Changeset 3584


Ignore:
Timestamp:
2012-11-16T17:21:47+01:00 (8 years ago)
Author:
cetlod
Message:

Add in branch 2012/dev_LOCEAN_2012 changes from dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB & dev_r3387_LOCEAN6_AGRIF_LIM, see ticket 1000

Location:
branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM
Files:
21 deleted
68 edited
14 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/ARCH/CNRS/arch-X64_CURIE.fcm

    r3303 r3584  
    1616%NCDF_INC            -I$(NETCDF_INC_DIR) 
    1717%NCDF_LIB            -L$(NETCDF_LIB_DIR) -lnetcdff -lnetcdf 
    18 %FC                  mpif90 -c -cpp 
     18%FC                  mpif90 -c  
    1919# for Curie Fat Node 
    20 %FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xSSE4.2 -automatic 
     20#%FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xSSE4.2 -automatic 
    2121# for Curie Thin Node 
    2222#%FCFLAGS             -i4 -r8 -fast -xAVX   -automatic 
     23## 
     24## for both FAST and THIN nodes 
     25%FCFLAGS             -i4 -r8 -O3 
     26## 
    2327%FFLAGS              %FCFLAGS 
    2428%LD                  mpif90 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/cpp_GYRE.fcm

    r3294 r3584  
    1  bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput 
     1 bld::tool::fppkeys key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput  
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3295 r3584  
    221221     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    222222       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    223        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     223       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    224224       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    225225       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     
    240240       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    241241       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    242        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    243        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     242       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     243       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    244244       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    245245       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     
    249249 
    250250     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    251        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    266        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    267        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    268        <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    269        <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    270        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    271        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    272        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    273        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    274        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    275        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    276        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    277        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    278        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    279        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    280        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    281        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    282        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    283        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    284        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    285        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    286        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    287        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     251       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     252       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     253       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     254       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     280       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     281       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     282       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     283       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     284       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     285       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     286       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          /> 
     287       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     288       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     289       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     290       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     291       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
     292       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     /> 
     293       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     /> 
     294       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     295       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     296       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     /> 
     297       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     /> 
     298       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     299       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         /> 
     300       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         /> 
     301       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     302       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     303       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    288304     </group> 
    289305        
     
    507523          <field ref="CO3"      /> 
    508524          <field ref="CO3sat"   /> 
    509           <field ref="PAR"      /> 
     525          <field ref="PAR"   /> 
    510526          <field ref="PPPHY"    /> 
    511527          <field ref="PPPHY2"   /> 
     
    515531          <field ref="PFeN"     /> 
    516532          <field ref="PFeD"     /> 
     533          <field ref="xfracal"  /> 
    517534          <field ref="PCAL"     /> 
    518535          <field ref="DCAL"     /> 
    519           <field ref="GRAZ"     /> 
    520           <field ref="Mumax"    /> 
    521           <field ref="MuN"      /> 
    522           <field ref="MuD"      /> 
    523           <field ref="MuNlight" /> 
    524           <field ref="MuDlight" /> 
    525           <field ref="LNnut"    /> 
    526           <field ref="LDnut"    /> 
    527           <field ref="LNFe"     /> 
    528           <field ref="LDFe"     /> 
    529           <field ref="LNlight"  /> 
    530           <field ref="LDlight"  /> 
     536          <field ref="GRAZ1"     /> 
     537          <field ref="GRAZ2"     /> 
    531538          <field ref="EPC100"   /> 
    532539          <field ref="EPFE100"  /> 
     
    540547          <field ref="Heup"     /> 
    541548          <field ref="Irondep"  /> 
     549          <field ref="Ironsed"  /> 
     550          <field ref="Ironice"  /> 
    542551          <field ref="Nfix"     /> 
     552          <field ref="MuN"      /> 
     553          <field ref="MuD"      /> 
     554          <field ref="LNnut"      /> 
     555          <field ref="LDnut"      /> 
     556          <field ref="LNFe"      /> 
     557          <field ref="LDFe"      /> 
     558          <field ref="LNlight"      /> 
     559          <field ref="LDlight"      /> 
     560          <field ref="pdust"      /> 
     561          <field ref="Fe2"      /> 
     562          <field ref="Fe3"      /> 
     563          <field ref="FeL1"      /> 
     564          <field ref="FeL2"      /> 
     565          <field ref="FeP"      /> 
     566          <field ref="TL1"      /> 
     567          <field ref="TL2"      /> 
     568          <field ref="Sdenit"      /> 
     569          <field ref="Totlig" /> 
    543570       </file> 
    544571 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3418 r3584  
    3535&nampisbio     !   biological parameters 
    3636!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    37    nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     37   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    3838   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    3939   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4040   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    4141   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
     43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    4244/ 
    4345!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    4446&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    4547!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    46    conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation 
    47    conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
    48    conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto 
    49    conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto 
    50    conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms 
    51    conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms 
     48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     49   concdno3   =  3.E-6   ! Phosphate half saturation for diatoms 
     50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     51   concdnh4   =  3.E-7   ! NH4 half saturation for diatoms 
     52   concnfer   =  1.E-9     ! Iron half saturation for phyto 
     53   concdfer   =  3.E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto 
     56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms 
    5257   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
    5358   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
    54    concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
    55    concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms 
     59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms 
    5661   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
    57    xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     62   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
    5863   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
    59    concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
    6064   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto 
    6165   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    62    caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio 
    63 / 
     66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
     67/ 
     68!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     69&nampisopt     !   parameters for optics 
     70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable 
     76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
     77/  
    6478!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    6579&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     
    6983   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    7084   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    71    ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)  
     85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    7286   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate 
    7387   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton 
    7488   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms 
    75    chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
     89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
    7690   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton 
    7791   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms 
    78    grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio 
     92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    7993/ 
    8094!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    8195&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    8296!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton 
    84    wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    85100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    86101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    87    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    88102/ 
    89103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    90104&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    91105!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    92    part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    93    grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate 
     106   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     107   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    94108   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
    95109   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate 
     
    102116   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton  
    103117   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton  
    104    xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing 
     118   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
    105119   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
    106120   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     
    115129   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    116130   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    117    mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate 
     131   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate 
    118132   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
    119133   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     
    122136   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton  
    123137   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton  
    124    xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding 
     138   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
    125139   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
    126140   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth 
     
    129143/ 
    130144!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     145&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     146!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     147   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
     148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
     149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
     151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
     152 
     153!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    131154&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    132155!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    133    xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     156   xremik    =  0.35      ! remineralization rate of DOC 
    134157   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    135158   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    136159   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    137    xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si 
    138    xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica 
    139    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     160   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
     161   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    140162   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    141    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration 
    142163/ 
    143164!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    148169/ 
    149170!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    150 &nampissed     !   parameters for inputs deposition 
     171&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    151172!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    152173!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    153174!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    154175   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    155    sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    156    sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     176   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     177   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     178   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     179   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     180   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     181   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     182   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     183   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    157184   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    158185   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     186   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    159187! 
    160188   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    161189   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
    162    ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients 
     190   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron 
     191   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients 
    163192   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N 
    164193   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     194   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     195   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents 
    165196   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron 
    166197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    167    wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed 
     198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    168200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    169201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
    170202   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
     203   hratio      =  9.E-5    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    171204/ 
    172205!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    175208   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    176209   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
     210   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    177211   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    178212   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r3294 r3584  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_iomput  
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3295 r3584  
    1919     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    2020       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    21        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    2222       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    2323       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     
    3838       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    3939       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    40        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    41        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    4242       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    4343       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     
    4747 
    4848     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    49        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    50        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    51        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    52        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    53        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    54        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    55        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    56        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    57        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    58        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    59        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    60        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    61        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    62        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    63        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    64        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    65        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    66        <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    67        <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    68        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    69        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    70        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    71        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    72        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    73        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    74        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    75        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    76        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    77        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    78        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    79        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    80        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    81        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    82        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    83        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    84        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    85        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
    86      </group> 
     49       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     60       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     61       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     62       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     63       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     64       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     65       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     66       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     67       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     68       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     69       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     70       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     71       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     72       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     73       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     74       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     75       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     76       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     77       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     78       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     79       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     80       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     81       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     82       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     83       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     84       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          /> 
     85       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     86       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     87       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     88       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     89       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
     90       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     /> 
     91       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     /> 
     92       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     93       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     94       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     /> 
     95       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     /> 
     96       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     97       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         /> 
     98       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         /> 
     99       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     100       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     101       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     102     </group>          
    87103 
    88104      <!-- scalar --> 
     
    107123 
    108124      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
    109  
    110         <file id="5d_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
    111           <field ref="Cflx"     /> 
    112           <field ref="Oflx"     /> 
    113           <field ref="Dpco2"    /> 
    114           <field ref="Dpo2"     /> 
    115           <field ref="Heup"     /> 
    116         </file> 
    117        
    118125      </group> 
    119126  
    120127      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
    121128 
    122         <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
    123           <field ref="DIC"      /> 
    124           <field ref="Alkalini" /> 
    125           <field ref="O2"       /> 
    126           <field ref="NCHL"     /> 
    127           <field ref="DCHL"     /> 
    128           <field ref="Fer"      /> 
    129           <field ref="NO3"      /> 
    130        </file> 
    131  
    132       </group> 
    133  
    134       <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
    135       </group> 
    136  
    137       <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
    138       </group> 
    139  
    140       <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
    141       </group> 
    142  
    143       <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
    144       </group> 
    145  
    146       <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    147          
    148         <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     129       <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
    149130          <field ref="DIC"      /> 
    150131          <field ref="Alkalini" /> 
     
    173154       </file> 
    174155 
    175        <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     156       <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
    176157          <field ref="PH"       /> 
    177158          <field ref="CO3"      /> 
    178159          <field ref="CO3sat"   /> 
    179           <field ref="PAR"      /> 
     160          <field ref="PAR"   /> 
    180161          <field ref="PPPHY"    /> 
    181162          <field ref="PPPHY2"   /> 
     
    185166          <field ref="PFeN"     /> 
    186167          <field ref="PFeD"     /> 
     168          <field ref="xfracal"  /> 
    187169          <field ref="PCAL"     /> 
    188170          <field ref="DCAL"     /> 
    189           <field ref="GRAZ"     /> 
    190           <field ref="Mumax"    /> 
    191           <field ref="MuN"      /> 
    192           <field ref="MuD"      /> 
    193           <field ref="MuNlight" /> 
    194           <field ref="MuDlight" /> 
    195           <field ref="LNnut"    /> 
    196           <field ref="LDnut"    /> 
    197           <field ref="LNFe"     /> 
    198           <field ref="LDFe"     /> 
    199           <field ref="LNlight"  /> 
    200           <field ref="LDlight"  /> 
     171          <field ref="GRAZ1"     /> 
     172          <field ref="GRAZ2"     /> 
    201173          <field ref="EPC100"   /> 
    202174          <field ref="EPFE100"  /> 
     
    210182          <field ref="Heup"     /> 
    211183          <field ref="Irondep"  /> 
     184          <field ref="Ironsed"  /> 
     185          <field ref="Ironice"  /> 
    212186          <field ref="Nfix"     /> 
     187          <field ref="MuN"      /> 
     188          <field ref="MuD"      /> 
     189          <field ref="LNnut"      /> 
     190          <field ref="LDnut"      /> 
     191          <field ref="LNFe"      /> 
     192          <field ref="LDFe"      /> 
     193          <field ref="LNlight"      /> 
     194          <field ref="LDlight"      /> 
     195          <field ref="pdust"      /> 
     196          <field ref="Fe2"      /> 
     197          <field ref="Fe3"      /> 
     198          <field ref="FeL1"      /> 
     199          <field ref="FeL2"      /> 
     200          <field ref="FeP"      /> 
     201          <field ref="TL1"      /> 
     202          <field ref="TL2"      /> 
     203          <field ref="Sdenit"      /> 
     204          <field ref="Totlig" /> 
    213205       </file> 
    214  
     206      </group> 
     207 
     208      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
     209      </group> 
     210 
     211      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
     212      </group> 
     213 
     214      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
     215      </group> 
     216 
     217      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
     218      </group> 
     219 
     220      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
    215221      </group> 
    216222 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist

    r3306 r3584  
    2424&namrun        !   parameters of the run 
    2525!----------------------------------------------------------------------- 
    26    nn_no       =       0   !  job number (no more used...) 
     26   nn_no       =       0   !  job number 
    2727   cn_exp      =  "PISCES"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    2929   nn_itend    =    1460   !  last  time step (std 5475) 
    30    nn_date0    =  010101   !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
     30   nn_date0    =  010101   !  initial calendar date yymmdd (used if nn_rstctl=1) 
    3131   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3232   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    33    nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
    34                            !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
    35                            !    = 1 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    36                            !    = 2 nn_date0 read in restart  ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
     33   nn_rstctl   =       0       !  restart control = 0 nn_it000 is not compared to the restart file value 
     34                               !                  = 1 use nn_date0 in namelist (not the value in the restart file) 
     35                               !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    3736   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3837   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
     
    509508   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    510509/ 
    511 !---------------------------------------------------------------------------------- 
    512 &namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
    513 !---------------------------------------------------------------------------------- 
    514    !                       !  Operator type: 
    515    ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator 
    516    ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator 
    517    !                       !  Direction of action: 
    518    ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level 
    519    ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)   (needs "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
    520    ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                 (needs "key_ldfslp") 
    521    !                 !  Griffies parameters              (all need "key_ldfslp") 
    522    ln_traldf_grif   =  .false.  !  use griffies triads 
    523    ln_traldf_gdia   =  .false.  !  output griffies eddy velocities 
    524    ln_triad_iso     =  .false.  !  pure lateral mixing in ML 
    525    ln_botmix_grif   =  .false.  !  lateral mixing on bottom 
    526    !                       !  Coefficients 
    527    ! Eddy-induced (GM) advection always used with Griffies; otherwise needs "key_traldf_eiv" 
    528    ! Value rn_aeiv_0 is ignored unless = 0 with Held-Larichev spatially varying aeiv 
    529    !                                  (key_traldf_c2d & key_traldf_eiv & key_orca_r2, _r1 or _r05) 
    530    rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s] 
     510!----------------------------------------------------------------------- 
     511&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracer  
     512!----------------------------------------------------------------------- 
     513   !                       !  Type of the operator :  
     514   ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator        
     515   ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator      
     516   !                       !  Direction of action  : 
     517   ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level                 
     518   ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)            (require "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
     519   ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                          (require "key_ldfslp") 
     520   ln_traldf_grif   =  .false.  !  griffies skew flux formulation       (require "key_ldfslp") 
     521   ln_traldf_gdia   =  .false.  !  griffies operator strfn diagnostics  (require "key_ldfslp") 
     522   ln_triad_iso     =  .true.  !  griffies operator calculates triads twice => pure lateral mixing in ML (require "key_ldfslp") 
     523   ln_botmix_grif   =  .false.  !  griffies operator with lateral mixing on bottom (require "key_ldfslp") 
     524                         !  Coefficient 
    531525   rn_aht_0         =  2000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    532526   rn_ahtb_0        =     0.    !  background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    533    !                                           (normally=0; not used with Griffies) 
     527   rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_traldf_eiv") 
    534528/ 
    535529!----------------------------------------------------------------------- 
     
    615609   sn_sal  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    616610   sn_mld  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'somixhgt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    617    sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     611   sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     612   sn_emps = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    618613   sn_ice  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'soicecov' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    619614   sn_qsr  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     
    792787   nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    793788                           !     (no physical validity of the results) 
    794    nn_timing   =    1      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     789   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    795790/ 
    796791 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3418 r3584  
    4040   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    4141   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
     43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    4244/ 
    4345!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    4446&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    4547!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    46    conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation 
    47    conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
    48    conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto 
    49    conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto 
    50    conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms 
    51    conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms 
     48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     49   concdno3   =  3.E-6   ! Phosphate half saturation for diatoms 
     50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     51   concdnh4   =  3.E-7   ! NH4 half saturation for diatoms 
     52   concnfer   =  1.E-9     ! Iron half saturation for phyto 
     53   concdfer   =  3.E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto 
     56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms 
    5257   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
    5358   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
    54    concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
    55    concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms 
     59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms 
    5661   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
    57    xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     62   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
    5863   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
    59    concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
    6064   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto 
    6165   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    62    caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio 
    63 / 
     66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
     67/ 
     68!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     69&nampisopt     !   parameters for optics 
     70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable 
     76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
     77/  
    6478!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    6579&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     
    6983   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    7084   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    71    ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)  
     85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    7286   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate 
    7387   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton 
    7488   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms 
    75    chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
     89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
    7690   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton 
    7791   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms 
    78    grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio 
     92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    7993/ 
    8094!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    8195&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    8296!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton 
    84    wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    85100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    86101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    87    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    88102/ 
    89103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    90104&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    91105!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    92    part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    93    grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate 
     106   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     107   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    94108   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
    95109   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate 
     
    102116   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton  
    103117   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton  
    104    xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing 
     118   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
    105119   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
    106120   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     
    115129   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    116130   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    117    mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate 
     131   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate 
    118132   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
    119133   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     
    122136   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton  
    123137   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton  
    124    xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding 
     138   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
    125139   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
    126140   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth 
     
    129143/ 
    130144!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     145&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     146!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     147   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
     148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
     149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
     151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
     152 
     153!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    131154&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    132155!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    133    xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     156   xremik    =  0.35      ! remineralization rate of DOC 
    134157   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    135158   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    136159   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    137    xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si 
    138    xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica 
    139    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     160   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
     161   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    140162   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    141    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration 
    142163/ 
    143164!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    148169/ 
    149170!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    150 &nampissed     !   parameters for inputs deposition 
     171&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    151172!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    152173!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    153174!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    154175   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    155    sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    156    sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     176   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     177   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     178   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     179   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     180   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     181   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     182   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     183   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    157184   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    158185   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     186   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    159187! 
    160188   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    161189   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
    162    ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients 
     190   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron 
     191   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients 
    163192   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N 
    164193   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     194   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     195   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents 
    165196   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron 
    166197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    167    wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed 
     198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    168200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    169201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
    170202   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
     203   hratio      =  9.E-5    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    171204/ 
    172205!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    175208   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    176209   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
     210   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    177211   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    178212   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top

    r3319 r3584  
    1616   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1717   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    18                              !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    19                              !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     18                           !                  = 1 do not use the value in the restart file 
     19                           !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    2020   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
    2121   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    22    ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22   ln_trcdta     =   .true. !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    2323   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    2424! 
    25 !                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    26 !                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
    27 !                !           !                                           !              ! or not       !        ! 
     25!              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
     26!              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
     27!              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
    2828   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    2929   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
     
    3535   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3636   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    37    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     37   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3838   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    3939   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     
    5959   sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6060   sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    61    sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'         ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    62    sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'        ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    63    sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'         ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    64    sn_trcdta(10) = 'data_DOC_nomask'        ,        -12        ,  'DOC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     61   sn_trcdta(3)  = 'data_1m_O2_nomask'      ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     62   sn_trcdta(5)  = 'data_1m_PO4_nomask'     ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     63   sn_trcdta(7)  = 'data_1m_Si_nomask'      ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6564   sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    66    sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'        ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     65   sn_trcdta(23) = 'data_1m_NO3_nomask'     ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    6766! 
    6867   cn_dir        =  './'      !  root directory for the location of the data files 
     
    7271   rn_trfac(5)   = 122.0e-06  !  -      -      -     - 
    7372   rn_trfac(7)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
    74    rn_trfac(10)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    7573   rn_trfac(14)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    7674   rn_trfac(23)  =   7.6e-06  !  -      -      -     - 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/xmlio_server.def

    r2528 r3584  
    3030                              !  setting nn_nchunks_k = jpk will give a chunk size of 1 in the vertical which 
    3131                              !  is optimal for postprocessing which works exclusively with horizontal slabs 
    32    ln_nc4zip      =   .TRUE.  !  (T) use netcdf4 chunking and compression 
     32   ln_nc4zip      =   .false.  !  (T) use netcdf4 chunking and compression 
    3333                              !  (F) ignore chunking information and produce netcdf3-compatible files   
    3434/ 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/cpp_ORCA2_OFF_PISCES.fcm

    r3294 r3584  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput  
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_top key_offline key_pisces key_iomput 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3549 r3584  
    1 GYRE OPA_SRC 
    2 GYRE_LOBSTER OPA_SRC TOP_SRC 
    31ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 
    42AMM12 OPA_SRC 
    5 ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    6 AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    73ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    84ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
     5GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     6GYRE OPA_SRC 
     7ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
     8ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     9ORCA2_LIM_CFC_C14b OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r3294 r3584  
    302302#if AGRIF we do a first preprocessing 
    303303    if [ ${#x_c} -eq 0 ]; then 
    304         [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && fcm build --ignore-lock -s 2 ${COMPIL_DIR}/$USEBLD 
    305         [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && rm -rf  ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/* 
     304       if [ "$AGRIFUSE" == 1 ]; then  
     305          fcm build --ignore-lock  -j 1 ${COMPIL_DIR}/bld_preproagr.cfg ||{ cd - ; exit ;} 
     306          echo "" 
     307          echo "---------------------------------" 
     308          echo "CONV preprocessing successfull !!" 
     309          echo "---------------------------------" 
     310          echo "" 
     311       fi 
    306312    fi 
    307313    fcm build ${x_c} --ignore-lock -v ${x_v} -j ${NBR_PRC} ${COMPIL_DIR}/$USEBLD || cd - 
     
    311317#add remove for clean option 
    312318    if  [ ${#x_c} -ne 0 ]; then 
     319        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/OPAFILES 
    313320        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/WORK 
    314321        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limrhg_2.F90

    r3294 r3584  
    3030   USE in_out_manager ! I/O manager 
    3131   USE prtctl         ! Print control 
     32#if defined key_agrif 
     33   USE agrif_lim2_interp ! nesting 
     34#endif 
    3235 
    3336   IMPLICIT NONE 
     
    129132!i    zviszeta(:,jpj+1) = 0._wp    ;    zviseta(:,jpj+1) = 0._wp 
    130133 
     134#if defined key_agrif 
     135      ! load the boundary value of velocity in special array zuive and zvice 
     136      CALL agrif_rhg_lim2_load 
     137#endif 
    131138 
    132139      ! Ice mass, ice strength, and wind stress at the center            | 
     
    533540            CALL lbc_lnk( zv_n(:,1:jpj), 'I', -1. ) 
    534541 
     542#if defined key_agrif 
     543            ! copy the boundary value from u_ice_nst and v_ice_nst to u_ice and v_ice 
     544            ! before next interations 
     545            CALL agrif_rhg_lim2(zu_n,zv_n) 
     546#endif 
     547 
    535548            ! Test of Convergence 
    536549            DO jj = k_j1+1 , k_jpj-1 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limtrp_2.F90

    r3294 r3584  
    2828   USE lib_mpp         ! MPP library 
    2929   USE wrk_nemo        ! work arrays 
     30# if defined key_agrif 
     31   USE agrif_lim2_interp ! nesting 
     32# endif 
    3033 
    3134   IMPLICIT NONE 
     
    8083 
    8184      IF( kt == nit000  )   CALL lim_trp_init_2      ! Initialization (first time-step only) 
     85 
     86# if defined key_agrif 
     87      CALL agrif_trp_lim2_load      ! First interpolation 
     88# endif 
    8289 
    8390      zsm(:,:) = area(:,:) 
     
    269276      ENDIF 
    270277      ! 
     278# if defined key_agrif 
     279      CALL agrif_trp_lim2      ! Fill boundaries of the fine grid 
     280# endif 
     281      !  
    271282      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zui_u , zvi_v , zsm, zs0ice, zs0sn , zs0a, zs0c0 , zs0c1 , zs0c2 , zs0st ) 
    272283      ! 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limrhg.F90

    r3294 r3584  
    88   !!             -   !  2008-11  (M. Vancoppenolle, S. Bouillon, Y. Aksenov) add surface tilt in ice rheolohy  
    99   !!            3.3  !  2009-05  (G.Garric) addition of the lim2_evp cas 
    10    !!            4.0  !  2011-01  (A Porter)  dynamical allocation  
     10   !!            3.4  !  2011-01  (A. Porter)  dynamical allocation  
     11   !!            3.5  !  2012-08  (R. Benshila)  AGRIF  
    1112   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1213#if defined key_lim3 || (  defined key_lim2 && ! defined key_lim2_vp ) 
     
    3435   USE ice_2            ! LIM2: ice variables 
    3536   USE dom_ice_2        ! LIM2: ice domain 
     37#endif 
     38#if defined key_agrif && defined key_lim2 
     39   USE agrif_lim2_interp 
    3640#endif 
    3741 
     
    162166     at_i(:,:) = 1. - frld(:,:) 
    163167#endif 
     168#if defined key_agrif && defined key_lim2  
     169    CALL agrif_rhg_lim2_load      ! First interpolation of coarse values 
     170#endif 
    164171      ! 
    165172      !------------------------------------------------------------------------------! 
     
