  = 20  F(i,j)=F(grid spacing)=c2d 
     195   !                                !  = 30  F(i,j,k)=c2d*c1d 
     196   !                                !  = 31  F(i,j,k)=F(grid spacing and local velocity) 
     197   rn_ahm_0      =  40000.     !  horizontal laplacian eddy viscosity   [m2/s] 
     198   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
     199   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
     200   ! 
     201   ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
     202/ 
     203!----------------------------------------------------------------------- 
     204&namzdf        !   vertical physics 
     205!----------------------------------------------------------------------- 
     206/ 
     207!----------------------------------------------------------------------- 
     208&namzdf_tke    !   turbulent eddy kinetic dependent vertical diffusion  ("key_zdftke") 
     209!----------------------------------------------------------------------- 
     210/ 
     211!----------------------------------------------------------------------- 
     212&namzdf_ddm    !   double diffusive mixing parameterization             ("key_zdfddm") 
     213!----------------------------------------------------------------------- 
     214/ 
     215!----------------------------------------------------------------------- 
     216&namzdf_tmx    !   tidal mixing parameterization                        ("key_zdftmx") 
     217!----------------------------------------------------------------------- 
     218/ 
     219!----------------------------------------------------------------------- 
     220&nammpp        !   Massively Parallel Processing                        ("key_mpp_mpi) 
     221!----------------------------------------------------------------------- 
     222/ 
     223!----------------------------------------------------------------------- 
    59224&namctl        !   Control prints & Benchmark 
    60225!----------------------------------------------------------------------- 
    61226/ 
    62227!----------------------------------------------------------------------- 
    63 &namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    64 !----------------------------------------------------------------------- 
    65 / 
    66 !----------------------------------------------------------------------- 
    67 &namsbc_sas    !   analytical surface boundary condition 
    68 !----------------------------------------------------------------------- 
    69 /       
    70 !----------------------------------------------------------------------- 
    71 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    72 !----------------------------------------------------------------------- 
    73 / 
    74 !----------------------------------------------------------------------- 
    75 &namsbc_ssr    !   surface boundary condition : sea surface restoring 
    76 !----------------------------------------------------------------------- 
    77 /       
    78 !----------------------------------------------------------------------- 
    79 &namsbc_alb    !   albedo parameters 
    80 !----------------------------------------------------------------------- 
    81 / 
    82 !----------------------------------------------------------------------- 
    83 &namlbc        !   lateral momentum boundary condition 
    84 !----------------------------------------------------------------------- 
    85 / 
    86 !----------------------------------------------------------------------- 
    87 &nameos        !   ocean physical parameters 
    88 !----------------------------------------------------------------------- 
    89    ln_teos10    = .true.         !  = Use TEOS-10 equation of state 
    90 / 
    91 !----------------------------------------------------------------------- 
    92 &nammpp        !   Massively Parallel Processing                        ("key_mpp_mpi) 
    93 !----------------------------------------------------------------------- 
    94 / 
     228&namptr       !   Poleward Transport Diagnostic 
     229!----------------------------------------------------------------------- 
     230/ 
     231!----------------------------------------------------------------------- 
     232&namhsb       !  Heat and salt budgets                                  (default F) 
     233!----------------------------------------------------------------------- 
     234/ 
     235!----------------------------------------------------------------------- 
     236&namobs       !  observation usage                                      ('key_diaobs') 
     237!----------------------------------------------------------------------- 
     238/ 
     239!----------------------------------------------------------------------- 
     240&nam_asminc   !   assimilation increments                               ('key_asminc') 
     241!----------------------------------------------------------------------- 
     242/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ice_lim3_ref

    r6416 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! LIM3 namelist :   
     2!! LIM3 namelist:   
    33!!              1 - Generic parameters                 (namicerun) 
    4 !!              2 - Ice initialization                 (namiceini) 
    5 !!              3 - Ice discretization                 (namiceitd) 
    6 !!              4 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
    7 !!              5 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
    8 !!              6 - Ice salinity                       (namicesal) 
    9 !!              7 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
    10 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     4!!              2 - Diagnostics                        (namicediag) 
     5!!              3 - Ice initialization                 (namiceini) 
     6!!              4 - Ice discretization                 (namiceitd) 
     7!!              5 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
     8!!              6 - Ice diffusion                      (namicehdf) 
     9!!              7 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
     10!!              8 - Ice salinity                       (namicesal) 
     11!!              9 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
     12!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    1113! 
    1214!------------------------------------------------------------------------------ 
    1315&namicerun     !   Generic parameters 
    1416!------------------------------------------------------------------------------ 
    15    jpl            =    5           !  number of ice  categories 
    16    nlay_i         =    2           !  number of ice  layers 
    17    nlay_s         =    1           !  number of snow layers (only 1 is working) 
    18    cn_icerst_in  = "restart_ice"   !  suffix of ice restart name (input) 
    19    cn_icerst_indir = "."           !  directory from which to read input ice restarts 
    20    cn_icerst_out = "restart_ice"   !  suffix of ice restart name (output) 
    21    cn_icerst_outdir = "."          !  directory in which to write output ice restarts 
    22    ln_limdyn     = .true.          !  ice dynamics (T) or thermodynamics only (F) 
    23    rn_amax_n     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration NH 
    24    rn_amax_s     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration SH 
    25    ln_limdiahsb  = .false.         !  check the heat and salt budgets (T) or not (F) 
    26    ln_limdiaout  = .true.          !  output the heat and salt budgets (T) or not (F) 
    27    ln_icectl     = .false.         !  ice points output for debug (T or F) 
    28    iiceprt       = 10              !  i-index for debug 
    29    jiceprt       = 10              !  j-index for debug 
     17   jpl              =    5          !  number of ice  categories 
     18   nlay_i           =    2          !  number of ice  layers 
     19   nlay_s           =    1          !  number of snow layers (only 1 is working) 
     20   rn_amax_n        =   0.997       !  maximum tolerated ice concentration NH 
     21   rn_amax_s        =   0.997       !  maximum tolerated ice concentration SH 
     22   cn_icerst_in     = "restart_ice" !  suffix of ice restart name (input) 
     23   cn_icerst_out    = "restart_ice" !  suffix of ice restart name (output) 
     24   cn_icerst_indir  = "."           !  directory to read   input ice restarts 
     25   cn_icerst_outdir = "."           !  directory to write output ice restarts 
     26   ln_limthd        =  .true.       !  ice thermo   (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     27   ln_limdyn        =  .true.       !  ice dynamics (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     28   nn_limdyn        =   2           !     (ln_limdyn=T) switch for ice dynamics    
     29                                    !      2: total 
     30                                    !      1: advection only (no diffusion, no ridging/rafting) 
     31                                    !      0: advection only (as 1 but with prescribed velocity, bypass rheology) 
     32   rn_uice          =   0.00001     !     (nn_limdyn=0) ice u-velocity 
     33   rn_vice          =  -0.00001     !     (nn_limdyn=0) ice v-velocity 
     34/ 
     35!------------------------------------------------------------------------------ 
     36&namicediag    !   Diagnostics 
     37!------------------------------------------------------------------------------ 
     38   ln_limdiachk   =  .false.        !  check online the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
     39   ln_limdiahsb   =  .false.        !  output the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
     40   ln_limctl      =  .false.        !  ice points output for debug (T or F) 
     41   iiceprt        =    10           !  i-index for debug 
     42   jiceprt        =    10           !  j-index for debug 
    3043/ 
    3144!------------------------------------------------------------------------------ 
    3245&namiceini     !   Ice initialization 
    3346!------------------------------------------------------------------------------ 
    34    ln_iceini      = .true.         !  activate ice initialization (T) or not (F) 
    35    rn_thres_sst   =  2.0           !  maximum water temperature with initial ice (degC) 
    36    rn_hts_ini_n   =  0.3           !  initial real snow thickness (m), North 
    37    rn_hts_ini_s   =  0.3           !        "            "             South 
    38    rn_hti_ini_n   =  3.0           !  initial real ice thickness  (m), North 
    39    rn_hti_ini_s   =  1.0           !        "            "             South 
    40    rn_ati_ini_n   =  0.9           !  initial ice concentration   (-), North 
    41    rn_ati_ini_s   =  0.9           !        "            "             South 
    42    rn_smi_ini_n   =  6.3           !  initial ice salinity     (g/kg), North 
    43    rn_smi_ini_s   =  6.3           !        "            "             South 
    44    rn_tmi_ini_n   =  270.          !  initial ice/snw temperature (K), North 
    45    rn_tmi_ini_s   =  270.          !        "            "             South 
     47                  ! -- limistate -- ! 
