New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7924 – NEMO

Changeset 7924


Ignore:
Timestamp:
2017-04-18T15:42:46+02:00 (7 years ago)
Author:
andmirek
Message:

first commit with XIOS restart read functionality

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC
Files:
22 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diahsb.F90

    r6487 r7924  
    3232   USE timing          ! preformance summary 
    3333   USE wrk_nemo        ! work arrays 
     34   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3435 
    3536   IMPLICIT NONE 
    … …  
    254255           IF(lwp) WRITE(numout,*) ' dia_hsb_rst at it= ', kt,' date= ', ndastp 
    255256           IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
    256            CALL iom_get( numror, 'frc_v', frc_v ) 
    257            CALL iom_get( numror, 'frc_t', frc_t ) 
    258            CALL iom_get( numror, 'frc_s', frc_s ) 
     257           CALL iom_get( numror, 'frc_v', frc_v, lrxios = lxios_read ) 
     258           CALL iom_get( numror, 'frc_t', frc_t, lrxios = lxios_read ) 
     259           CALL iom_get( numror, 'frc_s', frc_s, lrxios = lxios_read ) 
    259260           IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
    260               CALL iom_get( numror, 'frc_wn_t', frc_wn_t ) 
    261               CALL iom_get( numror, 'frc_wn_s', frc_wn_s ) 
     261              CALL iom_get( numror, 'frc_wn_t', frc_wn_t, lrxios = lxios_read ) 
     262              CALL iom_get( numror, 'frc_wn_s', frc_wn_s, lrxios = lxios_read ) 
    262263           ENDIF 
    263            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_ini', ssh_ini ) 
    264            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'e3t_ini', e3t_ini ) 
    265            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hc_loc_ini', hc_loc_ini ) 
    266            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sc_loc_ini', sc_loc_ini ) 
     264           CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_ini', ssh_ini, lrxios = lxios_read ) 
     265           CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'e3t_ini', e3t_ini, lrxios = lxios_read ) 
     266           CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hc_loc_ini', hc_loc_ini, lrxios = lxios_read ) 
     267           CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sc_loc_ini', sc_loc_ini, lrxios = lxios_read ) 
    267268           IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
    268               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_hc_loc_ini', ssh_hc_loc_ini ) 
    269               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_sc_loc_ini', ssh_sc_loc_ini ) 
     269              CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_hc_loc_ini', ssh_hc_loc_ini, lrxios = lxios_read ) 
     270              CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_sc_loc_ini', ssh_sc_loc_ini, lrxios = lxios_read ) 
    270271           ENDIF 
    271272       ELSE 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/daymod.F90

    r6487 r7924  
    3535   USE timing          ! Timing 
    3636   USE restart         ! restart 
     37   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3738 
    3839   IMPLICIT NONE 
    … …  
    309310         IF( iom_varid( numror, 'kt', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    310311            ! Get Calendar informations 
    311             CALL iom_get( numror, 'kt', zkt )   ! last time-step of previous run 
     312            CALL iom_get( numror, 'kt', zkt, lrxios = lxios_read )   ! last time-step of previous run 
    312313            IF(lwp) THEN 
    313314               WRITE(numout,*) ' *** Info read in restart : ' 
    … …  
    328329            IF ( nrstdt == 2 ) THEN 
    329330               ! read the parameters correspondting to nit000 - 1 (last time step of previous run) 
    330                CALL iom_get( numror, 'ndastp', zndastp ) 
     331               CALL iom_get( numror, 'ndastp', zndastp, lrxios = lxios_read ) 
    331332               ndastp = NINT( zndastp ) 
    332                CALL iom_get( numror, 'adatrj', adatrj  ) 
     333               CALL iom_get( numror, 'adatrj', adatrj, lrxios = lxios_read  ) 
    333334            ELSE 
    334335               ! parameters correspondting to nit000 - 1 (as we start the step loop with a call to day) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domain.F90

    r6491 r7924  
    3838   USE timing          ! Timing 
    3939   USE lbclnk          ! ocean lateral boundary condition (or mpp link) 
     40   USE iom_def, ONLY:lxios_read 
    4041 
    4142   IMPLICIT NONE 
    … …  
    138139         &             nn_no   , cn_exp    , cn_ocerst_in, cn_ocerst_out, ln_rstart , ln_rstdate, nn_rstctl,   & 
    139140         &             nn_it000, nn_itend  , nn_date0    , nn_leapy     , nn_istate , nn_stock ,   & 
    140          &             nn_write, ln_dimgnnn, ln_mskland  , ln_cfmeta    , ln_clobber, nn_chunksz, nn_euler 
     141         &             nn_write, ln_dimgnnn, ln_mskland  , ln_cfmeta    , ln_clobber, nn_chunksz, nn_euler, & 
     142         &             lr_xios 
    141143      NAMELIST/namdom/ nn_bathy, rn_bathy , rn_e3zps_min, rn_e3zps_rat, nn_msh, rn_hmin,   & 
    142144         &             nn_acc   , rn_atfp     , rn_rdt      , rn_rdtmin ,                  & 
    … …  
    193195         WRITE(numout,*) '      overwrite an existing file      ln_clobber = ', ln_clobber 
    194196         WRITE(numout,*) '      NetCDF chunksize (bytes)        nn_chunksz = ', nn_chunksz 
     197         WRITE(numout,*) '      READ restart for a single file using XIOS  = ', lr_xios  
    195198      ENDIF 
    196199 
    … …  
    207210      nwrite = nn_write 
    208211      neuler = nn_euler 
     212      lxios_read = lr_xios 
    209213      IF ( neuler == 1 .AND. .NOT. ln_rstart ) THEN 
    210214         WRITE(ctmp1,*) 'ln_rstart =.FALSE., nn_euler is forced to 0 ' 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domvvl.F90

    r6498 r7924  
    3333   USE wrk_nemo        ! Memory allocation 
    3434   USE timing          ! Timing 
     35   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3536 
    3637   IMPLICIT NONE 
    … …  
    817818         IF( ln_rstart ) THEN                   !* Read the restart file 
    818819            CALL rst_read_open                  !  open the restart file if necessary 
    819             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshn'   , sshn    ) 
     820            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshn'   , sshn, lrxios = lxios_read    ) 
    820821            ! 
    821822            id1 = iom_varid( numror, 'fse3t_b', ldstop = .FALSE. ) 
    … …  
    828829            !                             ! --------- ! 
    829830            IF( MIN( id1, id2 ) > 0 ) THEN       ! all required arrays exist 
    830                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_b', fse3t_b(:,:,:) ) 
    831                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_n', fse3t_n(:,:,:) ) 
     831               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_b', fse3t_b(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
     832               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_n', fse3t_n(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
    832833               ! needed to restart if land processor not computed  
    833834               IF(lwp) write(numout,*) 'dom_vvl_rst : fse3t_b and fse3t_n found in restart files' 
    … …  
    843844               IF(lwp) write(numout,*) 'fse3t_n set equal to fse3t_b.' 
    844845               IF(lwp) write(numout,*) 'neuler is forced to 0' 
    845                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_b', fse3t_b(:,:,:) ) 
     846               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_b', fse3t_b(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
    846847               fse3t_n(:,:,:) = fse3t_b(:,:,:) 
    847848               neuler = 0 
    … …  
    850851               IF(lwp) write(numout,*) 'fse3t_b set equal to fse3t_n.' 
    851852               IF(lwp) write(numout,*) 'neuler is forced to 0' 
    852                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_n', fse3t_n(:,:,:) ) 
     853               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fse3t_n', fse3t_n(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
    853854               fse3t_b(:,:,:) = fse3t_n(:,:,:) 
    854855               neuler = 0 
    … …  
    875876               !                          ! ----------------------- ! 
    876877               IF( MIN( id3, id4 ) > 0 ) THEN  ! all required arrays exist 
    877                   CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tilde_e3t_b', tilde_e3t_b(:,:,:) ) 
    878                   CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tilde_e3t_n', tilde_e3t_n(:,:,:) ) 
     878                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tilde_e3t_b', tilde_e3t_b(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
     879                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tilde_e3t_n', tilde_e3t_n(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
    879880               ELSE                            ! one at least array is missing 
    880881                  tilde_e3t_b(:,:,:) = 0.0_wp 
    … …  
    885886                  !                       ! ------------ ! 
    886887                  IF( id5 > 0 ) THEN  ! required array exists 
    887                      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdiv_lf', hdiv_lf(:,:,:) ) 
     888                     CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdiv_lf', hdiv_lf(:,:,:), lrxios = lxios_read ) 
    888889                  ELSE                ! array is missing 
    889890                     hdiv_lf(:,:,:) = 0.0_wp 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DYN/dynspg_flt.F90

    r7923 r7924  
    5151   USE agrif_opa_interp 
    5252#endif 
     53   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    5354 
    5455   IMPLICIT NONE 
    … …  
    395396! Caution : extra-hallow 
    396397! gcx and gcxb are defined as: DIMENSION(1-jpr2di:jpi+jpr2di,1-jpr2dj:jpj+jpr2dj) 
    397             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'gcx' , gcx (1:jpi,1:jpj) ) 
    398             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'gcxb', gcxb(1:jpi,1:jpj) ) 
     398            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'gcx' , gcx (1:jpi,1:jpj), lrxios = lxios_read ) ! make sure domain is fine!!!! 
     399            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'gcxb', gcxb(1:jpi,1:jpj), lrxios = lxios_read ) ! make sure domain is fine!!!! 
    399400            IF( neuler == 0 )   gcxb(:,:) = gcx (:,:) 
    400401         ELSE 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DYN/dynspg_ts.F90