    488495 
    489496            CALL lbc_lnk( u_ice(:,:), 'U', -1. ) 
     497#if defined key_agrif 
     498            CALL agrif_rhg_lim2( jter, nevp, 'U' ) 
     499#endif 
    490500 
    491501!CDIR NOVERRCHK 
     
    513523 
    514524            CALL lbc_lnk( v_ice(:,:), 'V', -1. ) 
     525#if defined key_agrif 
     526            CALL agrif_rhg_lim2( jter, nevp, 'V' ) 
     527#endif 
    515528 
    516529         ELSE  
     
    539552 
    540553            CALL lbc_lnk( v_ice(:,:), 'V', -1. ) 
     554#if defined key_agrif 
     555            CALL agrif_rhg_lim2( jter, nevp , 'V' ) 
     556#endif 
    541557 
    542558!CDIR NOVERRCHK 
     
    567583 
    568584            CALL lbc_lnk( u_ice(:,:), 'U', -1. ) 
     585#if defined key_agrif 
     586            CALL agrif_rhg_lim2( jter, nevp, 'U' ) 
     587#endif 
    569588 
    570589         ENDIF 
     
    607626      CALL lbc_lnk( u_ice(:,:), 'U', -1. )  
    608627      CALL lbc_lnk( v_ice(:,:), 'V', -1. )  
     628#if defined key_agrif 
     629      CALL agrif_rhg_lim2( nevp , nevp, 'U' ) 
     630      CALL agrif_rhg_lim2( nevp , nevp, 'V' ) 
     631#endif 
    609632 
    610633      DO jj = k_j1+1, k_jpj-1  
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif2model.F90

    r2528 r3584  
    55   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    66   !!---------------------------------------------------------------------- 
     7   SUBROUTINE Agrif2Model 
     8      !!--------------------------------------------- 
     9      !!   *** ROUTINE Agrif2Model *** 
     10      !!---------------------------------------------  
     11   END SUBROUTINE Agrif2model 
    712 
    813   SUBROUTINE Agrif_Set_numberofcells(Agrif_Gr) 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_oce.F90

    r3294 r3584  
    2525 
    2626   !                                              !!! OLD namelist names 
     27   INTEGER , PUBLIC ::   nbcline = 0               !: update counter 
    2728   INTEGER , PUBLIC ::   nbclineupdate             !: update frequency  
    2829   REAL(wp), PUBLIC ::   visc_tra                  !: sponge coeff. for tracers 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_opa_sponge.F90

    r3294 r3584  
    1 #define SPONGE 
     1#define SPONGE && define SPONGE_TOP 
    22 
    33Module agrif_opa_sponge 
     
    1313   PRIVATE 
    1414 
    15    PUBLIC Agrif_Sponge_Tra, Agrif_Sponge_Dyn, interptsn, interpun, interpvn 
    16  
     15   PUBLIC Agrif_Sponge, Agrif_Sponge_Tra, Agrif_Sponge_Dyn, interptsn, interpun, interpvn 
     16 
     17  !! * Substitutions 
     18#  include "domzgr_substitute.h90" 
    1719   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1820   !! NEMO/NST 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     
    2729      !!   *** ROUTINE Agrif_Sponge_Tra *** 
    2830      !!--------------------------------------------- 
    29 #include "domzgr_substitute.h90" 
    3031      !! 
    3132      INTEGER :: ji,jj,jk,jn 
    32       INTEGER :: spongearea 
    3333      REAL(wp) :: timecoeff 
    3434      REAL(wp) :: ztsa, zabe1, zabe2, zbtr 
    35       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:    ) :: localviscsponge 
    3635      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:    ) :: ztu, ztv 
    3736      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: ztab 
     
    3938 
    4039#if defined SPONGE 
    41       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, localviscsponge, ztu, ztv ) 
     40      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, ztu, ztv ) 
    4241      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jpts, ztab, tsbdiff  ) 
    4342 
     
    5251      tsbdiff(:,:,:,:) = tsb(:,:,:,:) - ztab(:,:,:,:) 
    5352 
    54       spongearea = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
    55  
    56       localviscsponge = 0. 
    57        
    58       IF (.NOT. spongedoneT) THEN 
    59          spe1ur(:,:) = 0. 
    60          spe2vr(:,:) = 0. 
    61  
    62       IF ((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    63          DO ji = 2, spongearea 
    64             localviscsponge(ji,:) = visc_tra * (spongearea-ji)/real(spongearea-2) 
    65          ENDDO 
    66      
    67     spe1ur(2:spongearea-1,:)=0.5 * (localviscsponge(2:spongearea-1,:) + localviscsponge(3:spongearea,:)) & 
    68           * e2u(2:spongearea-1,:) / e1u(2:spongearea-1,:) 
    69  
    70          spe2vr(2:spongearea,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(2:spongearea,1:jpjm1) + & 
    71              localviscsponge(2:spongearea,2:jpj)) & 
    72            * e1v(2:spongearea,1:jpjm1) / e2v(2:spongearea,1:jpjm1) 
    73       ENDIF 
    74  
    75       IF ((nbondi == 1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    76          DO ji = nlci-spongearea + 1,nlci-1 
    77             localviscsponge(ji,:) = visc_tra * (ji - (nlci-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    78          ENDDO 
    79      
    80     spe1ur(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:)=0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) + & 
    81            localviscsponge(nlci-spongearea + 2:nlci-1,:)) & 
    82           * e2u(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) / e1u(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) 
    83  
    84          spe2vr(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) & 
    85               + localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,2:jpj)) & 
    86            * e1v(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) / e2v(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) 
    87       ENDIF 
    88  
    89  
    90       IF ((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    91          DO jj = 2, spongearea 
    92             localviscsponge(:,jj) = visc_tra * (spongearea-jj)/real(spongearea-2) 
    93          ENDDO 
    94      
    95     spe1ur(1:jpim1,2:spongearea)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,2:spongearea) + & 
    96            localviscsponge(2:jpi,2:spongearea)) & 
    97           * e2u(1:jpim1,2:spongearea) / e1u(1:jpim1,2:spongearea) 
    98  
    99          spe2vr(:,2:spongearea-1) = 0.5 * (localviscsponge(:,2:spongearea-1) + & 
    100              localviscsponge(:,3:spongearea)) & 
    101            * e1v(:,2:spongearea-1) / e2v(:,2:spongearea-1) 
    102       ENDIF 
    103  
    104       IF ((nbondj == 1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    105          DO jj = nlcj-spongearea + 1,nlcj-1 
    106             localviscsponge(:,jj) = visc_tra * (jj - (nlcj-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    107          ENDDO 
    108      
    109     spe1ur(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) + & 
    110             localviscsponge(2:jpi,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)) & 
    111           * e2u(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) / e1u(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) 
    112  
    113          spe2vr(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) = 0.5 * (localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) + & 
    114             localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 2:nlcj-1)) & 
    115            * e1v(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) / e2v(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) 
    116       ENDIF 
    117        
    118          spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:)) 
    119  
    120          spongedoneT = .TRUE. 
    121       ENDIF 
     53      CALL Agrif_Sponge 
    12254 
    12355      DO jn = 1, jpts 
     
    14779      ENDDO 
    14880 
    149       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, localviscsponge, ztu, ztv ) 
     81      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, ztu, ztv ) 
    15082      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jpts, ztab, tsbdiff  ) 
    15183#endif 
     
    15789      !!   *** ROUTINE Agrif_Sponge_dyn *** 
    15890      !!--------------------------------------------- 
    159 #include "domzgr_substitute.h90" 
    16091      !! 
    16192      INTEGER :: ji,jj,jk 
    162       INTEGER :: spongearea 
    16393      REAL(wp) :: timecoeff 
    16494      REAL(wp) :: ze2u, ze1v, zua, zva, zbtr 
    165       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: localviscsponge 
    16695      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ubdiff, vbdiff 
    16796      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: rotdiff, hdivdiff 
     
    16998 
    17099#if defined SPONGE 
    171       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, localviscsponge ) 
    172100      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztab, ubdiff, vbdiff, rotdiff, hdivdiff ) 
    173101 
     
    180108      Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    181109 
    182       ubdiff(:,:,:) = (ub(:,:,:) - ztab(:,:,:))*umask(:,:,:) 
     110      ubdiff(:,:,:) = ( ub(:,:,:) - ztab(:,:,:) ) * umask(:,:,:) 
    183111 
    184112      ztab = 0.e0 
     
    188116      Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    189117 
    190       vbdiff(:,:,:) = (vb(:,:,:) - ztab(:,:,:))*vmask(:,:,:) 
    191  
    192       spongearea = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
    193  
    194       localviscsponge = 0. 
    195  
    196       IF (.NOT. spongedoneU) THEN 
    197          spe1ur2(:,:) = 0. 
    198          spe2vr2(:,:) = 0. 
    199  
    200       IF ((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    201          DO ji = 2, spongearea 
    202             localviscsponge(ji,:) = visc_dyn * (spongearea-ji)/real(spongearea-2) 
    203          ENDDO 
    204      
    205     spe1ur2(2:spongearea-1,:)=0.5 * (localviscsponge(2:spongearea-1,:) + localviscsponge(3:spongearea,:)) 
    206  
    207          spe2vr2(2:spongearea,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(2:spongearea,1:jpjm1) + & 
    208              localviscsponge(2:spongearea,2:jpj)) 
    209       ENDIF 
    210  
    211       IF ((nbondi == 1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    212          DO ji = nlci-spongearea + 1,nlci-1 
    213             localviscsponge(ji,:) = visc_dyn * (ji - (nlci-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    214          ENDDO 
    215      
    216     spe1ur2(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:)=0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) + & 
    217            localviscsponge(nlci-spongearea + 2:nlci-1,:)) 
    218  
    219          spe2vr2(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) & 
    220               + localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,2:jpj)) 
    221       ENDIF 
    222  
    223  
    224       IF ((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    225          DO jj = 2, spongearea 
    226             localviscsponge(:,jj) = visc_dyn * (spongearea-jj)/real(spongearea-2) 
    227          ENDDO 
    228      
    229     spe1ur2(1:jpim1,2:spongearea)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,2:spongearea) + & 
    230            localviscsponge(2:jpi,2:spongearea)) 
    231  
    232          spe2vr2(:,2:spongearea-1) = 0.5 * (localviscsponge(:,2:spongearea-1) + & 
    233              localviscsponge(:,3:spongearea)) 
    234       ENDIF 
    235  
    236       IF ((nbondj == 1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    237          DO jj = nlcj-spongearea + 1,nlcj-1 
    238             localviscsponge(:,jj) = visc_dyn * (jj - (nlcj-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    239          ENDDO 
    240      
    241     spe1ur2(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) + & 
    242             localviscsponge(2:jpi,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)) 
    243  
    244          spe2vr2(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) = 0.5 * (localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) + & 
    245             localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 2:nlcj-1)) 
    246       ENDIF 
    247  
    248          spongedoneU = .TRUE. 
    249      
    250      spbtr3(:,:) = 1./( e1f(:,:) * e2f(:,:)) 
    251       ENDIF 
    252        
    253       IF (.NOT. spongedoneT) THEN 
    254         spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:))       
    255       ENDIF 
    256        
    257       DO jk=1,jpkm1 
    258       ubdiff(:,:,jk) = ubdiff(:,:,jk) * spe1ur2(:,:) 
    259       vbdiff(:,:,jk) = vbdiff(:,:,jk) * spe2vr2(:,:) 
     118      vbdiff(:,:,:) = ( vb(:,:,:) - ztab(:,:,:) ) * vmask(:,:,:) 
     119 
     120      CALL Agrif_Sponge 
     121 
     122      DO jk = 1,jpkm1 
     123         ubdiff(:,:,jk) = ubdiff(:,:,jk) * spe1ur2(:,:) 
     124         vbdiff(:,:,jk) = vbdiff(:,:,jk) * spe2vr2(:,:) 
    260125      ENDDO 
    261126       
     
    272137            DO ji = 2, jpim1   ! vector opt. 
    273138               zbtr = spbtr2(ji,jj) / fse3t(ji,jj,jk) 
    274                hdivdiff(ji,jj,jk) =   & 
    275                   (  e2u(ji,jj)*fse3u(ji,jj,jk) * &  
    276                   ubdiff(ji,jj,jk) - e2u(ji-1,jj  )* & 
    277                   fse3u(ji-1,jj  ,jk)  * ubdiff(ji-1,jj  ,jk)       & 
    278                   + e1v(ji,jj)*fse3v(ji,jj,jk) * & 
    279                   vbdiff(ji,jj,jk) - e1v(ji  ,jj-1)* & 
    280                   fse3v(ji  ,jj-1,jk)  * vbdiff(ji  ,jj-1,jk)  ) * zbtr 
     139               hdivdiff(ji,jj,jk) =  (  e2u(ji  ,jj  ) * fse3u(ji  ,jj  ,jk) * ubdiff(ji  ,jj  ,jk)     & 
     140                  &                   - e2u(ji-1,jj  ) * fse3u(ji-1,jj  ,jk) * ubdiff(ji-1,jj  ,jk)     & 
     141                  &                   + e1v(ji  ,jj  ) * fse3v(ji  ,jj  ,jk) * vbdiff(ji  ,jj  ,jk)     & 
     142                  &                   - e1v(ji  ,jj-1) * fse3v(ji  ,jj-1,jk) * vbdiff(ji  ,jj-1,jk)  ) * zbtr 
    281143            END DO 
    282144         END DO 
     
    286148               zbtr = spbtr3(ji,jj) * fse3f(ji,jj,jk) 
    287149               rotdiff(ji,jj,jk) = (  e2v(ji+1,jj  ) * vbdiff(ji+1,jj  ,jk) - e2v(ji,jj) * vbdiff(ji,jj,jk)    & 
    288                   &              - e1u(ji  ,jj+1) * ubdiff(ji  ,jj+1,jk) + e1u(ji,jj) * ubdiff(ji,jj,jk)  ) & 
    289                   &           * fmask(ji,jj,jk) * zbtr 
     150                  &                 - e1u(ji  ,jj+1) * ubdiff(ji  ,jj+1,jk) + e1u(ji,jj) * ubdiff(ji,jj,jk)  ) & 
     151                  &               * fmask(ji,jj,jk) * zbtr 
    290152            END DO 
    291153         END DO 
     
    298160         DO jj = 2, jpjm1 
    299161            DO ji = 2, jpim1   ! vector opt. 
    300                ze2u = rotdiff (ji,jj,jk) 
    301                ze1v = hdivdiff(ji,jj,jk) 
    302162               ! horizontal diffusive trends 
    303                zua = - ( ze2u - rotdiff (ji,jj-1,jk)) / ( e2u(ji,jj) * fse3u(ji,jj,jk) )   & 
    304                   + ( hdivdiff(ji+1,jj,jk) - ze1v      & 
    305                   ) / e1u(ji,jj) 
    306  
    307                zva = + ( ze2u - rotdiff (ji-1,jj,jk)) / ( e1v(ji,jj) * fse3v(ji,jj,jk) )   & 
    308                   + ( hdivdiff(ji,jj+1,jk) - ze1v    & 
    309                   ) / e2v(ji,jj) 
    310  
     163               zua = - ( rotdiff (ji  ,jj,jk) - rotdiff (ji,jj-1,jk) ) / ( e2u(ji,jj) * fse3u(ji,jj,jk) )   & 
     164                     + ( hdivdiff(ji+1,jj,jk) - hdivdiff(ji,jj  ,jk) ) / e1u(ji,jj) 
     165 
     166               zva = + ( rotdiff (ji,jj  ,jk) - rotdiff (ji-1,jj,jk) ) / ( e1v(ji,jj) * fse3v(ji,jj,jk) )   & 
     167                     + ( hdivdiff(ji,jj+1,jk) - hdivdiff(ji  ,jj,jk) ) / e2v(ji,jj) 
    311168               ! add it to the general momentum trends 
    312169               ua(ji,jj,jk) = ua(ji,jj,jk) + zua 
     
    317174      END DO                                           !   End of slab 
    318175      !                                                ! =============== 
    319       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, localviscsponge ) 
    320176      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztab, ubdiff, vbdiff, rotdiff, hdivdiff ) 
    321  
    322177#endif 
    323178 
    324179   END SUBROUTINE Agrif_Sponge_dyn 
    325180 
     181   SUBROUTINE Agrif_Sponge 
     182      !!--------------------------------------------- 
     183      !!   *** ROUTINE  Agrif_Sponge *** 
     184      !!--------------------------------------------- 
     185      INTEGER  :: ji,jj,jk 
     186      INTEGER  :: ispongearea, ilci, ilcj 
     187      REAL(wp) :: z1spongearea 
     188      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zlocalviscsponge 
     189 
     190#if defined SPONGE || defined SPONGE_TOP 
     191 
     192      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zlocalviscsponge ) 
     193 
     194      ispongearea  = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
     195      ilci = nlci - ispongearea 
     196      ilcj = nlcj - ispongearea  
     197      z1spongearea = 1._wp / REAL( ispongearea - 2 ) 
     198      spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:) ) 
     199 
     200      ! Tracers 
     201      IF( .NOT. spongedoneT ) THEN 
     202         zlocalviscsponge(:,:) = 0. 
     203         spe1ur(:,:) = 0. 
     204         spe2vr(:,:) = 0. 
     205 
     206         IF( (nbondi == -1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     207            DO ji = 2, ispongearea 
     208               zlocalviscsponge(ji,:) = visc_tra * ( ispongearea-ji ) * z1spongearea 
     209            ENDDO 
     210            spe1ur(2:ispongearea-1,:      ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea-1,:      ) + zlocalviscsponge(3:ispongearea,:    ) ) & 
     211               &                         * e2u(2:ispongearea-1,:      ) / e1u(2:ispongearea-1,:      ) 
     212            spe2vr(2:ispongearea  ,1:jpjm1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea  ,1:jpjm1) + zlocalviscsponge(2:ispongearea,2:jpj) ) & 
     213               &                         * e1v(2:ispongearea  ,1:jpjm1) / e2v(2:ispongearea  ,1:jpjm1) 
     214         ENDIF 
     215 
     216         IF( (nbondi == 1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     217            DO ji = ilci+1,nlci-1 
     218               zlocalviscsponge(ji,:) = visc_tra * (ji - (ilci+1) ) * z1spongearea 
     219            ENDDO 
     220   
     221            spe1ur(ilci+1:nlci-2,:      ) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-2,:) + zlocalviscsponge(ilci+2:nlci-1,:) )  & 
     222               &                                   * e2u(ilci+1:nlci-2,:) / e1u(ilci+1:nlci-2,:) 
     223 
     224            spe2vr(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) + zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,2:jpj  )  ) &  
     225               &                                   * e1v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) / e2v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) 
     226         ENDIF 
     227 
     228         IF( (nbondj == -1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     229            DO jj = 2, ispongearea 
     230               zlocalviscsponge(:,jj) = visc_tra * ( ispongearea-jj ) * z1spongearea 
     231            ENDDO 
     232            spe1ur(1:jpim1,2:ispongearea  ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,2:ispongearea) + zlocalviscsponge(2:jpi,2:ispongearea) ) & 
     233               &                                * e2u(1:jpim1,2:ispongearea) / e1u(1:jpim1,2:ispongearea) 
     234    
     235            spe2vr(:      ,2:ispongearea-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,2:ispongearea-1)     + zlocalviscsponge(:,3:ispongearea)     ) & 
     236               &                                  * e1v(:,2:ispongearea-1) / e2v(:,2:ispongearea-1) 
     237         ENDIF 
     238 
     239         IF( (nbondj == 1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     240            DO jj = ilcj+1,nlcj-1 
     241               zlocalviscsponge(:,jj) = visc_tra * (jj - (ilcj+1) ) * z1spongearea 
     242            ENDDO 
     243            spe1ur(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) + zlocalviscsponge(2:jpi,ilcj+1:nlcj-1) ) & 
     244               &                                * e2u(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) / e1u(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) 
     245            spe2vr(:      ,ilcj+1:nlcj-2) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,ilcj+1:nlcj-2      ) + zlocalviscsponge(:,ilcj+2:nlcj-1)     ) & 
     246               &                                * e1v(:,ilcj+1:nlcj-2) / e2v(:,ilcj+1:nlcj-2) 
     247         ENDIF 
     248         spongedoneT = .TRUE. 
     249      ENDIF 
     250 
     251      ! Dynamics 
     252      IF( .NOT. spongedoneU ) THEN 
     253         zlocalviscsponge(:,:) = 0. 
     254         spe1ur2(:,:) = 0. 
     255         spe2vr2(:,:) = 0. 
     256 
     257         IF( (nbondi == -1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     258            DO ji = 2, ispongearea 
     259               zlocalviscsponge(ji,:) = visc_dyn * ( ispongearea-ji ) * z1spongearea 
     260            ENDDO 
     261            spe1ur2(2:ispongearea-1,:      ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea-1,:      ) + zlocalviscsponge(3:ispongearea,:    ) ) 
     262            spe2vr2(2:ispongearea  ,1:jpjm1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea  ,1:jpjm1) + zlocalviscsponge(2:ispongearea,2:jpj) )  
     263         ENDIF 
     264 
     265         IF( (nbondi == 1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     266            DO ji = ilci+1,nlci-1 
     267               zlocalviscsponge(ji,:) = visc_dyn * (ji - (ilci+1) ) * z1spongearea 
     268            ENDDO 
     269            spe1ur2(ilci+1:nlci-2,:      ) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-2,:) + zlocalviscsponge(ilci+2:nlci-1,:) )   
     270            spe2vr2(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) + zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,2:jpj  )  )  
     271         ENDIF 
     272 
     273         IF( (nbondj == -1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     274            DO jj = 2, ispongearea 
     275               zlocalviscsponge(:,jj) = visc_dyn * ( ispongearea-jj ) * z1spongearea 
     276            ENDDO 
     277            spe1ur2(1:jpim1,2:ispongearea  ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,2:ispongearea) + zlocalviscsponge(2:jpi,2:ispongearea) )  
     278            spe2vr2(:      ,2:ispongearea-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,2:ispongearea-1)     + zlocalviscsponge(:,3:ispongearea)     ) 
     279         ENDIF 
     280 
     281         IF( (nbondj == 1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     282            DO jj = ilcj+1,nlcj-1 
     283               zlocalviscsponge(:,jj) = visc_dyn * (jj - (ilcj+1) ) * z1spongearea 
     284            ENDDO 
     285            spe1ur2(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) + zlocalviscsponge(2:jpi,ilcj+1:nlcj-1) )  
     286            spe2vr2(:      ,ilcj+1:nlcj-2) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,ilcj+1:nlcj-2      ) + zlocalviscsponge(:,ilcj+2:nlcj-1)     ) 
     287         ENDIF 
     288         spongedoneU = .TRUE. 
     289         spbtr3(:,:) = 1. / ( e1f(:,:) * e2f(:,:) ) 
     290      ENDIF 
     291      ! 
     292      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zlocalviscsponge ) 
     293      ! 
     294#endif 
     295 
     296   END SUBROUTINE Agrif_Sponge 
     297 
    326298   SUBROUTINE interptsn(tabres,i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2) 
    327299      !!--------------------------------------------- 
    328300      !!   *** ROUTINE interptsn *** 
    329301      !!--------------------------------------------- 
    330 #  include "domzgr_substitute.h90"        
    331        
    332302      INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2 
    333303      REAL(wp), DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2,n1:n2), INTENT(inout) :: tabres 
     