     48   ln_limini      = .true.          !  activate ice initialization (T) or not (F) 
     49   ln_limini_file = .false.         !  netcdf file provided for initialization (T) or not (F) 
     50   rn_thres_sst   =  2.0            !  maximum water temperature with initial ice (degC) 
     51   rn_hts_ini_n   =  0.3            !  initial real snow thickness (m), North 
     52   rn_hts_ini_s   =  0.3            !        "            "             South 
     53   rn_hti_ini_n   =  3.0            !  initial real ice thickness  (m), North 
     54   rn_hti_ini_s   =  1.0            !        "            "             South 
     55   rn_ati_ini_n   =  0.9            !  initial ice concentration   (-), North 
     56   rn_ati_ini_s   =  0.9            !        "            "             South 
     57   rn_smi_ini_n   =  6.3            !  initial ice salinity     (g/kg), North 
     58   rn_smi_ini_s   =  6.3            !        "            "             South 
     59   rn_tmi_ini_n   =  270.           !  initial ice/snw temperature (K), North 
     60   rn_tmi_ini_s   =  270.           !        "            "             South 
    4661/ 
    4762!------------------------------------------------------------------------------ 
    … …  
    5671&namicedyn     !   Ice dynamics and transport 
    5772!------------------------------------------------------------------------------ 
    58    nn_icestr      =    0           !  ice strength parameteriztaion                       
    59                                    !     0: Hibler_79     P = pstar*<h>*exp(-c_rhg*A) 
    60                                    !     1: Rothrock_75   P = Cf*coeff*integral(wr.h^2)     
    61    ln_icestr_bvf  =    .false.     !  ice strength function brine volume (T) or not (F)      
    62    rn_pe_rdg      =   17.0         !  ridging work divided by pot. energy change in ridging, if nn_icestr = 1 
    63    rn_pstar       =    2.0e+04     !  ice strength thickness parameter (N/m2), nn_icestr = 0  
    64    rn_crhg        =   20.0         !  ice strength conc. parameter (-), nn_icestr = 0        
    65    rn_cio         =    5.0e-03     !  ice-ocean drag coefficient           (-)              
    66    rn_creepl      =    1.0e-12     !  creep limit (s-1)                                    
    67    rn_ecc         =    2.0         !  eccentricity of the elliptical yield curve           
    68    nn_nevp        =  120           !  number of EVP subcycles                              
    69    rn_relast      =    0.333       !  ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
    70                                    !     advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
    71    nn_ahi0        =    2           !  horizontal diffusivity computation 
    72                                    !     0: use rn_ahi0_ref 
    73                                    !     1: use rn_ahi0_ref x mean grid cell length / ( 2deg mean grid cell length ) 
    74                                    !     2: use rn_ahi0_ref x grid cell length      / ( 2deg mean grid cell length ) 
    75    rn_ahi0_ref    = 350.0          !  horizontal sea ice diffusivity (m2/s)  
    76                                    !     if nn_ahi0 > 0, rn_ahi0_ref is the reference value at a nominal 2 deg resolution 
     73                  ! -- limtrp & limadv -- ! 
     74   nn_limadv      =    0            !  choose the advection scheme (-1=Prather ; 0=Ultimate-Macho) 
     75   nn_limadv_ord  =    5            !  choose the order of the advection scheme (if nn_limadv=0) 
     76                  ! -- limitd_me -- ! 
     77   nn_icestr      =    0            !  ice strength parameteriztaion                       
     78                                    !     0: Hibler_79     P = pstar*<h>*exp(-c_rhg*A) 
     79                                    !     1: Rothrock_75   P = Cf*coeff*integral(wr.h^2)     
     80   rn_pe_rdg      =   17.0          !     (nn_icestr=1) ridging work divided by pot. energy change in ridging 
     81   rn_pstar       =    2.0e+04      !     (nn_icestr=0) ice strength thickness parameter (N/m2)  
     82   rn_crhg        =   20.0          !     (nn_icestr=0) ice strength conc. parameter (-) 
     83   ln_icestr_bvf  =    .false.      !     ice strength function brine volume (T) or not (F) 
     84                                    ! 
     85            ! -- limdyn & limrhg -- ! 
     86   rn_cio         =    5.0e-03      !  ice-ocean drag coefficient (-) 
     87   rn_creepl      =    1.0e-12      !  creep limit (s-1) 
     88   rn_ecc         =    2.0          !  eccentricity of the elliptical yield curve           
     89   nn_nevp        =  120            !  number of EVP subcycles                              
     90   rn_relast      =    0.333        !  ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
     91                                    !     advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
     92   ln_landfast    =  .false.        !  landfast ice parameterization (T or F)                            
     93   rn_gamma       =    0.15         !     (ln_landfast=T)  fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
     94                                    !                      recommended range: [0.1 ; 0.25] 
     95   rn_icebfr      =    10.          !     (ln_landfast=T)  maximum bottom stress per unit area of contact (N/m2)                  
     96                                    !                      a very large value ensures ice velocity=0 even with a small contact area 
     97                                    !                      recommended range: ?? (should be greater than atm-ice stress => >0.1 N/m2) 
     98   rn_lfrelax     =    1.e-5        !     (ln_landfast=T)  relaxation time scale to reach static friction (s-1)                  
    7799/ 
    78100!------------------------------------------------------------------------------ 
    79101&namicehdf     !   Ice horizontal diffusion 
    80102!------------------------------------------------------------------------------ 
    81    nn_convfrq     = 5              !  convergence check frequency of the Crant-Nicholson scheme (perf. optimization) 
     103                     ! -- limhdf -- ! 
     104   nn_ahi0        =    -1           !  horizontal diffusivity computation 
     105                                    !    -1: no diffusion (bypass limhdf) 
     106                                    !     0: use rn_ahi0_ref 
     107                                    !     1: use rn_ahi0_ref x mean grid cell length / ( 2deg mean grid cell length ) 
     108                                    !     2: use rn_ahi0_ref x grid cell length      / ( 2deg mean grid cell length ) 
     109   rn_ahi0_ref    = 350.0           !  horizontal sea ice diffusivity (m2/s)  
     110                                    !     if nn_ahi0 > 0, rn_ahi0_ref is the reference value at a nominal 2 deg resolution 
    82111/ 
    83112!------------------------------------------------------------------------------ 
    84113&namicethd     !   Ice thermodynamics 
    85114!------------------------------------------------------------------------------ 
    86    rn_hnewice  = 0.1               !  thickness for new ice formation in open water (m) 
    87    ln_frazil   = .false.           !  use frazil ice collection thickness as a function of wind (T) or not (F) 
    88    rn_maxfrazb = 1.0               !  maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
    89    rn_vfrazb   = 0.417             !  thresold drift speed for frazil ice collecting at the ice bottom (m/s) 
    90    rn_Cfrazb   = 5.0               !  squeezing coefficient for frazil ice collecting at the ice bottom 
    91    rn_himin    = 0.10              !  minimum ice thickness (m) used in remapping, must be smaller than rn_hnewice 
    92    rn_betas    = 0.66              !  exponent in lead-ice repratition of snow precipitation 
    93                                    !     betas = 1 -> equipartition, betas < 1 -> more on leads 
    94    rn_kappa_i  = 1.0               !  radiation attenuation coefficient in sea ice (m-1) 
    95    nn_conv_dif = 50                !  maximal number of iterations for heat diffusion computation 
    96    rn_terr_dif = 0.0001            !  maximum temperature after heat diffusion (degC) 
    97    nn_ice_thcon= 1                 !  sea ice thermal conductivity 
    98                                    !     0: k = k0 + beta.S/T (Untersteiner, 1964) 
    99                                    !     1: k = k0 + beta1.S/T - beta2.T (Pringle et al., 2007) 
    100    nn_monocat  = 0                 !  virtual ITD mono-category parameterizations (1, jpl = 1 only) or not (0) 
    101                                    !     2: simple piling instead of ridging --- temporary option 
    102                                    !     3: activate G(he) only              --- temporary option 
    103                                    !     4: activate lateral melting only    --- temporary option 
    104   ln_it_qnsice = .true.            !  iterate the surface non-solar flux with surface temperature (T) or not (F) 
     115                 ! -- limthd_dif -- ! 
     116   rn_kappa_i     = 1.0             !  radiation attenuation coefficient in sea ice (m-1) 
     117   nn_conv_dif    = 50              !  maximal number of iterations for heat diffusion computation 
     118   rn_terr_dif    = 1.0e-04         !  maximum temperature after heat diffusion (degC) 
     119   nn_ice_thcon   = 1               !  sea ice thermal conductivity 
     120                                    !     0: k = k0 + beta.S/T            (Untersteiner, 1964) 
     121                                    !     1: k = k0 + beta1.S/T - beta2.T (Pringle et al., 2007) 
     122   ln_it_qnsice   = .true.          !  iterate the surface non-solar flux with surface temperature (T) or not (F) 
     123   nn_monocat     = 0               !  virtual ITD mono-category parameterizations (1, jpl = 1 only) or not (0) 
     124                                    !     2: simple piling instead of ridging    --- temporary option 
     125                                    !     3: activate G(he) only                 --- temporary option 
     126                                    !     4: activate extra lateral melting only --- temporary option 
     127                  ! -- limthd_dh -- ! 
     128   ln_limdH       = .true.          !  activate ice thickness change from growing/melting (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     129   rn_betas       = 0.66            !  exponent in lead-ice repratition of snow precipitation 
     130                                    !     betas = 1 -> equipartition, betas < 1 -> more on leads 
     131                  ! -- limthd_da -- ! 
     132   ln_limdA       = .true.          !  activate lateral melting param. (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     133   rn_beta        = 1.0             !     (ln_latmelt=T) coef. beta for lateral melting param. Recommended range=[0.8-1.2] 
     134                                    !      => decrease = more melt and melt peaks toward higher concentration (A~0.5 for beta=1 ; A~0.8 for beta=0.2) 
     135                                    !         0.3 = best fit for western Fram Strait and Antarctica 
     136                                    !         1.4 = best fit for eastern Fram Strait       
     137   rn_dmin        = 8.              !     (ln_latmelt=T) minimum floe diameter for lateral melting param. Recommended range=[6-10] 
     138                                    !      => 6  vs 8m = +40% melting at the peak (A~0.5) 
     139                                    !         10 vs 8m = -20% melting 
     140                 ! -- limthd_lac -- ! 