    r6487 r7924  
    4848   USE asminc          ! Assimilation increment 
    4949#endif 
     50   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    5051 
    5152   IMPLICIT NONE 
    … …  
    10191020      ! 
    10201021      IF( TRIM(cdrw) == 'READ' ) THEN 
    1021          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub2_b'  , ub2_b  (:,:) )    
    1022          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb2_b'  , vb2_b  (:,:) )  
     1022         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub2_b'  , ub2_b  (:,:), lrxios = lxios_read )    
     1023         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb2_b'  , vb2_b  (:,:), lrxios = lxios_read )  
    10231024         IF( .NOT.ln_bt_av ) THEN 
    1024             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshbb_e'  , sshbb_e(:,:) )    
    1025             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ubb_e'    ,   ubb_e(:,:) )    
    1026             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vbb_e'    ,   vbb_e(:,:) ) 
    1027             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshb_e'   ,  sshb_e(:,:) )  
    1028             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub_e'     ,    ub_e(:,:) )    
    1029             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb_e'     ,    vb_e(:,:) ) 
     1025            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshbb_e'  , sshbb_e(:,:), lrxios = lxios_read )    
     1026            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ubb_e'    ,   ubb_e(:,:), lrxios = lxios_read )    
     1027            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vbb_e'    ,   vbb_e(:,:), lrxios = lxios_read ) 
     1028            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshb_e'   ,  sshb_e(:,:), lrxios = lxios_read )  
     1029            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub_e'     ,    ub_e(:,:), lrxios = lxios_read )    
     1030            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb_e'     ,    vb_e(:,:), lrxios = lxios_read ) 
    10301031         ENDIF 
    10311032#if defined key_agrif 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/in_out_manager.F90