    341311      !!   *** ROUTINE interpun *** 
    342312      !!--------------------------------------------- 
    343 #  include "domzgr_substitute.h90"        
    344        
    345313      INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2 
    346314      REAL(wp), DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2), INTENT(inout) :: tabres 
     
    354322      !!   *** ROUTINE interpvn *** 
    355323      !!--------------------------------------------- 
    356 #  include "domzgr_substitute.h90"        
    357        
    358324      INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2 
    359325      REAL(wp), DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2), INTENT(inout) :: tabres 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_top_interp.F90

    r3294 r3584  
    2727 
    2828   SUBROUTINE Agrif_trc 
    29       !!--------------------------------------------- 
    30       !!   *** ROUTINE Agrif_trc *** 
    31       !!--------------------------------------------- 
    32        
    33       INTEGER :: ji,jj,jk,jn 
    34       REAL(wp) :: zrhox 
    35       REAL(wp) :: alpha1, alpha2, alpha3, alpha4 
    36       REAL(wp) :: alpha5, alpha6, alpha7 
     29      !!---------------------------------------------------------------------- 
     30      !!                  ***  ROUTINE Agrif_Tra  *** 
     31      !!---------------------------------------------------------------------- 
     32      !! 
     33      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jn   ! dummy loop indices 
     34      REAL(wp) ::   zrhox , alpha1, alpha2, alpha3 
     35      REAL(wp) ::   alpha4, alpha5, alpha6, alpha7 
    3736      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: ztra 
    38             
    39       IF (Agrif_Root()) RETURN 
     37      !!---------------------------------------------------------------------- 
     38      ! 
     39      IF( Agrif_Root() )   RETURN 
    4040 
    4141      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztra ) 
    4242 
    43       Agrif_SpecialValue=0. 
     43      Agrif_SpecialValue    = 0.e0 
    4444      Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
    45       ztra = 0.e0 
     45      ztra(:,:,:,:) = 0.e0 
    4646 
    47       CALL Agrif_Bc_variable(ztra,trn_id, procname = interptrn ) 
     47      CALL Agrif_Bc_variable( ztra, trn_id, procname=interptrn ) 
    4848      Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    4949 
    5050      zrhox = Agrif_Rhox() 
    5151 
    52       alpha1 = (zrhox-1.)/2. 
    53       alpha2 = 1.-alpha1 
     52      alpha1 = ( zrhox - 1. ) * 0.5 
     53      alpha2 = 1. - alpha1 
    5454 
    55       alpha3 = (zrhox-1)/(zrhox+1) 
    56       alpha4 = 1.-alpha3 
     55      alpha3 = ( zrhox - 1. ) / ( zrhox + 1. ) 
     56      alpha4 = 1. - alpha3 
    5757 
    58       alpha6 = 2.*(zrhox-1.)/(zrhox+1.) 
    59       alpha7 = -(zrhox-1)/(zrhox+3) 
     58      alpha6 = 2. * ( zrhox - 1. ) / ( zrhox + 1. ) 
     59      alpha7 =    - ( zrhox - 1. ) / ( zrhox + 3. ) 
    6060      alpha5 = 1. - alpha6 - alpha7 
     61      IF( nbondi == 1 .OR. nbondi == 2 ) THEN 
    6162 
    62       IF ((nbondi == 1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    63          tra(nlci,:,:,:) = alpha1 * ztra(nlci,:,:,:) + alpha2 * ztra(nlci-1,:,:,:) 
    64          DO jn=1,jptra  
    65             DO jk=1,jpk       
    66                DO jj=1,jpj 
    67                   IF (umask(nlci-2,jj,jk).EQ.0.) THEN 
     63         DO jn = 1, jptra 
     64            tra(nlci,:,:,jn) = alpha1 * ztra(nlci,:,:,jn) + alpha2 * ztra(nlci-1,:,:,jn) 
     65            DO jk = 1, jpkm1 
     66               DO jj = 1, jpj 
     67                  IF( umask(nlci-2,jj,jk) == 0.e0 ) THEN 
    6868                     tra(nlci-1,jj,jk,jn) = tra(nlci,jj,jk,jn) * tmask(nlci-1,jj,jk) 
    6969                  ELSE 
    7070                     tra(nlci-1,jj,jk,jn)=(alpha4*tra(nlci,jj,jk,jn)+alpha3*tra(nlci-2,jj,jk,jn))*tmask(nlci-1,jj,jk) 
    71                      IF (un(nlci-2,jj,jk).GT.0.) THEN 
    72                         tra(nlci-1,jj,jk,jn)=(alpha6*tra(nlci-2,jj,jk,jn)+alpha5*tra(nlci,jj,jk,jn) & 
    73                            +alpha7*tra(nlci-3,jj,jk,jn))*tmask(nlci-1,jj,jk) 
     71                     IF( un(nlci-2,jj,jk) > 0.e0 ) THEN 
     72                        tra(nlci-1,jj,jk,jn)=( alpha6*tra(nlci-2,jj,jk,jn)+alpha5*tra(nlci,jj,jk,jn)  & 
     73                           &                 + alpha7*tra(nlci-3,jj,jk,jn) ) * tmask(nlci-1,jj,jk) 
     74                     ENDIF 
     75                  ENDIF 
     76               END DO 
     77            END DO 
     78         ENDDO 
     79      ENDIF 
     80 
     81      IF( nbondj == 1 .OR. nbondj == 2 ) THEN 
     82 
     83         DO jn = 1, jptra 
     84            tra(:,nlcj,:,jn) = alpha1 * ztra(:,nlcj,:,jn) + alpha2 * ztra(:,nlcj-1,:,jn) 
     85            DO jk = 1, jpkm1 
     86               DO ji = 1, jpi 
     87                  IF( vmask(ji,nlcj-2,jk) == 0.e0 ) THEN 
     88                     tra(ji,nlcj-1,jk,jn) = tra(ji,nlcj,jk,jn) * tmask(ji,nlcj-1,jk) 
     89                  ELSE 
     90                     tra(ji,nlcj-1,jk,jn)=(alpha4*tra(ji,nlcj,jk,jn)+alpha3*tra(ji,nlcj-2,jk,jn))*tmask(ji,nlcj-1,jk) 
     91                     IF (vn(ji,nlcj-2,jk) > 0.e0 ) THEN 
     92                        tra(ji,nlcj-1,jk,jn)=( alpha6*tra(ji,nlcj-2,jk,jn)+alpha5*tra(ji,nlcj,jk,jn)  & 
     93                           &                 + alpha7*tra(ji,nlcj-3,jk,jn) ) * tmask(ji,nlcj-1,jk) 
     94                     ENDIF 
     95                  ENDIF 
     96               END DO 
     97            END DO 
     98         ENDDO 
     99      ENDIF 
     100      IF( nbondi == -1 .OR. nbondi == 2 ) THEN 
     101         DO jn = 1, jptra 
     102            tra(1,:,:,jn) = alpha1 * ztra(1,:,:,jn) + alpha2 * ztra(2,:,:,jn) 
     103            DO jk = 1, jpkm1 
     104               DO jj = 1, jpj 
     105                  IF( umask(2,jj,jk) == 0.e0 ) THEN 
     106                     tra(2,jj,jk,jn) = tra(1,jj,jk,jn) * tmask(2,jj,jk) 
     107                  ELSE 
     108                     tra(2,jj,jk,jn)=(alpha4*tra(1,jj,jk,jn)+alpha3*tra(3,jj,jk,jn))*tmask(2,jj,jk) 
     109                     IF( un(2,jj,jk) < 0.e0 ) THEN 
     110                        tra(2,jj,jk,jn)=(alpha6*tra(3,jj,jk,jn)+alpha5*tra(1,jj,jk,jn)+alpha7*tra(4,jj,jk,jn))*tmask(2,jj,jk) 
    74111                     ENDIF 
    75112                  ENDIF 
     
    79116      ENDIF 
    80117 
    81       IF ((nbondj == 1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    82          tra(:,nlcj,:,:) = alpha1 * ztra(:,nlcj,:,:) + alpha2 * ztra(:,nlcj-1,:,:) 
    83          DO jn=1, jptra             
    84             DO jk=1,jpk       
     118      IF( nbondj == -1 .OR. nbondj == 2 ) THEN 
     119         DO jn = 1, jptra 
     120            tra(:,1,:,jn) = alpha1 * ztra(:,1,:,jn) + alpha2 * ztra(:,2,:,jn) 
     121            DO jk=1,jpk 
    85122               DO ji=1,jpi 
    86                   IF (vmask(ji,nlcj-2,jk).EQ.0.) THEN 
    87                      tra(ji,nlcj-1,jk,jn) = tra(ji,nlcj,jk,jn) * tmask(ji,nlcj-1,jk) 
     123                  IF( vmask(ji,2,jk) == 0.e0 ) THEN 
     124                     tra(ji,2,jk,jn)=tra(ji,1,jk,jn) * tmask(ji,2,jk) 
    88125                  ELSE 
    89                      tra(ji,nlcj-1,jk,jn)=(alpha4*tra(ji,nlcj,jk,jn)+alpha3*tra(ji,nlcj-2,jk,jn))*tmask(ji,nlcj-1,jk)         
    90                      IF (vn(ji,nlcj-2,jk) .GT. 0.) THEN 
    91                         tra(ji,nlcj-1,jk,jn)=(alpha6*tra(ji,nlcj-2,jk,jn)+alpha5*tra(ji,nlcj,jk,jn) & 
    92                            +alpha7*tra(ji,nlcj-3,jk,jn))*tmask(ji,nlcj-1,jk) 
     126                     tra(ji,2,jk,jn)=(alpha4*tra(ji,1,jk,jn)+alpha3*tra(ji,3,jk,jn))*tmask(ji,2,jk) 
     127                     IF( vn(ji,2,jk) < 0.e0 ) THEN 
     128                        tra(ji,2,jk,jn)=(alpha6*tra(ji,3,jk,jn)+alpha5*tra(ji,1,jk,jn)+alpha7*tra(ji,4,jk,jn))*tmask(ji,2,jk) 
    93129                     ENDIF 
    94130                  ENDIF 
    95131               END DO 
    96132            END DO 
    97          END DO 
     133         ENDDO 
    98134      ENDIF 
    99  
    100       IF ((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    101          tra(1,:,:,:) = alpha1 * ztra(1,:,:,:) + alpha2 * ztra(2,:,:,:) 
    102          DO jn=1, jptra 
    103             DO jk=1,jpk       
    104                DO jj=1,jpj 
    105                   IF (umask(2,jj,jk).EQ.0.) THEN 
    106                      tra(2,jj,jk,jn) = tra(1,jj,jk,jn) * tmask(2,jj,jk) 
    107                   ELSE 
    108                      tra(2,jj,jk,jn)=(alpha4*tra(1,jj,jk,jn)+alpha3*tra(3,jj,jk,jn))*tmask(2,jj,jk)         
    109                      IF (un(2,jj,jk).LT.0.) THEN 
    110                         tra(2,jj,jk,jn)=(alpha6*tra(3,jj,jk,jn)+alpha5*tra(1,jj,jk,jn) & 
    111                            +alpha7*tra(4,jj,jk,jn))*tmask(2,jj,jk) 
    112                      ENDIF 
    113                   ENDIF 
    114                END DO 
    115             END DO 
    116          END DO 
    117       ENDIF 
    118  
    119       IF ((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    120          tra(:,1,:,:) = alpha1 * ztra(:,1,:,:) + alpha2 * ztra(:,2,:,:) 
    121          DO jn=1, jptra   
    122             DO jk=1,jpk       
    123                DO ji=1,jpi 
    124                   IF (vmask(ji,2,jk).EQ.0.) THEN 
    125                      tra(ji,2,jk,jn)=tra(ji,1,jk,jn) * tmask(ji,2,jk) 
    126                   ELSE 
    127                      tra(ji,2,jk,jn)=(alpha4*tra(ji,1,jk,jn)+alpha3*tra(ji,3,jk,jn))*tmask(ji,2,jk) 
    128                      IF (vn(ji,2,jk) .LT. 0.) THEN 
    129                         tra(ji,2,jk,jn)=(alpha6*tra(ji,3,jk,jn)+alpha5*tra(ji,1,jk,jn)& 
    130                            +alpha7*tra(ji,4,jk,jn))*tmask(ji,2,jk) 
    131                      ENDIF 
    132                   ENDIF 
    133                END DO 
    134             END DO 
    135          END DO 
    136       ENDIF 
    137  
     135      ! 
    138136      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztra ) 
     137      ! 
    139138 
    140139   END SUBROUTINE Agrif_trc 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_top_sponge.F90

    r3294 r3584  
    88   USE in_out_manager 
    99   USE agrif_oce 
     10   USE agrif_opa_sponge 
    1011   USE trc 
    1112   USE lib_mpp 
     
    1718   PUBLIC Agrif_Sponge_Trc, interptrn 
    1819 
     20  !! * Substitutions 
     21#  include "domzgr_substitute.h90" 
    1922   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2023   !! NEMO/NST 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     
    2932      !!   *** ROUTINE Agrif_Sponge_Trc *** 
    3033      !!--------------------------------------------- 
    31 #include "domzgr_substitute.h90" 
    3234      !!  
    33       INTEGER :: ji,jj,jk,jl 
    34       INTEGER :: spongearea 
     35      INTEGER :: ji,jj,jk,jn 
    3536      REAL(wp) :: timecoeff 
    3637      REAL(wp) :: ztra, zabe1, zabe2, zbtr 
    37       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: localviscsponge 
    38       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: trbdiff, ztru, ztrv, ztab 
     38      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ztru, ztrv 
     39      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: ztabr 
     40      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: trbdiff 
    3941 
    4042#if defined SPONGE_TOP 
    41       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, localviscsponge ) 
    42       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jptra, trbdiff, ztru, ztrv, ztab ) 
     43      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, ztru, ztrv ) 
     44      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztabr, trbdiff ) 
    4345 
    4446      timecoeff = REAL(Agrif_NbStepint(),wp)/Agrif_rhot() 
     
    4648      Agrif_SpecialValue=0. 
    4749      Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
    48       ztab = 0.e0 
    49       CALL Agrif_Bc_Variable(ztab, tra_id,calledweight=timecoeff,procname=interptrn) 
     50      ztabr = 0.e0 
     51      CALL Agrif_Bc_Variable(ztabr, tra_id,calledweight=timecoeff,procname=interptrn) 
    5052      Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    5153 
    52       trbdiff(:,:,:,:) = trb(:,:,:,:) - ztab(:,:,:,:) 
     54      trbdiff(:,:,:,:) = trb(:,:,:,:) - ztabr(:,:,:,:) 
    5355 
    54       spongearea = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
     56      CALL Agrif_sponge 
    5557 
    56       localviscsponge = 0. 
    57        
    58       IF (.NOT. spongedoneT) THEN 
    59          spe1ur(:,:) = 0. 
    60          spe2vr(:,:) = 0. 
     58      DO jn = 1, jptra 
     59         DO jk = 1, jpkm1 
     60            ! 
     61            DO jj = 1, jpjm1 
     62               DO ji = 1, jpim1 
     63                  zabe1 = umask(ji,jj,jk) * spe1ur(ji,jj) * fse3u(ji,jj,jk) 
     64                  zabe2 = vmask(ji,jj,jk) * spe2vr(ji,jj) * fse3v(ji,jj,jk) 
     65                  ztru(ji,jj) = zabe1 * ( trbdiff(ji+1,jj  ,jk,jn) - trbdiff(ji,jj,jk,jn) ) 
     66                  ztrv(ji,jj) = zabe2 * ( trbdiff(ji  ,jj+1,jk,jn) - trbdiff(ji,jj,jk,jn) ) 
     67               ENDDO 
     68            ENDDO 
    6169 
    62       IF ((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    63          DO ji = 2, spongearea 
    64             localviscsponge(ji,:) = visc_tra * (spongearea-ji)/real(spongearea-2) 
     70            DO jj = 2,jpjm1 
     71               DO ji = 2,jpim1 
     72                  zbtr = spbtr2(ji,jj) / fse3t(ji,jj,jk) 
     73                  ! horizontal diffusive trends 
     74                  ztra = zbtr * ( ztru(ji,jj) - ztru(ji-1,jj) + ztrv(ji,jj) - ztrv(ji,jj-1)  ) 
     75                  ! add it to the general tracer trends 
     76                  tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
     77               END DO 
     78            END DO 
     79            ! 
    6580         ENDDO 
    66      
    67     spe1ur(2:spongearea-1,:)=0.5 * (localviscsponge(2:spongearea-1,:) + localviscsponge(3:spongearea,:)) & 
    68           * e2u(2:spongearea-1,:) / e1u(2:spongearea-1,:) 
    69  
    70          spe2vr(2:spongearea,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(2:spongearea,1:jpjm1) + & 
    71              localviscsponge(2:spongearea,2:jpj)) & 
    72            * e1v(2:spongearea,1:jpjm1) / e2v(2:spongearea,1:jpjm1) 
    73       ENDIF 
    74  
    75       IF ((nbondi == 1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
    76          DO ji = nlci-spongearea + 1,nlci-1 
    77             localviscsponge(ji,:) = visc_tra * (ji - (nlci-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    78          ENDDO 
    79      
    80     spe1ur(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:)=0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) + & 
    81            localviscsponge(nlci-spongearea + 2:nlci-1,:)) & 
    82           * e2u(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) / e1u(nlci-spongearea + 1:nlci-2,:) 
    83  
    84          spe2vr(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) & 
    85               + localviscsponge(nlci-spongearea + 1:nlci-1,2:jpj)) & 
    86            * e1v(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) / e2v(nlci-spongearea + 1:nlci-1,1:jpjm1) 
    87       ENDIF 
    88  
    89  
    90       IF ((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    91          DO jj = 2, spongearea 
    92             localviscsponge(:,jj) = visc_tra * (spongearea-jj)/real(spongearea-2) 
    93          ENDDO 
    94      
    95     spe1ur(1:jpim1,2:spongearea)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,2:spongearea) + & 
    96            localviscsponge(2:jpi,2:spongearea)) & 
    97           * e2u(1:jpim1,2:spongearea) / e1u(1:jpim1,2:spongearea) 
    98  
    99          spe2vr(:,2:spongearea-1) = 0.5 * (localviscsponge(:,2:spongearea-1) + & 
    100              localviscsponge(:,3:spongearea)) & 
    101            * e1v(:,2:spongearea-1) / e2v(:,2:spongearea-1) 
    102       ENDIF 
    103  
    104       IF ((nbondj == 1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
    105          DO jj = nlcj-spongearea + 1,nlcj-1 
    106             localviscsponge(:,jj) = visc_tra * (jj - (nlcj-spongearea+1))/real(spongearea-2) 
    107          ENDDO 
    108      
    109     spe1ur(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)=0.5 * (localviscsponge(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) + & 
    110             localviscsponge(2:jpi,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1)) & 
    111           * e2u(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) / e1u(1:jpim1,nlcj-spongearea + 1:nlcj-1) 
    112  
    113          spe2vr(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) = 0.5 * (localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) + & 
    114             localviscsponge(:,nlcj-spongearea + 2:nlcj-1)) & 
    115            * e1v(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) / e2v(:,nlcj-spongearea + 1:nlcj-2) 
    116       ENDIF 
    117        
    118          spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:)) 
    119  
    120          spongedoneT = .TRUE. 
    121       ENDIF 
    122  
    123       DO jl = 1, jptra 
    124       DO jk = 1, jpkm1 
    125          DO jj = 1, jpjm1 
    126             DO ji = 1, jpim1 
    127                zabe1 = umask(ji,jj,jk) * spe1ur(ji,jj) * fse3u(ji,jj,jk) 
    128                zabe2 = vmask(ji,jj,jk) * spe2vr(ji,jj) * fse3v(ji,jj,jk) 
    129                ztru(ji,jj,jk,jl) = zabe1 * ( trbdiff(ji+1,jj  ,jk,jl) - trbdiff(ji,jj,jk,jl) ) 
    130                ztrv(ji,jj,jk,jl) = zabe2 * ( trbdiff(ji  ,jj+1,jk,jl) - trbdiff(ji,jj,jk,jl) ) 
    131             ENDDO 
    132          ENDDO 
    133  
    134          DO jj = 2,jpjm1 
    135             DO ji = 2,jpim1 
    136                zbtr = spbtr2(ji,jj) / fse3t(ji,jj,jk) 
    137                ! horizontal diffusive trends 
    138                ztra = zbtr * (  ztru(ji,jj,jk,jl) - ztru(ji-1,jj,jk,jl)   & 
    139                   &          + ztrv(ji,jj,jk,jl) - ztrv(ji,jj-1,jk,jl)  ) 
    140                ! add it to the general tracer trends 
    141                tra(ji,jj,jk,jl) = (tra(ji,jj,jk,jl) + ztra) 
    142             END DO 
    143          END DO 
    144  
    145       ENDDO 
    14681      ENDDO 
    14782  
    148       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, localviscsponge ) 
    149       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jptra, trbdiff, ztru, ztrv, ztab ) 
     83      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, ztru, ztrv ) 
     84      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jptra, trbdiff, ztabr ) 
    15085 
    15186#endif 
     
    15388   END SUBROUTINE Agrif_Sponge_Trc 
    15489 
    155    SUBROUTINE interptrn(tabres,i1,i2,j1,j2,k1,k2,l1,l2) 
     90   SUBROUTINE interptrn(tabres,i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2) 
    15691      !!--------------------------------------------- 
    15792      !!   *** ROUTINE interptn *** 
    15893      !!--------------------------------------------- 
    159 #  include "domzgr_substitute.h90"        
    160        
    161       INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2,l1,l2 
    162       REAL(wp), DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2,l1:l2), INTENT(inout) :: tabres 
    163  
    164       tabres(i1:i2,j1:j2,k1:k2,l1:l2) = trn(i1:i2,j1:j2,k1:k2,l1:l2) 
     94      INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2 
     95      REAL(wp), DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2,n1:n2), INTENT(inout) :: tabres 
     96      ! 
     97      tabres(i1:i2,j1:j2,k1:k2,n1:n2) = trn(i1:i2,j1:j2,k1:k2,n1:n2) 
    16598 
    16699   END SUBROUTINE interptrn 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_top_update.F90

    r3294 r3584  
    3838 
    3939#if defined TWO_WAY 
    40       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jpts, ztra ) 
     40      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztra ) 
    4141 
    4242      Agrif_UseSpecialValueInUpdate = .TRUE. 
     