     141   ln_limdO       = .true.          !  activate ice growth in open-water (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     142   rn_hnewice     = 0.1             !  thickness for new ice formation in open water (m) 
     143   ln_frazil      = .false.         !  Frazil ice parameterization (ice collection as a function of wind) 
     144   rn_maxfrazb    = 1.0             !     (ln_frazil=T) maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
     145   rn_vfrazb      = 0.417           !     (ln_frazil=T) thresold drift speed for frazil ice collecting at the ice bottom (m/s) 
     146   rn_Cfrazb      = 5.0             !     (ln_frazil=T) squeezing coefficient for frazil ice collecting at the ice bottom 
     147                  ! -- limitd_th -- ! 
     148   rn_himin       = 0.1             !  minimum ice thickness (m) used in remapping, must be smaller than rn_hnewice 
    105149/ 
    106150!------------------------------------------------------------------------------ 
    107151&namicesal     !   Ice salinity 
    108152!------------------------------------------------------------------------------ 
    109    nn_icesal   =  2                !  ice salinity option 
    110                                    !     1: constant ice salinity (S=rn_icesal) 
    111                                    !     2: varying salinity parameterization S(z,t) 
    112                                    !     3: prescribed salinity profile S(z), Schwarzacher, 1959 
    113    rn_icesal   =  4.               !  ice salinity (g/kg, nn_icesal = 1 only) 
    114    rn_sal_gd   =  5.               !  restoring ice salinity, gravity drainage (g/kg) 
    115    rn_time_gd  =  1.73e+6          !  restoring time scale, gravity drainage  (s) 
    116    rn_sal_fl   =  2.               !  restoring ice salinity, flushing (g/kg) 
    117    rn_time_fl  =  8.64e+5          !  restoring time scale, flushing (s) 
    118    rn_simax    = 20.               !  maximum tolerated ice salinity (g/kg) 
    119    rn_simin    =  0.1              !  minimum tolerated ice salinity (g/kg) 
     153                 ! -- limthd_sal -- ! 
     154   ln_limdS       = .true.          !  activate gravity drainage and flushing (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     155   nn_icesal      =  2              !  ice salinity option 
     156                                    !     1: constant ice salinity (S=rn_icesal) 
     157                                    !     2: varying salinity parameterization S(z,t) 
     158                                    !     3: prescribed salinity profile S(z), Schwarzacher, 1959 
     159   rn_icesal      =  4.             !    (nn_icesal=1) ice salinity (g/kg) 
     160   rn_sal_gd      =  5.             !  restoring ice salinity, gravity drainage (g/kg) 
     161   rn_time_gd     =  1.73e+6        !  restoring time scale, gravity drainage  (s) 
     162   rn_sal_fl      =  2.             !  restoring ice salinity, flushing (g/kg) 
     163   rn_time_fl     =  8.64e+5        !  restoring time scale, flushing (s) 
     164   rn_simax       = 20.             !  maximum tolerated ice salinity (g/kg) 
     165   rn_simin       =  0.1            !  minimum tolerated ice salinity (g/kg) 
    120166/ 
    121167!------------------------------------------------------------------------------ 
    122168&namiceitdme   !   Ice mechanical redistribution (ridging and rafting) 
    123169!------------------------------------------------------------------------------ 
    124    rn_Cs       =   0.5             !  fraction of shearing energy contributing to ridging 
    125    rn_fsnowrdg =   0.5             !  snow volume fraction that survives in ridging 
    126    rn_fsnowrft =   0.5             !  snow volume fraction that survives in rafting 
    127    nn_partfun  =   1               !  type of ridging participation function 
    128                                    !     0: linear (Thorndike et al, 1975) 
    129                                    !     1: exponential (Lipscomb, 2007 
    130    rn_gstar    =   0.15            !  fractional area of thin ice being ridged (nn_partfun = 0) 
    131    rn_astar    =   0.05            !  exponential measure of ridging ice fraction (nn_partfun = 1) 
    132    rn_hstar    = 100.0             !  determines the maximum thickness of ridged ice (m) (Hibler, 1980) 
    133    ln_rafting  =   .true.          !  rafting activated (T) or not (F) 
    134    rn_hraft    =   0.75            !  threshold thickness for rafting (m) 
    135    rn_craft    =   5.0             !  squeezing coefficient used in the rafting function 
    136    rn_por_rdg  =   0.3             !  porosity of newly ridged ice (Lepparanta et al., 1995) 
     170                  ! -- limitd_me -- ! 
     171   rn_cs          =   0.5           !  fraction of shearing energy contributing to ridging 
     172   nn_partfun     =   1             !  type of ridging participation function 
     173                                    !     0: linear      (Thorndike et al, 1975) 
     174                                    !     1: exponential (Lipscomb, 2007) 
     175   rn_gstar       =   0.15          !     (nn_partfun = 0) fractional area of thin ice being ridged  
     176   rn_astar       =   0.05          !     (nn_partfun = 1) exponential measure of ridging ice fraction 
     177   ln_ridging     =   .true.        !  ridging activated (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     178   rn_hstar       = 100.0           !     (ln_ridging = T) determines the maximum thickness of ridged ice (m) (Hibler, 1980) 
     179   rn_por_rdg     =   0.3           !     (ln_ridging = T) porosity of newly ridged ice (Lepparanta et al., 1995) 
     180   rn_fsnowrdg    =   0.5           !     (ln_ridging = T) snow volume fraction that survives in ridging 
     181   ln_rafting     =   .true.        !  rafting activated (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     182   rn_hraft       =   0.75          !     (ln_rafting = T) threshold thickness for rafting (m) 
     183   rn_craft       =   5.0           !     (ln_rafting = T) squeezing coefficient used in the rafting function 
     184   rn_fsnowrft    =   0.5           !     (ln_rafting = T) snow volume fraction that survives in rafting 
    137185/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref

    r6945 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
    … …  
    99!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    11 !!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs) 
    12 !!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia) 
    1311!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    14 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    15 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used 
     16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used 
     17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
     18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
    1621&nampisext     !   air-sea exchange 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22!----------------------------------------------------------------------- 
    1823   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F) 
    1924   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F 
    … …  
    2328!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1) 
    2429/ 
    25 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
    2631&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    27 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
    2833!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    2934!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    3035   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     36   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    3137   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files 
    3238! 