    r6491 r7924  
    4949   LOGICAL       ::   ln_clobber       !: clobber (overwrite) an existing file 
    5050   INTEGER       ::   nn_chunksz       !: chunksize (bytes) for NetCDF file (works only with iom_nf90 routines) 
     51   LOGICAL       ::   lr_xios          !: use xios to read single file restart 
    5152#if defined key_netcdf4 
    5253   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    152153   LOGICAL       ::   lsp_area = .TRUE.     !: to make a control print over a specific area 
    153154   CHARACTER(lc) ::   cxios_context         !: context name used in xios 
     155   CHARACTER(lc) ::   rxios_context         !: context name used in xios to read restart 
    154156 
    155157   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r7923 r7924  
    5353   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_iomput = .FALSE.       !: iom_put flag 
    5454#endif 
     55   INTEGER, PRIVATE, PARAMETER :: max_rst_fields = 85        ! maximum number of variables in a restart file 
    5556   PUBLIC iom_init, iom_swap, iom_open, iom_close, iom_setkt, iom_varid, iom_get, iom_gettime, iom_rstput, iom_put 
    5657   PUBLIC iom_getatt, iom_use, iom_context_finalize 
    … …  
    6263   PRIVATE iom_set_domain_attr, iom_set_axis_attr, iom_set_field_attr, iom_set_file_attr, iom_get_file_attr, iom_set_grid_attr 
    6364   PRIVATE set_grid, set_grid_bounds, set_scalar, set_xmlatt, set_mooring, iom_update_file_name, iom_sdate 
     65   PRIVATE set_active_rst_fields 
    6466# endif 
    6567 
    … …  
    141143      CALL set_scalar 
    142144 
    143       IF( TRIM(cdname) == TRIM(cxios_context) ) THEN   
     145      IF( TRIM(cdname) == TRIM(cxios_context) .OR. TRIM(cdname) == TRIM(rxios_context)) THEN   
    144146         CALL set_grid( "T", glamt, gphit )  
    145147         CALL set_grid( "U", glamu, gphiu ) 
    … …  
    184186 
    185187      ! vertical grid definition 
    186       CALL iom_set_axis_attr( "deptht", gdept_1d ) 
    187       CALL iom_set_axis_attr( "depthu", gdept_1d ) 
    188       CALL iom_set_axis_attr( "depthv", gdept_1d ) 
    189       CALL iom_set_axis_attr( "depthw", gdepw_1d ) 
     188      CALL iom_set_axis_attr( "deptht", paxis = gdept_1d ) 
     189      CALL iom_set_axis_attr( "depthu", paxis = gdept_1d ) 
     190      CALL iom_set_axis_attr( "depthv", paxis = gdept_1d ) 
     191      CALL iom_set_axis_attr( "depthw", paxis = gdepw_1d ) 
    190192 
    191193      ! Add vertical grid bounds 
    … …  
    227229       
    228230      ! automatic definitions of some of the xml attributs 
    229       CALL set_xmlatt 
     231      IF( TRIM(cdname) == TRIM(rxios_context)) THEN 
     232       CALL set_active_rst_fields 
     233      ELSE 
     234       CALL set_xmlatt 
     235      ENDIF 
    230236 
    231237      CALL set_1point 
    … …  
    241247 
    242248#endif 
    243        
     249 
    244250   END SUBROUTINE iom_init 
    245251 
     252   SUBROUTINE set_active_rst_fields 
     253!sets enabled = .TRUE. for each field in restart file 
     254        CHARACTER(len=30),DIMENSION(max_rst_fields)    :: rst_fields 
     255        INTEGER :: i 
     256 
     257        rst_fields(:)="NO_NAME" 
     258 
     259        rst_fields(1)="rdt" 
     260        rst_fields(2)="rdttra1" 
     261        rst_fields(3)="un" 
     262        rst_fields(4)="ub" 
     263        rst_fields(5)="vn" 
     264        rst_fields(6)="vb" 
     265        rst_fields(7)="tn" 
     266        rst_fields(8)="tb" 
     267        rst_fields(9)="sn" 
     268        rst_fields(10)="sb" 
     269        rst_fields(11)="sshn" 
     270        rst_fields(12)="sshb" 
     271        rst_fields(13)="hdivn" 
     272        rst_fields(14)="hdivb" 
     273        rst_fields(15)="rhop" 
     274        rst_fields(16)="rotn" 
     275        rst_fields(17)="rotb" 
     276        rst_fields(18)="kt" 
     277        rst_fields(19)="ndastp" 
     278        rst_fields(20)="adatrj" 
     279        rst_fields(21)="utau_b" 
     280        rst_fields(22)="vtau_b" 
     281        rst_fields(23)="qns_b" 
     282        rst_fields(24)="emp_b" 
     283        rst_fields(25)="sfx_b" 
     284        rst_fields(26)="en"  
     285        rst_fields(27)="avt" 
     286        rst_fields(28)="avm" 
     287        rst_fields(29)="avmu" 
     288        rst_fields(30)="avmv" 
     289        rst_fields(31)="dissl" 
     290        rst_fields(32)="sbc_hc_b" 
     291        rst_fields(33)="sbc_sc_b" 
     292        rst_fields(34)="qsr_hc_b" 
     293        rst_fields(35)="gcx" 
     294        rst_fields(36)="gcxb" 
     295        rst_fields(37)="fraqsr_1lev" 
     296        rst_fields(38)="greenland_icesheet_mass" 
     297        rst_fields(39)="greenland_icesheet_timelapsed" 
     298        rst_fields(40)="greenland_icesheet_mass_roc" 
     299        rst_fields(41)="antarctica_icesheet_mass" 
     300        rst_fields(42)="antarctica_icesheet_timelapsed" 
     301        rst_fields(43)="antarctica_icesheet_mass_roc" 
     302        rst_fields(44)="rhd" 
     303        rst_fields(45)="frc_v" 
     304        rst_fields(46)="frc_t" 
     305        rst_fields(47)="frc_s" 
     306        rst_fields(48)="frc_wn_t" 
     307        rst_fields(49)="frc_wn_s" 
     308        rst_fields(50)="ssh_ini" 
     309        rst_fields(51)="e3t_ini" 
     310        rst_fields(52)="hc_loc_ini" 
     311        rst_fields(53)="sc_loc_ini" 
     312        rst_fields(54)="ssh_hc_loc_ini" 
     313        rst_fields(55)="ssh_sc_loc_ini" 
     314        rst_fields(56)="fse3t_b" 
     315        rst_fields(57)="fse3t_n" 
     316        rst_fields(58)="tilde_e3t_b" 
     317        rst_fields(59)="tilde_e3t_n" 
     318        rst_fields(60)="hdiv_lf" 
     319        rst_fields(61)="ub2_b" 
     320        rst_fields(62)="vb2_b" 
     321        rst_fields(63)="sshbb_e" 
     322        rst_fields(64)="ubb_e" 
     323        rst_fields(65)="vbb_e" 
     324        rst_fields(66)="sshb_e" 
     325        rst_fields(67)="ub_e" 
     326        rst_fields(68)="vb_e" 
     327        rst_fields(69)="fwf_isf_b" 
     328        rst_fields(70)="isf_sc_b" 
     329        rst_fields(71)="isf_hc_b" 
     330        rst_fields(72)="ssh_ibb" 
     331        rst_fields(73)="rnf_b" 
     332        rst_fields(74)="rnf_hc_b" 
     333        rst_fields(75)="rnf_sc_b" 
     334        rst_fields(76)="nn_fsbc" 
     335        rst_fields(77)="ssu_m" 
     336        rst_fields(78)="ssv_m" 
     337        rst_fields(79)="sst_m" 
     338        rst_fields(80)="sss_m" 
     339        rst_fields(81)="ssh_m" 
     340        rst_fields(82)="e3t_m" 
     341        rst_fields(83)="frq_m" 
     342        rst_fields(84)="avmb" 
     343        rst_fields(85)="avtb" 
     344 
     345        DO i = 1, max_rst_fields 
     346         IF( TRIM(rst_fields(i)) /= "NO_NAME") THEN 
     347           IF( iom_varid( numror, TRIM(rst_fields(i)), ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
     348             IF ( xios_is_valid_field( TRIM(rst_fields(i)) ) ) & 
     349      &         CALL xios_set_field_attr ( TRIM(rst_fields(i)), enabled = .TRUE. )  
     350           ENDIF 
     351         ENDIF 
     352        END DO 
     353 
     354   END SUBROUTINE set_active_rst_fields 
    246355 
    247356   SUBROUTINE iom_swap( cdname ) 
    … …  
    254363#if defined key_iomput 
    255364      TYPE(xios_context) :: nemo_hdl 
    256  
    257365      IF( TRIM(Agrif_CFixed()) == '0' ) THEN 
    258366        CALL xios_get_handle(TRIM(cdname),nemo_hdl) 
    … …  
    378486            icnt = icnt + 1 
    379487         END DO 
     488      ELSE 
     489         lxios_sini = .TRUE. 
    380490      ENDIF 
    381491      IF( llwrt ) THEN 
    … …  
    567677   !!                   INTERFACE iom_get 
    568678   !!---------------------------------------------------------------------- 
    569    SUBROUTINE iom_g0d( kiomid, cdvar, pvar, ktime ) 
     679   SUBROUTINE iom_g0d( kiomid, cdvar, pvar, ktime, lrxios ) 
    570680      INTEGER         , INTENT(in   )                 ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    571681      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                 ::   cdvar     ! Name of the variable 
    572682      REAL(wp)        , INTENT(  out)                 ::   pvar      ! read field 
    573683      INTEGER         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   ktime     ! record number 
     684      LOGICAL         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   lrxios    ! use xios to read restart 
    574685      ! 
    575686      INTEGER                                         ::   idvar     ! variable id 
    … …  
    579690      CHARACTER(LEN=100)                              ::   clname    ! file name 
    580691      CHARACTER(LEN=1)                                ::   cldmspc   ! 
    581       ! 
    582       itime = 1 
    583       IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
    584       ! 
    585       clname = iom_file(kiomid)%name 
    586       clinfo = '          iom_g0d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
    587       ! 
    588       IF( kiomid > 0 ) THEN 
    589          idvar = iom_varid( kiomid, cdvar ) 
    590          IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 .AND. idvar > 0 ) THEN 
    591             idmspc = iom_file ( kiomid )%ndims( idvar ) 
    592             IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )  idmspc = idmspc - 1 
    593             WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
    594             IF( idmspc > 0 )  CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'When reading to a 0D array, we do not accept data', & 
    595                                  &                         'with 1 or more spatial dimensions: '//cldmspc//' were found.' , & 
    596                                  &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' ) 
    597             SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
    598             CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, pvar, itime ) 
    599             CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, pvar, itime ) 
    600             CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idvar, pvar ) 
    601             CASE DEFAULT     
    602                CALL ctl_stop( 'iom_g0d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
    603             END SELECT 
    604          ENDIF 
    605       ENDIF 
     692      LOGICAL                                         ::   lxios 
     693      ! 
     694      lxios = .FALSE. 
     695      IF( PRESENT(lrxios) ) lxios = lrxios 
     696 
     697      IF(.NOT.lxios) THEN  ! read data using default library 
     698          itime = 1 
     699          IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
     700          ! 
     701          clname = iom_file(kiomid)%name 
     702          clinfo = '          iom_g0d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
     703          ! 
     704          IF( kiomid > 0 ) THEN 
     705             idvar = iom_varid( kiomid, cdvar ) 
     706             IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 .AND. idvar > 0 ) THEN 
     707                idmspc = iom_file ( kiomid )%ndims( idvar ) 
     708                IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )  idmspc = idmspc - 1 
     709                WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
     710                IF( idmspc > 0 )  CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'When reading to a 0D array, we do not accept data', & 
     711                                     &                         'with 1 or more spatial dimensions: '//cldmspc//' were found.' , & 
     712                                     &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' ) 
     713                SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
     714                CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, pvar, itime ) 
     715                CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, pvar, itime ) 
     716                CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idvar, pvar ) 
     717                CASE DEFAULT     
     718                   CALL ctl_stop( 'iom_g0d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
     719                END SELECT 
     720             ENDIF 
     721          ENDIF 
     722      ELSE 
     723#if defined key_iomput 
     724       IF(lwp) WRITE(numout,*) 'XIOS RST READ (0D): ', trim(cdvar) 
     725       CALL iom_swap( TRIM(rxios_context) ) 
     726       CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pvar) 
     727       CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) ) 
     728#endif 
     729      ENDIF    
    606730   END SUBROUTINE iom_g0d 
    607731 
    608    SUBROUTINE iom_g1d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount ) 
     732   SUBROUTINE iom_g1d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrxios ) 
    609733      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    610734      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kdom      ! Type of domain to be read 
    … …  
    614738      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kstart    ! start axis position of the reading  
    615739      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kcount    ! number of points in each axis 
     740      LOGICAL         , INTENT(in   ),               OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    616741      ! 
    617742      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    618743         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r1d=pvar,   & 
    619               &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount ) 
     744              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
     745              &                                                     lrxios=lrxios ) 
    620746      ENDIF 
    621747   END SUBROUTINE iom_g1d 
    622748 
    623    SUBROUTINE iom_g2d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr ) 
     749   SUBROUTINE iom_g2d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios) 
    624750      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    625751      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kdom      ! Type of domain to be read 
    … …  
    633759                                                                               ! called open_ocean_jstart to set the start 
    634760                                                                               ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
     761      LOGICAL         , INTENT(in   ),                 OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    635762      ! 
    636763      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    637764         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r2d=pvar,   & 
    638765              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
    639               &                                                     lrowattr=lrowattr ) 
     766              &                                                     lrowattr=lrowattr,  lrxios=lrxios) 
    640767      ENDIF 
    641768   END SUBROUTINE iom_g2d 
    642769 
    643    SUBROUTINE iom_g3d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr ) 
     770   SUBROUTINE iom_g3d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios ) 
    644771      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    645772      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kdom      ! Type of domain to be read 
    … …  
    653780                                                                                 ! called open_ocean_jstart to set the start 
    654781                                                                                 ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
     782      LOGICAL         , INTENT(in   ),                   OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    655783      ! 
    656784      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    657785         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r3d=pvar,   & 
    658786              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
    659               &                                                     lrowattr=lrowattr ) 
     787              &                                                     lrowattr=lrowattr, lrxios=lrxios ) 
    660788      ENDIF 
    661789   END SUBROUTINE iom_g3d 
    … …  
    665793         &                  pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d,   & 
    666794         &                  ktime , kstart, kcount,   & 
    667          &                  lrowattr                ) 
     795         &                  lrowattr, lrxios        ) 
    668796      !!----------------------------------------------------------------------- 
    669797      !!                  ***  ROUTINE  iom_get_123d  *** 
    … …  
    686814                                                                           ! called open_ocean_jstart to set the start 
    687815                                                                           ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