    5252      nbcline_trc = nbcline_trc + 1 
    5353 
    54       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jpts, ztra ) 
     54      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztra ) 
    5555#endif 
    5656 
    5757   END SUBROUTINE Agrif_Update_Trc 
    5858 
    59    SUBROUTINE updateTRC(tabres,i1,i2,j1,j2,k1,k2,l1,l2,before) 
     59   SUBROUTINE updateTRC(tabres,i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2,before) 
    6060      !!--------------------------------------------- 
    6161      !!   *** ROUTINE UpdateTrc *** 
    6262      !!--------------------------------------------- 
    63 #  include "domzgr_substitute.h90" 
    64  
    65       INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2,l1,l2 
    66       REAL, DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2,l1:l2), INTENT(inout) :: tabres 
     63      INTEGER, INTENT(in) :: i1,i2,j1,j2,k1,k2,n1,n2 
     64      REAL, DIMENSION(i1:i2,j1:j2,k1:k2,n1:n2), INTENT(inout) :: tabres 
    6765      LOGICAL, INTENT(in) :: before 
    6866    
    69       INTEGER :: ji,jj,jk,jl 
     67      INTEGER :: ji,jj,jk,jn 
    7068 
    71          IF (before) THEN 
    72             DO jl=l1,l2 
    73                DO jk=k1,k2 
    74                   DO jj=j1,j2 
    75                      DO ji=i1,i2 
    76                         tabres(ji,jj,jk,jl) = trn(ji,jj,jk,jl) 
     69         IF( before ) THEN 
     70            DO jn = n1, n2 
     71               DO jk = k1, k2 
     72                  DO jj = j1, j2 
     73                     DO ji = i1, i2 
     74                        tabres(ji,jj,jk,jn) = trn(ji,jj,jk,jn) 
    7775                     ENDDO 
    7876                  ENDDO 
     
    8078            ENDDO 
    8179         ELSE 
    82             DO jl=l1,l2 
    83                DO jk=k1,k2 
    84                   DO jj=j1,j2 
    85                      DO ji=i1,i2 
    86                         IF (tabres(ji,jj,jk,jl).NE.0.) THEN 
    87                            trn(ji,jj,jk,jl) = tabres(ji,jj,jk,jl) * tmask(ji,jj,jk) 
     80            DO jn = n1, n2 
     81               DO jk = k1, k2 
     82                  DO jj = j1, j2 
     83                     DO ji = i1, i2 
     84                        IF( tabres(ji,jj,jk,jn) .NE. 0. ) THEN 
     85                           trn(ji,jj,jk,jn) = tabres(ji,jj,jk,jn) * tmask(ji,jj,jk) 
    8886                        ENDIF 
    8987                     ENDDO 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_user.F90