    33    ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
    34 / 
    35 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     39   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
     40   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE 
     41/ 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
    3643&nampisbio     !   biological parameters 
    37 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     44!----------------------------------------------------------------------- 
    3845   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    3946   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    4047   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4148   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    42    wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     49   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed 
     50   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed 
     51   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    4352   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    44    niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    45 / 
    46 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    47 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    48 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC 
     54!                         !  ln_ligand enabled 
     55   wfep       =  0.2      ! FeP sinking speed  
     56   ldocp      =  1.E-5    ! Phyto ligand production per unit doc  
     57   ldocz      =  1.E-5    ! Zoo ligand production per unit doc  
     58   lthet      =  0.5      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
     59!                         !  ln_p5z enabled 
     60   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton 
     61   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton 
     62/ 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
     64&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
    4966   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
    5067   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms 
    … …  
    6683   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    6784   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
    68    oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    69 / 
    70 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     86/ 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     91   concpno3   =  1e-6 
     92   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
     93   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto 
     94   concpnh4   =  4E-7 
     95   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms 
     96   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto 
     97   concppo4   =  1.5E-6 
     98   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms 
     99   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto 
     100   concpfer   =  1.5E-9 
     101   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     102   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     103   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     104   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms 
     105   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria 
     106   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
     107   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
     108   xsizepic   =  1.E-6 
     109   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     110   xsizerp    =  1.0 
     111   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms 
     112   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
     113   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     114   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
     115   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio 
     116   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     117/ 
     118!----------------------------------------------------------------------- 
     119&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     120!----------------------------------------------------------------------- 
     121   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto 
     122   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto 
     123   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
     124   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano 
     125   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano 
     126   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano 
     127   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano 
     128   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico 
     129   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico 
     130   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico 
     131   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico 
     132   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms 
     133   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms 
     134   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms 
     135   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms 
     136   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano 
     137   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico 
     138   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms 
     139/ 
     140!----------------------------------------------------------------------- 
    71141&nampisopt     !   parameters for optics 
    72 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     142!----------------------------------------------------------------------- 
    73143!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    74144!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    … …  
    78148   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
    79149/  
    80 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    81 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    82 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    pislope    =  2.       ! P-I slope 
    84    pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
     150!----------------------------------------------------------------------- 
     151&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     152!----------------------------------------------------------------------- 
     153   pislopen   =  2.       ! P-I slope 
     154   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
    85155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
    86    excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    87    excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    88158   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    89159   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate 
    … …  
    95165   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    96166/ 
    97 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    98 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    99 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    100    wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     167!----------------------------------------------------------------------- 
     168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
     169!----------------------------------------------------------------------- 
     170   pislopen   =  3.       ! P-I slope 
     171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton 
     172   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms 
     173   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     174   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton 
     175   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     176   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
     177   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate 
     178   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton 
     179   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton 
     180   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms 
     181   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton 
     182   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio 
     183/ 
     184!----------------------------------------------------------------------- 
     185&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     186!----------------------------------------------------------------------- 
     187   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton 
    101188   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    102189   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    … …  
    104191   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    105192/ 
    106 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    107 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    108 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     193!----------------------------------------------------------------------- 
     194&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     195!----------------------------------------------------------------------- 
     196   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton 
     197   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton 
     198   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     199   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     200   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate 
     201   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate 
     202   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
     203/ 
     204!----------------------------------------------------------------------- 
     205&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     206!----------------------------------------------------------------------- 
    109207   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    110208   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    … …  
    126224   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate 
    127225/ 
    128 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    129 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    130 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    131    part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     226!----------------------------------------------------------------------- 
     227&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     228!----------------------------------------------------------------------- 
     229   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     230   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate 
     231   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon  
     232   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
     233   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate 
     234   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto 
     235   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC 
     236   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo 
     237   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo 
     238   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc 
     239   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton 
     240   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton 
     241   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton 
     242   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton 
     243   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton 
     244   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
     245   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
     246   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     247   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     248   srespir2    =  0.2     ! Active respiration 
     249   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     250   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo 
     251   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     252   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate 
     253/ 
     254!----------------------------------------------------------------------- 
     255&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     256!----------------------------------------------------------------------- 
     257   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts 
    132258   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    133259   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    … …  
    145271   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo 
    146272/ 
    147 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     273!----------------------------------------------------------------------- 
     274&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     275!----------------------------------------------------------------------- 
     276   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     277   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate 
     278   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon 
     279   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     280   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate 
     281   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
     282   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     283   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto 
     284   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms 
     285   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton 
     286   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton 
     287   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     288   xthreshpic =  1.E-8 
     289   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     290   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton 
     291   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
     292   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
     293   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth 
     294   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     295   srespir    =  0.2      ! Active respiration 
     296   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     297   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     298   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     299/ 
     300!----------------------------------------------------------------------- 
    148301&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    149 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     302!----------------------------------------------------------------------- 
    150303   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
    151304   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration 
    152    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    153    xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    154    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    155 /   
    156 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     305   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction 
     306   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron 
     307   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust 
     308   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration  
     309   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant 
     310/ 
     311!-----------------------------------------------------------------------   
    157312&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    158 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     313!----------------------------------------------------------------------- 
    159314   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC 
    160    xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    161315   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    162316   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    163317   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
    164318   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    165 / 
    166 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     319   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria 
     320   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C 
     321!                         ! ln_p5z 
     322   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     323   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON 
     324   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP 
     325!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio 
     326!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C 
     327/ 
     328!----------------------------------------------------------------------- 
     329&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     330!----------------------------------------------------------------------- 
     331   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON 
     332   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes 
     333   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function 
     334!                         ! ln_p5z 
     335   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC 
     336   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON 
     337   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP 
     338/ 
     339!----------------------------------------------------------------------- 
    167340&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    168 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     341!----------------------------------------------------------------------- 
    169342   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time) 
    170343   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless) 
    171344/ 
    172 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     345!----------------------------------------------------------------------- 
    173346&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    174 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     347!----------------------------------------------------------------------- 
    175348!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    176349!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    … …  
    205378   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
    206379   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    207 / 
    208 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     380!                          ! ln_ligand 
     381   fep_rats    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
     382   fep_rath    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     383   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources  
     384/ 
     385!----------------------------------------------------------------------- 
     386&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     387!----------------------------------------------------------------------- 
     388   rfep        =  0.001    ! Dissolution rate of FeP 
     389   rlgw        =  1.       ! Lifetime (years) of weak ligands 
     390   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C 
     391   prlgw       =  1.E-4    ! Photolysis of weak ligand 
     392   rlgs        =  1000.    ! Lifetime (years) of strong ligands 
     393/ 
     394!----------------------------------------------------------------------- 
    209395&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    210 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     396!----------------------------------------------------------------------- 
    211397! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic) 
    212398! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio 
    … …  
    219405! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only 
    220406!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values 
    221 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     407!----------------------------------------------------------------------- 
    222408!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o 
    223409   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA' 
    … …  
    247433   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA' 
    248434/ 
    249 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    250 &nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest" 
    251 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    252    xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    253    xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
    254    xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    255    xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    256    xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
    257 / 
    258 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    259 &nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest" 
    260 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    261    xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor 
    262    xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness 
    263    xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class 
    264    xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class 
    265    xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class 
    266    xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class 
    267 / 
    268 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    269 &nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics  
    270 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    271 !              !    name   !           title of the field          !     units      ! 
    272 !              !           !                                       !                !   
    273    pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    ' 
    274    pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    ' 
    275    pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm' 
    276    pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         ' 
    277    pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    278    pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    279    pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   ' 
    280    pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   ' 
    281    pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   ' 
    282    pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    ' 
    283    pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            ' 
    284    pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   ' 
    285    pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    ' 
    286    pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            ' 
    287    pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        ' 
    288    pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        ' 
    289    pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         ' 
    290    pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    ' 
    291    pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    ' 
    292    pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    ' 
    293    pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    ' 
    294    pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   ' 
    295    pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   ' 
    296    pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   ' 
    297 / 
    298 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     435!----------------------------------------------------------------------- 
    299436&nampisdmp     !  Damping  
    300 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     437!----------------------------------------------------------------------- 
    301438   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value 
    302439   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation  
    303440/ 
    304 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     441!----------------------------------------------------------------------- 
    305442&nampismass     !  Mass conservation 
    306 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     443!----------------------------------------------------------------------- 
    307444   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation 
    308445/ 
    … …  
    317454!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
    318455!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    319  
    320 !!              10 - biological diagnostics trends              (namlobdbi)  
    321456!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    322 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     457!----------------------------------------------------------------------- 
    323458&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    324 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     459!----------------------------------------------------------------------- 
    325460   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
    326461   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
    … …  
    329464   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    330465/ 
    331 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     466!----------------------------------------------------------------------- 
    332467&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    333 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     468!----------------------------------------------------------------------- 
    334469   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    335470   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
    … …  
    337472   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    338473/ 
    339 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     474!----------------------------------------------------------------------- 
    340475&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    341 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     476!----------------------------------------------------------------------- 
    342477   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
    343478   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
    … …  
    351486   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    352487/ 
    353 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     488!----------------------------------------------------------------------- 
    354489&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    355 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     490!----------------------------------------------------------------------- 
    356491   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    357492   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
    358493/ 
    359 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     494!----------------------------------------------------------------------- 
    360495&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    361 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     496!----------------------------------------------------------------------- 
    362497   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]  
    363498!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    364499/ 
    365 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     500!----------------------------------------------------------------------- 
    366501&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    367 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     502!----------------------------------------------------------------------- 
    368503   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
    369504   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments 
    … …  
    371506   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    372507/ 
    373 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     508!----------------------------------------------------------------------- 
    374509&namlobrat     !   general coefficients 
    375 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     510!----------------------------------------------------------------------- 
    376511   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    377512   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
    378513   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
    379514/ 
    380 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     515!----------------------------------------------------------------------- 
    381516&namlobopt     !   optical parameters 
    382 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     517!----------------------------------------------------------------------- 
    383518   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water 
    384519   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water 
    … …  
    389524   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio 
    390525/ 
    391 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    392 &nampisdbi     !   biological diagnostics trends      
    393 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    394 !                !  2D bio diagnostics   units : mmole/m2/s   ("key_trdmld_trc") 
    395 !                !  name    !       title of the field      !     units      ! 