    688       ! 
     816      LOGICAL                    , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   lrxios     ! use XIOS to read restart 
     817      ! 
     818      LOGICAL                                              ::   lxios 
    689819      LOGICAL                        ::   llnoov      ! local definition to read overlap 
    690820      LOGICAL                        ::   luse_jattr  ! local definition to read open_ocean_jstart file attribute 
    … …  
    713843      !--------------------------------------------------------------------- 
    714844      ! 
    715       clname = iom_file(kiomid)%name   !   esier to read 
    716       clinfo = '          iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
    717       ! local definition of the domain ? 
    718       idom = kdom 
    719       ! do we read the overlap  
    720       ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases 
    721       llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif  
    722       ! check kcount and kstart optionals parameters... 
    723       IF( PRESENT(kcount) .AND. (.NOT. PRESENT(kstart)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kcount present needs kstart present') 
    724       IF( PRESENT(kstart) .AND. (.NOT. PRESENT(kcount)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kcount present') 
    725       IF( PRESENT(kstart) .AND. idom /= jpdom_unknown .AND.  idom /= jpdom_autoglo_xy  ) & 
     845      lxios = .FALSE. 
     846      if(PRESENT(lrxios)) lxios = lrxios 
     847      idvar = iom_varid( kiomid, cdvar )  
     848      IF(.NOT.lxios) THEN 
     849          clname = iom_file(kiomid)%name   !   esier to read 
     850          clinfo = '          iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
     851          ! local definition of the domain ? 
     852          idom = kdom 
     853          ! do we read the overlap  
     854          ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases 
     855          llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif  
     856          ! check kcount and kstart optionals parameters... 
     857          IF( PRESENT(kcount) .AND. (.NOT. PRESENT(kstart)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kcount present needs kstart present') 
     858          IF( PRESENT(kstart) .AND. (.NOT. PRESENT(kcount)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kcount present') 
     859          IF( PRESENT(kstart) .AND. idom /= jpdom_unknown .AND.  idom /= jpdom_autoglo_xy  ) & 
    726860     &           CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kdom = jpdom_unknown or kdom = jpdom_autoglo_xy') 
    727861 
    728       luse_jattr = .false. 
    729       IF( PRESENT(lrowattr) ) THEN 
    730          IF( lrowattr .AND. idom /= jpdom_data   ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'lrowattr present and true needs kdom = jpdom_data') 
    731          IF( lrowattr .AND. idom == jpdom_data   ) luse_jattr = .true. 
    732       ENDIF 
    733       IF( luse_jattr ) THEN 
    734          SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
    735          CASE (jpioipsl, jprstdimg ) 
    736              CALL ctl_warn(trim(clinfo), 'lrowattr present and true but this only works with netcdf (jpnf90)') 
    737              luse_jattr = .false. 
    738          CASE (jpnf90   )    
    739              ! Ok 
    740          CASE DEFAULT     
    741             CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
    742          END SELECT 
    743       ENDIF 
    744  
    745       ! Search for the variable in the data base (eventually actualize data) 
    746       istop = nstop 
    747       idvar = iom_varid( kiomid, cdvar ) 
    748       ! 
    749       IF( idvar > 0 ) THEN 
    750          ! to write iom_file(kiomid)%dimsz in a shorter way ! 
    751          idimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(:, idvar)  
    752          inbdim = iom_file(kiomid)%ndims(idvar)            ! number of dimensions in the file 
    753          idmspc = inbdim                                   ! number of spatial dimensions in the file 
    754          IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   idmspc = inbdim - 1 
    755          IF( idmspc > 3 )   CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'the file has more than 3 spatial dimensions this case is not coded...')  
    756          ! 
    757          ! update idom definition... 
    758          ! Identify the domain in case of jpdom_auto(glo/dta) definition 
    759          IF( idom == jpdom_autoglo_xy ) THEN 
    760             ll_depth_spec = .TRUE. 
    761             idom = jpdom_autoglo 
    762          ELSE 
    763             ll_depth_spec = .FALSE. 
    764          ENDIF 
    765          IF( idom == jpdom_autoglo .OR. idom == jpdom_autodta ) THEN             
    766             IF( idom == jpdom_autoglo ) THEN   ;   idom = jpdom_global  
    767             ELSE                               ;   idom = jpdom_data 
    768             ENDIF 
    769             ind1 = INDEX( clname, '_', back = .TRUE. ) + 1 
    770             ind2 = INDEX( clname, '.', back = .TRUE. ) - 1 
    771             IF( ind2 > ind1 ) THEN   ;   IF( VERIFY( clname(ind1:ind2), '0123456789' ) == 0 )   idom = jpdom_local   ;   ENDIF 
    772          ENDIF 
    773          ! Identify the domain in case of jpdom_local definition 
    774          IF( idom == jpdom_local ) THEN 
    775             IF(     idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN   ;   idom = jpdom_local_full 
    776             ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noextra 
    777             ELSEIF( idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap 
    778             ELSE   ;   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'impossible to identify the local domain' ) 
    779             ENDIF 
    780          ENDIF 
    781          ! 
    782          ! check the consistency between input array and data rank in the file 
    783          ! 
    784          ! initializations 
    785          itime = 1 
    786          IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
    787  
    788          irankpv = 1 * COUNT( (/PRESENT(pv_r1d)/) ) + 2 * COUNT( (/PRESENT(pv_r2d)/) ) + 3 * COUNT( (/PRESENT(pv_r3d)/) ) 
    789          WRITE(clrankpv, fmt='(i1)') irankpv 
    790          WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
    791          ! 
    792          IF(     idmspc <  irankpv ) THEN  
    793             CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'The file has only '//cldmspc//' spatial dimension',   & 
     862          luse_jattr = .false. 
     863          IF( PRESENT(lrowattr) ) THEN 
     864             IF( lrowattr .AND. idom /= jpdom_data   ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'lrowattr present and true needs kdom = jpdom_data') 
     865             IF( lrowattr .AND. idom == jpdom_data   ) luse_jattr = .true. 
     866          ENDIF 
     867          IF( luse_jattr ) THEN 
     868             SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
     869             CASE (jpioipsl, jprstdimg ) 
     870                 CALL ctl_warn(trim(clinfo), 'lrowattr present and true but this only works with netcdf (jpnf90)') 
     871                 luse_jattr = .false. 
     872             CASE (jpnf90   )    
     873                 ! Ok 
     874             CASE DEFAULT     
     875                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
     876             END SELECT 
     877          ENDIF 
     878 
     879          ! Search for the variable in the data base (eventually actualize data) 
     880          istop = nstop 
     881          ! 
     882          IF( idvar > 0 ) THEN 
     883             ! to write iom_file(kiomid)%dimsz in a shorter way ! 
     884             idimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(:, idvar)  
     885             inbdim = iom_file(kiomid)%ndims(idvar)            ! number of dimensions in the file 
     886             idmspc = inbdim                                   ! number of spatial dimensions in the file 
     887             IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   idmspc = inbdim - 1 
     888             IF( idmspc > 3 )   CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'the file has more than 3 spatial dimensions this case is not coded...')  
     889             ! 
     890             ! update idom definition... 
     891             ! Identify the domain in case of jpdom_auto(glo/dta) definition 
     892             IF( idom == jpdom_autoglo_xy ) THEN 
     893                ll_depth_spec = .TRUE. 
     894                idom = jpdom_autoglo 
     895             ELSE 
     896                ll_depth_spec = .FALSE. 
     897             ENDIF 
     898             IF( idom == jpdom_autoglo .OR. idom == jpdom_autodta ) THEN             
     899                IF( idom == jpdom_autoglo ) THEN   ;   idom = jpdom_global  
     900                ELSE                               ;   idom = jpdom_data 
     901                ENDIF 
     902                ind1 = INDEX( clname, '_', back = .TRUE. ) + 1 
     903                ind2 = INDEX( clname, '.', back = .TRUE. ) - 1 
     904                IF( ind2 > ind1 ) THEN   ;   IF( VERIFY( clname(ind1:ind2), '0123456789' ) == 0 )   idom = jpdom_local   ;   ENDIF 
     905             ENDIF 
     906             ! Identify the domain in case of jpdom_local definition 
     907             IF( idom == jpdom_local ) THEN 
     908                IF(     idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN   ;   idom = jpdom_local_full 
     909                ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noextra 
     910                ELSEIF( idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap 
     911                ELSE   ;   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'impossible to identify the local domain' ) 
     912                ENDIF 
     913             ENDIF 
     914             ! 
     915             ! check the consistency between input array and data rank in the file 
     916             ! 
     917             ! initializations 
     918             itime = 1 
     919             IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
     920 
     921             irankpv = 1 * COUNT( (/PRESENT(pv_r1d)/) ) + 2 * COUNT( (/PRESENT(pv_r2d)/) ) + 3 * COUNT( (/PRESENT(pv_r3d)/) ) 
     922             WRITE(clrankpv, fmt='(i1)') irankpv 
     923             WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
     924             ! 
     925             IF(     idmspc <  irankpv ) THEN  
     926                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'The file has only '//cldmspc//' spatial dimension',   & 
    794927               &                         'it is impossible to read a '//clrankpv//'D array from this file...' ) 
    795          ELSEIF( idmspc == irankpv ) THEN 
    796             IF( PRESENT(pv_r1d) .AND. idom /= jpdom_unknown )   & 
     928             ELSEIF( idmspc == irankpv ) THEN 
     929                IF( PRESENT(pv_r1d) .AND. idom /= jpdom_unknown )   & 
    797930               &   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'case not coded...You must use jpdom_unknown' ) 
    798          ELSEIF( idmspc >  irankpv ) THEN 
    799                IF( PRESENT(pv_r2d) .AND. itime == 1 .AND. idimsz(3) == 1 .AND. idmspc == 3 ) THEN 
    800                   CALL ctl_warn( trim(clinfo), '2D array but 3 spatial dimensions for the data...'              ,   & 
     931             ELSEIF( idmspc >  irankpv ) THEN 
     932                   IF( PRESENT(pv_r2d) .AND. itime == 1 .AND. idimsz(3) == 1 .AND. idmspc == 3 ) THEN 
     933                      CALL ctl_warn( trim(clinfo), '2D array but 3 spatial dimensions for the data...'              ,   & 
    801934                        &         'As the size of the z dimension is 1 and as we try to read the first record, ',   & 
    802935                        &         'we accept this case, even if there is a possible mix-up between z and time dimension' )    
    803                   idmspc = idmspc - 1 
    804                ELSE 
    805                   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'To keep iom lisibility, when reading a '//clrankpv//'D array,'         ,   & 
     936                      idmspc = idmspc - 1 
     937                   ELSE 
     938                      CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'To keep iom lisibility, when reading a '//clrankpv//'D array,'         ,   & 
    806939                     &                         'we do not accept data with '//cldmspc//' spatial dimensions',   & 
    807940                     &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' ) 
    808                ENDIF 
    809          ENDIF 
    810  
    811          ! 
    812          ! definition of istart and icnt 
    813          ! 
    814          icnt  (:) = 1 
    815          istart(:) = 1 
    816          istart(idmspc+1) = itime 
    817  
    818          IF( PRESENT(kstart) .AND. .NOT. ll_depth_spec ) THEN ; istart(1:idmspc) = kstart(1:idmspc) ; icnt(1:idmspc) = kcount(1:idmspc) 
    819          ELSE 
    820             IF(           idom == jpdom_unknown ) THEN                                                ; icnt(1:idmspc) = idimsz(1:idmspc) 
    821             ELSE  
    822                IF( .NOT. PRESENT(pv_r1d) ) THEN   !   not a 1D array 
    823                   IF(     idom == jpdom_data    ) THEN 
    824                      jstartrow = 1 
    825                      IF( luse_jattr ) THEN 
    826                         CALL iom_getatt(kiomid, 'open_ocean_jstart', jstartrow ) ! -999 is returned if the attribute is not found 
    827                         jstartrow = MAX(1,jstartrow) 
    828                      ENDIF 
    829                      istart(1:2) = (/ mig(1), mjg(1) + jstartrow - 1 /)  ! icnt(1:2) done below 
    830                   ELSEIF( idom == jpdom_global  ) THEN ; istart(1:2) = (/ nimpp , njmpp  /)  ! icnt(1:2) done below 
    831                   ENDIF 
    832                   ! we do not read the overlap                     -> we start to read at nldi, nldj 
     941                   ENDIF 
     942             ENDIF 
     943 
     944             ! 
     945             ! definition of istart and icnt 
     946             ! 
     947             icnt  (:) = 1 
     948             istart(:) = 1 
     949             istart(idmspc+1) = itime 
     950 
     951             IF( PRESENT(kstart) .AND. .NOT. ll_depth_spec ) THEN ; istart(1:idmspc) = kstart(1:idmspc) ; icnt(1:idmspc) = kcount(1:idmspc) 
     952             ELSE 
     953                IF(           idom == jpdom_unknown ) THEN                                                ; icnt(1:idmspc) = idimsz(1:idmspc) 
     954                ELSE  
     955                   IF( .NOT. PRESENT(pv_r1d) ) THEN   !   not a 1D array 
     956                      IF(     idom == jpdom_data    ) THEN 
     957                         jstartrow = 1 
     958                         IF( luse_jattr ) THEN 
     959                            CALL iom_getatt(kiomid, 'open_ocean_jstart', jstartrow ) ! -999 is returned if the attribute is not found 
     960                            jstartrow = MAX(1,jstartrow) 
     961                         ENDIF 
     962                         istart(1:2) = (/ mig(1), mjg(1) + jstartrow - 1 /)  ! icnt(1:2) done below 
     963                      ELSEIF( idom == jpdom_global  ) THEN ; istart(1:2) = (/ nimpp , njmpp  /)  ! icnt(1:2) done below 
     964                      ENDIF 
     965                      ! we do not read the overlap                     -> we start to read at nldi, nldj 
    833966! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    834967!                  IF( idom /= jpdom_local_noovlap )   istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
    835                   IF( llnoov .AND. idom /= jpdom_local_noovlap ) istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
     968                      IF( llnoov .AND. idom /= jpdom_local_noovlap ) istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
    836969                  ! we do not read the overlap and the extra-halos -> from nldi to nlei and from nldj to nlej  
    837970! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    838971!                  icnt(1:2) = (/ nlei - nldi + 1, nlej - nldj + 1 /) 
    839                   IF( llnoov ) THEN   ;   icnt(1:2) = (/ nlei - nldi + 1, nlej - nldj + 1 /) 
    840                   ELSE                ;   icnt(1:2) = (/ nlci           , nlcj            /) 
    841                   ENDIF 
    842                   IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
    843                      IF( idom == jpdom_data ) THEN                                  ; icnt(3) = jpkdta 
    844                      ELSE IF( ll_depth_spec .AND. PRESENT(kstart) ) THEN            ; istart(3) = kstart(3); icnt(3) = kcount(3) 
    845                      ELSE                                                           ; icnt(3) = jpk 
    846                      ENDIF 
    847                   ENDIF 
    848                ENDIF 
    849             ENDIF 
    850          ENDIF 
    851  