    r3294 r3584  
    11#if defined key_agrif 
    2    !!---------------------------------------------------------------------- 
    3    !! NEMO/NST 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    4    !! $Id$ 
    5    !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    6    !!---------------------------------------------------------------------- 
    7    SUBROUTINE agrif_before_regridding 
    8    END SUBROUTINE 
    9  
    10    SUBROUTINE Agrif_InitWorkspace 
    11       !!---------------------------------------------------------------------- 
    12       !!                 *** ROUTINE Agrif_InitWorkspace *** 
    13       !!---------------------------------------------------------------------- 
    14       USE par_oce 
    15       USE dom_oce 
    16       USE Agrif_Util 
    17       USE nemogcm 
    18       ! 
    19       IMPLICIT NONE 
    20       !!---------------------------------------------------------------------- 
    21       ! 
    22       IF( .NOT. Agrif_Root() ) THEN 
    23          jpni = Agrif_Parent(jpni) 
    24          jpnj = Agrif_Parent(jpnj) 
    25          jpnij = Agrif_Parent(jpnij) 
    26          jpiglo  = nbcellsx + 2 + 2*nbghostcells 
    27          jpjglo  = nbcellsy + 2 + 2*nbghostcells 
    28          jpi     = ( jpiglo-2*jpreci + (jpni-1+0) ) / jpni + 2*jpreci 
    29          jpj     = ( jpjglo-2*jprecj + (jpnj-1+0) ) / jpnj + 2*jprecj 
    30          jpk     = jpkdta 
    31          jpim1   = jpi-1 
    32          jpjm1   = jpj-1 
    33          jpkm1   = jpk-1                                         
    34          jpij    = jpi*jpj 
    35          jpidta  = jpiglo 
    36          jpjdta  = jpjglo 
    37          jpizoom = 1 
    38          jpjzoom = 1 
    39          nperio  = 0 
    40          jperio  = 0 
    41       ENDIF 
    42       ! 
    43    END SUBROUTINE Agrif_InitWorkspace 
    44  
    45  
    46    SUBROUTINE Agrif_InitValues 
    47       !!---------------------------------------------------------------------- 
    48       !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues *** 
    49       !! 
    50       !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
    51       !!---------------------------------------------------------------------- 
    52       USE Agrif_Util 
    53       USE oce  
    54       USE dom_oce 
    55       USE nemogcm 
    56       USE tradmp 
    57       USE obc_par 
    58       USE bdy_par 
    59  
    60       IMPLICIT NONE 
    61       !!---------------------------------------------------------------------- 
    62  
    63       ! 0. Initializations 
    64       !------------------- 
     2!!---------------------------------------------------------------------- 
     3!! NEMO/NST 3.4 , NEMO Consortium (2012) 
     4!! $Id$ 
     5!! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     6!!---------------------------------------------------------------------- 
     7SUBROUTINE agrif_user 
     8END SUBROUTINE agrif_user 
     9 
     10SUBROUTINE agrif_before_regridding 
     11END SUBROUTINE agrif_before_regridding 
     12 
     13SUBROUTINE Agrif_InitWorkspace 
     14   !!---------------------------------------------------------------------- 
     15   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitWorkspace *** 
     16   !!---------------------------------------------------------------------- 
     17   USE par_oce 
     18   USE dom_oce 
     19   USE Agrif_Util 
     20   USE nemogcm 
     21   ! 
     22   IMPLICIT NONE 
     23   !!---------------------------------------------------------------------- 
     24   ! 
     25   IF( .NOT. Agrif_Root() ) THEN 
     26      jpni = Agrif_Parent(jpni) 
     27      jpnj = Agrif_Parent(jpnj) 
     28      jpnij = Agrif_Parent(jpnij) 
     29      jpiglo  = nbcellsx + 2 + 2*nbghostcells 
     30      jpjglo  = nbcellsy + 2 + 2*nbghostcells 
     31      jpi     = ( jpiglo-2*jpreci + (jpni-1+0) ) / jpni + 2*jpreci 
     32      jpj     = ( jpjglo-2*jprecj + (jpnj-1+0) ) / jpnj + 2*jprecj 
     33      jpk     = jpkdta 
     34      jpim1   = jpi-1 
     35      jpjm1   = jpj-1 
     36      jpkm1   = jpk-1                                         
     37      jpij    = jpi*jpj 
     38      jpidta  = jpiglo 
     39      jpjdta  = jpjglo 
     40      jpizoom = 1 
     41      jpjzoom = 1 
     42      nperio  = 0 
     43      jperio  = 0 
     44   ENDIF 
     45   ! 
     46END SUBROUTINE Agrif_InitWorkspace 
     47 
     48 
     49SUBROUTINE Agrif_InitValues 
     50   !!---------------------------------------------------------------------- 
     51   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues *** 
     52   !! 
     53   !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
     54   !!---------------------------------------------------------------------- 
     55   USE Agrif_Util 
     56   USE oce  
     57   USE dom_oce 
     58   USE nemogcm 
     59   USE tradmp 
     60   USE obc_par 
     61   USE bdy_par 
     62 
     63   IMPLICIT NONE 
     64   !!---------------------------------------------------------------------- 
     65 
     66   ! 0. Initializations 
     67   !------------------- 
    6568#if defined key_orca_r025 || defined key_orca_r05 || defined key_orca_r2 || defined key_orca_r4 
    66       jp_cfg = -1    ! set special value for jp_cfg on fine grids 
    67       cp_cfg = "default" 
     69   jp_cfg = -1    ! set special value for jp_cfg on fine grids 
     70   cp_cfg = "default" 
    6871#endif 
    6972 
    70       ! Specific fine grid Initializations 
    71       ! no tracer damping on fine grids 
    72       ln_tradmp = .FALSE. 
    73       ! no open boundary on fine grids 
    74       lk_obc = .FALSE. 
    75       lk_bdy = .FALSE. 
    76  
    77       CALL nemo_init  ! Initializations of each fine grid 
    78       CALL agrif_nemo_init 
     73   ! Specific fine grid Initializations 
     74   ! no tracer damping on fine grids 
     75   ln_tradmp = .FALSE. 
     76   ! no open boundary on fine grids 
     77   lk_obc = .FALSE. 
     78   lk_bdy = .FALSE. 
     79 
     80   CALL nemo_init  ! Initializations of each fine grid 
     81   CALL agrif_nemo_init 
     82   CALL Agrif_InitValues_cont_dom 
    7983# if ! defined key_offline 
    80       CALL Agrif_InitValues_cont 
     84   CALL Agrif_InitValues_cont 
    8185# endif        
    8286# if defined key_top 
    83       CALL Agrif_InitValues_cont_top 
     87   CALL Agrif_InitValues_cont_top 
    8488# endif       
    85    END SUBROUTINE Agrif_initvalues 
     89END SUBROUTINE Agrif_initvalues 
     90 
     91 
     92SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_dom 
     93   !!---------------------------------------------------------------------- 
     94   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont *** 
     95   !! 
     96   !! ** Purpose ::   Declaration of variables to be interpolated 
     97   !!---------------------------------------------------------------------- 
     98   USE Agrif_Util 
     99   USE oce  
     100   USE dom_oce 
     101   USE nemogcm 
     102   USE sol_oce 
     103   USE in_out_manager 
     104   USE agrif_opa_update 
     105   USE agrif_opa_interp 
     106   USE agrif_opa_sponge 
     107   ! 
     108   IMPLICIT NONE 
     109   ! 
     110   !!---------------------------------------------------------------------- 
     111 
     112   ! Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     113   !--------------------------------------------------------------------- 
     114   CALL agrif_declare_var_dom 
     115   ! 
     116END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_dom 
     117 
     118 
     119SUBROUTINE agrif_declare_var_dom 
     120   !!---------------------------------------------------------------------- 
     121   !!                 *** ROUTINE agrif_declarE_var *** 
     122   !! 
     123   !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
     124   !!---------------------------------------------------------------------- 
     125   USE agrif_util 
     126   USE par_oce       !   ONLY : jpts 
     127   USE oce 
     128   IMPLICIT NONE 
     129   !!---------------------------------------------------------------------- 
     130 
     131   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     132   !--------------------------------------------------------------------- 
     133   CALL agrif_declare_variable((/1,2/),(/2,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e1u_id) 
     134   CALL agrif_declare_variable((/2,1/),(/3,2/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e2v_id) 
     135 
     136 
     137   ! 2. Type of interpolation 
     138   !------------------------- 
     139   Call Agrif_Set_bcinterp(e1u_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
     140   Call Agrif_Set_bcinterp(e2v_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
     141 
     142   ! 3. Location of interpolation 
     143   !----------------------------- 
     144   Call Agrif_Set_bc(e1u_id,(/0,0/)) 
     145   Call Agrif_Set_bc(e2v_id,(/0,0/)) 
     146 
     147   ! 5. Update type 
     148   !---------------  
     149   Call Agrif_Set_Updatetype(e1u_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2=Agrif_Update_Average) 
     150   Call Agrif_Set_Updatetype(e2v_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2=Agrif_Update_Copy) 
     151 
     152END SUBROUTINE agrif_declare_var_dom 
     153 
    86154 
    87155# if ! defined key_offline 
    88156 
    89    SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont 
    90       !!---------------------------------------------------------------------- 
    91       !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont *** 
    92       !! 
    93       !! ** Purpose ::   Declaration of variables to be interpolated 
    94       !!---------------------------------------------------------------------- 
    95       USE Agrif_Util 
    96       USE oce  
    97       USE dom_oce 
    98       USE nemogcm 
    99       USE sol_oce 
    100       USE in_out_manager 
    101       USE agrif_opa_update 
    102       USE agrif_opa_interp 
    103       USE agrif_opa_sponge 
    104       ! 
    105       IMPLICIT NONE 
    106       ! 
    107       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tabtstemp 
    108       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:  ), ALLOCATABLE :: tabuvtemp 
    109       LOGICAL :: check_namelist 
    110       !!---------------------------------------------------------------------- 
    111  
    112       ALLOCATE( tabtstemp(jpi, jpj, jpk, jpts) ) 
    113       ALLOCATE( tabuvtemp(jpi, jpj, jpk)       ) 
    114  
    115  
    116       ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
    117       !--------------------------------------------------------------------- 
    118       CALL agrif_declare_var 
    119  
    120       ! 2. First interpolations of potentially non zero fields 
    121       !------------------------------------------------------- 
    122       Agrif_SpecialValue=0. 
    123       Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
    124       Call Agrif_Bc_variable(tabtstemp,tsn_id,calledweight=1.,procname=interptsn) 
    125       Call Agrif_Bc_variable(tabtstemp,tsa_id,calledweight=1.,procname=interptsn) 
    126  
    127       Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,un_id,calledweight=1.,procname=interpu) 
    128       Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,vn_id,calledweight=1.,procname=interpv) 
    129       Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,ua_id,calledweight=1.,procname=interpun) 
    130       Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,va_id,calledweight=1.,procname=interpvn) 
    131       Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    132  
    133       ! 3. Some controls 
    134       !----------------- 
    135       check_namelist = .true. 
    136              
    137       IF( check_namelist ) THEN 
    138       
    139          ! Check time steps            
    140          IF( NINT(Agrif_Rhot()) * nint(rdt) /= Agrif_Parent(rdt) ) THEN 
    141             WRITE(*,*) 'incompatible time step between grids' 
    142             WRITE(*,*) 'parent grid value : ',Agrif_Parent(rdt) 
    143             WRITE(*,*) 'child  grid value : ',nint(rdt) 
    144             WRITE(*,*) 'value on parent grid should be : ',rdt*Agrif_Rhot() 
     157SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont 
     158   !!---------------------------------------------------------------------- 
     159   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont *** 
     160   !! 
     161   !! ** Purpose ::   Declaration of variables to be interpolated 
     162   !!---------------------------------------------------------------------- 
     163   USE Agrif_Util 
     164   USE oce  
     165   USE dom_oce 
     166   USE nemogcm 
     167   USE sol_oce 
     168   USE in_out_manager 
     169   USE agrif_opa_update 
     170   USE agrif_opa_interp 
     171   USE agrif_opa_sponge 
     172   ! 
     173   IMPLICIT NONE 
     174   ! 
     175   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tabtstemp 
     176   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:  ), ALLOCATABLE :: tabuvtemp 
     177   LOGICAL :: check_namelist 
     178   !!---------------------------------------------------------------------- 
     179 
     180   ALLOCATE( tabtstemp(jpi, jpj, jpk, jpts) ) 
     181   ALLOCATE( tabuvtemp(jpi, jpj, jpk)       ) 
     182 
     183 
     184   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     185   !--------------------------------------------------------------------- 
     186   CALL agrif_declare_var 
     187 
     188   ! 2. First interpolations of potentially non zero fields 
     189   !------------------------------------------------------- 
     190   Agrif_SpecialValue=0. 
     191   Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
     192   Call Agrif_Bc_variable(tabtstemp,tsn_id,calledweight=1.,procname=interptsn) 
     193   Call Agrif_Bc_variable(tabtstemp,tsa_id,calledweight=1.,procname=interptsn) 
     194 
     195   Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,un_id,calledweight=1.,procname=interpu) 
     196   Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,vn_id,calledweight=1.,procname=interpv) 
     197   Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,ua_id,calledweight=1.,procname=interpun) 
     198   Call Agrif_Bc_variable(tabuvtemp,va_id,calledweight=1.,procname=interpvn) 
     199   Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
     200 
     201   ! 3. Some controls 
     202   !----------------- 
     203   check_namelist = .true. 
     204 
     205   IF( check_namelist ) THEN 
     206 
     207      ! Check time steps            
     208      IF( NINT(Agrif_Rhot()) * nint(rdt) /= Agrif_Parent(rdt) ) THEN 
     209         WRITE(*,*) 'incompatible time step between grids' 
     210         WRITE(*,*) 'parent grid value : ',Agrif_Parent(rdt) 
     211         WRITE(*,*) 'child  grid value : ',nint(rdt) 
     212         WRITE(*,*) 'value on parent grid should be : ',rdt*Agrif_Rhot() 
     213         STOP 
     214      ENDIF 
     215 
     216      ! Check run length 
     217      IF( Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
     218           Agrif_Parent(nit000)+1) .ne. (nitend-nit000+1) ) THEN 
     219         WRITE(*,*) 'incompatible run length between grids' 
     220         WRITE(*,*) 'parent grid value : ',(Agrif_Parent(nitend)- & 
     221              Agrif_Parent(nit000)+1),' time step' 
     222         WRITE(*,*) 'child  grid value : ', & 
     223              (nitend-nit000+1),' time step' 
     224         WRITE(*,*) 'value on child grid should be : ', & 
     225              Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
     226              Agrif_Parent(nit000)+1) 
     227         STOP 
     228      ENDIF 
     229 
     230      ! Check coordinates 
     231      IF( ln_zps ) THEN 
     232         ! check parameters for partial steps  
     233         IF( Agrif_Parent(e3zps_min) .ne. e3zps_min ) THEN 
     234            WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_min between grids' 
     235            WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_min) 
     236            WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_min 
     237            WRITE(*,*) 'those values should be identical' 
    145238            STOP 
    146239         ENDIF 
    147           
    148          ! Check run length 
    149          IF( Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
    150             Agrif_Parent(nit000)+1) .ne. (nitend-nit000+1) ) THEN 
    151             WRITE(*,*) 'incompatible run length between grids' 
    152             WRITE(*,*) 'parent grid value : ',(Agrif_Parent(nitend)- & 
    153                Agrif_Parent(nit000)+1),' time step' 
    154             WRITE(*,*) 'child  grid value : ', & 
    155                (nitend-nit000+1),' time step' 
    156             WRITE(*,*) 'value on child grid should be : ', & 
    157                Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
    158                Agrif_Parent(nit000)+1) 
     240         IF( Agrif_Parent(e3zps_rat) /= e3zps_rat ) THEN 
     241            WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_rat between grids' 
     242            WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_rat) 
     243            WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_rat 
     244            WRITE(*,*) 'those values should be identical'                   
    159245            STOP 
    160246         ENDIF 
    161           
    162          ! Check coordinates 
    163          IF( ln_zps ) THEN 
    164             ! check parameters for partial steps  
    165             IF( Agrif_Parent(e3zps_min) .ne. e3zps_min ) THEN 
    166                WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_min between grids' 
    167                WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_min) 
    168                WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_min 
    169                WRITE(*,*) 'those values should be identical' 
    170                STOP 
    171             ENDIF           
    172             IF( Agrif_Parent(e3zps_rat) /= e3zps_rat ) THEN 
    173                WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_rat between grids' 
    174                WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_rat) 
    175                WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_rat 
    176                WRITE(*,*) 'those values should be identical'                   
    177                STOP 
    178             ENDIF 
     247      ENDIF 
     248   ENDIF 
     249 
     250   CALL Agrif_Update_tra(0) 
     251   CALL Agrif_Update_dyn(0) 
     252 
     253   nbcline = 0 
     254   ! 
     255   DEALLOCATE(tabtstemp) 
     256   DEALLOCATE(tabuvtemp) 
     257   ! 
     258END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont 
     259 
     260 
     261SUBROUTINE agrif_declare_var 
     262   !!---------------------------------------------------------------------- 
     263   !!                 *** ROUTINE agrif_declarE_var *** 
     264   !! 
     265   !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
     266   !!---------------------------------------------------------------------- 
     267   USE agrif_util 
     268   USE par_oce       !   ONLY : jpts 
     269   USE oce 
     270   IMPLICIT NONE 
     271   !!---------------------------------------------------------------------- 
     272 
     273   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     274   !--------------------------------------------------------------------- 
     275   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsn_id) 
     276   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsa_id) 
     277   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsb_id) 
     278 
     279   CALL agrif_declare_variable((/1,2,0/),(/2,3,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),un_id) 
     280   CALL agrif_declare_variable((/2,1,0/),(/3,2,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),vn_id) 
     281   CALL agrif_declare_variable((/1,2,0/),(/2,3,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),ua_id) 
     282   CALL agrif_declare_variable((/2,1,0/),(/3,2,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),va_id) 
     283 
     284   CALL agrif_declare_variable((/2,2/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),sshn_id) 
     285   CALL agrif_declare_variable((/2,2/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),gcb_id) 
     286 
     287   ! 2. Type of interpolation 
     288   !------------------------- 
     289   CALL Agrif_Set_bcinterp(tsn_id,interp=AGRIF_linear) 
     290   CALL Agrif_Set_bcinterp(tsa_id,interp=AGRIF_linear) 
     291 
     292   Call Agrif_Set_bcinterp(un_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
     293   Call Agrif_Set_bcinterp(vn_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
     294 
     295   Call Agrif_Set_bcinterp(ua_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
     296   Call Agrif_Set_bcinterp(va_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
     297 
     298   ! 3. Location of interpolation 
     299   !----------------------------- 
     300   Call Agrif_Set_bc(un_id,(/0,1/)) 
     301   Call Agrif_Set_bc(vn_id,(/0,1/)) 
     302 
     303   Call Agrif_Set_bc(tsn_id,(/0,1/)) 
     304   Call Agrif_Set_bc(tsa_id,(/-3*Agrif_irhox(),0/)) 
     305 
     306   Call Agrif_Set_bc(ua_id,(/-2*Agrif_irhox(),0/)) 
     307   Call Agrif_Set_bc(va_id,(/-2*Agrif_irhox(),0/)) 
     308 
     309   ! 5. Update type 
     310   !---------------  
     311   Call Agrif_Set_Updatetype(tsn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
     312   Call Agrif_Set_Updatetype(tsb_id, update = AGRIF_Update_Average) 
     313 
     314   Call Agrif_Set_Updatetype(sshn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
     315   Call Agrif_Set_Updatetype(gcb_id,update = AGRIF_Update_Average) 
     316 
     317   Call Agrif_Set_Updatetype(un_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2 = Agrif_Update_Average) 
     318   Call Agrif_Set_Updatetype(vn_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2 = Agrif_Update_Copy) 
     319 
     320END SUBROUTINE agrif_declare_var 
     321# endif 
     322 
     323#  if defined key_lim2 
     324SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_lim2 
     325   !!---------------------------------------------------------------------- 
     326   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont_lim2 *** 
     327   !! 
     328   !! ** Purpose :: Initialisation of variables to be interpolated for LIM2 
     329   !!---------------------------------------------------------------------- 
     330   USE Agrif_Util 
     331   USE ice_2 
     332   USE agrif_ice 
     333   USE in_out_manager 
     334   USE agrif_lim2_update 
     335   USE agrif_lim2_interp 
     336   USE lib_mpp 
     337   ! 
     338   IMPLICIT NONE 
     339   ! 
     340   REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE :: zvel 
     341   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: zadv 
     342   !!---------------------------------------------------------------------- 
     343 
     344   ALLOCATE( zvel(jpi,jpj), zadv(jpi,jpj,7)) 
     345 
     346   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     347   !--------------------------------------------------------------------- 
     348   CALL agrif_declare_var_lim2 
     349 
     350   ! 2. First interpolations of potentially non zero fields 
     351   !------------------------------------------------------- 
     352   Agrif_SpecialValue=-9999. 
     353   Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
     354   !     Call Agrif_Bc_variable(zadv ,adv_ice_id ,calledweight=1.,procname=interp_adv_ice ) 
     355   !     Call Agrif_Bc_variable(zvel ,u_ice_id   ,calledweight=1.,procname=interp_u_ice   ) 
     356   !     Call Agrif_Bc_variable(zvel ,v_ice_id   ,calledweight=1.,procname=interp_v_ice   ) 
     357   Agrif_SpecialValue=0. 
     358   Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
     359 
     360   ! 3. Some controls 
     361   !----------------- 
     362 
     363#   if ! defined key_lim2_vp 
     364   lim_nbstep = 1. 
     365   CALL agrif_rhg_lim2_load 
     366   CALL agrif_trp_lim2_load 
     367   lim_nbstep = 0. 
     368#   endif 
     369   !RB mandatory but why ??? 
     370   !      IF( nbclineupdate /= nn_fsbc .AND. nn_ice == 2 )THEN 
     371   !         CALL ctl_warn ('With ice model on child grid, nbclineupdate is set to nn_fsbc') 
     372   !         nbclineupdate = nn_fsbc 
     373   !       ENDIF 
     374   CALL Agrif_Update_lim2(0) 
     375   ! 
     376   DEALLOCATE( zvel, zadv ) 
     377   ! 
     378END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_lim2 
     379 
     380SUBROUTINE agrif_declare_var_lim2 
     381   !!---------------------------------------------------------------------- 
     382   !!                 *** ROUTINE agrif_declare_var_lim2 *** 
     383   !! 
     384   !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated for LIM2 
     385   !!---------------------------------------------------------------------- 
     386   USE agrif_util 
     387   USE ice_2 
     388 
     389   IMPLICIT NONE 
     390   !!---------------------------------------------------------------------- 
     391 
     392   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     393   !--------------------------------------------------------------------- 
     394   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0/),(/3,3,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj, 7/),adv_ice_id ) 
     395#   if defined key_lim2_vp 
     396   CALL agrif_declare_variable((/1,1/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),u_ice_id) 
     397   CALL agrif_declare_variable((/1,1/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),v_ice_id) 
     398#   else 
     399   CALL agrif_declare_variable((/1,2/),(/2,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),u_ice_id) 
     400   CALL agrif_declare_variable((/2,1/),(/3,2/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),v_ice_id) 
     401#   endif 
     402 
     403   ! 2. Type of interpolation 
     404   !------------------------- 
     405   CALL Agrif_Set_bcinterp(adv_ice_id ,interp=AGRIF_linear) 
     406   Call Agrif_Set_bcinterp(u_ice_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
     407   Call Agrif_Set_bcinterp(v_ice_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
     408 
     409   ! 3. Location of interpolation 
     410   !----------------------------- 
     411   Call Agrif_Set_bc(adv_ice_id ,(/0,1/)) 
     412   Call Agrif_Set_bc(u_ice_id,(/0,1/)) 
     413   Call Agrif_Set_bc(v_ice_id,(/0,1/)) 
     414 
     415   ! 5. Update type 
     416   !--------------- 
     417   Call Agrif_Set_Updatetype(adv_ice_id , update = AGRIF_Update_Average) 
     418   Call Agrif_Set_Updatetype(u_ice_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2 = Agrif_Update_Average) 
     419   Call Agrif_Set_Updatetype(v_ice_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2 = Agrif_Update_Copy) 
     420 
     421END SUBROUTINE agrif_declare_var_lim2 
     422#  endif 
     423 
     424 
     425# if defined key_top 
     426SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_top 
     427   !!---------------------------------------------------------------------- 
     428   !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont_top *** 
     429   !! 
     430   !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
     431   !!---------------------------------------------------------------------- 
     432   USE Agrif_Util 
     433   USE oce  
     434   USE dom_oce 
     435   USE nemogcm 
     436   USE par_trc 
     437   USE trc 
     438   USE in_out_manager 
     439   USE agrif_top_update 
     440   USE agrif_top_interp 
     441   USE agrif_top_sponge 
     442   ! 
     443   IMPLICIT NONE 
     444   ! 
     445   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tabtrtemp 
     446   LOGICAL :: check_namelist 
     447   !!---------------------------------------------------------------------- 
     448 
     449   ALLOCATE( tabtrtemp(jpi,jpj,jpk,jptra) ) 
     450 
     451 
     452   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     453   !--------------------------------------------------------------------- 
     454   CALL agrif_declare_var_top 
     455 
     456   ! 2. First interpolations of potentially non zero fields 
     457   !------------------------------------------------------- 
     458   Agrif_SpecialValue=0. 
     459   Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
     460   Call Agrif_Bc_variable(tabtrtemp,trn_id,calledweight=1.,procname=interptrn) 
     461   Call Agrif_Bc_variable(tabtrtemp,tra_id,calledweight=1.,procname=interptrn) 
     462   Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
     463 
     464   ! 3. Some controls 
     465   !----------------- 
     466   check_namelist = .true. 
     467 
     468   IF( check_namelist ) THEN 
     469#  if defined offline      
     470      ! Check time steps 
     471      IF( nint(Agrif_Rhot()) * nint(rdt) .ne. Agrif_Parent(rdt) ) THEN 
     472         WRITE(*,*) 'incompatible time step between grids' 
     473         WRITE(*,*) 'parent grid value : ',Agrif_Parent(rdt) 
     474         WRITE(*,*) 'child  grid value : ',nint(rdt) 
     475         WRITE(*,*) 'value on parent grid should be : ',rdt*Agrif_Rhot() 
     476         STOP 
     477      ENDIF 
     478 
     479      ! Check run length 
     480      IF( Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
     481           Agrif_Parent(nit000)+1) .ne. (nitend-nit000+1) ) THEN 
     482         WRITE(*,*) 'incompatible run length between grids' 
     483         WRITE(*,*) 'parent grid value : ',(Agrif_Parent(nitend)- & 
     484              Agrif_Parent(nit000)+1),' time step' 
     485         WRITE(*,*) 'child  grid value : ', & 
     486              (nitend-nit000+1),' time step' 
     487         WRITE(*,*) 'value on child grid should be : ', & 
     488              Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
     489              Agrif_Parent(nit000)+1) 
     490         STOP 
     491      ENDIF 
     492 
     493      ! Check coordinates 
     494      IF( ln_zps ) THEN 
     495         ! check parameters for partial steps  
     496         IF( Agrif_Parent(e3zps_min) .ne. e3zps_min ) THEN 
     497            WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_min between grids' 
     498            WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_min) 
     499            WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_min 
     500            WRITE(*,*) 'those values should be identical' 
     501            STOP 
     502         ENDIF 
     503         IF( Agrif_Parent(e3zps_rat) .ne. e3zps_rat ) THEN 
     504            WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_rat between grids' 
     505            WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_rat) 
     506            WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_rat 
     507            WRITE(*,*) 'those values should be identical'                   
     508            STOP 
    179509         ENDIF 
    180510      ENDIF 
    181         
    182       CALL Agrif_Update_tra(0) 
    183       CALL Agrif_Update_dyn(0) 
    184  
    185       nbcline = 0 
    186       ! 
    187       DEALLOCATE(tabtstemp) 
    188       DEALLOCATE(tabuvtemp) 
    189       ! 
    190    END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont 
    191  
    192  
    193    SUBROUTINE agrif_declare_var 
    194       !!---------------------------------------------------------------------- 
    195       !!                 *** ROUTINE agrif_declarE_var *** 
    196       !! 
    197       !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
    198       !!---------------------------------------------------------------------- 
    199       USE agrif_util 
    200       USE par_oce       !   ONLY : jpts 
    201       USE oce 
    202       IMPLICIT NONE 
    203       !!---------------------------------------------------------------------- 
    204     
    205       ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
    206       !--------------------------------------------------------------------- 
    207       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsn_id) 
    208       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsa_id) 
    209       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jpts/),tsb_id) 
    210  
    211       CALL agrif_declare_variable((/1,2,0/),(/2,3,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),un_id) 
    212       CALL agrif_declare_variable((/2,1,0/),(/3,2,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),vn_id) 
    213       CALL agrif_declare_variable((/1,2,0/),(/2,3,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),ua_id) 
    214       CALL agrif_declare_variable((/2,1,0/),(/3,2,0/),(/'x','y','N'/),(/1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk/),va_id) 
    215     
    216       CALL agrif_declare_variable((/1,2/),(/2,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e1u_id) 
    217       CALL agrif_declare_variable((/2,1/),(/3,2/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e2v_id) 
    218  
    219       CALL agrif_declare_variable((/2,2/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),sshn_id) 
    220       CALL agrif_declare_variable((/2,2/),(/3,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),gcb_id) 
    221         
    222       ! 2. Type of interpolation 
    223       !------------------------- 
    224       CALL Agrif_Set_bcinterp(tsn_id,interp=AGRIF_linear) 
    225       CALL Agrif_Set_bcinterp(tsa_id,interp=AGRIF_linear) 
    226     
    227       Call Agrif_Set_bcinterp(un_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
    228       Call Agrif_Set_bcinterp(vn_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
    229  
    230       Call Agrif_Set_bcinterp(ua_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
    231       Call Agrif_Set_bcinterp(va_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
    232  
    233       Call Agrif_Set_bcinterp(e1u_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
    234       Call Agrif_Set_bcinterp(e2v_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
    235  
    236       ! 3. Location of interpolation 
    237       !----------------------------- 
    238       Call Agrif_Set_bc(un_id,(/0,1/)) 
    239       Call Agrif_Set_bc(vn_id,(/0,1/)) 
    240  
    241       Call Agrif_Set_bc(e1u_id,(/0,0/)) 
    242       Call Agrif_Set_bc(e2v_id,(/0,0/)) 
    243  
    244       Call Agrif_Set_bc(tsn_id,(/0,1/)) 
    245       Call Agrif_Set_bc(tsa_id,(/-3*Agrif_irhox(),0/)) 
    246  
    247       Call Agrif_Set_bc(ua_id,(/-2*Agrif_irhox(),0/)) 
    248       Call Agrif_Set_bc(va_id,(/-2*Agrif_irhox(),0/)) 
    249  
    250       ! 5. Update type 
    251       !---------------  
    252       Call Agrif_Set_Updatetype(tsn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
    253       Call Agrif_Set_Updatetype(tsb_id, update = AGRIF_Update_Average) 
    254  
    255       Call Agrif_Set_Updatetype(sshn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
    256       Call Agrif_Set_Updatetype(gcb_id,update = AGRIF_Update_Average) 
    257  
    258       Call Agrif_Set_Updatetype(un_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2 = Agrif_Update_Average) 
    259       Call Agrif_Set_Updatetype(vn_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2 = Agrif_Update_Copy) 
    260  
    261       Call Agrif_Set_Updatetype(e1u_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2=Agrif_Update_Average) 
    262       Call Agrif_Set_Updatetype(e2v_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2=Agrif_Update_Copy) 
    263  
    264    END SUBROUTINE agrif_declare_var 
     511#  endif          
     512      ! Check passive tracer cell 
     513      IF( nn_dttrc .ne. 1 ) THEN 
     514         WRITE(*,*) 'nn_dttrc should be equal to 1' 
     515      ENDIF 
     516   ENDIF 
     517 
     518!ch   CALL Agrif_Update_trc(0) 
     519   nbcline_trc = 0 
     520   ! 
     521   DEALLOCATE(tabtrtemp) 
     522   ! 
     523END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_top 
     524 
     525 
     526SUBROUTINE agrif_declare_var_top 
     527   !!---------------------------------------------------------------------- 
     528   !!                 *** ROUTINE agrif_declare_var_top *** 
     529   !! 
     530   !! ** Purpose :: Declaration of TOP variables to be interpolated 
     531   !!---------------------------------------------------------------------- 
     532   USE agrif_util 
     533   USE dom_oce 
     534   USE trc 
     535 
     536   IMPLICIT NONE 
     537 
     538   ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
     539   !--------------------------------------------------------------------- 
     540   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),trn_id) 
     541   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),trb_id) 
     542   CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),tra_id) 
     543 
     544   ! 2. Type of interpolation 
     545   !------------------------- 
     546   CALL Agrif_Set_bcinterp(trn_id,interp=AGRIF_linear) 
     547   CALL Agrif_Set_bcinterp(tra_id,interp=AGRIF_linear) 
     548 
     549   ! 3. Location of interpolation 
     550   !----------------------------- 
     551   Call Agrif_Set_bc(trn_id,(/0,1/)) 
     552   Call Agrif_Set_bc(tra_id,(/-3*Agrif_irhox(),0/)) 
     553 
     554   ! 5. Update type 
     555   !---------------  
     556   Call Agrif_Set_Updatetype(trn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
     557   Call Agrif_Set_Updatetype(trb_id, update = AGRIF_Update_Average) 
     558 
     559 
     560END SUBROUTINE agrif_declare_var_top 
    265561# endif 
    266     
    267 # if defined key_top 
    268    SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_top 
    269       !!---------------------------------------------------------------------- 
    270       !!                 *** ROUTINE Agrif_InitValues_cont_top *** 
    271       !! 
    272       !! ** Purpose :: Declaration of variables to be interpolated 
    273       !!---------------------------------------------------------------------- 
    274       USE Agrif_Util 
    275       USE oce  
    276       USE dom_oce 
    277       USE nemogcm 
    278       USE trc 
    279       USE in_out_manager 
    280       USE agrif_top_update 
    281       USE agrif_top_interp 
    282       USE agrif_top_sponge 
    283       ! 
    284       IMPLICIT NONE 
    285       ! 
    286       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tabtrtemp 
    287       LOGICAL :: check_namelist 
    288       !!---------------------------------------------------------------------- 
    289  
    290       ALLOCATE( tabtrtemp(jpi,jpj,jpk,jptra) ) 
    291        
    292        
    293       ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
    294       !--------------------------------------------------------------------- 
    295       CALL agrif_declare_var_top 
    296  
    297       ! 2. First interpolations of potentially non zero fields 
    298       !------------------------------------------------------- 
    299       Agrif_SpecialValue=0. 
    300       Agrif_UseSpecialValue = .TRUE. 
    301       Call Agrif_Bc_variable(tabtrtemp,trn_id,calledweight=1.) 
    302       Call Agrif_Bc_variable(tabtrtemp,tra_id,calledweight=1.,procname=interptrn) 
    303       Agrif_UseSpecialValue = .FALSE. 
    304  
    305       ! 3. Some controls 
    306       !----------------- 
    307       check_namelist = .true. 
    308              
    309       IF( check_namelist ) THEN 
    310 #  if defined offline      
    311          ! Check time steps 
    312          IF( nint(Agrif_Rhot()) * nint(rdt) .ne. Agrif_Parent(rdt) ) THEN 
    313             WRITE(*,*) 'incompatible time step between grids' 
    314             WRITE(*,*) 'parent grid value : ',Agrif_Parent(rdt) 
    315             WRITE(*,*) 'child  grid value : ',nint(rdt) 
    316             WRITE(*,*) 'value on parent grid should be : ',rdt*Agrif_Rhot() 
    317             STOP 
    318          ENDIF 
    319  
    320          ! Check run length 
    321          IF( Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
    322             Agrif_Parent(nit000)+1) .ne. (nitend-nit000+1) ) THEN 
    323             WRITE(*,*) 'incompatible run length between grids' 
    324             WRITE(*,*) 'parent grid value : ',(Agrif_Parent(nitend)- & 
    325                Agrif_Parent(nit000)+1),' time step' 
    326             WRITE(*,*) 'child  grid value : ', & 
    327                (nitend-nit000+1),' time step' 
    328             WRITE(*,*) 'value on child grid should be : ', & 
    329                Agrif_IRhot() * (Agrif_Parent(nitend)- & 
    330                Agrif_Parent(nit000)+1) 
    331             STOP 
    332          ENDIF 
    333           
    334          ! Check coordinates 
    335          IF( ln_zps ) THEN 
    336             ! check parameters for partial steps  
    337             IF( Agrif_Parent(e3zps_min) .ne. e3zps_min ) THEN 
    338                WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_min between grids' 
    339                WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_min) 
    340                WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_min 
    341                WRITE(*,*) 'those values should be identical' 
    342                STOP 
    343             ENDIF           
    344             IF( Agrif_Parent(e3zps_rat) .ne. e3zps_rat ) THEN 
    345                WRITE(*,*) 'incompatible e3zps_rat between grids' 
    346                WRITE(*,*) 'parent grid :',Agrif_Parent(e3zps_rat) 
    347                WRITE(*,*) 'child grid  :',e3zps_rat 
    348                WRITE(*,*) 'those values should be identical'                   
    349                STOP 
    350             ENDIF 
    351          ENDIF 
    352 #  endif          
    353         ! Check passive tracer cell 
    354         IF( nn_dttrc .ne. 1 ) THEN 
    355            WRITE(*,*) 'nn_dttrc should be equal to 1' 
    356         ENDIF 
    357       ENDIF 
    358         
    359       CALL Agrif_Update_trc(0) 
    360       nbcline_trc = 0 
    361       ! 
    362       DEALLOCATE(tabtrtemp) 
    363       ! 
    364    END SUBROUTINE Agrif_InitValues_cont_top 
    365  
    366  
    367    SUBROUTINE agrif_declare_var_top 
    368       !!---------------------------------------------------------------------- 
    369       !!                 *** ROUTINE agrif_declare_var_top *** 
    370       !! 
    371       !! ** Purpose :: Declaration of TOP variables to be interpolated 
    372       !!---------------------------------------------------------------------- 
    373       USE agrif_util 
    374       USE dom_oce 
    375       USE trc 
    376        
    377       IMPLICIT NONE 
    378     
    379       ! 1. Declaration of the type of variable which have to be interpolated 
    380       !--------------------------------------------------------------------- 
    381       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),trn_id) 
    382       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),trb_id) 
    383       CALL agrif_declare_variable((/2,2,0,0/),(/3,3,0,0/),(/'x','y','N','N'/),(/1,1,1,1/),(/jpi,jpj,jpk,jptra/),tra_id) 
    384 #  if defined key_offline 
    385       CALL agrif_declare_variable((/1,2/),(/2,3/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e1u_id) 
    386       CALL agrif_declare_variable((/2,1/),(/3,2/),(/'x','y'/),(/1,1/),(/jpi,jpj/),e2v_id) 
    387 #  endif 
    388         
    389       ! 2. Type of interpolation 
    390       !------------------------- 
    391       CALL Agrif_Set_bcinterp(trn_id,interp=AGRIF_linear) 
    392       CALL Agrif_Set_bcinterp(tra_id,interp=AGRIF_linear) 
    393     
    394 #  if defined key_offline 
    395       Call Agrif_Set_bcinterp(e1u_id,interp1=Agrif_linear,interp2=AGRIF_ppm) 
    396       Call Agrif_Set_bcinterp(e2v_id,interp1=AGRIF_ppm,interp2=Agrif_linear) 
    397 #  endif 
    398  
    399       ! 3. Location of interpolation 
    400       !----------------------------- 
    401 #  if defined key_offline 
    402       Call Agrif_Set_bc(e1u_id,(/0,0/)) 
    403       Call Agrif_Set_bc(e2v_id,(/0,0/)) 
    404 #  endif 
    405       Call Agrif_Set_bc(trn_id,(/0,1/)) 
    406       Call Agrif_Set_bc(tra_id,(/-3*Agrif_irhox(),0/)) 
    407  
    408       ! 5. Update type 
    409       !---------------  
    410       Call Agrif_Set_Updatetype(trn_id, update = AGRIF_Update_Average) 
    411       Call Agrif_Set_Updatetype(trb_id, update = AGRIF_Update_Average) 
    412  
    413 #  if defined key_offline 
    414       Call Agrif_Set_Updatetype(e1u_id,update1 = Agrif_Update_Copy, update2=Agrif_Update_Average) 
    415       Call Agrif_Set_Updatetype(e2v_id,update1 = Agrif_Update_Average, update2=Agrif_Update_Copy) 
    416 #  endif 
    417  
    418    END SUBROUTINE agrif_declare_var_top 
     562 
     563SUBROUTINE Agrif_detect( kg, ksizex ) 
     564   !!---------------------------------------------------------------------- 
     565   !!   *** ROUTINE Agrif_detect *** 
     566   !!---------------------------------------------------------------------- 
     567   USE Agrif_Types 
     568   ! 
     569   INTEGER, DIMENSION(2) :: ksizex 
     570   INTEGER, DIMENSION(ksizex(1),ksizex(2)) :: kg  
     571   !!---------------------------------------------------------------------- 
     572   ! 
     573   RETURN 
     574   ! 
     575END SUBROUTINE Agrif_detect 
     576 
     577 
     578SUBROUTINE agrif_nemo_init 
     579   !!---------------------------------------------------------------------- 
     580   !!                     *** ROUTINE agrif_init *** 
     581   !!---------------------------------------------------------------------- 
     582   USE agrif_oce  
     583   USE agrif_ice 
     584   USE in_out_manager 
     585   USE lib_mpp 
     586   IMPLICIT NONE 
     587   ! 
     588   NAMELIST/namagrif/ nn_cln_update, rn_sponge_tra, rn_sponge_dyn, ln_spc_dyn 
     589   !!---------------------------------------------------------------------- 
     590   ! 
     591   REWIND( numnam )                ! Read namagrif namelist 
     592   READ  ( numnam, namagrif ) 
     593   ! 
     594   IF(lwp) THEN                    ! control print 
     595      WRITE(numout,*) 
     596      WRITE(numout,*) 'agrif_nemo_init : AGRIF parameters' 
     597      WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~~~' 
     598      WRITE(numout,*) '   Namelist namagrif : set AGRIF parameters' 
     599      WRITE(numout,*) '      baroclinic update frequency       nn_cln_update = ', nn_cln_update 
     600      WRITE(numout,*) '      sponge coefficient for tracers    rn_sponge_tra = ', rn_sponge_tra, ' s' 
     601      WRITE(numout,*) '      sponge coefficient for dynamics   rn_sponge_tra = ', rn_sponge_dyn, ' s' 
     602      WRITE(numout,*) '      use special values for dynamics   ln_spc_dyn    = ', ln_spc_dyn 
     603      WRITE(numout,*)  
     604   ENDIF 
     605   ! 
     606   ! convert DOCTOR namelist name into OLD names 
     607   nbclineupdate = nn_cln_update 
     608   visc_tra      = rn_sponge_tra 
     609   visc_dyn      = rn_sponge_dyn 
     610   ! 
     611   IF( agrif_oce_alloc()  > 0 )   CALL ctl_warn('agrif sol_oce_alloc: allocation of arrays failed') 
     612# if defined key_lim2 
     613   IF( agrif_ice_alloc()  > 0 )   CALL ctl_stop('agrif agrif_ice_alloc: allocation of arrays failed') 
    419614# endif 
    420     
    421    SUBROUTINE Agrif_detect( kg, ksizex ) 
    422       !!---------------------------------------------------------------------- 
    423       !!   *** ROUTINE Agrif_detect *** 
    424       !!---------------------------------------------------------------------- 
    425       USE Agrif_Types 
    426       ! 
    427       INTEGER, DIMENSION(2) :: ksizex 
    428       INTEGER, DIMENSION(ksizex(1),ksizex(2)) :: kg  
    429       !!---------------------------------------------------------------------- 
    430       ! 
    431       RETURN 
    432       ! 
    433    END SUBROUTINE Agrif_detect 
    434  
    435  
    436    SUBROUTINE agrif_nemo_init 
    437       !!---------------------------------------------------------------------- 
    438       !!                     *** ROUTINE agrif_init *** 
    439       !!---------------------------------------------------------------------- 
    440       USE agrif_oce  
    441       USE in_out_manager 
    442       USE lib_mpp 
    443       IMPLICIT NONE 
    444       ! 
    445       NAMELIST/namagrif/ nn_cln_update, rn_sponge_tra, rn_sponge_dyn, ln_spc_dyn 
    446       !!---------------------------------------------------------------------- 
    447       ! 
    448       REWIND( numnam )                ! Read namagrif namelist 
    449       READ  ( numnam, namagrif ) 
    450       ! 
    451       IF(lwp) THEN                    ! control print 
    452          WRITE(numout,*) 
    453          WRITE(numout,*) 'agrif_nemo_init : AGRIF parameters' 
    454          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~~~' 
    455          WRITE(numout,*) '   Namelist namagrif : set AGRIF parameters' 
    456          WRITE(numout,*) '      baroclinic update frequency       nn_cln_update = ', nn_cln_update 
    457          WRITE(numout,*) '      sponge coefficient for tracers    rn_sponge_tra = ', rn_sponge_tra, ' s' 
    458          WRITE(numout,*) '      sponge coefficient for dynamics   rn_sponge_tra = ', rn_sponge_dyn, ' s' 
    459          WRITE(numout,*) '      use special values for dynamics   ln_spc_dyn    = ', ln_spc_dyn 
    460          WRITE(numout,*)  
    461       ENDIF 
    462       ! 
    463       ! convert DOCTOR namelist name into OLD names 
    464       nbclineupdate = nn_cln_update 
    465       visc_tra      = rn_sponge_tra 
    466       visc_dyn      = rn_sponge_dyn 
    467       ! 
    468       IF( agrif_oce_alloc()  > 0 )   CALL ctl_warn('agrif sol_oce_alloc: allocation of arrays failed') 
    469       ! 
    470     END SUBROUTINE agrif_nemo_init 
     615   ! 
     616END SUBROUTINE agrif_nemo_init 
    471617 
    472618# if defined key_mpp_mpi 
    473619 
    474    SUBROUTINE Agrif_InvLoc( indloc, nprocloc, i, indglob ) 
    475       !!---------------------------------------------------------------------- 
    476       !!                     *** ROUTINE Agrif_detect *** 
    477       !!---------------------------------------------------------------------- 
    478       USE dom_oce 
    479       IMPLICIT NONE 
    480       ! 
    481       INTEGER :: indglob, indloc, nprocloc, i 
    482       !!---------------------------------------------------------------------- 
    483       ! 
    484       SELECT CASE( i ) 
    485       CASE(1)   ;   indglob = indloc + nimppt(nprocloc+1) - 1 
    486       CASE(2)   ;   indglob = indloc + njmppt(nprocloc+1) - 1  
    487       CASE(3)   ;   indglob = indloc 
    488       CASE(4)   ;   indglob = indloc 
    489       END SELECT 
    490       ! 
    491    END SUBROUTINE Agrif_InvLoc 
     620SUBROUTINE Agrif_InvLoc( indloc, nprocloc, i, indglob ) 
     621   !!---------------------------------------------------------------------- 
     622   !!                     *** ROUTINE Agrif_detect *** 
     623   !!---------------------------------------------------------------------- 
     624   USE dom_oce 
     625   IMPLICIT NONE 
     626   ! 
     627   INTEGER :: indglob, indloc, nprocloc, i 
     628   !!---------------------------------------------------------------------- 
     629   ! 
     630   SELECT CASE( i ) 
     631   CASE(1)   ;   indglob = indloc + nimppt(nprocloc+1) - 1 
     632   CASE(2)   ;   indglob = indloc + njmppt(nprocloc+1) - 1  
     633   CASE(3)   ;   indglob = indloc 
     634   CASE(4)   ;   indglob = indloc 
     635   END SELECT 
     636   ! 
     637END SUBROUTINE Agrif_InvLoc 
    492638 
    493639# endif 
    494640 
    495641#else 
    496    SUBROUTINE Subcalledbyagrif 
    497       !!---------------------------------------------------------------------- 
    498       !!                   *** ROUTINE Subcalledbyagrif *** 
    499       !!---------------------------------------------------------------------- 
    500       WRITE(*,*) 'Impossible to be here' 
    501    END SUBROUTINE Subcalledbyagrif 
     642SUBROUTINE Subcalledbyagrif 
     643   !!---------------------------------------------------------------------- 
     644   !!                   *** ROUTINE Subcalledbyagrif *** 
     645   !!---------------------------------------------------------------------- 
     646   WRITE(*,*) 'Impossible to be here' 
     647END SUBROUTINE Subcalledbyagrif 
    502648#endif 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OFF_SRC/dtadyn.F90

    r3294 r3584  
    5252   LOGICAL            ::   ln_degrad  = .false. !: degradation option enabled or not  
    5353 
    54    INTEGER  , PARAMETER ::   jpfld = 19     ! maximum number of files to read 
     54   INTEGER  , PARAMETER ::   jpfld = 20     ! maximum number of files to read 
    5555   INTEGER  , SAVE      ::   jf_tem         ! index of temperature 
    5656   INTEGER  , SAVE      ::   jf_sal         ! index of salinity 
     