    396    pisdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    397    pisdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    398    pisdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s' 
    399    pisdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s' 
    400    pisdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    401    pisdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    402    pisdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    403    pisdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s' 
    404    pisdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    405    pisdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s' 
    406    pisdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    407    pisdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    408    pisdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s' 
    409    pisdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    410    pisdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    411    pisdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    412    pisdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s' 
    413 / 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r6497 r7646  
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!! NEMO/OPA  :  1 - run manager      (namrun) 
    5 !! namelists    2 - Domain           (namcfg, namzgr, namzgr_sco, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
    6 !!              3 - Surface boundary (namsbc, namsbc_ana, namsbc_flx, namsbc_clio, namsbc_core, namsbc_sas 
     5!! namelists    2 - Domain           (namcfg, namzgr, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
     6!!              3 - Surface boundary (namsbc, namsbc_flx, namsbc_blk, namsbc_sas) 
    77!!                                    namsbc_cpl, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
    88!!                                    namsbc_apr, namsbc_ssr, namsbc_alb, namsbc_wave) 
    … …  
    1111!!              6 - Tracer           (nameos, namtra_adv, namtra_ldf, namtra_ldfeiv, namtra_dmp) 
    1212!!              7 - dynamics         (namdyn_adv, namdyn_vor, namdyn_hpg, namdyn_spg, namdyn_ldf) 
    13 !!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_ddm, namzdf_tmx) 
     13!!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_ddm, namzdf_tmx, namzdf_tmx_new) 
    1414!!              9 - diagnostics      (namnc4, namtrd, namspr, namflo, namhsb, namsto) 
    1515!!             10 - miscellaneous    (nammpp, namctl) 
    … …  
    6060!!   namcfg       parameters of the configuration 
    6161!!   namzgr       vertical coordinate                                   (default: NO selection) 
    62 !!   namzgr_sco   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6362!!   namdom       space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    6463!!   namwad       Wetting and drying                                    (default F) 
    … …  
    7372&namcfg        !   parameters of the configuration 
    7473!----------------------------------------------------------------------- 
    75    cp_cfg      = "default" !  name of the configuration 
    76    cp_cfz      = "no zoom" !  name of the zoom of configuration 
    77    jp_cfg      =      0    !  resolution of the configuration 
    78    jpidta      =     10    !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    79    jpjdta      =     12    !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    80    jpkdta      =     31    !  number of levels      ( >= jpk ) 
    81    jpiglo      =     10    !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    82    jpjglo      =     12    !  2nd    -                  -    --> j =jpjdta 
    83    jpizoom     =      1    !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    84    jpjzoom     =      1    !  in data domain indices 
    85    jperio      =      0    !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    86                                  !  = 0 closed                 ;   = 1 cyclic East-West 
    87                                  !  = 2 equatorial symmetric   ;   = 3 North fold T-point pivot 
    88                                  !  = 4 cyclic East-West AND North fold T-point pivot 
    89                                  !  = 5 North fold F-point pivot 
    90                                  !  = 6 cyclic East-West AND North fold F-point pivot 
     74   ln_read_cfg = .false.   !  (=T) read the domain configuration file 
     75      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     76      cn_domcfg = "domain_cfg"         ! domain configuration filename 
     77      ! 
     78   ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
     79      cn_domcfg_out = "domain_cfg_out" ! newly created domain configuration filename 
     80      ! 
    9181   ln_use_jattr = .false.  !  use (T) the file attribute: open_ocean_jstart, if present 
    92                            !  in netcdf input files, as the start j-row for reading 
    93 / 
    94 !----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namzgr        !   vertical coordinate                                  (default: NO selection) 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    97    ln_zco      = .false.   !  z-coordinate - full    steps 
    98    ln_zps      = .false.   !  z-coordinate - partial steps 
    99    ln_sco      = .false.   !  s- or hybrid z-s-coordinate 
    100    ln_isfcav   = .false.   !  ice shelf cavity 
    101    ln_linssh   = .false.   !  linear free surface 
    102 / 
    103 !----------------------------------------------------------------------- 
    104 &namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate                (default F) 
    105 !----------------------------------------------------------------------- 
    106    ln_s_sh94   = .false.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
    107    ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
    108    ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
    109                            !  stretching coefficients for all functions 
    110    rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    111    rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    112    rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
    113                         !!!!!!!  Envelop bathymetry 
    114    rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
    115                         !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
    116    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
    117    rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma 
    118                         !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
    119    rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
    120    rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
    121    rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
    122                            !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
    123    rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
    124    rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
    125                         !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
    126    rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1) 
     82   !                       !  in netcdf input files, as the start j-row for reading 
    12783/ 
    12884!----------------------------------------------------------------------- 
    12985&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    13086!----------------------------------------------------------------------- 
    131    nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    132    rn_bathy    =    0.     !  value of the bathymetry. if (=0) bottom flat at jpkm1 
     87   ln_linssh   = .false.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
    13388   nn_closea   =    0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    134    nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    135    rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
     89   ! 
     90   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
    13691   rn_isfhmin  =    1.00   !  treshold (m) to discriminate grounding ice to floating ice 
    137    rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    138    rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    139                            ! 
     92   ! 
    14093   rn_rdt      = 5760.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    14194   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    142    ln_crs      = .false.      !  Logical switch for coarsening module 
    143    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    144                                        !  = 0 curvilinear coordinate on the sphere read in coordinate.nc 
    145                                        !  = 1 geographical mesh on the sphere with regular grid-spacing 
    146                                        !  = 2 f-plane with regular grid-spacing 
    147                                        !  = 3 beta-plane with regular grid-spacing 
    148                                        !  = 4 Mercator grid with T/U point at the equator 
    149    ppglam0     =       0.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    150    ppgphi0     =     -35.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    151    ppe1_deg    =       1.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    152    ppe2_deg    =       0.5             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    153    ppe1_m      =    5000.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    154    ppe2_m      =    5000.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    155    ppsur       =    -4762.96143546300  !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    156    ppa0        =      255.58049070440  ! (default coefficients) 
    157    ppa1        =      245.58132232490  ! 
    158    ppkth       =       21.43336197938  ! 
    159    ppacr       =        3.0            ! 
    160    ppdzmin     =       10.             !  Minimum vertical spacing 
    161    pphmax      =     5000.             !  Maximum depth 
    162    ldbletanh   =    .TRUE.             !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    163    ppa2        =      100.760928500000 !  Double tanh function parameters 
    164    ppkth2      =       48.029893720000 ! 
    165    ppacr2      =       13.000000000000 ! 
    166 / 
    167 !----------------------------------------------------------------------- 
    168 &namwad        !   Wetting and drying                                   (default F) 
    169 !----------------------------------------------------------------------- 
    170    ln_wd       = .false.   !  T/F activation of wetting and drying 
    171    rn_wdmin1   =  0.1      !  Minimum wet depth on dried cells 
    172    rn_wdmin2   =  0.01     !  Tolerance of min wet depth on dried cells 
    173    rn_wdld     =  20.0     !  Land elevation below which wetting/drying is allowed 
    174    nn_wdit     =  10       !  Max iterations for W/D limiter 
     95   ! 
     96   ln_crs      = .false.   !  Logical switch for coarsening module 
    17597/ 
    17698!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    185107   ln_tsd_init = .true.    !  Initialisation of ocean T & S with T & S input data (T) or not (F) 
    186108   ln_tsd_tradmp = .true.  !  damping of ocean T & S toward T & S input data (T) or not (F) 
     109/ 
     110!----------------------------------------------------------------------- 
     111&namwad        !   Wetting and drying                                   (default F) 
     112!----------------------------------------------------------------------- 
     113   ln_wd       = .false.   !  T/F activation of wetting and drying 
     114   rn_wdmin1   =  0.1      !  Minimum wet depth on dried cells 
     115   rn_wdmin2   =  0.01     !  Tolerance of min wet depth on dried cells 
     116   rn_wdld     =  20.0     !  Land elevation below which wetting/drying is allowed 
     117   nn_wdit     =  10       !  Max iterations for W/D limiter 
    187118/ 
    188119!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    230161!!====================================================================== 
    231162!!   namsbc          surface boundary condition 
    232 !!   namsbc_ana      analytical         formulation                     (ln_ana     =T) 
    233163!!   namsbc_flx      flux               formulation                     (ln_flx     =T) 
    234 !!   namsbc_clio     CLIO bulk formulae formulation                     (ln_blk_clio=T) 
    235 !!   namsbc_core     CORE bulk formulae formulation                     (ln_blk_core=T) 
    236 !!   namsbc_mfs      MFS  bulk formulae formulation                     (ln_blk_mfs =T) 
     164!!   namsbc_blk      Bulk formulae formulation                          (ln_blk     =T) 
    237165!!   namsbc_cpl      CouPLed            formulation                     ("key_oasis3" ) 
    238 !!   namsbc_sas      StAndalone Surface module 
     166!!   namsbc_sas      Stand-Alone Surface module 
    239167!!   namtra_qsr      penetrative solar radiation                        (ln_traqsr  =T) 
    240168!!   namsbc_rnf      river runoffs                                      (ln_rnf     =T) 
    … …  
    254182                           !     (also = the frequency of sea-ice & iceberg model call) 
    255183                     ! Type of air-sea fluxes  
    256    ln_ana      = .false.   !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana ) 
     184   ln_usr      = .false.   !  user defined formulation                  (T => check usrdef_sbc) 
    257185   ln_flx      = .false.   !  flux formulation                          (T => fill namsbc_flx ) 
    258    ln_blk_clio = .false.   !  CLIO bulk formulation                     (T => fill namsbc_clio) 
    259    ln_blk_core = .true.    !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    260    ln_blk_mfs  = .false.   !  MFS bulk formulation                      (T => fill namsbc_mfs ) 
     186   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    261187                     ! Type of coupling (Ocean/Ice/Atmosphere) : 
    262188   ln_cpl      = .false.   !  atmosphere coupled   formulation          ( requires key_oasis3 ) 
    … …  
    274200   nn_ice      = 2         !  =0 no ice boundary condition   , 
    275201                           !  =1 use observed ice-cover      , 
    276                            !  =2 ice-model used                         ("key_lim3", "key_lim2", "key_cice") 
     202                           !  =2 to 4 :  ice-model used (LIM2, LIM3 or CICE)                         ("key_lim3", "key_lim2", or "key_cice") 
    277203   nn_ice_embd = 1         !  =0 levitating ice (no mass exchange, concentration/dilution effect) 
    278204                           !  =1 levitating ice with mass and salt exchange but no presure effect 
    279205                           !  =2 embedded sea-ice (full salt and mass exchanges and pressure) 
    280206                     ! Misc. options of sbc :  
    281    ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration in the ocean            (T => fill namtra_qsr ) 
     207   ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration in the ocean            (T => fill namtra_qsr) 
    282208   ln_dm2dc    = .false.   !  daily mean to diurnal cycle on short wave 
    283209   ln_rnf      = .true.    !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    … …  
    288214   ln_apr_dyn  = .false.   !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
    289215   ln_isf      = .false.   !  ice shelf                                 (T   => fill namsbc_isf) 
    290    ln_wave     = .false.   !  coupling with surface wave                (T => fill namsbc_wave) 
     216   ln_wave     = .false.   !  Activate coupling with wave  (T => fill namsbc_wave) 
     217   ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     218   ln_sdw      = .false.   !  Read 2D Surf Stokes Drift & Computation of 3D stokes drift (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave)  
     219   ln_tauoc    = .false.   !  Activate ocean stress modified by external wave induced stress (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     220   ln_stcor    = .false.   !  Activate Stokes Coriolis term (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    291221   nn_lsm      = 0         !  =0 land/sea mask for input fields is not applied (keep empty land/sea mask filename field) , 
    292222                           !  =1:n number of iterations of land/sea mask application for input fields (fill land/sea mask filename field) 
    293 / 
    294 !----------------------------------------------------------------------- 
    295 &namsbc_ana    !   analytical surface boundary condition 
    296 !----------------------------------------------------------------------- 
    297    nn_tau000   =   0       !  gently increase the stress over the first ntau_rst time-steps 
    298    rn_utau0    =   0.5     !  uniform value for the i-stress 
    299    rn_vtau0    =   0.e0    !  uniform value for the j-stress 
    300    rn_qns0     =   0.e0    !  uniform value for the total heat flux 
    301    rn_qsr0     =   0.e0    !  uniform value for the solar radiation 
    302    rn_emp0     =   0.e0    !  uniform value for the freswater budget (E-P) 
    303223/ 
    304224!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    316236/ 
    317237!----------------------------------------------------------------------- 
    318 &namsbc_clio   !   namsbc_clio  CLIO bulk formulae 
    319 !----------------------------------------------------------------------- 
    320 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    321 !              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    322    sn_utau     = 'taux_1m'   ,       -1          , 'sozotaux',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    323    sn_vtau     = 'tauy_1m'   ,       -1          , 'sometauy',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    324    sn_wndm     = 'flx'       ,       -1          , 'socliowi',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    325    sn_tair     = 'flx'       ,       -1          , 'socliot2',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    326    sn_humi     = 'flx'       ,       -1          , 'socliohu',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    327    sn_ccov     = 'flx'       ,       -1          , 'socliocl',   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    328    sn_prec     = 'flx'       ,       -1          , 'socliopl',   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    329  
    330    cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files are 
    331 / 
    332 !----------------------------------------------------------------------- 
    333 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    334 !----------------------------------------------------------------------- 
    335 !              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                               ! rotation ! land/sea mask ! 