    852          ! check that istart and icnt can be used with this file 
    853          !- 
    854          DO jl = 1, jpmax_dims 
    855             itmp = istart(jl)+icnt(jl)-1 
    856             IF( itmp > idimsz(jl) .AND. idimsz(jl) /= 0 ) THEN 
    857                WRITE( ctmp1, FMT="('(istart(', i1, ') + icnt(', i1, ') - 1) = ', i5)" ) jl, jl, itmp 
    858                WRITE( ctmp2, FMT="(' is larger than idimsz(', i1,') = ', i5)"         ) jl, idimsz(jl) 
    859                CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'start and count too big regarding to the size of the data, ', ctmp1, ctmp2 )      
    860             ENDIF 
    861          END DO 
    862  
    863          ! check that icnt matches the input array 
    864          !-      
    865          IF( idom == jpdom_unknown ) THEN 
    866             IF( irankpv == 1 )        ishape(1:1) = SHAPE(pv_r1d) 
    867             IF( irankpv == 2 )        ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d) 
    868             IF( irankpv == 3 )        ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d) 
    869             ctmp1 = 'd' 
    870          ELSE 
    871             IF( irankpv == 2 ) THEN 
     972                      IF( llnoov ) THEN   ;   icnt(1:2) = (/ nlei - nldi + 1, nlej - nldj + 1 /) 
     973                      ELSE                ;   icnt(1:2) = (/ nlci           , nlcj            /) 
     974                      ENDIF 
     975                      IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
     976                         IF( idom == jpdom_data ) THEN                                  ; icnt(3) = jpkdta 
     977                         ELSE IF( ll_depth_spec .AND. PRESENT(kstart) ) THEN            ; istart(3) = kstart(3); icnt(3) = kcount(3) 
     978                         ELSE                                                           ; icnt(3) = jpk 
     979                         ENDIF 
     980                      ENDIF 
     981                   ENDIF 
     982                ENDIF 
     983             ENDIF 
     984 
     985             ! check that istart and icnt can be used with this file 
     986             !- 
     987             DO jl = 1, jpmax_dims 
     988                itmp = istart(jl)+icnt(jl)-1 
     989                IF( itmp > idimsz(jl) .AND. idimsz(jl) /= 0 ) THEN 
     990                   WRITE( ctmp1, FMT="('(istart(', i1, ') + icnt(', i1, ') - 1) = ', i5)" ) jl, jl, itmp 
     991                   WRITE( ctmp2, FMT="(' is larger than idimsz(', i1,') = ', i5)"         ) jl, idimsz(jl) 
     992                   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'start and count too big regarding to the size of the data, ', ctmp1, ctmp2 )      
     993                ENDIF 
     994             END DO 
     995 
     996             ! check that icnt matches the input array 
     997             !-      
     998             IF( idom == jpdom_unknown ) THEN 
     999                IF( irankpv == 1 )        ishape(1:1) = SHAPE(pv_r1d) 
     1000                IF( irankpv == 2 )        ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d) 
     1001                IF( irankpv == 3 )        ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d) 
     1002                ctmp1 = 'd' 
     1003             ELSE 
     1004                IF( irankpv == 2 ) THEN 
    8721005! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    8731006!               ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  ))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
    874                IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  )) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
    875                ELSE              ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(1   :nlci,1   :nlcj  )) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj)' 
    876                ENDIF 
    877             ENDIF 
    878             IF( irankpv == 3 ) THEN  
     1007                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  )) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
     1008                   ELSE              ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(1   :nlci,1   :nlcj  )) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj)' 
     1009                   ENDIF 
     1010                ENDIF 
     1011                IF( irankpv == 3 ) THEN  
    8791012! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    8801013!               ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
    881                IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
    882                ELSE              ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(1   :nlci,1   :nlcj,:)) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj,:)' 
    883                ENDIF 
    884             ENDIF 
    885          ENDIF 
     1014                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
     1015                   ELSE              ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(1   :nlci,1   :nlcj,:)) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj,:)' 
     1016                   ENDIF 
     1017                ENDIF 
     1018             ENDIF 
    8861019          
    887          DO jl = 1, irankpv 
    888             WRITE( ctmp2, FMT="(', ', i1,'): ', i5,' /= icnt(', i1,'):', i5)" ) jl, ishape(jl), jl, icnt(jl) 
    889             IF( ishape(jl) /= icnt(jl) )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'size(pv_r'//clrankpv//TRIM(ctmp1)//TRIM(ctmp2) ) 
    890          END DO 
    891  
    892       ENDIF 
    893  
    894       ! read the data 
    895       !-      
    896       IF( idvar > 0 .AND. istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
    897          ! 
    898          ! find the right index of the array to be read 
     1020             DO jl = 1, irankpv 
     1021                WRITE( ctmp2, FMT="(', ', i1,'): ', i5,' /= icnt(', i1,'):', i5)" ) jl, ishape(jl), jl, icnt(jl) 
     1022                IF( ishape(jl) /= icnt(jl) )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'size(pv_r'//clrankpv//TRIM(ctmp1)//TRIM(ctmp2) ) 
     1023             END DO 
     1024 
     1025          ENDIF 
     1026 
     1027          ! read the data 
     1028          !-      
     1029          IF( idvar > 0 .AND. istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
     1030             ! 
     1031             ! find the right index of the array to be read 
    8991032! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    9001033!         IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
    9011034!         ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    9021035!         ENDIF 
    903          IF( llnoov ) THEN 
    904             IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
    905             ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    906             ENDIF 
    907          ELSE 
    908             IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = 1      ;   ix2 = nlci      ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj 
    909             ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    910             ENDIF 
    911          ENDIF 
     1036             IF( llnoov ) THEN 
     1037                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
     1038                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
     1039                ENDIF 
     1040             ELSE 
     1041                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = 1      ;   ix2 = nlci      ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj 
     1042                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
     1043                ENDIF 
     1044             ENDIF 
    9121045       
    913          SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
    914          CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
    915             &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
    916          CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
    917             &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
    918          CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idom, idvar, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
    919             &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
    920          CASE DEFAULT     
    921             CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
    922          END SELECT 
    923  
    924          IF( istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
    925             IF(lwp) WRITE(numout,"(10x,' read ',a,' (rec: ',i6,') in ',a,' ok')") TRIM(cdvar), itime, TRIM(iom_file(kiomid)%name) 
     1046             SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
     1047             CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
     1048                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
     1049             CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
     1050                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
     1051             CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idom, idvar, ix1, ix2, iy1, iy2,   & 
     1052                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d ) 
     1053             CASE DEFAULT     
     1054                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' ) 
     1055             END SELECT 
     1056 
     1057             IF( istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
     1058                IF(lwp) WRITE(numout,"(10x,' read ',a,' (rec: ',i6,') in ',a,' ok')") TRIM(cdvar), itime, TRIM(iom_file(kiomid)%name) 
    9261059           
    927             !--- overlap areas and extra hallows (mpp) 
    928             IF(     PRESENT(pv_r2d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
    929                CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',-999.,'no0' ) 
    930             ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
    931                ! this if could be simplified with the new lbc_lnk that works with any size of the 3rd dimension 
    932                IF( icnt(3) == jpk ) THEN 
    933                   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
    934                ELSE   ! put some arbitrary value (a call to lbc_lnk will be done later...) 
    935                   DO jj = nlcj+1, jpj   ;   pv_r3d(1:nlci, jj, :) = pv_r3d(1:nlci, nlej, :)   ;   END DO 
    936                   DO ji = nlci+1, jpi   ;   pv_r3d(ji    , : , :) = pv_r3d(nlei  , :   , :)   ;   END DO 
    937                ENDIF 
    938             ENDIF 
    939              
    940             ! C1D case : always call lbc_lnk to replicate the central value over the whole 3X3 domain 
    941             IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r2d) )   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',1. ) 
    942             IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r3d) )   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',1. ) 
    943      
    944             !--- Apply scale_factor and offset 
    945             zscf = iom_file(kiomid)%scf(idvar)      ! scale factor 
    946             zofs = iom_file(kiomid)%ofs(idvar)      ! offset 
    947             IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
    948                IF( zscf /= 1. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) * zscf  
    949                IF( zofs /= 0. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) + zofs 
    950             ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
     1060                !--- overlap areas and extra hallows (mpp) 
     1061                IF(     PRESENT(pv_r2d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
     1062                   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1063                ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
     1064                   ! this if could be simplified with the new lbc_lnk that works with any size of the 3rd dimension 
     1065                   IF( icnt(3) == jpk ) THEN 
     1066                      CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1067                   ELSE   ! put some arbitrary value (a call to lbc_lnk will be done later...) 
     1068                      DO jj = nlcj+1, jpj   ;   pv_r3d(1:nlci, jj, :) = pv_r3d(1:nlci, nlej, :)   ;   END DO 
     1069                      DO ji = nlci+1, jpi   ;   pv_r3d(ji    , : , :) = pv_r3d(nlei  , :   , :)   ;   END DO 
     1070                   ENDIF 
     1071                ENDIF 
     1072                ! 
     1073             ELSE 
     1074                ! return if istop == nstop is false 
     1075                RETURN 
     1076             ENDIF 
     1077          ELSE 
     1078             ! return if statment idvar > 0 .AND. istop == nstop is false 
     1079             RETURN 
     1080          ENDIF 
     1081          ! 
     1082       ELSE        ! read using XIOS. Only if key_iomput is defined 
     1083#if defined key_iomput 
     1084                   ! will not handle scale factor and offset 
     1085!would be good to be able to check which context is active and swap only if current is not restart 
     1086          CALL iom_swap( TRIM(rxios_context) )  
     1087          IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
     1088             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (3D): ',trim(cdvar) 
     1089             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r3d) 
     1090             IF(idom /= jpdom_unknown ) CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1091          ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
     1092             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (2D): ', trim(cdvar) 
     1093             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r2d) 
     1094             IF(idom /= jpdom_unknown ) CALL lbc_lnk(pv_r2d,'Z',-999.,'no0') 
     1095          ELSEIF( PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
     1096             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (1D): ', trim(cdvar) 
     1097             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r1d) 
     1098          ENDIF 
     1099          if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ END: ',trim(cdvar) 
     1100          CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) ) 
     1101#else 
     1102          istop = istop + 1  
     1103          clinfo = 'Can not use XIOS in iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var:'//trim(cdvar) 
     1104#endif 
     1105       ENDIF 
     1106!some final adjustments 
     1107       ! C1D case : always call lbc_lnk to replicate the central value over the whole 3X3 domain 
     1108       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r2d) )   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',1. ) 
     1109       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r3d) )   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',1. ) 
     1110 
     1111       !--- Apply scale_factor and offset 
     1112       zscf = iom_file(kiomid)%scf(idvar)      ! scale factor 
     1113       zofs = iom_file(kiomid)%ofs(idvar)      ! offset 
     1114       IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
     1115          IF( zscf /= 1. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) * zscf  
     1116          IF( zofs /= 0. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) + zofs 
     1117       ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
    9511118!CDIR COLLAPSE 
    952                IF( zscf /= 1.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) * zscf 
     1119          IF( zscf /= 1.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) * zscf 
    9531120!CDIR COLLAPSE 
    954                IF( zofs /= 0.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) + zofs 
    955             ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
     1121          IF( zofs /= 0.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) + zofs 
     1122       ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
    9561123!CDIR COLLAPSE 
    957                IF( zscf /= 1.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) * zscf 
     1124          IF( zscf /= 1.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) * zscf 
    9581125!CDIR COLLAPSE 
    959                IF( zofs /= 0.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) + zofs 
    960             ENDIF 
    961             ! 
    962          ENDIF 
    963          ! 
    964       ENDIF 
    965       ! 
     1126          IF( zofs /= 0.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) + zofs 
     1127       ENDIF 
     1128 
    9661129   END SUBROUTINE iom_get_123d 
    9671130 
    … …  
    12301393            &    lonvalue_1D=lonvalue, latvalue_1D=latvalue, mask_1D=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon_1D=bounds_lon,                  & 
    12311394            &    bounds_lat_1D=bounds_lat, area=area, type='curvilinear') 
    1232      ENDIF 
     1395      ENDIF 
    12331396      IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN 
    12341397         CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom_def.F90