    6161   INTEGER  , SAVE      ::   jf_mld         ! index of mixed layer deptht 
    6262   INTEGER  , SAVE      ::   jf_emp         ! index of water flux 
     63   INTEGER  , SAVE      ::   jf_emps        ! index of water flux - concentr/dilution 
    6364   INTEGER  , SAVE      ::   jf_qsr         ! index of solar radiation 
    6465   INTEGER  , SAVE      ::   jf_wnd         ! index of wind speed 
     
    241242      ENDIF 
    242243      ! 
    243       tsn(:,:,:,jp_tem) = sf_dyn(jf_tem)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:)    ! temperature 
    244       tsn(:,:,:,jp_sal) = sf_dyn(jf_sal)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:)    ! salinity 
     244      tsn(:,:,:,jp_tem) = sf_dyn(jf_tem)%fnow(:,:,:)  * tmask(:,:,:)    ! temperature 
     245      tsn(:,:,:,jp_sal) = sf_dyn(jf_sal)%fnow(:,:,:)  * tmask(:,:,:)    ! salinity 
    245246      ! 
    246247      CALL eos    ( tsn, rhd, rhop )                                       ! In any case, we need rhop 
    247248      CALL zdf_mxl( kt )                                                   ! In any case, we need mxl  
    248249      ! 
    249       avt(:,:,:)       = sf_dyn(jf_avt)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:)    ! vertical diffusive coefficient  
    250       un (:,:,:)       = sf_dyn(jf_uwd)%fnow(:,:,:) * umask(:,:,:)    ! u-velocity 
    251       vn (:,:,:)       = sf_dyn(jf_vwd)%fnow(:,:,:) * vmask(:,:,:)    ! v-velocity  
     250      avt(:,:,:)       = sf_dyn(jf_avt)%fnow(:,:,:)  * tmask(:,:,:)    ! vertical diffusive coefficient  
     251      un (:,:,:)       = sf_dyn(jf_uwd)%fnow(:,:,:)  * umask(:,:,:)    ! u-velocity 
     252      vn (:,:,:)       = sf_dyn(jf_vwd)%fnow(:,:,:)  * vmask(:,:,:)    ! v-velocity  
    252253      IF( .NOT.ln_dynwzv ) &                                           ! w-velocity read in file  
    253          wn (:,:,:)    = sf_dyn(jf_wwd)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:)     
    254       hmld(:,:)        = sf_dyn(jf_mld)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! mixed layer depht 
    255       wndm(:,:)        = sf_dyn(jf_wnd)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! wind speed - needed for gas exchange 
    256       emp (:,:)        = sf_dyn(jf_emp)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! E-P 
    257       emps(:,:)        = emp(:,:)  
    258       fr_i(:,:)        = sf_dyn(jf_ice)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)     ! Sea-ice fraction 
    259       qsr (:,:)        = sf_dyn(jf_qsr)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! solar radiation 
     254         wn (:,:,:)    = sf_dyn(jf_wwd)%fnow(:,:,:)  * tmask(:,:,:)     
     255      hmld(:,:)        = sf_dyn(jf_mld)%fnow(:,:,1)  * tmask(:,:,1)    ! mixed layer depht 
     256      wndm(:,:)        = sf_dyn(jf_wnd)%fnow(:,:,1)  * tmask(:,:,1)    ! wind speed - needed for gas exchange 
     257      emp (:,:)        = sf_dyn(jf_emp)%fnow(:,:,1)  * tmask(:,:,1)    ! E-P 
     258      emps(:,:)        = sf_dyn(jf_emps)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! (E-P)*S 
     259      fr_i(:,:)        = sf_dyn(jf_ice)%fnow(:,:,1)  * tmask(:,:,1)    ! Sea-ice fraction 
     260      qsr (:,:)        = sf_dyn(jf_qsr)%fnow(:,:,1)  * tmask(:,:,1)    ! solar radiation 
    260261 
    261262      !                                                      ! bbl diffusive coef 
     
    302303         CALL prt_ctl(tab2d_1=fr_i             , clinfo1=' fr_i    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    303304         CALL prt_ctl(tab2d_1=hmld             , clinfo1=' hmld    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
     305         CALL prt_ctl(tab2d_1=emp              , clinfo1=' emp     - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    304306         CALL prt_ctl(tab2d_1=emps             , clinfo1=' emps    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    305307         CALL prt_ctl(tab2d_1=wndm             , clinfo1=' wspd    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
     
    328330      CHARACTER(len=100)            ::  cn_dir   !   Root directory for location of core files 
    329331      TYPE(FLD_N), DIMENSION(jpfld) ::  slf_d    ! array of namelist informations on the fields to read 
    330       TYPE(FLD_N) :: sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_ice, sn_qsr, sn_wnd  ! informations about the fields to be read 
    331       TYPE(FLD_N) :: sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt, sn_ubl, sn_vbl          !   "                                 " 
    332       TYPE(FLD_N) :: sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw          !   "                                 " 
     332      TYPE(FLD_N) :: sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_emps, sn_ice, sn_qsr  ! informations about the fields to be read 
     333      TYPE(FLD_N) :: sn_wnd, sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt , sn_ubl, sn_vbl          !   "                                 " 
     334      TYPE(FLD_N) :: sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv , sn_eiw          !   "                                 " 
    333335      ! 
    334336      NAMELIST/namdta_dyn/cn_dir, ln_dynwzv, ln_dynbbl, ln_degrad,    & 
    335          &                sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_ice, sn_qsr, sn_wnd,  & 
    336          &                sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt, sn_ubl, sn_vbl,          & 
    337          &                sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw 
     337         &                sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_emps, sn_ice, sn_qsr,   & 
     338         &                sn_wnd, sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt , sn_ubl, sn_vbl,    & 
     339         &                sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv , sn_eiw 
    338340 
    339341      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    347349      sn_sal  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
    348350      sn_mld  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'somixght' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
    349       sn_emp  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
     351      sn_emp  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'sowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
     352      sn_emps = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
    350353      sn_ice  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'soicecov' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
    351354      sn_qsr  = FLD_N( 'dyna_grid_T' ,    120    , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''         ) 
     
    388391      ENDIF 
    389392 
    390       jf_tem = 1   ;   jf_sal = 2   ;  jf_mld = 3   ;  jf_emp = 4   ;   jf_ice = 5   ;   jf_qsr = 6  
    391       jf_wnd = 7   ;   jf_uwd = 8   ;  jf_vwd = 9   ;  jf_wwd = 10  ;   jf_avt = 11  ;   jfld  = 11 
    392       ! 
    393       slf_d(jf_tem) = sn_tem   ;   slf_d(jf_sal) = sn_sal   ;   slf_d(jf_mld) = sn_mld 
    394       slf_d(jf_emp) = sn_emp   ;   slf_d(jf_ice) = sn_ice   ;   slf_d(jf_qsr) = sn_qsr 
    395       slf_d(jf_wnd) = sn_wnd   ;   slf_d(jf_uwd) = sn_uwd   ;   slf_d(jf_vwd) = sn_vwd 
    396       slf_d(jf_wwd) = sn_wwd   ;   slf_d(jf_avt) = sn_avt  
     393      jf_tem = 1   ;   jf_sal = 2   ;  jf_mld = 3   ;  jf_emp = 4   ;   jf_emps = 5   ;  jf_ice = 6   ;   jf_qsr = 7 
     394      jf_wnd = 8   ;   jf_uwd = 9   ;  jf_vwd = 10  ;  jf_wwd = 11  ;   jf_avt  = 12  ;  jfld  = 12 
     395      ! 
     396      slf_d(jf_tem) = sn_tem   ;   slf_d(jf_sal)  = sn_sal   ;   slf_d(jf_mld) = sn_mld 
     397      slf_d(jf_emp) = sn_emp   ;   slf_d(jf_emps) = sn_emps  ;   slf_d(jf_ice) = sn_ice  
     398      slf_d(jf_qsr) = sn_qsr   ;   slf_d(jf_wnd)  = sn_wnd   ;   slf_d(jf_avt) = sn_avt  
     399      slf_d(jf_uwd) = sn_uwd   ;   slf_d(jf_vwd)  = sn_vwd   ;   slf_d(jf_wwd) = sn_wwd 
    397400      ! 
    398401      IF( .NOT.ln_degrad ) THEN     ! no degrad option 
    399402         IF( lk_traldf_eiv .AND. ln_dynbbl ) THEN        ! eiv & bbl 
    400                  jf_ubl  = 12      ;         jf_vbl  = 13      ;         jf_eiw  = 14   ;   jfld = 14 
     403                 jf_ubl  = 13      ;         jf_vbl  = 14      ;         jf_eiw  = 15   ;   jfld = 15 
    401404           slf_d(jf_ubl) = sn_ubl  ;   slf_d(jf_vbl) = sn_vbl  ;   slf_d(jf_eiw) = sn_eiw 
    402405         ENDIF 
    403406         IF( .NOT.lk_traldf_eiv .AND. ln_dynbbl ) THEN   ! no eiv & bbl 
    404                  jf_ubl  = 12      ;         jf_vbl  = 13      ;   jfld = 13 
     407                 jf_ubl  = 13      ;         jf_vbl  = 14      ;   jfld = 14 
    405408           slf_d(jf_ubl) = sn_ubl  ;   slf_d(jf_vbl) = sn_vbl 
    406409         ENDIF 
    407410         IF( lk_traldf_eiv .AND. .NOT.ln_dynbbl ) THEN   ! eiv & no bbl 
    408            jf_eiw = 12   ;   jfld = 12   ;   slf_d(jf_eiw) = sn_eiw 
     411           jf_eiw = 13   ;   jfld = 13   ;   slf_d(jf_eiw) = sn_eiw 
    409412         ENDIF 
    410413      ELSE 
    411               jf_ahu  = 12      ;         jf_ahv  = 13      ;         jf_ahw  = 14   ;   jfld = 14 
     414              jf_ahu  = 13      ;         jf_ahv  = 14      ;         jf_ahw  = 15   ;   jfld = 15 
    412415        slf_d(jf_ahu) = sn_ahu  ;   slf_d(jf_ahv) = sn_ahv  ;   slf_d(jf_ahw) = sn_ahw 
    413416        IF( lk_traldf_eiv .AND. ln_dynbbl ) THEN         ! eiv & bbl 
    414                  jf_ubl  = 15      ;         jf_vbl  = 16       
     417                 jf_ubl  = 16      ;         jf_vbl  = 17       
    415418           slf_d(jf_ubl) = sn_ubl  ;   slf_d(jf_vbl) = sn_vbl   
    416                  jf_eiu  = 17      ;         jf_eiv  = 18      ;          jf_eiw  = 19   ;   jfld = 19 
     419                 jf_eiu  = 18      ;         jf_eiv  = 19      ;          jf_eiw  = 20   ;   jfld = 20 
    417420           slf_d(jf_eiu) = sn_eiu  ;   slf_d(jf_eiv) = sn_eiv  ;    slf_d(jf_eiw) = sn_eiw 
    418421        ENDIF 
    419422        IF( .NOT.lk_traldf_eiv .AND. ln_dynbbl ) THEN    ! no eiv & bbl 
    420                  jf_ubl  = 15      ;         jf_vbl  = 16      ;   jfld = 16 
     423                 jf_ubl  = 16      ;         jf_vbl  = 17      ;   jfld = 17 
    421424           slf_d(jf_ubl) = sn_ubl  ;   slf_d(jf_vbl) = sn_vbl 
    422425        ENDIF 
    423426        IF( lk_traldf_eiv .AND. .NOT.ln_dynbbl ) THEN    ! eiv & no bbl 
    424                  jf_eiu  = 15      ;         jf_eiv  = 16      ;         jf_eiw  = 17   ;   jfld = 17 
     427                 jf_eiu  = 16      ;         jf_eiv  = 17      ;         jf_eiw  = 18   ;   jfld = 18 
    425428           slf_d(jf_eiu) = sn_eiu  ;   slf_d(jf_eiv) = sn_eiv  ;   slf_d(jf_eiw) = sn_eiw 
    426429        ENDIF 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom_def.F90

    r2528 r3584  
    4343   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC ::   jp_i1    = 204      !: write INTEGER(1) 
    4444 
    45    INTEGER, PARAMETER, PUBLIC ::   jpmax_files  = 50   !: maximum number of simultaneously opened file 
     45   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC ::   jpmax_files  = 100   !: maximum number of simultaneously opened file 
    4646   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC ::   jpmax_vars   = 360  !: maximum number of variables in one file 
    4747   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC ::   jpmax_dims   =  4   !: maximum number of dimensions for one variable 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/prtctl.F90

    r3332 r3584  
    3030   PUBLIC prt_ctl_info    ! called by all subroutines 
    3131   PUBLIC prt_ctl_init    ! called by opa.F90 
     32   PUBLIC sub_dom         ! called by opa.F90 
    3233 
    3334   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    419420         nrecil, nrecjl, nldil, nleil, nldjl, nlejl 
    420421 
    421       INTEGER, DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::   iimpptl, ijmpptl, ilcitl, ilcjtl   ! workspace 
     422      INTEGER, POINTER, DIMENSION(:,:) ::   iimpptl, ijmpptl, ilcitl, ilcjtl   ! workspace 
    422423      REAL(wp) ::   zidom, zjdom            ! temporary scalars 
    423424      !!---------------------------------------------------------------------- 
    424425 
     426      ! 
     427      CALL wrk_alloc( isplt, jsplt, ilcitl, ilcjtl, iimpptl, ijmpptl ) 
     428      ! 
    425429      !  1. Dimension arrays for subdomains 
    426430      ! ----------------------------------- 
     
    438442#endif 
    439443 
    440       ALLOCATE(ilcitl (isplt,jsplt)) 
    441       ALLOCATE(ilcjtl (isplt,jsplt)) 
    442444 
    443445      nrecil  = 2 * jpreci 
     
    512514      ! ------------------------------- 
    513515 
    514       ALLOCATE(iimpptl(isplt,jsplt)) 
    515       ALLOCATE(ijmpptl(isplt,jsplt)) 
    516        
    517516      iimpptl(:,:) = 1 
    518517      ijmpptl(:,:) = 1 
     
    572571      END DO 
    573572      ! 
    574       DEALLOCATE( iimpptl, ijmpptl, ilcitl, ilcjtl ) 
     573      ! 
     574      CALL wrk_dealloc( isplt, jsplt, ilcitl, ilcjtl, iimpptl, ijmpptl ) 
     575      ! 
    575576      ! 
    576577   END SUBROUTINE sub_dom 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/fldread.F90

    r3294 r3584  
    629629      INTEGER                  ::   ipk    ! number of vertical levels of sdjf%fdta ( 2D: ipk=1 ; 3D: ipk=jpk ) 
    630630      INTEGER                  ::   iw     ! index into wgts array 
    631       !!--------------------------------------------------------------------- 
    632              
     631      INTEGER                  ::   ipdom  ! index of the domain 
     632      !!--------------------------------------------------------------------- 
     633      !       
    633634      ipk = SIZE( sdjf%fnow, 3 ) 
    634  
     635      ! 
    635636      IF( PRESENT(map) ) THEN 
    636637         IF( sdjf%ln_tint ) THEN   ;   CALL fld_map( sdjf%num, sdjf%clvar, sdjf%fdta(:,:,:,2), sdjf%nrec_a(1), map ) 
     
    643644         ENDIF 
    644645      ELSE 
     646         IF( SIZE(sdjf%fdta, 1) == jpi ) THEN  ;  ipdom = jpdom_data 
     647         ELSE                                  ;  ipdom = jpdom_unknown 
     648         ENDIF 
    645649         SELECT CASE( ipk ) 
    646          CASE(1)    
    647             IF( sdjf%ln_tint ) THEN   ;   CALL iom_get( sdjf%num, jpdom_data, sdjf%clvar, sdjf%fdta(:,:,1,2), sdjf%nrec_a(1) ) 
    648             ELSE                      ;   CALL iom_get( sdjf%num, jpdom_data, sdjf%clvar, sdjf%fnow(:,:,1  ), sdjf%nrec_a(1) ) 
     650         CASE(1) 
     651            IF( sdjf%ln_tint ) THEN   ;   CALL iom_get( sdjf%num, ipdom, sdjf%clvar, sdjf%fdta(:,:,1,2), sdjf%nrec_a(1) ) 
     652            ELSE                      ;   CALL iom_get( sdjf%num, ipdom, sdjf%clvar, sdjf%fnow(:,:,1  ), sdjf%nrec_a(1) ) 
    649653            ENDIF 
    650654         CASE DEFAULT 
    651             IF( sdjf%ln_tint ) THEN   ;   CALL iom_get( sdjf%num, jpdom_data, sdjf%clvar, sdjf%fdta(:,:,:,2), sdjf%nrec_a(1) ) 
    652             ELSE                      ;   CALL iom_get( sdjf%num, jpdom_data, sdjf%clvar, sdjf%fnow(:,:,:  ), sdjf%nrec_a(1) ) 
     655            IF( sdjf%ln_tint ) THEN   ;   CALL iom_get( sdjf%num, ipdom, sdjf%clvar, sdjf%fdta(:,:,:,2), sdjf%nrec_a(1) ) 
     656            ELSE                      ;   CALL iom_get( sdjf%num, ipdom, sdjf%clvar, sdjf%fnow(:,:,:  ), sdjf%nrec_a(1) ) 
    653657            ENDIF 
    654658         END SELECT 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcblk_core.F90

    r3294 r3584  
    2929   USE fldread         ! read input fields 
    3030   USE sbc_oce         ! Surface boundary condition: ocean fields 
     31   USE cyclone         ! Cyclone 10m wind form trac of cyclone centres 
    3132   USE sbcdcy          ! surface boundary condition: diurnal cycle 
    3233   USE iom             ! I/O manager library 
     
    186187 
    187188      !                                                        ! surface ocean fluxes computed with CLIO bulk formulea 
    188       IF( MOD( kt - 1, nn_fsbc ) == 0 )   CALL blk_oce_core( sf, sst_m, ssu_m, ssv_m ) 
     189      IF( MOD( kt - 1, nn_fsbc ) == 0 )   CALL blk_oce_core( kt, sf, sst_m, ssu_m, ssv_m ) 
    189190 
    190191#if defined key_cice 
     
    204205    
    205206    
    206    SUBROUTINE blk_oce_core( sf, pst, pu, pv ) 
     207   SUBROUTINE blk_oce_core( kt, sf, pst, pu, pv ) 
    207208      !!--------------------------------------------------------------------- 
    208209      !!                     ***  ROUTINE blk_core  *** 
     
    225226      !!  ** Nota  :   sf has to be a dummy argument for AGRIF on NEC 
    226227      !!--------------------------------------------------------------------- 
    227       TYPE(fld), INTENT(in), DIMENSION(:)   ::   sf    ! input data 
    228       REAL(wp) , INTENT(in), DIMENSION(:,:) ::   pst   ! surface temperature                      [Celcius] 
    229       REAL(wp) , INTENT(in), DIMENSION(:,:) ::   pu    ! surface current at U-point (i-component) [m/s] 
    230       REAL(wp) , INTENT(in), DIMENSION(:,:) ::   pv    ! surface current at V-point (j-component) [m/s] 
     228      INTEGER  , INTENT(in   )                 ::   kt    ! time step index 
     229      TYPE(fld), INTENT(inout), DIMENSION(:)   ::   sf    ! input data 
     230      REAL(wp) , INTENT(in)   , DIMENSION(:,:) ::   pst   ! surface temperature                      [Celcius] 
     231      REAL(wp) , INTENT(in)   , DIMENSION(:,:) ::   pu    ! surface current at U-point (i-component) [m/s] 
     232      REAL(wp) , INTENT(in)   , DIMENSION(:,:) ::   pv    ! surface current at V-point (j-component) [m/s] 
    231233      ! 
    232234      INTEGER  ::   ji, jj               ! dummy loop indices 
     
    261263      zwnd_i(:,:) = 0.e0   
    262264      zwnd_j(:,:) = 0.e0 
     265#if defined key_cyclone 
     266# if defined key_vectopt_loop 
     267!CDIR COLLAPSE 
     268# endif 
     269      CALL wnd_cyc( kt, zwnd_i, zwnd_j )    ! add Manu ! 
     270      DO jj = 2, jpjm1 
     271         DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vect. opt. 
     272            sf(jp_wndi)%fnow(ji,jj,1) = sf(jp_wndi)%fnow(ji,jj,1) + zwnd_i(ji,jj) 
     273            sf(jp_wndj)%fnow(ji,jj,1) = sf(jp_wndj)%fnow(ji,jj,1) + zwnd_j(ji,jj) 
     274         END DO 
     275      END DO 
     276#endif 
    263277#if defined key_vectopt_loop 
    264278!CDIR COLLAPSE 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcice_lim_2.F90

    r3294 r3584  
    4848   USE in_out_manager   ! I/O manager 
    4949   USE prtctl           ! Print control 
     50 
     51# if defined key_agrif 
     52   USE agrif_ice 
     53   USE agrif_lim2_update 
     54# endif 
    5055 
    5156   IMPLICIT NONE 
     
    101106         ! 
    102107         CALL ice_init_2 
     108         ! 
     109# if defined key_agrif 
     110         IF( .NOT. Agrif_Root() ) CALL Agrif_InitValues_cont_lim2   ! AGRIF: set the meshes 
     111# endif 
    103112      ENDIF 
    104113 
     
    106115      IF( MOD( kt-1, nn_fsbc ) == 0 ) THEN     !  Ice time-step only  ! 
    107116         !                                     !----------------------! 
     117# if defined key_agrif 
     118         IF( .NOT. Agrif_Root() ) lim_nbstep = MOD(lim_nbstep,Agrif_rhot()& 
     119         &*Agrif_PArent(nn_fsbc)/REAL(nn_fsbc)) + 1 
     120# endif 
    108121         !  Bulk Formulea ! 
    109122         !----------------! 
     