    336 !              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                              ! pairing  ! filename      ! 
     238&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
     239!----------------------------------------------------------------------- 
     240!              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                              ! rotation ! land/sea mask ! 
     241!              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                             ! pairing  ! filename      ! 
    337242   sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Uwnd'   , '' 
    338243   sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Vwnd'   , '' 
    … …  
    343248   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    344249   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     250   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'SLP'     ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    345251   sn_tdif     = 'taudif_core'                ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    346  
     252   !                    !  bulk algorithm : 
     253   ln_NCAR     = .false.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     254   ln_COARE_3p0= .false.   ! "COARE 3.0" algorithm   (Fairall et al. 2003) 
     255   ln_COARE_3p5= .false.   ! "COARE 3.5" algorithm   (Edson et al. 2013) 
     256   ln_ECMWF    = .false.   ! "ECMWF"     algorithm   (IFS cycle 31) 
     257   ! 
    347258   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files 
    348259   ln_taudif   = .false.   !  HF tau contribution: use "mean of stress module - module of the mean stress" data 
    … …  
    353264   rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity 
    354265                           !  in the calculation of the wind stress (0.=absolute winds or 1.=relative winds) 
    355 / 
    356 !----------------------------------------------------------------------- 
    357 &namsbc_mfs   !   namsbc_mfs  MFS bulk formulae 
    358 !----------------------------------------------------------------------- 
    359 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights     ! rotation ! land/sea mask ! 
    360 !              !             !  (if <0  months)  !   name   !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename    ! pairing  ! filename      ! 
    361    sn_wndi     =   'ecmwf'   ,        6          , 'u10'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    362    sn_wndj     =   'ecmwf'   ,        6          , 'v10'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    363    sn_clc      =   'ecmwf'   ,        6          , 'clc'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bilinear.nc',   ''     ,   '' 
    364    sn_msl      =   'ecmwf'   ,        6          , 'msl'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    365    sn_tair     =   'ecmwf'   ,        6          , 't2'     ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    366    sn_rhm      =   'ecmwf'   ,        6          , 'rh'     ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bilinear.nc',   ''     ,   '' 
    367    sn_prec     =   'ecmwf'   ,        6          , 'precip' ,    .true.    , .true. , 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    368  
    369    cn_dir      = './ECMWF/'      !  root directory for the location of the bulk files 
     266   ln_Cd_L12   = .false.   !  Modify the drag ice-atm and oce-atm depending on ice concentration 
     267                           !  This parameterization is from Lupkes et al. (JGR 2012) 
    370268/ 
    371269!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    380278   sn_snd_crt    =   'none'                 ,    'no'    , 'spherical' , 'eastward-northward' ,  'T' 
    381279   sn_snd_co2    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     280   sn_snd_crtw   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''           , 'U,V' 
     281   sn_snd_ifrac  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     282   sn_snd_wlev   =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    382283! receive 
    383284   sn_rcv_w10m   =   'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    … …  
    391292   sn_rcv_cal    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    392293   sn_rcv_co2    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     294   sn_rcv_hsig   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     295   sn_rcv_iceflx =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     296   sn_rcv_mslp   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     297   sn_rcv_phioc  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     298   sn_rcv_sdrfx  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     299   sn_rcv_sdrfy  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     300   sn_rcv_wper   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     301   sn_rcv_wnum   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     302   sn_rcv_wstrf  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     303   sn_rcv_wdrag  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    393304! 
    394305   nn_cplmodel   =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentialy sending/receiving data 
    … …  
    397308/ 
    398309!----------------------------------------------------------------------- 
    399 &namsbc_sas    !   analytical surface boundary condition 
     310&namsbc_sas    !   Stand Alone Surface boundary condition 
    400311!----------------------------------------------------------------------- 
    401312!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    402313!              !             !  (if <0  months)  !   name    !  (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     314   l_sasread   = .TRUE.   ! Read fields in a file if .TRUE. , or initialize to 0. in sbcssm.F90 if .FALSE. 
    403315   sn_usp      = 'sas_grid_U',     120           , 'vozocrtx',   .true.    , .true. , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    404316   sn_vsp      = 'sas_grid_V',     120           , 'vomecrty',   .true.    , .true. , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    … …  
    495407/ 
    496408!----------------------------------------------------------------------- 
    497 &namsbc_apr    !   Atmospheric pressure used as ocean forcing or in bulk 
     409&namsbc_apr    !   Atmospheric pressure used as ocean forcing           (ln_apr_dyn =T) 
    498410!----------------------------------------------------------------------- 
    499411!              ! file name ! frequency (hours) ! variable ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    … …  
    537449&namsbc_wave   ! External fields from wave model                        (ln_wave=T) 
    538450!----------------------------------------------------------------------- 
    539 !              ! file name ! frequency (hours) ! variable    ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    540 !              !           !  (if <0  months)  !   name      !  (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    541    sn_cdg      = 'cdg_wave',        1          , 'drag_coeff',   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    542    sn_usd      = 'sdw_wave',        1          , 'u_sd2d'    ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    543    sn_vsd      = 'sdw_wave',        1          , 'v_sd2d'    ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    544    sn_wn       = 'sdw_wave',        1          , 'wave_num'  ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    545 ! 
    546    cn_dir_cdg  = './'      !  root directory for the location of drag coefficient files 
    547    ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model 
    548    ln_sdw      = .false.   !  Computation of 3D stokes drift                
     451!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable     ! time interp. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     452!              !             !  (if <0  months)  !   name       !   (logical)  !  (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     453   sn_cdg      =  'sdw_wave' ,        1          , 'drag_coeff' ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     454   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     455   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     456   sn_hsw      =  'sdw_wave' ,        1          , 'hs'         ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     457   sn_wmp      =  'sdw_wave' ,        1          , 'wmp'        ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     458   sn_wnum     =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     459   sn_tauoc    =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_stress',     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     460! 
     461   cn_dir  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 
    549462/ 
    550463!----------------------------------------------------------------------- 
    551464&namberg       !   iceberg parameters                                   (default: No iceberg) 
    552465!----------------------------------------------------------------------- 
    553       ln_icebergs              = .false.              ! iceberg floats or not 
    554       ln_bergdia               = .true.               ! Calculate budgets 
    555       nn_verbose_level         = 1                    ! Turn on more verbose output if level > 0 
    556       nn_verbose_write         = 15                   ! Timesteps between verbose messages 
    557       nn_sample_rate           = 1                    ! Timesteps between sampling for trajectory storage 
    558                                                       ! Initial mass required for an iceberg of each class 
    559       rn_initial_mass          = 8.8e7, 4.1e8, 3.3e9, 1.8e10, 3.8e10, 7.5e10, 1.2e11, 2.2e11, 3.9e11, 7.4e11 
    560                                                       ! Proportion of calving mass to apportion to each class 
    561       rn_distribution          = 0.24, 0.12, 0.15, 0.18, 0.12, 0.07, 0.03, 0.03, 0.03, 0.02 
    562                                                       ! Ratio between effective and real iceberg mass (non-dim) 
    563                                                       ! i.e. number of icebergs represented at a point 
    564       rn_mass_scaling          = 2000, 200, 50, 20, 10, 5, 2, 1, 1, 1 
    565                                                       ! thickness of newly calved bergs (m) 
    566       rn_initial_thickness     = 40., 67., 133., 175., 250., 250., 250., 250., 250., 250. 