    r6491 r7924  
    5151!$AGRIF_DO_NOT_TREAT 
    5252   INTEGER, PUBLIC            ::   iom_open_init = 0   !: used to initialize iom_file(:)%nfid to 0 
     53!XIOS read restart    
     54   LOGICAL, PUBLIC            ::   lxios_read = .FALSE. 
     55   LOGICAL, PUBLIC            ::   lxios_sini = .FALSE. ! is restart in a single file 
     56   LOGICAL, PUBLIC            ::   lxios_set  = .FALSE.  
    5357 
    5458   TYPE, PUBLIC ::   file_descriptor 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom_nf90.F90

    r6491 r7924  
    122122            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'x', kdompar(1,1)  , idmy ), clinfo) 
    123123            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'y', kdompar(2,1)  , idmy ), clinfo) 
    124             CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'z', jpk           , idmy ), clinfo) 
    125             CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 't', NF90_UNLIMITED, idmy ), clinfo) 
     124            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'nav_lev', jpk           , idmy ), clinfo) 
     125            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'time_counter', NF90_UNLIMITED, idmy ), clinfo) 
    126126            ! global attributes 
    127127            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_number_total'   , jpnij              ), clinfo) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/restart.F90

    r6755 r7924  
    2626   USE divcur          ! hor. divergence and curl      (div & cur routines) 
    2727   USE sbc_oce         ! for icesheet freshwater input variables 
     28   USE iom_def, ONLY : lxios_read, lxios_set, lxios_sini 
     29   USE timing 
    2830 
    2931   IMPLICIT NONE 
    … …  
    208210            WRITE(numout,*) '~~~~~~~~' 
    209211         ENDIF 
    210  
     212         lxios_sini = .FALSE. 
    211213         clpath = TRIM(cn_ocerst_indir) 
    212214         IF( clpath(LEN_TRIM(clpath):) /= '/' ) clpath = TRIM(clpath) // '/' 
    … …  
    218220         ENDIF 
    219221         CALL iom_open( TRIM(clpath)//cn_ocerst_in, numror, kiolib = jlibalt ) 
    220       ENDIF 
     222! are we using XIOS to read the data? Part above will have to modified once XIOS 
     223! can handle checking if variable is in the restart file (there will be no need to open 
     224! restart) 
     225       
     226      IF(.NOT.lxios_set) lxios_read = lxios_read.AND.lxios_sini 
     227      print *,'SINGLE FILE RESTART?: ',lxios_sini,' USE XIOS? :',lxios_read 
     228      IF( lxios_read) THEN 
     229         if(.NOT.lxios_set) then 
     230             rxios_context = 'nemo_rst' 
     231             call iom_init( rxios_context ) 
     232             lxios_set = .TRUE. 
     233         endif 
     234       ENDIF 
     235       
     236      ENDIF 
     237 
    221238   END SUBROUTINE rst_read_open 
    222239 
    … …  
    232249      INTEGER  ::   jk 
    233250      LOGICAL  ::   llok 
     251      TYPE(xios_duration):: dtime 
     252      integer::ni,nj,nk 
    234253      !!---------------------------------------------------------------------- 
    235254 
    … …  
    238257      ! Check dynamics and tracer time-step consistency and force Euler restart if changed 
    239258      IF( iom_varid( numror, 'rdt', ldstop = .FALSE. ) > 0 )   THEN 
    240          CALL iom_get( numror, 'rdt', zrdt ) 
     259         CALL iom_get( numror, 'rdt', zrdt, lrxios = lxios_read ) 
    241260         IF( zrdt /= rdt )   neuler = 0 
    242261      ENDIF 
    243262      IF( iom_varid( numror, 'rdttra1', ldstop = .FALSE. ) > 0 )   THEN 
    244          CALL iom_get( numror, 'rdttra1', zrdttra1 ) 
     263         CALL iom_get( numror, 'rdttra1', zrdttra1, lrxios = lxios_read ) 
    245264         IF( zrdttra1 /= rdttra(1) )   neuler = 0 
    246265      ENDIF 
    247266      !  
    248267      IF( iom_varid( numror, 'ub', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    249          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub'     , ub      )   ! before fields 
    250          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb'     , vb      ) 
    251          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tb'     , tsb(:,:,:,jp_tem) ) 
    252          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sb'     , tsb(:,:,:,jp_sal) ) 
    253          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rotb'   , rotb    ) 
    254          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdivb'  , hdivb  ) 
    255          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshb'   , sshb    ) 
     268         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ub'     , ub, lrxios = lxios_read )   ! before fields 
     269         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vb'     , vb, lrxios = lxios_read ) 
     270         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tb'     , tsb(:,:,:,jp_tem), lrxios = lxios_read ) 
     271         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sb'     , tsb(:,:,:,jp_sal), lrxios = lxios_read ) 
     272         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rotb'   , rotb, lrxios = lxios_read ) 
     273         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdivb'  , hdivb, lrxios = lxios_read ) 
     274         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshb'   , sshb, lrxios = lxios_read ) 
    256275      ELSE 
    257276         neuler = 0 
    258277      ENDIF 
    259278      ! 
    260       CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'un'     , un      )   ! now    fields 
    261       CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vn'     , vn      ) 
    262       CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tn'     , tsn(:,:,:,jp_tem) ) 
    263       CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sn'     , tsn(:,:,:,jp_sal) ) 
    264       CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshn'   , sshn    ) 
     279      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'un'     , un, lrxios = lxios_read )   ! now    fields 
     280      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vn'     , vn, lrxios = lxios_read ) 
     281      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'tn'     , tsn(:,:,:,jp_tem), lrxios = lxios_read ) 
     282      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sn'     , tsn(:,:,:,jp_sal), lrxios = lxios_read ) 
     283      CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sshn'   , sshn, lrxios = lxios_read ) 
    265284      IF( iom_varid( numror, 'rotn', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    266          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rotn'   , rotn    ) 
    267          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdivn'  , hdivn  ) 
     285         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rotn'   , rotn, lrxios = lxios_read ) 
     286         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'hdivn'  , hdivn, lrxios = lxios_read ) 
    268287      ELSE 
    269288         CALL div_cur( 0 )                              ! Horizontal divergence & Relative vorticity 
    270289      ENDIF 
    271290      IF( iom_varid( numror, 'rhop', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    272          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rhop'   , rhop    )   ! now    potential density 
     291         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rhop'   , rhop, lrxios = lxios_read )   ! now    potential density 
    273292      ELSE 
    274293         CALL eos    ( tsn, rhd, rhop, fsdept_n(:,:,:) )    
    … …  
    276295#if defined key_zdfkpp 
    277296      IF( iom_varid( numror, 'rhd', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    278          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rhd'    , rhd    )   ! now    in situ density anomaly 
     297         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rhd'    , rhd, lrxios = lxios_read )   ! now    in situ density anomaly 
    279298      ELSE 
    280299         CALL eos( tsn, rhd, fsdept_n(:,:,:) )   ! compute rhd 
    … …  
    283302      ! 
    284303      IF( iom_varid( numror, 'greenland_icesheet_mass', ldstop = .FALSE. ) > 0 )   THEN 
    285          CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_mass', greenland_icesheet_mass ) 
    286          CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_timelapsed', greenland_icesheet_timelapsed ) 
    287          CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_mass_roc', greenland_icesheet_mass_rate_of_change ) 
     304         CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_mass', greenland_icesheet_mass, lrxios = lxios_read ) 
     305         CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_timelapsed', greenland_icesheet_timelapsed, lrxios = lxios_read ) 
     306         CALL iom_get( numror, 'greenland_icesheet_mass_roc', greenland_icesheet_mass_rate_of_change, lrxios = lxios_read ) 
    288307      ELSE 
    289308         greenland_icesheet_mass = 0.0  
    … …  
    292311      ENDIF 
    293312      IF( iom_varid( numror, 'antarctica_icesheet_mass', ldstop = .FALSE. ) > 0 )   THEN 
    294          CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_mass', antarctica_icesheet_mass ) 
    295          CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_timelapsed', antarctica_icesheet_timelapsed ) 
    296          CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_mass_roc', antarctica_icesheet_mass_rate_of_change ) 
     313         CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_mass', antarctica_icesheet_mass, lrxios = lxios_read ) 
     314         CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_timelapsed', antarctica_icesheet_timelapsed, lrxios = lxios_read ) 
     315         CALL iom_get( numror, 'antarctica_icesheet_mass_roc', antarctica_icesheet_mass_rate_of_change, lrxios = lxios_read ) 
    297316      ELSE 
    298317         antarctica_icesheet_mass = 0.0  
    … …  
    300319         antarctica_icesheet_timelapsed = 0.0 
    301320      ENDIF 
     321!     IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('iom_read') 
    302322 
    303323      IF( neuler == 0 ) THEN                                  ! Euler restart (neuler=0) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcisf.F90