    211224         IF( lrst_ice  )   CALL lim_rst_write_2( kt )      ! Ice restart file 
    212225         ! 
     226# if defined key_agrif && defined key_lim2 
     227         IF( .NOT. Agrif_Root() )   CALL agrif_update_lim2( kt ) 
     228# endif 
     229         ! 
    213230      ENDIF                                    ! End sea-ice time step only 
    214231      ! 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/lib_cray.f90

    r2528 r3584  
    1010!! This software is governed by the CeCILL licence see modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt  
    1111!!---------------------------------------------------------------------- 
     12SUBROUTINE lib_cray 
     13      WRITE(*,*) 'lib_cray: You should not have seen this print! error?' 
     14END SUBROUTINE lib_cray 
     15 
    1216SUBROUTINE wheneq ( i, x, j, t, ind, nn ) 
    1317        IMPLICIT NONE 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/nemogcm.F90

    r3352 r3584  
    116116      !                            !-----------------------! 
    117117#if defined key_agrif 
    118       CALL Agrif_Declare_Var       ! AGRIF: set the meshes 
     118      CALL Agrif_Declare_Var_dom   ! AGRIF: set the meshes for DOM 
     119      CALL Agrif_Declare_Var       !  "      "   "   "      "  DYN/TRA  
    119120# if defined key_top 
    120       CALL Agrif_Declare_Var_Top   ! AGRIF: set the meshes 
     121      CALL Agrif_Declare_Var_top   !  "      "   "   "      "  TOP 
     122# endif 
     123# if defined key_lim2 
     124      CALL Agrif_Declare_Var_lim2  !  "      "   "   "      "  LIM 
    121125# endif 
    122126#endif 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/C14b/par_c14b.F90

    r2715 r3584  
    66   !! History :   2.0  !  2008-12  (C. Ethe, G. Madec)  revised architecture 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster      !: number of tracers in LOBSTER 
    9    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_2d   !: number of 2D diag in LOBSTER 
    10    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_3d   !: number of 3D diag in LOBSTER 
    11    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_trd  !: number of biological diag in LOBSTER 
    12  
    138   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    149   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
     
    2419   IMPLICIT NONE 
    2520 
    26    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb      = jp_lobster     + jp_pisces     + jp_cfc     !: cum. number of pass. tracers 
    27    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_2d   = jp_lobster_2d  + jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  !: 
    28    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_3d   = jp_lobster_3d  + jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  !: 
    29    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_trd  = jp_lobster_trd + jp_pisces_trd + jp_cfc_trd !: 
     21   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb      = jp_pisces     + jp_cfc     !: cum. number of pass. tracers 
     22   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_2d   = jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  !: 
     23   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_3d   = jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  !: 
     24   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lb_trd  = jp_pisces_trd + jp_cfc_trd !: 
    3025    
    3126#if defined key_c14b 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/C14b/trcsms_c14b.F90

    r3294 r3584  
    125125         xdecay  = EXP( - xlambda * rdt ) 
    126126         xaccum  = 1._wp -  xdecay 
     127         ! 
     128         IF( ln_rsttr ) THEN 
     129            IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     130            IF(lwp) WRITE(numout,*) ' Read specific variables from C14b model ' 
     131            IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
     132            CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'qint_c14', qint_c14 ) 
     133         ENDIF 
     134         ! 
     135         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     136         ! 
    127137      ENDIF 
    128138 
     
    271281      END DO 
    272282 
     283      ! 
     284      IF( lrst_trc ) THEN 
     285         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     286         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_sms_c14b : cumulated input function fields written in ocean restart file ',   & 
     287            &                    'at it= ', kt,' date= ', ndastp 
     288         IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~' 
     289         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'qint_c14', qint_c14 ) 
     290      ENDIF 
     291      !     
    273292      IF( ln_diatrc ) THEN 
    274293         IF( lk_iomput ) THEN 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/par_cfc.F90

    r3294 r3584  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster      !: number of tracers in LOBSTER 
    13    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_2d   !: number of 2D diag in LOBSTER 
    14    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_3d   !: number of 3D diag in LOBSTER 
    15    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_trd  !: number of biological diag in LOBSTER 
    16  
    1712   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    1813   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
     
    2217   IMPLICIT NONE 
    2318 
    24    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc      = jp_lobster     + jp_pisces     !: cumulative number of passive tracers 
    25    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_2d   = jp_lobster_2d  + jp_pisces_2d  !: 
    26    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_3d   = jp_lobster_3d  + jp_pisces_3d  !: 
    27    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_trd  = jp_lobster_trd + jp_pisces_trd !: 
     19   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc      = jp_pisces     !: cumulative number of passive tracers 
     20   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_2d   = jp_pisces_2d  !: 
     21   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_3d   = jp_pisces_3d  !: 
     22   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_trd  = jp_pisces_trd !: 
    2823    
    2924#if defined key_cfc 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcsms_cfc.F90

    r3294 r3584  
    1313   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1414   !!   trc_sms_cfc  :  compute and add CFC suface forcing to CFC trends 
    15    !!   trc_cfc_cst  :  sets constants for CFC surface forcing computation 
     15   !!   cfc_init     :  sets constants for CFC surface forcing computation 
    1616   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1717   USE oce_trc       ! Ocean variables 
     
    9999      ENDIF 
    100100 
    101       IF( kt == nittrc000 )   CALL trc_cfc_cst 
     101      IF( kt == nittrc000 )   CALL cfc_init 
    102102 
    103103      ! Temporal interpolation 
     
    176176         !                                                  !----------------! 
    177177      END DO                                                !  end CFC loop  ! 
    178       !                                                     !----------------! 
     178      ! 
     179      IF( lrst_trc ) THEN 
     180         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     181         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_sms_cfc : cumulated input function fields written in ocean restart file ',   & 
     182            &                    'at it= ', kt,' date= ', ndastp 
     183         IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~' 
     184         DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
     185            CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_cfc(:,:,jn) ) 
     186         END DO 
     187      ENDIF 
     188      !                                               
    179189      IF( ln_diatrc ) THEN 
    180190        ! 
     
    200210 
    201211 
    202    SUBROUTINE trc_cfc_cst 
     212   SUBROUTINE cfc_init 
    203213      !!--------------------------------------------------------------------- 
    204       !!                     ***  trc_cfc_cst  ***   
     214      !!                     ***  cfc_init  ***   
    205215      !! 
    206216      !! ** Purpose : sets constants for CFC model 
    207217      !!--------------------------------------------------------------------- 
     218      INTEGER :: jn 
    208219 
    209220      ! coefficient for CFC11  
     
    245256      sca(4,2) =  -0.067430 
    246257 
    247    END SUBROUTINE trc_cfc_cst 
     258      IF( ln_rsttr ) THEN 
     259         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     260         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' Read specific variables from CFC model ' 
     261         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
     262         ! 
     263         DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
     264            CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_cfc(:,:,jn) )  
     265         END DO 
     266      ENDIF 
     267      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     268      ! 
     269   END SUBROUTINE cfc_init 
    248270 
    249271 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/par_my_trc.F90

    r2528 r3584  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster      !: number of tracers in LOBSTER 
    13    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_2d   !: number of 2D diag in LOBSTER 
    14    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_3d   !: number of 3D diag in LOBSTER 
    15    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_trd  !: number of biological diag in LOBSTER 
    16  
    1712   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    1813   USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
     
    3227   IMPLICIT NONE 
    3328 
    34    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm      = jp_lobster     + jp_pisces     + jp_cfc     + jp_c14b     !:  
    35    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_2d   = jp_lobster_2d  + jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  + jp_c14b_2d  !: 
    36    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_3d   = jp_lobster_3d  + jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  + jp_c14b_3d  !: 
    37    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_trd  = jp_lobster_trd + jp_pisces_trd + jp_cfc_trd + jp_c14b_trd !: 
     29   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm      = jp_pisces     + jp_cfc     + jp_c14b     !:  
     30   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_2d   = jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  + jp_c14b_2d  !: 
     31   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_3d   = jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  + jp_c14b_3d  !: 
     32   INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_trd  = jp_pisces_trd + jp_cfc_trd + jp_c14b_trd !: 
    3833 
    3934#if defined key_my_trc 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcnam_my_trc.F90

    r2528 r3584  
    22   !!====================================================================== 
    33   !!                      ***  MODULE trcnam_my_trc  *** 
    4    !! TOP :   initialisation of some run parameters for LOBSTER bio-model 
     4   !! TOP :   initialisation of some run parameters for MY_TRC bio-model 
    55   !!====================================================================== 
    66   !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/par_pisces.F90

    r3295 r3584  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster      !: number of tracers in LOBSTER 
    13    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_2d   !: number of 2D diag in LOBSTER 
    14    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_3d   !: number of 3D diag in LOBSTER 
    15    USE par_lobster, ONLY : jp_lobster_trd  !: number of biological diag in LOBSTER 
    1612 
    1713   IMPLICIT NONE 
    1814 
    19    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_lp      = jp_lobster      !: cumulative number of already defined TRC 
    20    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_lp_2d   = jp_lobster_2d   !: 
    21    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_lp_3d   = jp_lobster_3d   !: 
    22    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_lp_trd  = jp_lobster_trd  !: 
     15#if defined key_pisces_reduced 
     16   !!--------------------------------------------------------------------- 
     17   !!   'key_pisces_reduced'   :                                LOBSTER bio-model 
     18   !!--------------------------------------------------------------------- 
     19   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
     20   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .FALSE. !: p4z flag  
     21   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  6      !: number of passive tracers 
     22   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  =  19     !: additional 2d output  
     23   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_3d  =   3     !: additional 3d output  
     24   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_trd =   17    !: number of sms trends for PISCES 
    2325 
    24 #if defined key_pisces  &&  defined key_kriest 
     26   ! assign an index in trc arrays for each LOBSTER prognostic variables 
     27   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdet     =  1        !: detritus                    [mmoleN/m3] 
     28   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo     =  2        !: zooplancton concentration   [mmoleN/m3] 
     29   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy     =  3        !: phytoplancton concentration [mmoleN/m3] 
     30   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3     =  4        !: nitrate concentration       [mmoleN/m3] 
     31   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4     =  5        !: ammonium concentration      [mmoleN/m3] 
     32   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdom     =  6        !: dissolved organic matter    [mmoleN/m3] 
     33 
     34   ! productive layer depth 
     35   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpkb      = 12        !: first vertical layers where biology is active 
     36   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpkbm1    = jpkb - 1  !: first vertical layers where biology is active 
     37 
     38#elif defined key_pisces  &&  defined key_kriest 
    2539   !!--------------------------------------------------------------------- 
    2640   !!   'key_pisces' & 'key_kriest'                 PISCES bio-model + ??? 
    2741   !!--------------------------------------------------------------------- 
    2842   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
     43   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .TRUE. !: p4z flag  
    2944   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_kriest     = .TRUE.  !: Kriest flag  
    3045   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  23     !: number of passive tracers 
     
    3651   !    WARNING: be carefull about the order when reading the restart 
    3752        !   !!gm  this warning should be obsolet with IOM 
    38    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic = jp_lp + 1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
    39    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal = jp_lp + 2    !: total alkalinity  
    40    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy = jp_lp + 3    !: oxygen carbon concentration  
    41    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal = jp_lp + 4    !: calcite  concentration  
    42    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 = jp_lp + 5    !: phosphate concentration  
    43    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc = jp_lp + 6    !: small particulate organic phosphate concentration 
    44    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil = jp_lp + 7    !: silicate concentration 
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy = jp_lp + 8    !: phytoplancton concentration  
    46    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo = jp_lp + 9    !: zooplancton concentration 
    47    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = jp_lp + 10    !: dissolved organic carbon concentration  
    48    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = jp_lp + 11    !: Diatoms Concentration 
    49    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = jp_lp + 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    50    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
    51    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = jp_lp + 14    !: Iron Concentration 
    52    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnum = jp_lp + 15    !: Big iron particles Concentration 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = jp_lp + 16    !: number of particulate organic phosphate concentration 
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = jp_lp + 17    !: Diatoms iron Concentration 
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = jp_lp + 18    !: Diatoms Silicate Concentration 
    56    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = jp_lp + 19    !: Nano iron Concentration 
    57    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = jp_lp + 20    !: Nano Chlorophyll Concentration 
    58    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = jp_lp + 21    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
    59    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = jp_lp + 22    !: Nitrates Concentration 
    60    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = jp_lp + 23    !: Ammonium Concentration 
     53   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic = 1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
     54   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal = 2    !: total alkalinity  
     55   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy = 3    !: oxygen carbon concentration  
     56   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal = 4    !: calcite  concentration  
     57   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 = 5    !: phosphate concentration  
     58   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc = 6    !: small particulate organic phosphate concentration 
     59   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil = 7    !: silicate concentration 
     60   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy = 8    !: phytoplancton concentration  
     61   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo = 9    !: zooplancton concentration 
     62   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = 10    !: dissolved organic carbon concentration  
     63   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = 11    !: Diatoms Concentration 
     64   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = 12    !: Mesozooplankton Concentration 
     65   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = 13    !: (big) Silicate Concentration 
     66   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = 14    !: Iron Concentration 
     67   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnum = 15    !: Big iron particles Concentration 
     68   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = 16    !: number of particulate organic phosphate concentration 
     69   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = 17    !: Diatoms iron Concentration 
     70   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = 18    !: Diatoms Silicate Concentration 
     71   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = 19    !: Nano iron Concentration 
     72   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = 20    !: Nano Chlorophyll Concentration 
     73   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = 21    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
     74   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = 22    !: Nitrates Concentration 
     75   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = 23    !: Ammonium Concentration 
    6176 
    6277#elif defined key_pisces 
     
    6580   !!--------------------------------------------------------------------- 
    6681   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
     82   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .TRUE.  !: p4z flag  
    6783   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_kriest     = .FALSE. !: Kriest flag  
    6884   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     = 24      !: number of PISCES passive tracers 
     
    7490   !    WARNING: be carefull about the order when reading the restart 
    7591        !   !!gm  this warning should be obsolet with IOM 
    76    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic = jp_lp + 1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
    77    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal = jp_lp + 2    !: total alkalinity  
    78    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy = jp_lp + 3    !: oxygen carbon concentration  
    79    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal = jp_lp + 4    !: calcite  concentration  
    80    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 = jp_lp + 5    !: phosphate concentration  
    81    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc = jp_lp + 6    !: small particulate organic phosphate concentration 
    82    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil = jp_lp + 7    !: silicate concentration 
    83    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy = jp_lp + 8    !: phytoplancton concentration  
    84    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo = jp_lp + 9    !: zooplancton concentration 
    85    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = jp_lp + 10    !: dissolved organic carbon concentration  
    86    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = jp_lp + 11    !: Diatoms Concentration 
    87    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = jp_lp + 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    88    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = jp_lp + 13    !: (big) Silicate Concentration 
    89    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = jp_lp + 14    !: Iron Concentration 
    90    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbfe = jp_lp + 15    !: Big iron particles Concentration 
    91    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgoc = jp_lp + 16    !: big particulate organic phosphate concentration 
    92    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = jp_lp + 17    !: Small iron particles Concentration 
    93    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = jp_lp + 18    !: Diatoms iron Concentration 
    94    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = jp_lp + 19    !: Diatoms Silicate Concentration 
    95    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = jp_lp + 20    !: Nano iron Concentration 
    96    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = jp_lp + 21    !: Nano Chlorophyll Concentration 
    97    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = jp_lp + 22    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
    98    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = jp_lp + 23    !: Nitrates Concentration 
    99    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = jp_lp + 24    !: Ammonium Concentration 
     92   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic = 1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
     93   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal = 2    !: total alkalinity  
     94   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy = 3    !: oxygen carbon concentration  
     95   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal = 4    !: calcite  concentration  
     96   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 = 5    !: phosphate concentration  
     97   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc = 6    !: small particulate organic phosphate concentration 
     98   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil = 7    !: silicate concentration 
     99   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy = 8    !: phytoplancton concentration  
     100   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo = 9    !: zooplancton concentration 
     101   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = 10    !: dissolved organic carbon concentration  
     102   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = 11    !: Diatoms Concentration 
     103   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = 12    !: Mesozooplankton Concentration 
     104   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = 13    !: (big) Silicate Concentration 
     105   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = 14    !: Iron Concentration 
     106   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbfe = 15    !: Big iron particles Concentration 
     107   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgoc = 16    !: big particulate organic phosphate concentration 
     108   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = 17    !: Small iron particles Concentration 
     109   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = 18    !: Diatoms iron Concentration 
     110   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = 19    !: Diatoms Silicate Concentration 
     111   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = 20    !: Nano iron Concentration 
     112   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = 21    !: Nano Chlorophyll Concentration 
     113   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = 22    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
     114   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = 23    !: Nitrates Concentration 
     115   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = 24    !: Ammonium Concentration 
    100116 
    101117#else 
     
    103119   !!   Default                                   No CFC geochemical model 
    104120   !!--------------------------------------------------------------------- 
    105    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .FALSE.  !: CFC flag  
    106    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_kriest     = .FALSE.  !: Kriest flag  
     121   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .FALSE.  !: PISCES flag  
     122   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .FALSE.  !: p4z flag  
    107123   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  0       !: No CFC tracers 
    108124   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  =  0       !: No CFC additional 2d output arrays  
     
    112128 
    113129   ! Starting/ending PISCES do-loop indices (N.B. no PISCES : jpl_pcs < jpf_pcs the do-loop are never done) 
    114    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0     = jp_lp + 1                  !: First index of PISCES tracers 
    115    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1     = jp_lp + jp_pisces          !: Last  index of PISCES tracers 
    116    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_2d  = jp_lp_2d + 1               !: First index of 2D diag 
    117    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_2d  = jp_lp_2d + jp_pisces_2d    !: Last  index of 2D diag 
    118    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_3d  = jp_lp_3d + 1               !: First index of 3D diag 
    119    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_3d  = jp_lp_3d + jp_pisces_3d    !: Last  index of 3d diag 
    120    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_trd = jp_lp_trd + 1              !: First index of bio diag 
    121    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_trd = jp_lp_trd + jp_pisces_trd  !: Last  index of bio diag 
     130   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0     = 1                  !: First index of PISCES tracers 
     131   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1     = jp_pisces          !: Last  index of PISCES tracers 
     132   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_2d  = 1               !: First index of 2D diag 
     133   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_2d  = jp_pisces_2d    !: Last  index of 2D diag 
     134   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_3d  = 1               !: First index of 3D diag 
     135   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_3d  = jp_pisces_3d    !: Last  index of 3d diag 
     136   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_trd = 1              !: First index of bio diag 
     137   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_trd = jp_pisces_trd  !: Last  index of bio diag 
    122138 
    123139 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/sms_pisces.F90

    r3294 r3584  
    77   !!             3.2  !  2009-04 (C. Ethe & NEMO team) style 
    88   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9 #if defined key_pisces 
     9#if defined key_pisces || defined key_pisces_reduced  
    1010   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1111   !!   'key_pisces'                                         PISCES model 
     
    1919   INTEGER ::   numnatp 
    2020 
     21   !!*  Biological fluxes for light : variables shared by pisces & lobster 
     22   INTEGER , ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::  neln  !: number of T-levels + 1 in the euphotic layer 
     23   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::  heup  !: euphotic layer depth 
     24   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::  etot  !: par (photosynthetic available radiation) 
     25   ! 
     26   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::  xksi  !:  LOBSTER : zooplakton closure 
     27   !                                                       !:  PISCES  : silicon dependant half saturation 
     28 
     29#if defined key_pisces  
    2130   !!*  Time variables 
    2231   INTEGER  ::   nrdttrc           !: ??? 
     
    2736 
    2837   !!*  Biological parameters  
     38   INTEGER  ::   niter1max, niter2max   !: Maximum number of iterations for sinking 
    2939   REAL(wp) ::   rno3              !: ??? 
    3040   REAL(wp) ::   o2ut              !: ??? 
     
    3747   REAL(wp) ::   ferat3            !: ??? 
    3848 
    39    !!* Damping  
    40    LOGICAL  ::   ln_pisdmp         !: relaxation or not of nutrients to a mean value 
    41    INTEGER  ::   nn_pisdmp         !: frequency of relaxation or not of nutrients to a mean value 
    42    LOGICAL  ::   ln_pisclo         !: Restoring or not of nutrients to initial value 
    43                                    !: on close seas 
     49   !!*  diagnostic parameters  
     50   REAL(wp) ::  tpp                !: total primary production 
     51   REAL(wp) ::  t_oce_co2_exp      !: total carbon export 
     52   REAL(wp) ::  t_oce_co2_flx      !: Total ocean carbon flux 
     53   REAL(wp) ::  t_atm_co2_flx      !: global mean of atmospheric pco2 
    4454 
    45    !!*  Biological fluxes for light 
    46    INTEGER , ALLOCATABLE, SAVE,   DIMENSION(:,:)  ::  neln       !: number of T-levels + 1 in the euphotic layer 
    47    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE,   DIMENSION(:,:)  ::  heup       !: euphotic layer depth 
     55   !!* restoring 
     56   LOGICAL  ::  ln_pisdmp          !: restoring or not of nutrients to a mean value 
     57   INTEGER  ::  nn_pisdmp          !: frequency of relaxation or not of nutrients to a mean value 
     58   LOGICAL  ::  ln_pisclo          !: Restoring or not of nutrients to initial value on closed seas 
     59 
     60   !!* Mass conservation 
     61   LOGICAL  ::  ln_check_mass      !: Flag to check mass conservation 
    4862 
    4963   !!*  Biological fluxes for primary production 
    50    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE,   DIMENSION(:,:)  ::   xksi       !: ??? 
    5164   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE,   DIMENSION(:,:)  ::   xksimax    !: ??? 
    5265   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)  ::   xnanono3   !: ??? 
     