    567       rn_rho_bergs             = 850.                 ! Density of icebergs 
    568       rn_LoW_ratio             = 1.5                  ! Initial ratio L/W for newly calved icebergs 
    569       ln_operator_splitting    = .true.               ! Use first order operator splitting for thermodynamics 
    570       rn_bits_erosion_fraction = 0.                   ! Fraction of erosion melt flux to divert to bergy bits 
    571       rn_sicn_shift            = 0.                   ! Shift of sea-ice concn in erosion flux (0<sicn_shift<1) 
    572       ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling 
    573       nn_test_icebergs         =  10                  ! Create test icebergs of this class (-1 = no) 
    574                                                       ! Put a test iceberg at each gridpoint in box (lon1,lon2,lat1,lat2) 
    575       rn_test_box              = 108.0,  116.0, -66.0, -58.0 
    576       rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg 
    577  
    578 !            ! file name ! frequency (hours) !   variable   ! time interp.!  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    579 !            !           !  (if <0  months)  !     name     !  (logical)  !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    580       sn_icb =  'calving',       -1          , 'calvingmask',   .true.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    581  
    582       cn_dir = './' 
     466   ln_icebergs              = .false.              ! iceberg floats or not 
     467   ln_bergdia               = .true.               ! Calculate budgets 
     468   nn_verbose_level         = 1                    ! Turn on more verbose output if level > 0 
     469   nn_verbose_write         = 15                   ! Timesteps between verbose messages 
     470   nn_sample_rate           = 1                    ! Timesteps between sampling for trajectory storage 
     471                                                   ! Initial mass required for an iceberg of each class 
     472   rn_initial_mass          = 8.8e7, 4.1e8, 3.3e9, 1.8e10, 3.8e10, 7.5e10, 1.2e11, 2.2e11, 3.9e11, 7.4e11 
     473                                                   ! Proportion of calving mass to apportion to each class 
     474   rn_distribution          = 0.24, 0.12, 0.15, 0.18, 0.12, 0.07, 0.03, 0.03, 0.03, 0.02 
     475                                                   ! Ratio between effective and real iceberg mass (non-dim) 
     476                                                   ! i.e. number of icebergs represented at a point 
     477   rn_mass_scaling          = 2000, 200, 50, 20, 10, 5, 2, 1, 1, 1 
     478                                                   ! thickness of newly calved bergs (m) 
     479   rn_initial_thickness     = 40., 67., 133., 175., 250., 250., 250., 250., 250., 250. 
     480   rn_rho_bergs             = 850.                 ! Density of icebergs 
     481   rn_LoW_ratio             = 1.5                  ! Initial ratio L/W for newly calved icebergs 
     482   ln_operator_splitting    = .true.               ! Use first order operator splitting for thermodynamics 
     483   rn_bits_erosion_fraction = 0.                   ! Fraction of erosion melt flux to divert to bergy bits 
     484   rn_sicn_shift            = 0.                   ! Shift of sea-ice concn in erosion flux (0<sicn_shift<1) 
     485   ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling 
     486   nn_test_icebergs         =  10                  ! Create test icebergs of this class (-1 = no) 
     487                                                   ! Put a test iceberg at each gridpoint in box (lon1,lon2,lat1,lat2) 
     488   rn_test_box              = 108.0,  116.0, -66.0, -58.0 
     489   rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg 
     490 
     491!         ! file name ! frequency (hours) !   variable   ! time interp. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     492!         !           !  (if <0  months)  !     name     !   (logical)  !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     493   sn_icb =  'calving',       -1          , 'calvingmask',  .true.      , .true.  , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     494 
     495   cn_dir = './' 
    583496/ 
    584497 
    … …  
    589502!!   namagrif      agrif nested grid ( read by child model only )       ("key_agrif") 
    590503!!   nam_tide      Tidal forcing  
    591 !!   nambdy        Unstructured open boundaries                         ("key_bdy") 
    592 !!   nambdy_dta    Unstructured open boundaries - external data         ("key_bdy") 
    593 !!   nambdy_tide   tidal forcing at open boundaries                     ("key_bdy_tides") 
     504!!   nambdy        Unstructured open boundaries                          
     505!!   nambdy_dta    Unstructured open boundaries - external data          
     506!!   nambdy_tide   tidal forcing at open boundaries                      
    594507!!====================================================================== 
    595508! 
    … …  
    611524/ 
    612525!----------------------------------------------------------------------- 
    613 &nam_tide      !   tide parameters                                      ("key_tide") 
    614 !----------------------------------------------------------------------- 
     526&nam_tide      !   tide parameters 
     527!----------------------------------------------------------------------- 
     528   ln_tide     = .false. 
    615529   ln_tide_pot = .true.    !  use tidal potential forcing 
    616530   ln_tide_ramp= .false.   ! 
    … …  
    619533/ 
    620534!----------------------------------------------------------------------- 
    621 &nambdy        !  unstructured open boundaries                          ("key_bdy") 
    622 !----------------------------------------------------------------------- 
     535&nambdy        !  unstructured open boundaries                           
     536!----------------------------------------------------------------------- 
     537    ln_bdy         = .false.              !  Use unstructured open boundaries 
    623538    nb_bdy         = 0                    !  number of open boundary sets 
    624539    ln_coords_file = .true.               !  =T : read bdy coordinates from file 
    … …  
    651566    ln_vol        = .false.               !  total volume correction (see nn_volctl parameter) 
    652567    nn_volctl     = 1                     !  = 0, the total water flux across open boundaries is zero 
    653 / 
    654 !----------------------------------------------------------------------- 
    655 &nambdy_dta    !  open boundaries - external data                       ("key_bdy") 
     568    nb_jpk_bdy    = -1                    ! number of levels in the bdy data (set < 0 if consistent with planned run) 
     569/ 
     570!----------------------------------------------------------------------- 
     571&nambdy_dta    !  open boundaries - external data                        
    656572!----------------------------------------------------------------------- 
    657573!              !  file name      ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    … …  
    758674   !                     ! S-EOS coefficients (ln_seos=T): 
    759675   !                             !  rd(T,S,Z)*rau0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
    760    rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1) 
    761    rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient (nn_eos= 1) 
     676   rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient 
     677   rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient 
    762678   rn_lambda1  =  5.9520e-2      !  cabbeling coeff in T^2  (=0 for linear eos) 
    763679   rn_lambda2  =  7.4914e-4      !  cabbeling coeff in S^2  (=0 for linear eos) 
    … …  
    900816!----------------------------------------------------------------------- 
    901817   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps 
    902    ln_hpg_zps  = .true.    !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
     818   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    903819   ln_hpg_sco  = .false.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    904820   ln_hpg_isf  = .false.   !  s-coordinate (sco ) adapted to isf 
    … …  
    940856   !                                !  = 30  F(i,j,k)=c2d*c1d 
    941857   !                                !  = 31  F(i,j,k)=F(grid spacing and local velocity) 
     858   !                                !  = 32  F(i,j,k)=F(local gridscale and deformation rate) 
     859   ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
    942860   rn_ahm_0      =  40000.     !  horizontal laplacian eddy viscosity   [m2/s] 
    943861   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
    944862   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
    945    ! 
    946    ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
     863   !                       !  Smagorinsky settings (nn_ahm_ijk_t  = 32) : 
     864   rn_csmc       = 3.5         !  Smagorinsky constant of proportionality 
     865   rn_minfac     = 1.0         !  multiplier of theorectical lower limit 
     866   rn_maxfac     = 1.0         !  multiplier of theorectical upper limit 
    947867/ 
    948868 
    … …  
    973893   ln_zdfexp   = .false.   !  time-stepping: split-explicit (T) or implicit (F) time stepping 
    974894      nn_zdfexp   =    3        ! number of sub-timestep for ln_zdfexp=T 
     895   ln_zdfqiao  = .false.   !  Enhanced wave vertical mixing Qiao (2010) (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    975896/ 
    976897!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1027948   rn_hsro       =  0.02   !  Minimum surface roughness 
    1028949   rn_frac_hs    =   1.3   !  Fraction of wave height as roughness (if nn_z0_met=2) 
    1029    nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2) 
     950   nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2/3) 
     951   !                             ! =3 requires ln_wave=T 
    1030952   nn_bc_surf    =     1   !  surface condition (0/1=Dir/Neum) 
    1031953   nn_bc_bot     =     1   !  bottom condition (0/1=Dir/Neum) 
    … …  
    1056978   ln_tsdiff   = .true.    !  account for differential T/S mixing (T) or not (F) 
    1057979/ 
    1058  
    1059  
    1060980!!====================================================================== 
    1061981!!                  ***  Miscellaneous namelists  *** 
    1062982!!====================================================================== 
    1063983!!   nammpp            Massively Parallel Processing                    ("key_mpp_mpi) 
    1064 !!   namctl            Control prints & Benchmark 
     984!!   namctl            Control prints  
    1065985!!   namsto            Stochastic parametrization of EOS 
    1066986!!====================================================================== 
    … …  
    1078998/ 
    1079999!----------------------------------------------------------------------- 
    1080 &namctl        !   Control prints & Benchmark 
     1000&namctl        !   Control prints  
    10811001!----------------------------------------------------------------------- 
    10821002   ln_ctl      = .false.   !  trends control print (expensive!) 