    r7923 r7924  
    2727   USE fldread         ! read input field at current time step 
    2828   USE lib_fortran, ONLY: glob_sum 
     29   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    2930 
    3031   IMPLICIT NONE 
    … …  
    409410                 & iom_varid( numror, 'fwf_isf_b', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    410411               IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 isf tracer content forcing fields read in the restart file' 
    411                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fwf_isf_b', fwfisf_b(:,:) )   ! before salt content isf_tsc trend 
    412                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'isf_sc_b', risf_tsc_b(:,:,jp_sal) )   ! before salt content isf_tsc trend 
    413                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'isf_hc_b', risf_tsc_b(:,:,jp_tem) )   ! before salt content isf_tsc trend 
     412               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fwf_isf_b', fwfisf_b(:,:), lrxios = lxios_read )   ! before salt content isf_tsc trend 
     413               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'isf_sc_b', risf_tsc_b(:,:,jp_sal), lrxios = lxios_read )   ! before salt content isf_tsc trend 
     414               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'isf_hc_b', risf_tsc_b(:,:,jp_tem), lrxios = lxios_read )   ! before salt content isf_tsc trend 
    414415            ELSE 
    415416               fwfisf_b(:,:)    = fwfisf(:,:) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcmod.F90

    r6498 r7924  
    5454   USE sbcwave          ! Wave module 
    5555   USE bdy_par          ! Require lk_bdy 
     56   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    5657 
    5758   IMPLICIT NONE 
    … …  
    415416            & iom_varid( numror, 'utau_b', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN  
    416417            IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 surface forcing fields red in the restart file' 
    417             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'utau_b', utau_b )   ! before i-stress  (U-point) 
    418             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vtau_b', vtau_b )   ! before j-stress  (V-point) 
    419             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qns_b' , qns_b  )   ! before non solar heat flux (T-point) 
     418            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'utau_b', utau_b, lrxios = lxios_read )   ! before i-stress  (U-point) 
     419            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'vtau_b', vtau_b, lrxios = lxios_read )   ! before j-stress  (V-point) 
     420            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qns_b' , qns_b, lrxios = lxios_read  )   ! before non solar heat flux (T-point) 
    420421            ! The 3D heat content due to qsr forcing is treated in traqsr 
    421             ! CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qsr_b' , qsr_b  ) ! before     solar heat flux (T-point) 
    422             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'emp_b', emp_b  )    ! before     freshwater flux (T-point) 
     422            ! CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qsr_b' , qsr_b, lrxios = lxios_read  ) ! before     solar heat flux (T-point) 
     423            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'emp_b', emp_b, lrxios = lxios_read  )    ! before     freshwater flux (T-point) 
    423424            ! To ensure restart capability with 3.3x/3.4 restart files    !! to be removed in v3.6 
    424425            IF( iom_varid( numror, 'sfx_b', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    425                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sfx_b', sfx_b )  ! before salt flux (T-point) 
     426               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sfx_b', sfx_b, lrxios = lxios_read )  ! before salt flux (T-point) 
    426427            ELSE 
    427428               sfx_b (:,:) = sfx(:,:) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcrnf.F90

    r6498 r7924  
    2727   USE eosbn2 
    2828   USE wrk_nemo        ! Memory allocation 
     29   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    2930 
    3031   IMPLICIT NONE 
    … …  
    155156            & iom_varid( numror, 'rnf_b', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    156157            IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 runoff forcing fields red in the restart file' 
    157             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_b', rnf_b )     ! before runoff 
    158             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_hc_b', rnf_tsc_b(:,:,jp_tem) )   ! before heat content of runoff 
    159             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_sc_b', rnf_tsc_b(:,:,jp_sal) )   ! before salinity content of runoff 
     158            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_b', rnf_b, lrxios = lxios_read )     ! before runoff 
     159            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_hc_b', rnf_tsc_b(:,:,jp_tem), lrxios = lxios_read )   ! before heat content of runoff 
     160            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'rnf_sc_b', rnf_tsc_b(:,:,jp_sal), lrxios = lxios_read )   ! before salinity content of runoff 
    160161         ELSE                                                   !* no restart: set from nit000 values 
    161162            IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 runoff forcing fields set to nit000' 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcssm.F90