    6174   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)  ::   xlimdfe    !: ??? 
    6275   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)  ::   xlimsi     !: ??? 
     76   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)  ::   biron      !: bioavailable fraction of iron 
    6377 
    6478 
     
    6781   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   nitrfac    !: ?? 
    6882   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   xlimbac    !: ?? 
     83   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   xlimbacl   !: ?? 
    6984   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   xdiss      !: ?? 
    70     REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   prodcal    !: Calcite production 
    71     REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   grazing    !: Total zooplankton grazing 
     85   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   prodcal    !: Calcite production 
    7286 
    7387   !!* Variable for chemistry of the CO2 cycle 
     
    96110#endif 
    97111 
     112#endif 
    98113   !!---------------------------------------------------------------------- 
    99114   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     
    111126      !!---------------------------------------------------------------------- 
    112127      ierr(:) = 0 
    113       !*  Biological fluxes for light 
    114       ALLOCATE( neln(jpi,jpj), heup(jpi,jpj),                  STAT=ierr(1) ) 
     128      !*  Biological fluxes for light : shared variables for pisces & lobster 
     129      ALLOCATE( etot(jpi,jpj,jpk), neln(jpi,jpj), heup(jpi,jpj), xksi(jpi,jpj), STAT=ierr(1) ) 
    115130      ! 
     131#if defined key_pisces 
    116132      !*  Biological fluxes for primary production 
    117       ALLOCATE( xksimax(jpi,jpj)     , xksi(jpi,jpj)        ,       & 
     133      ALLOCATE( xksimax(jpi,jpj)     , biron   (jpi,jpj,jpk),       & 
    118134         &      xnanono3(jpi,jpj,jpk), xdiatno3(jpi,jpj,jpk),       & 
    119135         &      xnanonh4(jpi,jpj,jpk), xdiatnh4(jpi,jpj,jpk),       & 
     
    121137         &      xlimnfe (jpi,jpj,jpk), xlimdfe (jpi,jpj,jpk),       & 
    122138         &      xlimsi  (jpi,jpj,jpk), concdfe (jpi,jpj,jpk),       & 
    123          &      concnfe (jpi,jpj,jpk),                          STAT=ierr(2) )  
     139         &      concnfe (jpi,jpj,jpk),                           STAT=ierr(2) )  
    124140         ! 
    125141      !*  SMS for the organic matter 
    126142      ALLOCATE( xfracal (jpi,jpj,jpk), nitrfac(jpi,jpj,jpk),       & 
    127          &      prodcal(jpi,jpj,jpk) , grazing(jpi,jpj,jpk),       & 
    128          &      xlimbac (jpi,jpj,jpk), xdiss  (jpi,jpj,jpk),   STAT=ierr(3) )   
    129          ! 
     143         &      xlimbac (jpi,jpj,jpk), xdiss  (jpi,jpj,jpk),       &  
     144         &      xlimbacl(jpi,jpj,jpk), prodcal(jpi,jpj,jpk),     STAT=ierr(3) ) 
     145 
    130146      !* Variable for chemistry of the CO2 cycle 
    131147      ALLOCATE( akb3(jpi,jpj,jpk)    , ak13  (jpi,jpj,jpk) ,       & 
    132148         &      ak23(jpi,jpj,jpk)    , aksp  (jpi,jpj,jpk) ,       & 
    133149         &      akw3(jpi,jpj,jpk)    , borat (jpi,jpj,jpk) ,       & 
    134          &      hi  (jpi,jpj,jpk)    , excess(jpi,jpj,jpk) ,   STAT=ierr(4) ) 
     150         &      hi  (jpi,jpj,jpk)    , excess(jpi,jpj,jpk) ,     STAT=ierr(4) ) 
    135151         ! 
    136152      !* Temperature dependancy of SMS terms 
    137       ALLOCATE( tgfunc(jpi,jpj,jpk)  , tgfunc2(jpi,jpj,jpk) ,   STAT=ierr(5) ) 
     153      ALLOCATE( tgfunc(jpi,jpj,jpk)  , tgfunc2(jpi,jpj,jpk) ,    STAT=ierr(5) ) 
    138154         ! 
    139155      !* Array used to indicate negative tracer values   
    140       ALLOCATE( xnegtr(jpi,jpj,jpk)  ,                          STAT=ierr(6) ) 
     156      ALLOCATE( xnegtr(jpi,jpj,jpk)  ,                           STAT=ierr(6) ) 
     157#endif 
    141158      ! 
    142159      sms_pisces_alloc = MAXVAL( ierr ) 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r3295 r3584  
    99   !!             1.0  !  2005-03  (O. Aumont, A. El Moussaoui) F90 
    1010   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) from trcini.pisces.h90 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    12 #if defined key_pisces 
     11   !!             3.5  !  2012-05  (C. Ethe) Merge PISCES-LOBSTER 
     12   !!---------------------------------------------------------------------- 
     13#if defined key_pisces || defined key_pisces_reduced 
    1314   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1415   !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model 
     
    2021   USE trc             !  passive tracers common variables  
    2122   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    22    USE p4zche          !  Chemical model 
    23    USE p4zsink         !  vertical flux of particulate matter due to sinking 
    24    USE p4zopt          !  optical model 
    25    USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter 
    26    USE p4zflx          !  Gas exchange 
    27    USE p4zsed          !  Sedimentation 
    28    USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
    29    USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    30    USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
    31    USE p4zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton 
    32    USE p4zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
    33    USE p4zlys          !  Calcite saturation 
    34    USE p4zsed          !  Sedimentation 
    3523 
    3624   IMPLICIT NONE 
     
    3927   PUBLIC   trc_ini_pisces   ! called by trcini.F90 module 
    4028 
    41    REAL(wp) :: sco2   =  2.312e-3_wp 
    42    REAL(wp) :: alka0  =  2.423e-3_wp 
    43    REAL(wp) :: oxyg0  =  177.6e-6_wp  
    44    REAL(wp) :: po4    =  2.174e-6_wp  
    45    REAL(wp) :: bioma0 =  1.000e-8_wp   
    46    REAL(wp) :: silic1 =  91.65e-6_wp   
    47    REAL(wp) :: no3    =  31.04e-6_wp * 7.625_wp 
    4829 
    4930#  include "top_substitute.h90" 
     
    6142      !! ** Purpose :   Initialisation of the PISCES biochemical model 
    6243      !!---------------------------------------------------------------------- 
    63       ! 
    64       INTEGER  ::  ji, jj, jk 
     44 
     45      IF( lk_pisces ) THEN  ;   CALL p4z_ini   !  PISCES 
     46      ELSE                  ;   CALL p2z_ini   !  LOBSTER 
     47      ENDIF 
     48 
     49   END SUBROUTINE trc_ini_pisces 
     50 
     51   SUBROUTINE p4z_ini 
     52      !!---------------------------------------------------------------------- 
     53      !!                   ***  ROUTINE p4z_ini *** 
     54      !! 
     55      !! ** Purpose :   Initialisation of the PISCES biochemical model 
     56      !!---------------------------------------------------------------------- 
     57#if defined key_pisces  
     58      ! 
     59      USE p4zsms          ! Main P4Z routine 
     60      USE p4zche          !  Chemical model 
     61      USE p4zsink         !  vertical flux of particulate matter due to sinking 
     62      USE p4zopt          !  optical model 
     63      USE p4zsbc          !  Boundary conditions 
     64      USE p4zfechem       !  Iron chemistry 
     65      USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter 
     66      USE p4zflx          !  Gas exchange 
     67      USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     68      USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
     69      USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
     70      USE p4zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton 
     71      USE p4zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
     72      USE p4zlys          !  Calcite saturation 
     73      ! 
     74      REAL(wp), SAVE :: sco2   =  2.312e-3_wp 
     75      REAL(wp), SAVE :: alka0  =  2.423e-3_wp 
     76      REAL(wp), SAVE :: oxyg0  =  177.6e-6_wp  
     77      REAL(wp), SAVE :: po4    =  2.174e-6_wp  
     78      REAL(wp), SAVE :: bioma0 =  1.000e-8_wp   
     79      REAL(wp), SAVE :: silic1 =  91.65e-6_wp   
     80      REAL(wp), SAVE :: no3    =  31.04e-6_wp * 7.625_wp 
     81      ! 
     82      INTEGER  ::  ji, jj, jk, ierr 
    6583      REAL(wp) ::  zcaralk, zbicarb, zco3 
    6684      REAL(wp) ::  ztmas, ztmas1 
    6785      !!---------------------------------------------------------------------- 
     86 
    6887      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    69       IF(lwp) WRITE(numout,*) ' trc_ini_pisces :   PISCES biochemical model initialisation' 
     88      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p4z_ini :   PISCES biochemical model initialisation' 
    7089      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
    7190 
    72       CALL pisces_alloc()                          ! Allocate PISCES arrays 
    73  
     91                                                 ! Allocate PISCES arrays 
     92      ierr =         sms_pisces_alloc()           
     93      ierr = ierr +  p4z_che_alloc() 
     94      ierr = ierr +  p4z_sink_alloc() 
     95      ierr = ierr +  p4z_opt_alloc() 
     96      ierr = ierr +  p4z_prod_alloc() 
     97      ierr = ierr +  p4z_rem_alloc() 
     98      ierr = ierr +  p4z_flx_alloc() 
     99      ! 
     100      IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr ) 
     101      IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'pisces_alloc: unable to allocate PISCES arrays' ) 
     102      ! 
     103 
     104      CALL p4z_sms_init       !  Maint routine 
    74105      !                                            ! Time-step 
    75106      rfact   = rdttrc(1)                          ! --------- 
     
    132163         xksimax(:,:) = xksi(:,:) 
    133164 
    134       ENDIF 
    135  
    136       IF( .NOT. ln_rsttr ) THEN 
    137165         ! Initialization of chemical variables of the carbon cycle 
    138166         ! -------------------------------------------------------- 
     
    159187      CALL p4z_lim_init       !  co-limitations by the various nutrients 
    160188      CALL p4z_prod_init      !  phytoplankton growth rate over the global ocean. 
     189      CALL p4z_sbc_init       !  boundary conditions 
     190      CALL p4z_fechem_init    !  Iron chemistry 
    161191      CALL p4z_rem_init       !  remineralisation 
    162192      CALL p4z_mort_init      !  phytoplankton mortality  
    163193      CALL p4z_micro_init     !  microzooplankton 
    164194      CALL p4z_meso_init      !  mesozooplankton 
    165       CALL p4z_sed_init       !  sedimentation  
    166195      CALL p4z_lys_init       !  calcite saturation 
    167196      CALL p4z_flx_init       !  gas exchange  
     
    172201      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'Initialization of PISCES tracers done' 
    173202      IF(lwp) WRITE(numout,*)  
    174       ! 
    175    END SUBROUTINE trc_ini_pisces 
    176  
    177  
    178    SUBROUTINE pisces_alloc 
    179       !!---------------------------------------------------------------------- 
    180       !!                     ***  ROUTINE pisces_alloc *** 
     203#endif 
     204      ! 
     205   END SUBROUTINE p4z_ini 
     206 
     207   SUBROUTINE p2z_ini 
     208      !!---------------------------------------------------------------------- 
     209      !!                   ***  ROUTINE p2z_ini *** 
    181210      !! 
    182       !! ** Purpose :   Allocate all the dynamic arrays of PISCES  
    183       !!---------------------------------------------------------------------- 
    184       ! 
    185       INTEGER :: ierr 
    186       !!---------------------------------------------------------------------- 
    187       ! 
    188       ierr =         sms_pisces_alloc()          ! Start of PISCES-related alloc routines... 
    189       ierr = ierr +  p4z_che_alloc() 
    190       ierr = ierr +  p4z_sink_alloc() 
    191       ierr = ierr +  p4z_opt_alloc() 
    192       ierr = ierr +  p4z_prod_alloc() 
    193       ierr = ierr +  p4z_rem_alloc() 
    194       ierr = ierr +  p4z_sed_alloc() 
    195       ierr = ierr +  p4z_flx_alloc() 
     211      !! ** Purpose :   Initialisation of the LOBSTER biochemical model 
     212      !!---------------------------------------------------------------------- 
     213#if defined key_pisces_reduced  
     214      ! 
     215      USE p2zopt 
     216      USE p2zexp 
     217      USE p2zbio 
     218      USE p2zsed 
     219      ! 
     220      INTEGER  ::  ji, jj, jk, ierr 
     221      !!---------------------------------------------------------------------- 
     222 
     223      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     224      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p2z_ini :   LOBSTER biochemical model initialisation' 
     225      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
     226 
     227      ierr =        sms_pisces_alloc()           
     228      ierr = ierr + p2z_exp_alloc() 
    196229      ! 
    197230      IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr ) 
    198       IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'pisces_alloc: unable to allocate PISCES arrays' ) 
    199       ! 
    200    END SUBROUTINE pisces_alloc 
    201  
     231      IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'p2z_ini: unable to allocate LOBSTER arrays' ) 
     232 
     233      ! LOBSTER initialisation for GYRE : init NO3=f(density) by asklod AS Kremeur 2005-07 
     234      ! ---------------------- 
     235      IF( .NOT. ln_rsttr ) THEN             ! in case of  no restart  
     236         trn(:,:,:,jpdet) = 0.1 * tmask(:,:,:) 
     237         trn(:,:,:,jpzoo) = 0.1 * tmask(:,:,:) 
     238         trn(:,:,:,jpnh4) = 0.1 * tmask(:,:,:) 
     239         trn(:,:,:,jpphy) = 0.1 * tmask(:,:,:) 
     240         trn(:,:,:,jpdom) = 1.0 * tmask(:,:,:) 
     241         WHERE( rhd(:,:,:) <= 24.5e-3 )  ;  trn(:,:,:,jpno3 ) = 2._wp * tmask(:,:,:) 
     242         ELSE WHERE                      ;  trn(:,:,:,jpno3) = ( 15.55 * ( rhd(:,:,:) * 1000. ) - 380.11 ) * tmask(:,:,:) 
     243         END WHERE                        
     244      ENDIF 
     245      !                       !  Namelist read 
     246      CALL p2z_opt_init       !  Optics parameters 
     247      CALL p2z_sed_init       !  sedimentation 
     248      CALL p2z_bio_init       !  biology 
     249      CALL p2z_exp_init       !  export  
     250      ! 
     251      IF(lwp) WRITE(numout,*)  
     252      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'Initialization of LOBSTER tracers done' 
     253      IF(lwp) WRITE(numout,*)  
     254#endif 
     255      ! 
     256   END SUBROUTINE p2z_ini 
    202257#else 
    203258   !!---------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcnam_pisces.F90

    r3294 r3584  
    11MODULE trcnam_pisces 
    22   !!====================================================================== 
    3    !!                      ***  MODULE trcnam_lobster  *** 
     3   !!                      ***  MODULE trcnam_pisces  *** 
    44   !! TOP :   initialisation of some run parameters for PISCES bio-model 
    55   !!====================================================================== 
     
    99   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) from trcnam.pisces.h90 
    1010   !!---------------------------------------------------------------------- 
    11 #if defined key_pisces 
     11#if defined key_pisces || defined key_pisces_reduced 
    1212   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1313   !!   'key_pisces'   :                                   PISCES bio-model 
     
    1919   USE trc             ! TOP variables 
    2020   USE sms_pisces      ! sms trends 
     21   USE trdmod_trc_oce 
    2122   USE iom             ! I/O manager 
    2223 
     
    4849      !! 
    4950      INTEGER :: jl, jn 
    50       TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_pisces_2d) :: pisdia2d 
    51       TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_pisces_3d) :: pisdia3d 
     51      TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_pisces_2d)  :: pisdia2d 
     52      TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_pisces_3d)  :: pisdia3d 
     53      TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_pisces_trd) :: pisdiabio 
     54      CHARACTER(LEN=20)   ::   clname 
    5255      !! 
    53       NAMELIST/nampisbio/ nrdttrc, wsbio, xkmort, ferat3, wsbio2 
    54 #if defined key_kriest 
    55       NAMELIST/nampiskrp/ xkr_eta, xkr_zeta, xkr_mass_min, xkr_mass_max 
     56      NAMELIST/nampisdia/ pisdia3d, pisdia2d     ! additional diagnostics 
     57#if defined key_pisces_reduced 
     58      NAMELIST/nampisdbi/ pisdiabio 
    5659#endif 
    57       NAMELIST/nampisdia/ pisdia3d, pisdia2d     ! additional diagnostics 
    58       NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp, nn_pisdmp, ln_pisclo 
    5960 
    6061      !!---------------------------------------------------------------------- 
    6162 
    6263      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    63       IF(lwp) WRITE(numout,*) ' trc_nam_pisces : read PISCES namelists' 
     64      clname = 'namelist_pisces' 
     65#if defined key_pisces 
     66      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' trc_nam_pisces : read PISCES namelist' 
     67#else 
     68      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' trc_nam_pisces : read LOBSTER namelist' 
     69#endif 
    6470      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
     71      CALL ctl_opn( numnatp, TRIM( clname ), 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
    6572 
    66  
    67       !                               ! Open the namelist file 
    68       !                               ! ---------------------- 
    69       CALL ctl_opn( numnatp, 'namelist_pisces', 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
    70  
    71       REWIND( numnatp )                     
    72       READ  ( numnatp, nampisbio ) 
    73  
    74       IF(lwp) THEN                         ! control print 
    75          WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisbio' 
    76          WRITE(numout,*) '    frequence pour la biologie                nrdttrc   =', nrdttrc 
    77          WRITE(numout,*) '    POC sinking speed                         wsbio     =', wsbio 
    78          WRITE(numout,*) '    half saturation constant for mortality    xkmort    =', xkmort 
    79          WRITE(numout,*) '    Fe/C in zooplankton                       ferat3    =', ferat3 
    80          WRITE(numout,*) '    Big particles sinking speed               wsbio2    =', wsbio2 
    81       ENDIF 
    82  
    83 #if defined key_kriest 
    84  
    85       !                               ! nampiskrp : kriest parameters 
    86       !                               ! ----------------------------- 
    87       xkr_eta      = 0.62         
    88       xkr_zeta     = 1.62         
    89       xkr_mass_min = 0.0002      
    90       xkr_mass_max = 1.       
    91  
    92       REWIND( numnatp )                     ! read natkriest 
    93       READ  ( numnatp, nampiskrp ) 
    94  
    95       IF(lwp) THEN 
    96          WRITE(numout,*) 
    97          WRITE(numout,*) ' Namelist : nampiskrp' 
    98          WRITE(numout,*) '    Sinking  exponent                        xkr_eta      = ', xkr_eta 
    99          WRITE(numout,*) '    N content exponent                       xkr_zeta     = ', xkr_zeta 
    100          WRITE(numout,*) '    Minimum mass for Aggregates              xkr_mass_min = ', xkr_mass_min 
    101          WRITE(numout,*) '    Maximum mass for Aggregates              xkr_mass_max = ', xkr_mass_max 
    102          WRITE(numout,*) 
    103      ENDIF 
    104  
    105  
    106      ! Computation of some variables 
    107      xkr_massp = 5.7E-6 * 7.6 * xkr_mass_min**xkr_zeta 
    108  
    109 #endif 
    11073      ! 
    11174      IF( .NOT.lk_iomput .AND. ln_diatrc ) THEN 
     
    162125      ENDIF 
    163126 
    164       REWIND( numnatp ) 
    165       READ  ( numnatp, nampisdmp ) 
     127#if defined key_pisces_reduced 
    166128 
    167       IF(lwp) THEN                         ! control print 
    168          WRITE(numout,*) 
    169          WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisdmp' 
    170          WRITE(numout,*) '    Relaxation of tracer to glodap mean value             ln_pisdmp      =', ln_pisdmp 
    171          WRITE(numout,*) '    Frequency of Relaxation                               nn_pisdmp      =', nn_pisdmp 
    172          WRITE(numout,*) '    Restoring of tracer to initial value  on closed seas  ln_pisclo      =', ln_pisclo 
    173          WRITE(numout,*) ' ' 
    174       ENDIF 
     129      IF( ( .NOT.lk_iomput .AND. ln_diabio ) .OR. lk_trdmld_trc ) THEN 
     130         ! 
     131         ! Namelist nampisdbi 
     132         ! ------------------- 
     133         DO jl = 1, jp_pisces_trd 
     134            IF(     jl <  10 ) THEN   ;   WRITE (pisdiabio(jl)%sname,'("BIO_",I1)') jl      ! short name 
     135            ELSEIF (jl < 100 ) THEN   ;   WRITE (pisdiabio(jl)%sname,'("BIO_",I2)') jl 
     136            ELSE                      ;   WRITE (pisdiabio(jl)%sname,'("BIO_",I3)') jl 
     137            ENDIF 
     138            WRITE(pisdiabio(jl)%lname,'("BIOLOGICAL TREND NUMBER ",I2)') jl                 ! long name 
     139            pisdiabio(jl)%units = 'mmoleN/m3/s '                                            ! units 
     140         END DO 
     141 
     142         REWIND( numnatp ) 
     143         READ  ( numnatp, nampisdbi ) 
     144 
     145         DO jl = 1, jp_pisces_trd 
     146            jn = jp_pcs0_trd + jl - 1 
     147            ctrbio(jl) = pisdiabio(jl)%sname 
     148            ctrbil(jl) = pisdiabio(jl)%lname 
     149            ctrbiu(jl) = pisdiabio(jl)%units 
     150         END DO 
     151 
     152         IF(lwp) THEN                   ! control print 
     153            WRITE(numout,*) 
     154            WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisdbi' 
     155            DO jl = 1, jp_pisces_trd 
     156               jn = jp_pcs0_trd + jl - 1 
     157               WRITE(numout,*) '  biological trend No : ', jn, '    short name : ', ctrbio(jn), & 
     158                 &             '  long name  : ', ctrbio(jn), '   unit : ', ctrbio(jn) 
     159            END DO 
     160            WRITE(numout,*) ' ' 
     161         END IF 
     162         ! 
     163      END IF 
     164 
     165#endif 
    175166 
    176167   END SUBROUTINE trc_nam_pisces 
  • branches/2012/dev_LOCEAN_2012/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcsms_pisces.F90

    r3320 r3584  
    77   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90 
    88   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9 #if defined key_pisces 
     9#if defined key_pisces || defined key_pisces_reduced 
    1010   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1111   !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model 
     
    1313   !!   trcsms_pisces        :  Time loop of passive tracers sms 
    1414   !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    USE oce_trc         !  shared variables between ocean and passive tracers 
    16    USE trc             !  passive tracers common variables  
    17    USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    18    USE p4zbio          !  Biological model 
    19    USE p4zche          !  Chemical model 
    20    USE p4zlys          !  Calcite saturation 
    21    USE p4zflx          !  Gas exchange 
    22    USE p4zsed          !  Sedimentation 
    23    USE p4zint          !  time interpolation 
    24    USE trdmod_oce      !  Ocean trends variables 
    25    USE trdmod_trc      !  TOP trends variables 
    26    USE sedmodel        !  Sediment model 
    27    USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
     15   USE par_pisces 
     16   USE p4zsms 
     17   USE p2zsms 
    2818 
    2919   IMPLICIT NONE 
     
    3121 
    3222   PUBLIC   trc_sms_pisces    ! called in trcsms.F90 
    33  
    34    LOGICAL ::  ln_check_mass = .false.       !: Flag to check mass conservation  
    35  
    36    INTEGER ::  numno3  !: logical unit for NO3 budget 
    37    INTEGER ::  numalk  !: logical unit for talk budget 
    38    INTEGER ::  numsil  !: logical unit for Si budget 
    39  
    4023   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4124   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     
    4629CONTAINS 
    4730 
     31      !!---------------------------------------------------------------------- 
     32      !!                   ***  ROUTINE trc_ini_pisces *** 
     33      !! 
     34      !! ** Purpose :   Initialisation of the PISCES biochemical model 
     35      !!---------------------------------------------------------------------- 
     36 
     37 
    4838   SUBROUTINE trc_sms_pisces( kt ) 
    4939      !!--------------------------------------------------------------------- 
     
    5141      !! 
    5242      !! ** Purpose :   Managment of the call to Biological sources and sinks  
    53       !!              routines of PISCES bio-model 
    54       !! 
    55       !! ** Method  : - at each new day ... 
    56       !!              - several calls of bio and sed ??? 
    57       !!              - ... 
    58       !!--------------------------------------------------------------------- 
    59       ! 
    60       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
    61       !! 
    62       INTEGER ::   jnt, jn, jl 
    63       CHARACTER (len=25) :: charout 
    64       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:)  :: ztrdpis 
    65       !!--------------------------------------------------------------------- 
    66       ! 
    67       IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('trc_sms_pisces') 
    68       ! 
    69       IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL trc_sms_pisces_dmp( kt )  ! Relaxation of some tracers 
    70                                                                    CALL trc_sms_pisces_mass_conserv( kt ) ! Mass conservation checking 
    71       IF( l_trdtrc )  THEN 
    72          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
    73          DO jn = 1, jp_pisces 
    74             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    75             ztrdpis(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jl) 
    76          ENDDO 
    77       ENDIF 
    78  
    79       IF( ndayflxtr /= nday_year ) THEN      ! New days 
    80          ! 
    81          ndayflxtr = nday_year 
    82  
    83          IF(lwp) write(numout,*) 
    84          IF(lwp) write(numout,*) ' New chemical constants and various rates for biogeochemistry at new day : ', nday_year 
    85          IF(lwp) write(numout,*) '~~~~~~' 
    86  
    87          CALL p4z_che              ! computation of chemical constants 
    88          CALL p4z_int              ! computation of various rates for biogeochemistry 
    89          ! 
    90       ENDIF 
    91  
    92  
    93       DO jnt = 1, nrdttrc          ! Potential time splitting if requested 
    94          ! 
    95          CALL p4z_bio (kt, jnt)    ! Compute soft tissue production (POC) 
    96          CALL p4z_sed (kt, jnt)    ! compute soft tissue remineralisation 
    97          ! 
    98          DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    99             trb(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn) 
    100          ENDDO 
    101          ! 
    102       END DO 
    103  
    104       IF( l_trdtrc )  THEN 
    105          DO jn = 1, jp_pisces 
    106             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    107             ztrdpis(:,:,:,jn) = ( ztrdpis(:,:,:,jn) - trn(:,:,:,jl) ) * rfact2r 
    108          ENDDO 
    109       ENDIF 
    110  
    111       CALL p4z_lys( kt )             ! Compute CaCO3 saturation 
    112       CALL p4z_flx( kt )             ! Compute surface fluxes 
    113  
    114       DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    115         CALL lbc_lnk( trn(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    116         CALL lbc_lnk( trb(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    117         CALL lbc_lnk( tra(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    118       END DO 
    119  
    120       IF( l_trdtrc ) THEN 
    121          DO jn = 1, jp_pisces 
    122             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    123              ztrdpis(:,:,:,jn) = ztrdpis(:,:,:,jn) + tra(:,:,:,jl) 
    124              CALL trd_mod_trc( ztrdpis(:,:,:,jn), jn, jptra_trd_sms, kt )   ! save trends 
    125           END DO 
    126           CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
    127       END IF 
    128  
    129       IF( lk_sed ) THEN  
    130          ! 
    131          CALL sed_model( kt )     !  Main program of Sediment model