    … …  
    10881008   nn_isplt    =    1      !  number of processors in i-direction 
    10891009   nn_jsplt    =    1      !  number of processors in j-direction 
    1090    nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    1091                            !     (no physical validity of the results) 
    10921010   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    10931011   nn_diacfl   =    0      !  Write out CFL diagnostics (=1) in cfl_diagnostics.ascii, or not (=0) 
    … …  
    11171035!!   namhsb       Heat and salt budgets                                 (default F) 
    11181036!!   namdiu       Cool skin and warm layer models                       (default F) 
     1037!!   namdiu       Cool skin and warm layer models                       (default F) 
    11191038!!   namflo       float parameters                                      ("key_float") 
    11201039!!   nam_diaharm  Harmonic analysis of tidal constituents               ("key_diaharm") 
    … …  
    11591078&namdiu        !   Cool skin and warm layer models                       (default F) 
    11601079!----------------------------------------------------------------------- 
    1161    ln_diurnal      = .false.   !  
     1080   ln_diurnal      = .false.   ! 
    11621081   ln_diurnal_only = .false.   ! 
    11631082/ 
    … …  
    11961115!----------------------------------------------------------------------- 
    11971116&nam_diatmb    !  Top Middle Bottom Output                               (default F) 
     1117!----------------------------------------------------------------------- 
     1118   ln_diatmb   = .false.   !  Choose Top Middle and Bottom output or not 
     1119/ 
     1120!----------------------------------------------------------------------- 
     1121&nam_dia25h    !  25h Mean Output                                        (default F) 
     1122!----------------------------------------------------------------------- 
     1123   ln_dia25h   = .false.   ! Choose 25h mean output or not 
     1124/ 
     1125!----------------------------------------------------------------------- 
     1126&namnc4        !   netcdf4 chunking and compression settings            ("key_netcdf4") 
    11981127!----------------------------------------------------------------------- 
    11991128   ln_diatmb   = .false.   !  Choose Top Middle and Bottom output or not 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r6403 r7646  
    88!!               - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    99!!               - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
    10 !!               - tracer output diagonstics             (namtrc_dia) 
    1110!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    1211!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1413!----------------------------------------------------------------------- 
    1514   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers 
    16    nn_writetrc   =  5475     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    1715   ln_top_euler  = .false.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    1816   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    … …  
    2826&namtrc          !   tracers definition 
    2927!----------------------------------------------------------------------- 
    30    ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     28   jp_bgc        =  0           !  Number of passive tracers of the BGC model 
     29! 
     30   ln_pisces     =  .false.     !  Run PISCES BGC model  
     31   ln_my_trc     =  .false.     !  Run MY_TRC BGC model 
     32   ln_age        =  .false.     !  Run the sea water age tracer 
     33   ln_cfc11      =  .false.     !  Run the CFC11 passive tracer 
     34   ln_cfc12      =  .false.     !  Run the CFC12 passive tracer 
     35   ln_sf6        =  .false.     !  Run the SF6 passive tracer 
     36   ln_c14        =  .false.     !  Run the Radiocarbon passive tracer 
     37! 
     38   ln_trcdta     =  .false.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    3139   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    3240   ln_trcdmp_clo =  .false.  !  damping term (T) or not (F) on closed seas 
     41! 
     42   jp_dia3d      = 0         ! Number of 3D diagnostic variables 
     43   jp_dia2d      = 0         ! Number of 2D diagnostic variables 
     44!                !           !                                         !            !                               ! 
     45!                !    name   !           title of the field            !   units    ! initial data from file or not !  
     46!  sn_tracer(1)  = 'tracer  ' , 'Tracer  Concentration                 ',   ' - '    ,           .false. 
     47/ 
     48!----------------------------------------------------------------------- 
     49&namage         !   AGE  
     50!----------------------------------------------------------------------- 
     51   rn_age_depth      = 10            ! depth over which age tracer reset to zero 
     52   rn_age_kill_rate  = -0.000138888  !  = -1/7200 recip of relaxation timescale (s) for  age tracer shallower than age_depth 
    3353/ 
    3454!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    3656!----------------------------------------------------------------------- 
    3757   cn_dir        =  './'     !  root directory for the location of the data files 
     58!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     59!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     60   sn_trcdta(1)  = 'data_TRC_nomask'        ,        -12        ,  'TRC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
    3861/ 
    3962!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    111134   ln_trdtrc(23) = .true. 
    112135/ 
    113 !----------------------------------------------------------------------- 
    114 &namtrc_dia      !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
    115 !---------------------------------------------------------------------- 
    116    ln_diatrc     =  .true.   !  save additional diag. (T) or not (F) 
    117    ln_diabio     =  .true.   !  output biological trends 
    118    nn_writedia   =  5475     !  time step frequency for diagnostics 
    119    nn_writebio   =    10     !  frequency of biological outputs 
    120 / 
    121136!---------------------------------------------------------------------- 
    122137&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    … …  
    125140   cn_dir_cbc    =  './'     !  root directory for the location of COASTAL data files 
    126141   cn_dir_obc    =  './'     !  root directory for the location of OPEN data files 
     142   ln_rnf_ctl    = .false.   !  Remove runoff dilution on tracers with absent river load 
     143   rn_bc_time    =  86400.   !  Time scaling factor for SBC and CBC data (seconds in a day) 
    127144/ 
    128145!---------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r6403 r7646  
    11GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    2 ORCA2_LIM_CFC_C14b OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    32GYRE_XIOS OPA_SRC 
     3GYRE OPA_SRC 
    44ORCA2_SAS_LIM OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    55C1D_PAPA OPA_SRC 
    66GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
    77AMM12 OPA_SRC 
    8 ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
    98ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    109ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    11 GYRE OPA_SRC 
    1210ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     11ORCA2_OFF_TRC OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
     12ISOMIP OPA_SRC 
     13ORCA2_LIM3_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_3 TOP_SRC NST_SRC 
     14ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
     15ORCA2_SAS_LIM3 OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r5144 r7646  
    9090x_r=""; 
    9191x_u=""; 
     92x_a=""; 
    9293x_m=""; 
    9394x_t=""; 
    … …  
    123124#- 
    124125#- Choice of the options --- 
    125 while getopts :hd:n:r:u:m:j:e:s:v:t:k: V 
     126while getopts :hd:n:r:u:a:m:j:e:s:v:t:k: V 
    126127do 
    127128    case $V in 
    … …  
    142143        echo " -k 0/1       : used cpp keys check (default = 1 -> check activated)"; 
    143144   echo " -t dir       : temporary directory for compilation" 
     145   echo " -a dir       : alternative sub-directory for configurations (below CONFIG)" 
    144146   echo ""; 
    145147   echo "Example to install a new configuration MY_CONFIG"; 
    … …  
    149151   echo "Available configurations :"; cat ${CONFIG_DIR}/cfg.txt; 
    150152   echo ""; 
    151         echo "Available unsupported (external) configurations :"; cat ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt; 
     153        echo "Available unsupported (external) configurations :";  
     154              if [ -f ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt ] ; then cat ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt; fi; 
     155   echo ""; 
     156   echo "Example to install an unsupoorted configuration MY_USP"; 
     157   echo "makenemo -n MY_USP -u MY_USP" ; 
    152158   echo ""; 
    153159   echo "Example to remove bad configuration "; 
    … …  
    174180   (r)  x_r=${OPTARG};; 
    175181   (u)  x_u=${OPTARG};; 
     182   (a)  x_a=${OPTARG};; 
    176183   (m)  x_m=${OPTARG};; 
    177184   (j)  x_j=${OPTARG};; 
    … …  
    223230 
    224231#- 
    225 #- Go to NEMOGCM/config directory --- 
     232#- Go to NEMOGCM/CONFIG directory --- 
    226233cd ${CONFIG_DIR} 
    227234 
    228235#- 
    229236#- Initialisation from input --- 
     237export ALT_DIR=${x_a} 
     238if [ ! -z $ALT_DIR ]; then 
     239 if [ -d ${CONFIG_DIR}/${ALT_DIR} ]; then 
     240   export CONFIG_DIR=${CONFIG_DIR}/${ALT_DIR} 
     241#- 
     242#- Go to named subdirectory of the NEMOGCM/CONFIG directory --- 
     243   cd ${CONFIG_DIR} 
     244 fi 
     245fi 
    230246export NEW_CONF=${x_n} 
    231247NBR_PRC=${x_j} 
    … …  
    244260    echo 
    245261    echo "Available unsupported (external) configurations :"  
    246     cat ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt 
     262    if [ -f ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt ] ; then cat ${CONFIG_DIR}/uspcfg.txt; fi; 
    247263    exit 
    248264fi 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.