    r6486 r7924  
    2121   USE prtctl          ! Print control 
    2222   USE iom             ! IOM library 
     23   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    2324 
    2425   IMPLICIT NONE 
    … …  
    206207         IF( ln_rstart .AND. iom_varid( numror, 'nn_fsbc', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    207208            l_ssm_mean = .TRUE. 
    208             CALL iom_get( numror               , 'nn_fsbc', zf_sbc )   ! sbc frequency of previous run 
    209             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssu_m'  , ssu_m  )   ! sea surface mean velocity    (T-point) 
    210             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssv_m'  , ssv_m  )   !   "         "    velocity    (V-point) 
    211             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sst_m'  , sst_m  )   !   "         "    temperature (T-point) 
    212             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sss_m'  , sss_m  )   !   "         "    salinity    (T-point) 
    213             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_m'  , ssh_m  )   !   "         "    height      (T-point) 
    214             IF( lk_vvl ) CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'e3t_m', e3t_m ) 
     209            CALL iom_get( numror               , 'nn_fsbc', zf_sbc, lrxios = lxios_read )   ! sbc frequency of previous run 
     210            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssu_m'  , ssu_m, lrxios = lxios_read  )   ! sea surface mean velocity    (T-point) 
     211            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssv_m'  , ssv_m, lrxios = lxios_read  )   !   "         "    velocity    (V-point) 
     212            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sst_m'  , sst_m, lrxios = lxios_read  )   !   "         "    temperature (T-point) 
     213            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sss_m'  , sss_m, lrxios = lxios_read  )   !   "         "    salinity    (T-point) 
     214            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'ssh_m'  , ssh_m, lrxios = lxios_read  )   !   "         "    height      (T-point) 
     215            IF( lk_vvl ) CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'e3t_m', e3t_m, lrxios = lxios_read ) 
    215216            ! fraction of solar net radiation absorbed in 1st T level 
    216217            IF( iom_varid( numror, 'frq_m', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    217                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'frq_m'  , frq_m  ) 
     218               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'frq_m'  , frq_m, lrxios = lxios_read  ) 
    218219            ELSE 
    219220               frq_m(:,:) = 1._wp   ! default definition 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRA/traqsr.F90

    r6498 r7924  
    3333   USE wrk_nemo       ! Memory Allocation 
    3434   USE timing         ! Timing 
    35  
     35   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3636   IMPLICIT NONE 
    3737   PRIVATE 
    … …  
    137137            IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 qsr tracer content forcing field red in the restart file' 
    138138            zfact = 0.5e0 
    139             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qsr_hc_b', qsr_hc_b )   ! before heat content trend due to Qsr flux 
     139            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'qsr_hc_b', qsr_hc_b, lrxios = lxios_read )   ! before heat content trend due to Qsr flux 
    140140         ELSE                                           ! No restart or restart not found: Euler forward time stepping 
    141141            zfact = 1.e0 
    … …  
    607607      ! initialisation of fraqsr_1lev used in sbcssm 
    608608      IF( iom_varid( numror, 'fraqsr_1lev', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    609          CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fraqsr_1lev'  , fraqsr_1lev  ) 
     609         CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'fraqsr_1lev'  , fraqsr_1lev, lrxios = lxios_read  ) 
    610610      ELSE 
    611611         fraqsr_1lev(:,:) = 1._wp   ! default definition 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRA/trasbc.F90

    r6793 r7924  
    3333   USE timing          ! Timing 
    3434   USE eosbn2 
     35   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3536 
    3637   IMPLICIT NONE 
    … …  
    154155            IF(lwp) WRITE(numout,*) '          nit000-1 surface tracer content forcing fields red in the restart file' 
    155156            zfact = 0.5_wp 
    156             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sbc_hc_b', sbc_tsc_b(:,:,jp_tem) )   ! before heat content sbc trend 
    157             CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sbc_sc_b', sbc_tsc_b(:,:,jp_sal) )   ! before salt content sbc trend 
     157            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sbc_hc_b', sbc_tsc_b(:,:,jp_tem), lrxios = lxios_read )   ! before heat content sbc trend 
     158            CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'sbc_sc_b', sbc_tsc_b(:,:,jp_sal), lrxios = lxios_read )   ! before salt content sbc trend 
    158159         ELSE                                         ! No restart or restart not found: Euler forward time stepping 
    159160            zfact = 1._wp 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdmxl_rst.F90

    r6486 r7924  
    161161      IF( ln_trdmxl_instant ) THEN  
    162162         !-- Temperature 
    163          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbb'           , tmlbb          ) 
    164          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbn'           , tmlbn          ) 
    165          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlatfb'         , tmlatfb        ) 
    166          ! 
    167          !-- Salinity 
    168          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbb'           , smlbb          ) 
    169          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbn'           , smlbn          ) 
    170          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlatfb'         , smlatfb        ) 
     163         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbb'           , tmlbb ) 
     164         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbn'           , tmlbn ) 
     165         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlatfb'         , tmlatfb ) 
     166         ! 
     167         !-- Salinity 
     168         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbb'           , smlbb ) 
     169         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbn'           , smlbn ) 
     170         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlatfb'         , smlatfb ) 
    171171      ELSE 
    172          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hmxlbn'          , hmxlbn         ) ! needed for hmxl_sum 
    173          ! 
    174          !-- Temperature 
    175          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbn'           , tmlbn          ) ! needed for tml_sum 
    176          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tml_sumb'        , tml_sumb       ) 
     172         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hmxlbn'          , hmxlbn ) ! needed for hmxl_sum 
     173         ! 
     174         !-- Temperature 
     175         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tmlbn'           , tmlbn ) ! needed for tml_sum 
     176         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'tml_sumb'        , tml_sumb ) 
    177177         DO jk = 1, jpltrd 
    178178            IF( jk < 10 ) THEN   ;   WRITE(charout,FMT="('tmltrd_csum_ub_', I1)")   jk 
    … …  
    184184         ! 
    185185         !-- Salinity 
    186          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbn'           , smlbn          ) ! needed for sml_sum 
    187          CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'sml_sumb'        , sml_sumb       ) 
     186         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'smlbn'           , smlbn ) ! needed for sml_sum 
     187         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'sml_sumb'        , sml_sumb ) 
    188188         DO jk = 1, jpltrd 
    189189            IF( jk < 10 ) THEN   ;   WRITE(charout,FMT="('smltrd_csum_ub_', I1)")   jk 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdfgls.F90

    r6487 r7924  
    3232   USE timing         ! Timing 
    3333   USE lib_fortran    ! Fortran utilities (allows no signed zero when 'key_nosignedzero' defined)   
     34   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3435 
    3536   IMPLICIT NONE 
    … …  
    11841185            ! 
    11851186            IF( MIN( id1, id2, id3, id4, id5, id6 ) > 0 ) THEN        ! all required arrays exist 
    1186                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'en'    , en     ) 
    1187                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avt'   , avt    ) 
    1188                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avm'   , avm    ) 
    1189                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmu'  , avmu   ) 
    1190                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmv'  , avmv   ) 
    1191                CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'mxln'  , mxln   ) 
     1187               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'en'    , en, lrxios = lxios_read     ) 
     1188               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avt'   , avt, lrxios = lxios_read    ) 
     1189               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avm'   , avm, lrxios = lxios_read    ) 
     1190               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmu'  , avmu, lrxios = lxios_read   ) 
     1191               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmv'  , avmv, lrxios = lxios_read   ) 
     1192               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'mxln'  , mxln, lrxios = lxios_read   ) 
    11921193            ELSE                         
    11931194               IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ===>>>> : previous run without gls scheme, en and mxln computed by iterative loop' 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdfini.F90

    r6486 r7924  
    2929   USE in_out_manager  ! I/O manager 
    3030   USE iom             ! IOM library 
     31   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    3132 
    3233   IMPLICIT NONE 
    … …  
    170171         ! file in traadv_cen2 end read here.  
    171172         IF( iom_varid( numror, 'avmb', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    172             CALL iom_get( numror, jpdom_unknown, 'avmb', avmb ) 
    173             CALL iom_get( numror, jpdom_unknown, 'avtb', avtb ) 
     173            CALL iom_get( numror, jpdom_unknown, 'avmb', avmb, lrxios = lxios_read ) 
     174            CALL iom_get( numror, jpdom_unknown, 'avtb', avtb, lrxios = lxios_read ) 
    174175         ENDIF 
    175176      ENDIF 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdftke.F90

    r6498 r7924  
    5757   USE agrif_opa_update 
    5858#endif 
     59   USE iom_def, ONLY : lxios_read 
    5960 
    6061 
    … …  
    935936           ! 
    936937           IF( id1 > 0 ) THEN                       ! 'en' exists 
    937               CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'en', en ) 
     938              CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'en', en, lrxios = lxios_read ) 
    938939              IF( MIN( id2, id3, id4, id5, id6 ) > 0 ) THEN        ! all required arrays exist 
    939                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avt'  , avt   ) 
    940                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avm'  , avm   ) 
    941                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmu' , avmu  ) 
    942                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmv' , avmv  ) 
    943                  CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'dissl', dissl ) 
     940                 CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avt'  , avt, lrxios = lxios_read   ) 
     941                 CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avm'  , avm, lrxios = lxios_read   ) 
     942                 CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmu' , avmu, lrxios = lxios_read  ) 
     943                 CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'avmv' , avmv, lrxios = lxios_read  ) 
     944                 CALL iom_get( numror, jpdom_autoglo, 'dissl', dissl, lrxios = lxios_read ) 
    944945              ELSE                                                 ! one at least array is missing 
    945946                 CALL tke_avn                                          ! compute avt, avm, avmu, avmv and dissl (approximation) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r6755 r7924  
    385385      IF( kstp == nitend .OR. indic < 0 ) THEN  
    386386                      CALL iom_context_finalize(      cxios_context          ) ! needed for XIOS+AGRIF 
     387                      CALL iom_context_finalize(      rxios_context          ) 
    387388         IF( ln_crs ) CALL iom_context_finalize( trim(cxios_context)//"_crs" ) !  
    388389      ENDIF 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.